BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G06880.2
Length=3956
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478008 jgi|Araly1|478008|fgenesh2_kg.3__709__AT3G06880.1 1567 0.0
> Ahg478008 jgi|Araly1|478008|fgenesh2_kg.3__709__AT3G06880.1
Length=3335
Score = 1567 bits (848), Expect = 0.0
Identities = 986/1052 (94%), Gaps = 12/1052 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 883 AACCTG-CAGGAAGATTACAATGCAGAGCCTGGAAAAAGTACAAGAGTCAGATGCCTTAA 941
|||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 738 AACCTGTGAGGAAGATTACAATCCAGAGCTTGGAAAAAGTACAAGAGTCAGATGCCTTAA 797
Query 942 TGAATTCTTGAACGAGTCTCAGCCAGATACTAGAGAAGACATTGGCACGGACACATTAGC 1001
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 798 TGAATTCTTGAACGAGTCTCAGCTAGATACTAGAGAAGACGTTGGCACGGACACATTAGC 857
Query 1002 AAACATCTTCTGTGTTTCCCAACAACAAGCTCACAAGGAAGCAAACAAAGCTTATAATGA 1061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 858 AAACATCTTCTGTGTTTCCCAACAACAAGCTCACAAGGAAG----C--A---TATAATGA 908
Query 1062 GGACACATTAGCCAACAGATCCAGCAGTTTTATCGGTAATTTTAACCGTTCTATCTTTGA 1121
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 909 GGACACATTAGCCAACAGATCCCGCAGTTCTATCGGTAATTTTAACCATTCCATCTTTGA 968
Query 1122 AATTCAGGCTCAACAATCAAAGACAACTTGGAATACCCACTTAGAAGATGCATCTTCTTT 1181
||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 969 TATTCAGGATCAACAATCAAAGACAAATTTGTATACCCACTTAGAAGATGCCTCTTCTTT 1028
Query 1182 GAGGCAACTAGATTTGGAAGAAATATCAGTATTTGGACAAAAAGGGTCCATAAGTTTTGA 1241
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1029 GAGGCAACTAGATTTGGAAGAAATCTCAGTATTTGGACATAAAGGGTCCATAACTTTTGA 1088
Query 1242 AGGAATGAGGAGAAATTTGCAGACCAAAAAACGAGGGAATGGACTTGAGACGCTTTCTAG 1301
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||| ||||||
Sbjct 1089 AGCAATGAGGAGAAATTTGCAGACCAAAAAACGAGGAAATGGGCATGAAACGCATTCTAG 1148
Query 1302 AAGAGCTCCAACAATGGATTTATGGATGAACCTTCAGAGCTTGATAAAGGAAGTGTTAGG 1361
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1149 AAGAGCTCCAACAATGGATTTATGGAAGAACCTTCAGAGCTTGATTAAGGAAGTGTTAGG 1208
Query 1362 GAATGCAGATGAGAAATATGTCTCAGAGGTTACAATGATATATCAAATGCTGAACAGGAA 1421
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1209 GAATGCAGATGAGAAATATGTCTCAGAGGTTACAATGATATATCAAATGCTGAATAGAAA 1268
Query 1422 AGAAGGATTCAAGTATAGCATGCTAAAAGATGTCATTCTGGATCAGCTGTTTACGGCTAT 1481
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 AGAAGGATTCAAATATAGAATGCTAAAAGATGTCATACTGGATCAGCTGTTTACGGCTAT 1328
Query 1482 TTCTAGTTCCGAGGAGAAGACCGTGATTAAGGCGTCGATGACGGCACTTACCAAGATCAT 1541
||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1329 TTCTAATTCCGAGGAGAAAACCGTGATTAAAGCATCGATGACCGCACTTACCAAGATCAT 1388
Query 1542 ATCAGTTAATAGAACAGCTCTTGAGGAGGTCAAAAGGAAGGGTTTAAATTTAAGTCATTT 1601
|||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1389 ATCAGTCAATAGAACAGCTCTCGAGGAGGTCAAGAGGAAAGGTTTAAATCTAAGTCATTT 1448
Query 1602 AGCAAATGCTCTCAAACAAAATGTGCAAGAAGCAGCTATTCTCATCTACCTGATAAAGCC 1661
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 AGCAAATGCTCTGAAACAAAATGTGCAAGAAGCAGCTATTCTCATCTACCTGATAAAGCC 1508
Query 1662 ATCTCCAACAGAAATAAAGAGTCTTGAGCTTTTACCAGCTCTTGTTGATGTTGTTGCATC 1721
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1509 ATCTCCAACAGAAATAAAGAGTCTTGAGCTATTACCAGCTCTTGTAGATGTTGTTGCATC 1568
