BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06860.1
Length=2575
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478006 jgi|Araly1|478006|fgenesh2_kg.3__707__AT3G06860.1 4084 0.0
> Ahg478006 jgi|Araly1|478006|fgenesh2_kg.3__707__AT3G06860.1
Length=2540
Score = 4084 bits (2211), Expect = 0.0
Identities = 2450/2562 (96%), Gaps = 29/2562 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TTTTTCATTAATTCCGAAAATTTTGACTCGCAAAATCTCAACGAAGCTCG-AAAATGGAT 63
|||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 TTTTTCATCAATTCCG-AAATTTTGACTCGC--AATCTCAACGAAGCTCGAAAAATGGAT 57
Query 64 TCACGAACCAAGGGGAAGACGGTGATGGAAGTTGGTGGCGATGGCGTTGCCGTCATAACA 123
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 58 TCACGAACTAAGGGGAAGACGGTGATGGAAGTTGGTGGCGATGGCGTTGCGGTCATAACA 117
Query 124 CTCATCAATCCTCCCGTCAATTCTCTATCCTTCGACGTGCTATACAATCTCAAAAGTAAT 183
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 CTCATCAACCCTCCCGTCAATTCTCTATCTTTCGACGTGCTATACAATCTCAAAAGTAAT 177
Query 184 TACGAGGAGGCCTTGAGCAGGAATGATGTTAAAGCTATTGTTATTACTGGTGCAAAGGGG 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||
Sbjct 178 TACGAGGAGGCCTTGAGCAGGAATGATGTTAAAGCTATTGTTATTAC-GG-G----GGGA 231
Query 244 AGGTTCTCTGGTGGCTTTGATATATCTGGTTTTGGTGAAATGCAGAAGGGGAATGTCAAA 303
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||
Sbjct 232 AGGTTCTCTGGTGGCTTTGATATATCTGGTTTTGGTGAAATGCAGAAGGGGACTATGAAA 291
Query 304 GAGCCAAAGGCTGGTTACATTTCGATTGACATCATAACCGACTTGCTTGAAGCTGCTAGG 363
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 292 GAGCCAAAGGCTGGATACATTTCGATTGACATCATAACCGACTTGCTTGAAGCTGCAAGG 351
Query 364 AAACCGTCTGTCGCTGCCATTGATGGACTTGCCTTGGGAGGAGGATTAGAACTTGCTATG 423
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 352 AAACCGTCTGTCGCTGCCATTGATGGGCTTGCCTTGGGAGGAGGATTAGAACTTGCCATG 411
Query 424 GCTTGTCATGCTAGGATATCAGCTCCTGCTGCACAGTTAGGCTTGCCTGAGCTGCAACTT 483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 GCTTGTCATGCTAGGATATCAGCTCCTGCTGCACAGTTAGGCTTGCCTGAGCTGCAACTT 471
Query 484 GGTGTTATTCCTGGTTTTGGAGGAACGCAGCGTCTCCCGCGTCTTGTTGGTCTCACCAAA 543
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 GGTGTTATTCCTGGTTTTGGAGGAACGCAGCGTCTTCCGCGTCTTGTTGGTCTCACCAAA 531
Query 544 GCCCTTGAAATGATTTTGACATCTAAGCCAGTTAAAGCTGAGGAAGGTCATTCTTTGGGT 603
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 532 GCCCTTGAAATGATTTTGATATCTAAGCCAGTTAAAGCTGAAGAAGGTCATTCTTTGGGT 591
Query 604 CTTATTGATGCTGTGGTGCCACCTGCGGAGTTAGTAACCACTGCTCGTCGCTGGGCCCTT 663
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 CTTATTGATGCTGTGGTGCCACCTGCGGAGTTACTAACCACTGCTCGTCGCTGGGCCCTT 651
Query 664 GACATAGTCGGGAGGAGAAAACCATGGGTATCTAGTGTTTCCAAGACTGATAAGTTACCT 723
|||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 GACATAGTTGAGAGGAGAAAACCATGGGTTTCTAGTGTTTCCAAGACTGATAAGTTACCT 711
Query 724 CCTCTTGGAGAGGCAAGGGAGATACTGACGTTTGCCAAGGCACAGACACTCAAGCGTGCC 783
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||
Sbjct 712 TCTCTTGGAGAGGCAAGGGAAATACTGAAGTTTGCCAGGGGACAGACACAGAAGCGAGCC 771
