BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06670.2
Length=3376
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477983 jgi|Araly1|477983|fgenesh2_kg.3__684__AT3G06670.1 3380 0.0
> Ahg477983 jgi|Araly1|477983|fgenesh2_kg.3__684__AT3G06670.1
Length=3334
Score = 3380 bits (1830), Expect = 0.0
Identities = 1949/2006 (97%), Gaps = 9/2006 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1373 GCTATACCAATCAAAGATCCCTTAGTCCTGTCAAAGATACACCAGACGTACAGAATTGGT 1432
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 GCTATACCAATTAAAGATCCCTTAGTCCTGTCGAAGATACACCAGACGTACAGAATTGGT 1091
Query 1433 TACTTGAAGGATGTTGTTTTGGCTAGAGTACTAGATGATGCTATTGTTGCAAACTTGAAT 1492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1092 TACTTGAAGGATGTTGTTTTGGCTAGAGTACTAGATGATGCTATAGTTGCAAACTTGAAT 1151
Query 1493 TCTGTAATCCATGCGAACAATGCCATAGTAGTTTCATTGCTGAAGGACGATAGCACTTTT 1552
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 TCAGTAATCCATGCGAACAATGCCATTGTAGTTTCATTGCTGAAGGACGATAGCACTTTT 1211
Query 1553 ATTCAAGAGTTATTTGCAAGGTTGAGGTCGCCTTCTACTTCTATGGAATCCAAGAAAAAT 1612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1212 ATTCAAGAGTTATTTGCAAGGTTGAGGTCGCCTTCTACATCTGTGGAATCCAAGAAAAAT 1271
Query 1613 TTGGTATATTTCTTGCACGAATTTTGTAGTTTAAGCAAGAGCCTCCAGGTGGTGCAGCAG 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 TTGGTATATTTCTTGCACGAATTTTGTAGTTTAAGCAAGAGCCTCCAGGTGGTGCAGCAG 1331
Query 1673 CTGCGACTTTTTAGGGACCTTATTAATGAAGGCATTTTTCATGTCATAGAAGAAGTCTTG 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 CTGCGACTTTTTAGGGACCTTATTAATGAAGGCATTTTTCATGTCATAGAAGAAGTCTTG 1391
Query 1733 CAGATTCCAGACAAAAAACTCGTATTGACTGGGACAGATATCCTGATTCTTTTCTTGACT 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 CAGATTCCAGACAAAAAACTCGTATTGACTGGGACAGATATCCTGATTCTTTTCTTGACT 1451
Query 1793 CAAGACCCCAACCTTTTACGTTCTTATGTTGTTCGGACAGAAGGAAACCCCCTCCTCGGT 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 CAAGACCCCAACCTTTTACGTTCTTATGTTGTTCGGACAGAAGGAAACCCCCTCCTCGGT 1511
Query 1853 CTCCTGGTCAAGGGAATGATGGAAGACTTTGGTGATAAGATGCACTGCCAATTTCTAGAA 1912
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1512 CTCCTGGTCAAGGGAATGATGGAAGACTTTGGTGATAAGATGCATTGCCAATTTCTAGAA 1571
Query 1913 ATTATCCGTACCTTACTAGATGCAAATGCATTGTCTGGTGGAGCTCAGAGAGCAAATATC 1972
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1572 ATTATCCGAACCTTACTTGATGCAAATGCATTGTCTGGTGGGGCTCAGAGAGCGAATATC 1631
Query 1973 ATGGATATTTTCTACGAGAAGCATCTACCTGAGTTAGTGGATGTTATTACTGCCTCATGT 2032
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 ATGGATATCTTCTACGAGAAGCATCTACCTGAGTTAGTGGATGTTATTACTGCCTCATGT 1691
Query 2033 CCTGAGAAGTCGAGCAACGCATCTGAAGGTGCTGCCAGAAGGATTTTCACAAAGCCTGAA 2092
