BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06810.1
Length=2851
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg477999 jgi|Araly1|477999|fgenesh2_kg.3__700__AT3G06810.1 4447 0.0
> Ahg477999 jgi|Araly1|477999|fgenesh2_kg.3__700__AT3G06810.1
Length=2741
Score = 4447 bits (2408), Expect = 0.0
Identities = 2581/2665 (97%), Gaps = 9/2665 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 aaagaaaaTTATCCAAAAGAAAGGTTATGCGACTTTCCGTAAATGGAATTGTTGGTATGA 114
||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1 AAATAAAAGTATCCAAAGGAAAGGTTATGCGACTTACCGTAAATGGAATTATTTGTATGA 60
Query 115 ATGCGTGTATTTG--TGTTTTAGAGAGCTATTCTTGTTGATGAATCTCTGAGGA-GCAGA 171
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 61 ATGCGTGTATTTGTTTGTGTTAGAGAGCTATTCTTGTTGATGAATCTCTG-CAACTCTGA 119
Query 172 GCGAGATAGAGGAGAGTGAAGGAACATCATGGGAAGCAGCACGGGCGATCTTGTGACACG 231
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 120 GCGAGATAGA-GAGTGTGAAGGAACATCATGGGAAGCAGCACGGGCGATCTGGTGACACG 178
Query 232 TATCCAATCAGCTCACCGTTTCGATCACGATGCCTTGTTTCGTTTTGCCGCCGACAACGT 291
| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TGTTCAATCAACTCACCGGTTCGATCACGATGCCTTGTTTCGTTTTGCCGCCGACAACGT 238
Query 292 CTCTGGCTTTCCGACCAACCCTTCCCAATTCAAAGTCTCACAGTTCGGACATGGGCAGTC 351
||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CTCCGGTTTTCCGACCAACCCAACCCAATTTAAAGTCTCACAGTTCGGACATGGGCAGTC 298
Query 352 GAATCCAACGTTTCTGATAGAGGTTGGCTCAGGGAGTTCCTTGAAACGATACGTTTTGAG 411
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GAATCCGACGTTTCTGATTGAGGTTGGCTCAGGGAGTTCCTTGAAACGATACGTTTTGAG 358
Query 412 GAAGAAGCCTCCTGGCAAGCTTCTTCAATCTGCTCATGCTGTTGATCGAGAGTTTCAGGT 471
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 359 GAAGAAGCCTCCTGGGAAGCTCCTTCAATCTGCTCATGCTGTTGATAGAGAGTTTCAGGT 418
Query 472 GCTTCGGGCTTTAGGTGAACATACACAGGTTCCTGTTCCTAAAGTCTTCTGCTTATGCAC 531
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 ACTTCGGGCTTTAGGTGAACATACAGAGGTTCCTGTTCCTAAAGTCTTCTGCTTATGCAC 478
Query 532 TGACCCTGCTGTCATTGGGACTGCTTTTTACATTATGGAGTTTATGGAAGGACGTATTTT 591
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 479 TGACCCTACTGTCATTGGGACTGCTTTTTACATTATGGAGTTCATGGAAGGACGTATTTT 538
Query 592 CATTGATCCAAAGTTGCCGAATGTAGCACCTGAAAGGAGAAATGCGATCTATCGTGCAAC 651
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CATTGACCCAAAGTTGCCGAATGTAGCACCTGAAAAGAGAAATGCGATCTATCGTGCAAC 598
Query 652 CGCCAAAGCCTTGGCATCTCTTCACTCTGCTGATGTGGATGCCATTGGTCTTGAGAAATA 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CGCCAAAGCCTTGGCATCTCTTCACTCTGCTGATGTGGATGCCATTGGTCTTGAGAAATA 658
Query 712 TGGTCGGCGAGGCAATTACTGCAAAAGACAGATAGATAGGTGGTTCAAACAATATTTGGC 771
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGGTCGGCGAGGCAATTACTGCCAAAGACAGATAGATAGGTGGTTCAAACAATATTTGGC 718
Query 772 TTCAACAAGTGAAGGTAAACCTGAAAGGAATCCAAAGATGTTTGAGCTTGTTGATTGGTT 831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TTCAACAAGTGAAGGTAAACCTGAAAGGAATCCAAAGATGTTTGAGCTTGTTGATTGGTT 778
Query 832 ACGCAAAAACATCCCCGCGGAAGATTCAACTGGAGCAACATCAGGCCTTGTCCATGGAGA 891
||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 779 ACGCAAAAACATCCCCGGGGAAGATTCTACAGGAGCAACTTCAGGCCTTGTCCATGGAGA 838