Query 784 CCCAATATGAAACACCCTTTAATGTGCCTTGACGCTATTGAAGTAGGTATTGTTTCTGGT 843
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 772 CCCAATATGAAACACCCTTTGATGTGCCTTGACGCTATCGAAGTAGGTATTGTTTCTGGT 831
Query 844 CCAAGGGCTGGTTTAGAAAAGGAAGCTGAAGTCGCCTCACAAGTGGTAAAACTGGATACC 903
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 832 CCAAGGGCTGGTTTAGAAAAGGAGGCTGAAGTCGCCTCACAAGTGGTTAACCTGGATACC 891
Query 904 ACCAAAGGCTTGATCCACGTCTTCTTTTCTCAGCGAGGAACTGCTAAGGTTCCTGGAGTT 963
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 892 ACCAAAAGCTTGATCCATGTCTTCTTTTCTCAGCGAGGAACTACTAAGGTTCCTGGAGTT 951
Query 964 ACTGATCGTGGGTTGGTGCCAAGGAAGATTAAGAAGGTAGCCATAATTGGAGGCGGGTTG 1023
||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 952 ACTGATCGTGGATTGGCGCCAAGAAAGATTAAGAAGGTAGCCATAATTGGCGGCGGGTTA 1011
Query 1024 ATGGGATCTGGAATAGCTACTGCGTTGATCCTAAGTAACTATCCAGTGATTCTCAAGGAG 1083
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1012 ATGGGATCTGGAATAGCCACTGCACTGATCCTAAGTAACTATCCAGTGGTTCTCAAGGAG 1071
Query 1084 GTAAATGAGAAATTCCTGGAGGCTGGAATTGGCAGAGTTAAAGCTAATCTCCAGAGCCGT 1143
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 GTAAATGAGAAATTCCTGGAGGCTGGAATTGGCAGAGTCAAAGCTAATCTCCAGAGCCGT 1131
Query 1144 GTAAGGAAGGGAAGCATGTCTCAGGAAAAGTTTGAGAAAACCATGTCTCTCCTTAAGGGT 1203
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GTAAGGAAAGGAAGCATGTCTCAGGAAAAGTTTGAGAAAACCATGTCTCTCCTTAAGGGC 1191
Query 1204 TCTCTTGATTATGAAAGCTTTAGAGATGTGGACATGGTCATTGAGGCTGTTATTGAGAAT 1263
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TCTCTTGATTATGAAAGCTTTAGGGATGTGGACATGGTCATTGAGGCTGTTATTGAGAAT 1251
Query 1264 ATATCTTTGAAGCAACAAATTTTTGCTGATCTGGAGAAATACTGTCCTCAGCATTGTATC 1323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 ATATCTTTGAAGCAACAAATTTTTGCTGATCTGGAGAAATACTGTCCTCAGCATTGTATC 1311
Query 1324 CTTGCTAGCAACACATCGACCATTGACTTGAACAAAATTGGGGAGCGGACCAAGTCTCAG 1383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 CTTGCTAGCAACACATCGACCATTGACTTGAACAAAATTGGGGAGCGGACCAAGTCTCAG 1371
Query 1384 GATCGAATTGTTGGAGCACATTTTTTCAGTCCAGCACATATCATGCCGCTACTTGAAATA 1443
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GATCGAATTGTTGGAGCACATTTTTTCAGCCCAGCACATATCATGCCGCTACTTGAAATA 1431
Query 1444 GTTCGGACCAATCATACCTCTGCCCAAGTAATTGTTGACCTGTTAGATGTTGGGAAGAAG 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 GTTCGGACCAATCATACCTCTGCCCAAGTAATTGTCGACCTGTTAGATGTTGGGAAGAAG 1491
Query 1504 ATTAAGAAAACACCAGTTGTGGTGGGAAACTGCACAGGGTTTGCAGTGAATAGGATGTTC 1563
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 ATTAAGAAAACACCAGTCGTGGTGGGAAACTGCACAGGGTTTGCAGTGAATAGGATGTTC 1551
Query 1564 TTCCCTTACACACAGGCAGCTATGTTCCTTGTTGAGTGTGGAGCAGATCCATATCTAATC 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 TTCCCTTACACACAGGCAGCTATGTTCCTTGTTGAGTGTGGAGCAGATCCATATCTAATC 1611
Query 1624 GACAGGGCAATCAGCAAGTTTGGAATGCCAATGGGTCCCTTCAGACTGTGTGACCTGGTT 1683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1612 GACAGGGCAATCAGCAAGTTTGGAATGCCAATGGGTCCCTTCAGATTGTGTGACCTGGTT 1671
Query 1684 GGATTTGGTGTGGCGATTGCAACCGCAACGCAGTTTATCGAGAACTTCTCAGAACGGACT 1743