|||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1692 CCTGAGAAGTCGGGTAACACATCTGAAGGTGCTGCCAGAAGGATTTTCACAAAGCCTGAA 1751
Query 2093 GTCCTGTTGAACATATGTGAATTGTTGTGCTTTTGCATTATGCAAGATGCATCCAGGACA 2152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1752 GTCCTGTTGAACATATGTGAATTGTTGTGCTTTTGCATTATGCAAGATGCATCCAGAACA 1811
Query 2153 AAATGCAGTTTTCTCCAAAACAATGTGACTGAAAAGGTTTTGCATCTCACACGGAGAAAG 2212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 AAATGCAGTTTTCTCCAAAACAATGTGACTGAAAAGGTTTTGCATCTCACACGGAGAAAG 1871
Query 2213 GAAAAATACCTAGTGGTCGCTGCTATACGATTTGTCCGTACTCTCCTCTCTGTCCATGAT 2272
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1872 GAAAAATACCTAGTGGTCGCTGCTATACGATTTGTCCGTACTCTTCTCTCTGTCCATGAT 1931
Query 2273 GATTATGTCCAGAATTACGTGGTTAAAAACAACTTGTTGAAACCGATCATAGATGTCTTC 2332
|||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 GATTATGTCCAGAATTACATTGTTAAAAACAACATGCTGAAACCGATCATAGATGTCTTC 1991
Query 2333 ATTGCCAATGGAACCCGGTACAATCTGCTGAACTCTGCAGTCTTGGATCTGCTTGAGCAC 2392
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 ATTGCCAATGGAAACCGGTACAATCTGCTGAACTCTGCAGTCTTGGATCTGCTTGAGCAC 2051
Query 2393 ATACGCAAGGGAAATGCAACTCTGTTGCTCAAATACATAGTTGATACGTTCTGGGACCAG 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052 ATACGCAAGGGAAATGCAACTCTGTTGCTCAAATACATAGTTGATACGTTCTGGGACCAG 2111
Query 2453 TTGGCCCCATTTCAGTGCTTGACCTCCATCCAGGCTTTCAAGGTTAAGTATGAACAGTGT 2512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 TTGGCCCCATTTCAGTGCTTGACCTCCATCCAGGCTTTCAAGGTTAAGTATGAACAGTGT 2171
Query 2513 TTAGAAAGTGCCGGACCAAAAAGCACTTCTGATGCGGTTGATCCAAGAAGAAGAGTTGAC 2572
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2172 TTAGAAAGTGCCGGACCAAAAAGCACTGCTGATGCGGTTGATCCAAGAAGAAGAATTGAC 2231
Query 2573 GAGCGGGCATTGGAGAAAGAGGAAGAAGATTATTTCAATGAAGACAGCGATGAAGAAGAT 2632
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2232 GAGCGTGCATTGGAGAAAGAGGAGGAAGATTATTTCAATGAAGACAGTGATGAAGAAGAT 2291
Query 2633 TCAGCCTCTGCTTCTAATACACAAAAGGAAAAACCTGCTTCTAATATACAGAAAGAACAA 2692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 TCAGCCTCTGCTTCTAATACACAAAAGGAAAAACCTGCTTCTAATATACAGAAAGAACAA 2351
Query 2693 CCTAAGCCTCATCTCTCCAATGGAGTGGCTGCAAGCCCTACTTCTTCAAGTCCGAGGTCT 2752
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 CCTAAGCCTCATCTTTCCAATGGAGTGGCTGCAAGCCCTACTTCTTCAAGTCCGAGGTCT 2411
Query 2753 GGAGGCTTGGTTGATTATGAGGACGATGAAGATGATGAAGACTATAAACCTCCTCCGCGG 2812
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2412 GGAGGCTTGGTTGACTATGAGGACGATGAAGATGATGAAGACTATAAACCTCCTCCCCGG 2471
Query 2813 AAACAGCCAGAAGCCTCTGAGGATGAGGAAGGCGAGCTCCTGAGGCTGAAACGAAAATCC 2872
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||
Sbjct 2472 AAACAGCCAGAAGCCTCTGAGGATGAGGAGGGCGAGCTCCTTAGACTGAAACGCAAATCC 2531