Query 892 CTTTCGCATTGACAATCTCGTTTTTCATCCTTCTGAGGATCGAGTTATTGGAATAATTGA 951
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CTTCCGCATTGACAATCTCGTGTTTCATCCTTCTGAGGATCGAGTTATTGGAATAATTGA 898
Query 952 CTGGGAATTGTCCACGCTTGGGAACCAAATGTGTGATGTTGCATACAGCTGCATGCATTA 1011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 899 CTGGGAATTGTCCACGCTTGGGAACCAAATGTGTGATGTTGCATACAGCTGTATGCATTA 958
Query 1012 CATTGTGAATGTTCAGCTCGATAAGGAGCATGTTAGTGAAGGTTTTGAAACTACTGGGCT 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 959 CATTGTGAATGTTCAGCTCGATAAGGAGCATGTTAGTGAAGGTCTTGAAACTACTGGGCT 1018
Query 1072 TCCAGAAGGAATGCTTTCGATGCCAGAATTTCTCTTAGAATACTGTTCTGCATCGGGAAA 1131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TCCAGAAGGAATGCTTTCGATGCCAGAATTTCTCTTAGAATACTGTTCTGCATCGGGAAA 1078
Query 1132 ACCATGGCCTGCTGCAAACTGGAAGTTCTACGTAGCGTTCTCCTTATTTCGGGCTGCTTC 1191
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1079 ACCATGGCCTGCTGCAAACTGGAAGTTCTACGTAGCGTTCTCTTTATTTCGGGCTGCTTC 1138
Query 1192 AATCTACACAGGGGTGTACAGTAGATGGTTAATGGGGAATGCTTCTGCCGGTGAAAGAGC 1251
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1139 AATCTACACAGGGGTGTACAACAGATGGTTAATGGGGAATGCTTCTGCCGGTGAACGAGC 1198
Query 1252 GCGAAATACAGGGGTTCAAGCTAATGAGCTTGTAGAGTCTGCCTTGGGTTATATTGCACG 1311
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TCGAAATACAGGGGTTCAAGCTAATGAGCTTGTAGAGTCTGCCTTGGGTTATATTGCACG 1258
Query 1312 TGAAAATGTTCTTCCAGAACACCCTCCATCTGTTCAAAGAGACGTGT-CTCCGTCGTATG 1370
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||
Sbjct 1259 TGAAAATGTTCTTCCAGGACACCCTCCATCTGTTCAAAGAGACATGTCCT-CGTCGTATG 1317
Query 1371 AAAGCCTTGTGGATGGAAGCGGGAGATTCATCCCCAACAGAAAAGTATTGGAGTTAAGGC 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 AAAGCCTTGTGGATGGAAGCGGGAGATTCATCCCCAACAGAAAAGTATTGGAGTTAAGGC 1377
Query 1431 AGAAGTTGATCAAGTTTATGGAAACTCATATCTACCCAATGGAAAACGAGTTCTCCAAAC 1490
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1378 AGAAGTTGATCAAGTTTATGGAAACTCACATCTACCCAATGGAAAAGGAGTTCTCCAAAC 1437
Query 1491 TTGCTCAATCAGATATGCGATGGACCGTTCACCCTC-AGGAGGAAAAGTTAAAGGAAATG 1549
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TTGCCCAATCAGATATGCGATGGACCGTTCACCC-CGAGGAGGAAAAGTTAAAGGAAATG 1496
Query 1550 GCAAAGAGAGAAGGCCTATGGAACTTATTTGTTCCTGTAGATAGTGCTGCTAGAGCTAGA 1609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1497 GCAAAGAGAGAAGGCCTATGGAACTTATTTGTTCCTGTAGATAGTGCTGCTAGAGCCAGA 1556
Query 1610 AGAGAACTGGCGGCTACCGAGAATAAACATAACCTCTCGGGCAAGTCTTTTGATCAATTG 1669
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1557 AGAGAACTGGCGGCTACCGATAATAAACATAATCTCTCGAGCAGGTCTTTTGATCAATTG 1616
Query 1670 TTTGGTGAGGGCCTCACGAACCTGGAGTATGGTTACCTTTGTGAGATCATGGGTCGTTCT 1729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TTTGGTGAGGGCCTCACGAACCTGGAGTATGGTTACCTTTGTGAGATCATGGGTCGTTCT 1676
Query 1730 GTTTGGGCTCCACAGGTGTTTAACTGTGGTGCACCAGATACTGGAAACATGGAGGTGATA 1789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GTTTGGGCTCCACAGGTGTTTAACTGTGGTGCACCAGATACTGGAAACATGGAGGTGATA 1736
Query 1790 CTGCGGTATGGTAACAAAGAACAAATTTCTGAATGGCTTATTCCGTTGCTCGAGGGAAGA 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CTGCGGTATGGTAACAAAGAACAAATTTCTGAATGGCTTATTCCGTTGCTCGAGGGAAGA 1796