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 GGATTTGGTGTGGCGATTGCAACCGCAACGCAATTCATCGAGAACTTCTCAGAACGGACA 1731
Query 1744 TACAAATCAATGATTATTCCACTTATGCAAGAGGACAAGAGAGCTGGTGAAGCCACTCGC 1803
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1732 TACAAATCAATGATTATCCCACTTATGCAAGAGGACAAGAGAGCTGGCGAAGCCACTCGC 1791
Query 1804 AAAGGTTTCTATTTGTATGATGATAAGCGCAAGGCGAAACCTGATCCTGAGCTAAAGAAA 1863
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 AAAGGTTTCTATTTGTATGATGATAAGCGCAAGGCTAAACCTGATCCTGAGCTAAAGAAA 1851
Query 1864 TATATCGAAAAGGCAAGAAGCATATCTGGAGTAAAGCTTGACCCTAAGTTGGCGAATTTG 1923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 TATATCGAAAAGGCAAGAAGCATATCTGGAGTAAAGCTTGACCCTAAGTTGGCGAATTTG 1911
Query 1924 TCGGAGAAGGACATTATTGAAATGACATTCTTCCCAGTAGTAAACGAGGCGTGTAGGGTT 1983
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 TCGGAGAAGGAAATTATTGAAATGACATTTTTCCCAGTAGTAAACGAGGCGTGTAGGGTT 1971
Query 1984 TTTGCTGAAGGTATCGCTGTCAAAGCAGCAGACCTTGACATTGCTGGCATAATGGGAATG 2043
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 TTTGCTGAAGGTATTGCTGTCAAAGCAGCAGACCTTGACATTGCTGGCATAATGGGAATG 2031
Query 2044 GGTTTTCCACCTTACAGAGGAGGAATCATGTTCTGGGCTGATTCCATCGGATCGAAATAC 2103
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GGTTTTCCACCTTATAGAGGAGGAATCATGTTCTGGGCTGATTCCATCGGATCGAAATAC 2091
Query 2104 ATTTACTCGAGGCTGGATGAGTGGTCGAAGGCTTATGGTGAATTCTTCAAGCCTTGTGCT 2163
|| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 ATATACTCGAGGCTGGATGAGTGGTCAAAGATTTATGGTGAATTCTTCAAGCCTTGTGCT 2151
Query 2164 TTTTTGGCTGAGAGGGGATCTAAAGGAGTTCTTTTGAGCGCTCCCGTGAAACAAGCCAGC 2223
||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2152 TTTTTGGCTGAAAGGGGATCTAAAGGAGTTCCACTGAGCGCTCCAGTGAAACAAGCCAGT 2211
Query 2224 TCACGGTTGTAAGGTCAGCGTTTCAGTGGAACCATTTCTCCATTGGTGCATCTTCTGTGT 2283
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 TCACGGTTGTAAGGTCAGCGTTTCTGCGGAACCATTTCTCCATTGGTGCATCTTCTGTGT 2271
Query 2284 TTTCTTTATGTTCACATTTTACTTAGCCGGGAAGTGGGTATCTTTTGGCCT-CAGAAGCT 2342
||||||||||| |||||||||||| | || | | |||||||||| ||||||||
Sbjct 2272 TTTCTTTATGTCCACATTTTACTT-G--GG-A--T------CTTTTGGCCTTCAGAAGCT 2319
Query 2343 TTTAAATAAAGTCTCATCTCAGACATATGAATCTGGGAGGAAGTAGGGATTAAGTTGTAG 2402
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2320 TTTAAATAAAGTCTCATCTCAGACATATGGATCTGGGAGAAAGTAGGGATTAAGTTGTAG 2379
Query 2403 TAGCAATAAGATTTGTTTTATGTTGTGCTTTGTCATACAACAAAGTTGTCAGATACATTT 2462
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2380 TAGCAATAAGATTTCTTTTATGTTATGCTTTGTCATACAACAAAGTTGTCAGATACATTT 2439
Query 2463 GTTGTTATAAAGCTAT-AT--GGAGT-AAGTTCTATGATTTAATGATAATGTTGTCATTT 2518
|||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2440 GTTGTTATAAAGCTATTATATGGAGTTAAGTTCTATGATTTATTGATAATGTTGTCATAT 2499
Query 2519 GACAAATCAGTTAAAAT-AAATTGTGAATCAATATGGAATTA 2559
||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2500 GACAA-TCAGTTAAAATTAAATAGTGAATCAATATGGAATTA 2540
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97092034505
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5