Query 2873 GCTCTTG--TAGAAAGAGAACAAGAGCCGTCCAAGAAACCACGGCTGGGGAAAAGTTCGA 2930
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 -C-CTTGCGTAGAAAGAGAACAAGAGCCGTCCAAGAAACCACGGCTGGGGAAAAGTTCGA 2589
Query 2931 AAAGGGAAAATGTATTTGCTGTGCTATGTTCGACACTGAGCCATGCAGTGCTTACGGGTA 2990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2590 AAAGGGAAAATGTATTTGCTGTGCTATGTTCGACACTGAGCCATGCAGTGCTTACGGGTA 2649
Query 2991 AGAAAAGTCCAGGCCCCGCTGGATCAGCAGCCCGGTCAATAGTAGCGAAAGGAGCTGAGG 3050
|||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||
Sbjct 2650 AGAAAAGTCCAGGCACCGCAGGATCTGCAGCCCGGTCAATAGTGGCCAAGGGAGCGGAGG 2709
Query 3051 ATTCAAAAAGTAGTGAAGAGAATAATAGCAGCAGTTCAGATGATGAGAATCATAAGGATG 3110
| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2710 ACTCAAGAAGTAGTGAAGAGACTAATAGCAGCAGTTCAGATGATGAAAATCATAAGGATG 2769
Query 3111 ATGGAGTATCGAGTTCTGAACATGAAACATCAGACAATGGAAAGCTAAATGGGGAAGAAT 3170
| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2770 --G-AGTATCGAGTTCTGAACAGGAAACATCAGACAATGGAAAGCTAAATGGGGAAGAAT 2826
Query 3171 CTCTGGTAGTAGCTCCAAAATCATCACCTGAAATGGCTGTAAATGGATCCTGAGATTTTA 3230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2827 CTCTGGTAGTAGCTCCAAAATCATCACCTGAAATGGCTGTAAATGGATCCTGAGATTTTA 2886
Query 3231 ACACTCTGGACTCTTTAGTTGTGGCTGGGGATGGAAGGCACTCTCATGGGTGCAAATAAA 3290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 ACACTCTGGACTCTTTAGTTGTGGCTGGGGATGGAAGGCACTCTCATGGGTGCAAATAAA 2946
Query 3291 ACCTTCAGAGTGCAGACTGAGACATGATAAACCGCAAAAGAAAAGCTTTGGGCAACCAAA 3350
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2947 ACCTTCAGAGTGCAGACTGAGACATGAGAAACCGCAAAAGAAA-GCTTTGGGCAACCAA- 3004
Query 3351 CGGAGGAAGAAATGTATAGTGAGCGC 3376
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3005 CGGAGGAAGAAATGTATAGTGAGCGC 3030
Score = 1735 bits (939), Expect = 0.0
Identities = 1001/1031 (97%), Gaps = 4/1031 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 282 tctctcttctctcttctTTCGCGTTTCGAAGGTTGGGG-AAAGCTTTCGCAGAAGAAAAT 340
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TCTTTCTTCTCTCTTCTTTCGGGTTTCGAAGGTTGGGGAAAAGCTTTCGCAGAAGAAAAT 61
Query 341 -AAAAGCTAGAGAGAGAATGTCAATGtttttttGATGCTCCGTCTGGCAATTAGGGTTTC 399
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 62 AAAAAGCTAGAGAGAGAATGTCAAAGTTTTTTTGATGCTCCGTTTGGTAATTAGGGTTTC 121
Query 400 TTTTTTCTTTGATTTCGTCCCCTTCGAGAACTGAATCTCCCGCCTATATCGACGCCGTCT 459
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 122 -TTTTTGTTTGATTTCGTCCCCTTCGAGAACTGAATCTCCCGCCTATATCGACGGCGTCT 180
Query 460 AATTCCTATCATTTCTCGTTGCTCCAAAACCCTAACTTTACTACCGTCGGTCATTATTTT 519
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AATTCCTATCCTCTCTCGTTGCTCCAAAACCCTAACTTTACTACCGTCGGTCATTATTTT 240
Query 520 CACTTTCTCGGCTCGATTTGGTGTTGGAGGTTGG-TAATCAGTTATGGGCGCTCCGGAAA 578