Query 1850 ATTCGTTCTGGATTTGCTATGACTGAGCCACAAGTTGCATCGTCTGATGCAACCAATATT 1909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 ATTCGTTCTGGATTTGCTATGACTGAGCCACAAGTTGCATCGTCTGATGCAACCAATATT 1856
Query 1910 GAATGCTCTATCCGAAGACAAGGTGATTCATACGTCATTAATGGCACAAAATGGTGGACA 1969
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GAGTGCTCTATCCGAAGACAAGGTGATTCATACGTCATTAATGGCACAAAATGGTGGACA 1916
Query 1970 AGTGGAGCTATGGATCCCAGGTGCAGAGTCCTTATTCTCATGGGAAAAACTGATTTCAAC 2029
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1917 AGTGGAGCTATGGATCCCAGGTGCAGAGTCCTTATTCTCATGGGCAAAACTGATTTCAAC 1976
Query 2030 GCCCCAAAACATAAGCAGCAGTCTATGATATTAGTGGACATGCGGACTCCAGGTATAAGT 2089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1977 GCCCCAAAACATAAGCAGCAGTCTATGATATTAGTGGACATGCAGACTCCAGGTATACGT 2036
Query 2090 GTGAAGAGGCCTCTCACAGTGTTTGGTTTTGATGACGCACCTCATGGACATGCTGAAATT 2149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 GTGAAGAGGCCTCTCACAGTGTTTGGTTTTGATGACGCACCTCATGGACATGCTGAAATT 2096
Query 2150 TCTTTTGAAAATGTGGTTGTCCCGGCGAAGAACATTCTCCTTGGAGAAGGCCGAGGATTC 2209
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TCTTTTGAAAATGTGGTTGTCCCGGCAAAGAACATTCTTCTTGGAGAAGGCCGAGGATTC 2156
Query 2210 GAGATTGCTCAGGGTAGGTTAGGCCCTGGAAGACTGCACCATTGCATGAGACTAATAGGT 2269
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GAAATTGCTCAGGGTAGGTTAGGCCCTGGAAGACTGCACCATTGCATGAGACTAATAGGT 2216
Query 2270 GCAGCAGAGCGTGGAATGGAGCTAATGGCTCAAAGAGCTCTGAGTAGAAAAACTTTTGGG 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2217 GCAGCAGAGCGTGGAATGGAGCTAATGGCTCAAAGAGCTCTTAGTAGGAAAACTTTTGGG 2276
Query 2330 AAGTTCATTGCGCAGCACGGTTCTTTCGTCTCTGATCTTGCAAAGTTACGGGTAGAGCTA 2389
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 AAGTTCATTGCGCAGCACGGTTCTTTTGTCTCTGATCTTGCAAAGTTACGGGTAGAGCTA 2336
Query 2390 GAAGGAACCCGATTGTTGGTTCTAGAAGCTGCTGATCATCTTGATAAATTTGGAAACAAA 2449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GAAGGAACCCGATTGTTGGTTCTAGAAGCTGCTGATCATCTTGATAAATTTGGAAACAAA 2396
Query 2450 AAAGCTCGAGGAATTCTCGCAATGGCCAAGGTTGCAGCTCCAAACATGGCATTGAAGGTA 2509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 AAAGCTCGAGGAATTCTCGCAATGGCCAAGGTTGCAGCTCCAAACATGGCATTGAAGGTA 2456
Query 2510 CTAGACACGGCAATACAAGTTCATGGAGCAGCCGGTGTATCCTCGGACACAGTTTTAGCG 2569
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 CTGGACACAGCAATACAAGTTCATGGAGCAGCCGGTGTATCCTCGGACACAGTTTTAGCA 2516
Query 2570 CATTTGTGGGCTACAGCTAGAACACTGAGGATTGCTGATGGACCTGATGAGGTTCATCTT 2629
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CATCTGTGGGCTACAGCTAGAACATTGAGGATTGCTGATGGACCTGATGAGGTTCATCTT 2576
Query 2630 GGGACCATTGGCAAGTTAGAACTGCAAAGAGCTTCAAAGCTTTAAAGCGTTTTGGGATAT 2689
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2577 GGGACCATTGGCAAGTTAGAACTGCAAAAAGCTTCAAAGCTTTAAAGCGTTTTCGGATCT 2636
Query 2690 GCGAATTCGATTCTCAGAATAAGAT 2714
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 GCGAATTCGATTCTCAGAATAAGAT 2661
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107604942125
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5