BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06580.1
Length=1885
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928304 jgi|Araly1|928304|scaffold_300761.1 2595 0.0
> Ahg928304 jgi|Araly1|928304|scaffold_300761.1
Length=1532
Score = 2595 bits (1405), Expect = 0.0
Identities = 1491/1533 (97%), Gaps = 3/1533 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 140 AAAAGGAGAAAC-TACAAAAATGGCGAAACCGGAAGAAGTATCAGTCCCGATCTTCACAT 198
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |
Sbjct 1 AAAAGGAGAAACTTACAAAAATGGCGAAACCGGAACAAGTATCGGTCCCGATCTTCTCGT 60
Query 199 CTCTTGAGCCTGTCTACGGCGAAGGATCTCTGCTCCAAGAAGCTACACAACGATTCGATG 258
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 CCCTTGAGCCTGTCTACGGCGAAGGATCTCTGCTCCAAGAAGCTACACAGCGATTCGATG 120
Query 259 TTTTGAAGGCCAATTTCAACGATGTCTTCGGTGCTTCTCCCCAACTCTTCGCTCGCTCTC 318
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTTGAAGGCCAATTTCAACCATGTCTTCGGTGCTTCACCCCAACTCTTCGCTCGCTCTC 180
Query 319 CTGGAAGAGTGAATCTGATAGGAGAGCACATTGACTATGAAGGATACTCAGTGTTGCCGA 378
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 181 CTGGAAGAGTGAATCTGATAGGAGAGCACATTGATTATGAAGGATACTCAGTGTTGCCAA 240
Query 379 TGGCTATTCGTCAGGATACAATTATAGCGATTCGGAAATGTGAGGATCAAAAGCAGCTTC 438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGGCTATTCGTCAGGATACAATTATAGCGATTCGGAAATGTGAGGATCAAAAGCAGCTTC 300
Query 439 GGATTGCAAATGTTAATGATAAGTACACTATGTGTACATATCCTGCCGATCCTGACCAGG 498
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 301 GGATTGCAAATGTTAATCATAAGTACACTATGTGTACATATCCTGCTGATCCTGACCAGG 360
Query 499 AAATTGACTTGAAGAATCACAAATGGGGGCATTACTTCATATGCGCGTACAAAGGATTTC 558
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAATTGACTTGAAGAATCACAAATGGGGCCATTACTTCATTTGCGCGTACAAAGGATTTC 420
Query 559 ATGAGTATGCAAAGTCAAAAGGTGTGAATCTTGGTTCACCAGTTGGACTTGATGTGCTTG 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATGAGTATGCAAAGTCAAAAGGTGTGAATCTTGGTTCACTAGTTGGACTTGATGTGCTTG 480
Query 619 TTGATGGAATTGTTCCTACAGGTTCTGGGTTGTCAAGTTCTGCTGCATTTGTTTGCTCAG 678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 481 TTGATGGAATTGTTCCTACAGGTTCTGGGTTGTCAAGTTCTGCTGCCTTTGTTTGCTCAG 540
Query 679 CAACAATTGCTATTATGGCTGTCTTTGGTCATAACTTTGAGAAGAAAGAACTTGCACAGC 738
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 541 CAACAATTGCTATTATGGCTGTTTTTGGTCATAACTTTGACAAGAAAGAACTTGCACAGC 600
Query 739 TTACATGTGAATGTGAAAGACACATTGGAACACAATCTGGTGGGATGGACCAGGCAATCT 798
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTACATGTGAATGTGAACGACATATTGGAACACAATCTGGTGGGATGGACCAGGCAATCT 660
Query 799 CTATAATGGCTAAAACTGGATTTGCTGAGCTTATTGACTTCAACCCAGTCCGCGCAACTG 858
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 661 CTATTATGGCTAAAACTGGATTTGCTGAGCTTATTGACTTCAACCCAGTCCGTGCAACTG 720
Query 859 ATGTGAAACTCCCTGATGGAGGGAGTTTTGTAATTGCACATTCTCTTGCAGAGTCGCAGA 918