|||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 241 CACTTTCTCGGCTCGATTTGTTGTTGGAGGTGGGAAAATCAGTGATGGGCGCCCCGGAAA 300
Query 579 AGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATG 638
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGTCGCAATCTAATACCAATTCGATGCAGAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATG 360
Query 639 GTAAATGGGATGATCGAGGAACTGGGCACGTAAGCATCGACTTTGTGGAGCGATCTGAAG 698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTAAATGGGATGATCGAGGAACTGGGCACGTAAGCATCGACTTTGTGGAGCGATCTGAAG 420
Query 699 AACTCAGTCTATGTGTAATTGATGAAGAAGATAACGAGACGTTACTTGTTCATCCCATCA 758
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AACTCAGTCTATGCGTAATTGATGAAGAAGATAACGAGACGTTACTTGTTCATCCCATCA 480
Query 759 ACCCTGAGGATATTTACAGGAAACAAGAAGACACAATAATCTCATGGAGAGACCCAGAGC 818
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ACCCTGAGGACATTTATAGGAAACAAGAAGACACAATAATCTCATGGAGAGACCCAGAGC 540
Query 819 GCTCAACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGGGATC 878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCTCAACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCGGGGTGCTCTTATGTATGGGATC 600
Query 879 AAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACAGCGAAACATTTCACA 938
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTTAACAGCGAAACATTTCACA 660
Query 939 GCTTGAACAGTGAGTTGAGGGAGCTTCCTGCTGTAGAGCTTACTACTCTTCCCCTAATAC 998
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GCTTGAATAGTGAGTTGAGGGAGCTTCCTGCTGTAGAGCTTACTACTCTTCCCCTAATAC 720
Query 999 TGAAGATTGTTACAGAGAGTGGCATTACAGATCAGATGCGCCTAACTGAACTTATTTTGA 1058
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 721 TGAAGATTATTACAGAGAGTGGCATTACAGATCAGATGCGGCTAACTGAACTTATTTTGA 780
Query 1059 AGGATCATGATTTCTTCCGGAATCTGATGGGTGTTTTTAAAATATGCGAGGACTTGGAAA 1118
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGGATCATGATTTCTTTCGGAATCTGATGGGTGTATTTAAAATATGCGAGGACTTGGAAA 840
Query 1119 ATGTTGATGGCCTTCACATGATATTCAACATTGTCAAGGGAATCATTTTGCTTAACAGTT 1178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATGTTGATGGCCTTCACATGATATTCAACATTGTCAAGGGAATCATTTTGCTTAACAGTT 900
Query 1179 CTCAGATCTTGGAGAAAATATTTGGAGATGAATTGATTATGGAGATTATCGGATGCCTTG 1238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTCAGATCTTGGAGAAAATATTTGGAGATGAATTGATTATGGAGATTATCGGATGCCTTG 960
Query 1239 AATATGATCCTGGTGTTCCTCACTCTCAGCATCACCGGAATTTTCTGAAGGAGCATGTTG 1298
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AATATGATCCCGGTGTTCCTCACTCTCAGCATCACCGGAATTTTCTGAAGGAGCATGTTG 1020
Query 1299 TTTTTAAGGAG 1309
|||||||||||
Sbjct 1021 TTTTTAAGGAG 1031
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127454811977
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5