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATGTGAAACTTCCTGATGGAGGGAGTTTTGTAATTGCACATTCTCTTGCAGAGTCGCAGA 780
Query 919 AGGCGGTCACGGCTGCTAAGAATTACAATAACAGGGTCGTTGAATGTCGACTTGCTTCGA 978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGGCGGTCACGGCTGCTAAGAATTACAATAACAGGGTCGTTGAATGTCGACTTGCTTCGA 840
Query 979 TCATACTTGGTGTTAAGCTCGGAATGGAACCAAAAGAAGCAATATCAAAAGTTAAGACTC 1038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCATACTTGGTGTTAAGCTCGGAATGGAACCAAAAGAAGCAATATCAAAAGTTAAGACTC 900
Query 1039 TTTCTGATGTGGAGGGATTATGTGTGTCATTCGCTGGTGATCGTGGGTCATCTGATCCTC 1098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTTCTGATGTGGAGGGATTATGTGTGTCATTCGCTGGTGATCGTGGGTCATCTGATCCTC 960
Query 1099 TTCTTGCTGTTAAGGAATATCTGAAAGAAGAACCATACACGGCTGAGGAGATTGAGAAAA 1158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTCTTGCTGTTAAGGAATATCTGAAAGAAGAACCATACACCGCTGAGGAGATTGAGAAAA 1020
Query 1159 TCCTAGAGGAGAAATTACCATCAATCGTGAACAATGATCCAACATCTTTGGCTGTACTCA 1218
||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CCCTGGAGGAGAAATTACCATCAATCTTGAACAATGATCCAACATCTTTGGCTGTACTCA 1080
Query 1219 ATGCTGCCACGCATTTCAAATTGCATCAGAGAGCTGCACACGTTTATTCCGAAGCCCGGA 1278
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATGCTGCCACGCATTTCAAATTGCATCAGAGAGCTGCACATGTTTATTCCGAAGCCCGGA 1140
Query 1279 GGGTTCATGGTTTCAAGGACACAGTTAATTCAAACTTAAGTGACGAAGAGAAGTTAAAGA 1338
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GGGTTCATGGTTTCAAGGACACAGTTGATTCAAACTTAAGTGACGAAGAGAAGTTAAAGA 1200
Query 1339 AACTTGGTGATCTCATGAATGAAAGCCATTACAGCTGCAGTGTCCTATACGAGTGCAGTT 1398
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AACTCGGTGATCTCATGAATGAAAGCCATTACAGCTGCAGTGTCCTATACGAGTGCAGTT 1260
Query 1399 GCCCCGAGCTAGAAGAACTTGTTCAAGTTTGCAAGGAGAATGGAGCACTTGGAGCAAGAC 1458
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GCCCCGAGCTAGAAGAACTGGTTCAAGTTTGCAAGGAGAATGGAGCACTTGGAGCAAGAC 1320
Query 1459 TGACCGGAGCTGGATGGGGCGGTTGCGCTGTGGCCTTGGTCAAGGAATTTGACGTTACTC 1518
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1321 TGACAGGAGCTGGATGGGGCGGTTGCGCCGTGGCCTTGGTCAAGGAATCTGGCGTTACTC 1380
Query 1519 AATTCATTC-CAGCAGTCAAGGAGAAGTACTACAAAAAGAGAGTAGAGAAAGGAGTGGTa 1577
||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AATTCAT-CGCAGCAGTCAAGGAGAAATACTACAAAAAGAGAGTAGAGAAAGGAGTGGTA 1439
Query 1578 aaaaaaGAAGATATGGAGCTTTACCTCTTTGCCTCCAAGCCTTCAAGTGGTGCTGCCATC 1637
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AAAGAAGAAGATATGGAGCTTTACCTTTTTGCCTCCAAGCCTTCAAGTGGTGCTGCCATC 1499
Query 1638 TTCAACCTCTAAACACATCTCTCTCCCTCCTTA 1670
||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1500 TTCAACCTCTAAACACATCTCTCTCCCTCTTTA 1532
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70809765455
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5