Query 1722 CACTTCTTCTTCATCTTCTTGTTACACATTTATACCTTCACCTTCT-TATTTGACGCCGC 1780
|||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| || | ||||||||| |
Sbjct 1569 CACTTCTTCTTCCCCTTCTTCTTACACATTTAGACCTTCACCGCCTCT-TTTGACGCCCC 1627
Query 1781 CTGCAGCATCATTGATGATAATTGAAGTGCTTATCACTGCTTTTGATCATGCTACAAACA 1840
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628 CTGCAGCATCATTGATGATAATTGAAGTGCTTATTACTGCTTTTGATCATGCTACAAACA 1687
Query 1841 CAATGCACTTGGCTGCAATCAGCTCTCCTTCTGTCCTTTGTGGACTTCTTGATGTTGCAA 1900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1688 CAATGCACTTGGCTGCAATCAGCTCTCCTTCTGTCCTTTGTGGACTTCTGGACGTTGCAA 1747
Query 1901 AGAGTGGAAACTCAGGGGAATTCATCTCCTTG 1932
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 AGAGTGGAAACTCAGGGGAATTCATCTCCTTG 1779
Score = 1206 bits (653), Expect = 0.0
Identities = 708/735 (96%), Gaps = 1/735 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2931 AGAGATGCATCAATCTGGCAGTGGAGCTGTAACAGCACTCATCTACCATAAAGGCTTGCT 2990
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 AGAGATGCATCAATCTGGAAGTGGAGCTGTAACAGCACTCATCTACCATAAAGGCTTGCT 2591
Query 2991 CTTTAGTGGATTCTCAGATGGTTCAATCAGGGTGTGGAATGTGAATAAGAAAATAGCTAC 3050
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2592 CTTTAGTGGATACTCAGATGGTTCAATCAGGGTGTGGAATGTGAATAAGAAATTAGCTAC 2651
Query 3051 GCTTTTATGGGACATCAAGGAGCACAAAAGCACAGTAACATGCTTTTCACTCTCTGAAAC 3110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2652 AATTTTATGGGACATCAAGGAGCACAAAAGCACAGTAACATGCTTTTCACTCTCTGAAGC 2711
Query 3111 AGGAGAGTGTGTCTTAAGTGGATCAGCAGATAAAACTATCAGGGTATGGCAGATAGTTAA 3170
||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2712 AGGGGAGAGTGTCTTAAGTGGATCTGCAGATAAAACTATCAGGGCATGGCAGATAGTTAA 2771
Query 3171 AGGAAAACTGGAATGTGCTGAAGTCATAAAAACAAAAGATTCAATAAGGAAACTGGAAGC 3230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 AGGAAAACTGGAATGTGCTGAAGTCATAAAAACAAAAGATTCAATAAGGAAACTGGAAGC 2831
Query 3231 ATTCGGAAATATGATCTTTGTTATAACAAAAGGGCACAAGATGAAGCTGCTTGATTCATC 3290
|||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2832 ATTCGGAAGTATGATCTTTGTAATAACCAAAGGGCAGAAGATGAAGCTGCTTGATTCATT 2891
Query 3291 AAGAATATCTCAAAGTATCTTCAAAGGTAAAGGTGTGAAGAGTATGGTATCAGCTCAAGG 3350
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2892 AAGAACATCTCAAAGTATCTTCAAAGGTAAAGGTGTGAAGAGTATGGTAGCAGCTCAAGG 2951
Query 3351 AAAGATTTATATAGGATGCATAGATACAAGTATACAGGAATTAATTGTTGCAAATAAACG 3410
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2952 AAAGATTTATATAGGATGCATAGATACAAGCATACAGGAATTAATTGTTACAAATAAACG 3011
Query 3411 GGAGAAAGAGATTAAAGCACCGACGAGGAGCTGGAGACTTCAAAACAAGCCTATCAATTC 3470
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3012 GGAGAAAGAGATCAAAGCACCGACGAGGAGCTGGAGAATTCAAAACAAGCCTATCAATTC 3071
Query 3471 AGTGGTTGTGTACAAAGATATGTTATATAGCTCAAGCACATATGTTGAGATGTCTAATAT 3530
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3072 AGTGGTTGTGTACAAAGATATGTTATATAGCTCAAGTACACATGTTGAGATGTCTAATAT 3131
Query 3531 AAAGGATCTGAGAAGGAACTATGAGCCCCAAATGTCAATAACAGCAGAAAAGGGGTCTAA 3590
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3132 AAAGGATTTGAGAAGGAATTATGAGCCCCAAATGTCAATAACAGCAGAAAAGGGGTCTAA 3191
Query 3591 TATAGTAGCAATGGGTGTTGTTGAAGACTTCATCTACCTGAATCGAAGTTCATCCGCAAA 3650
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3192 TATAGTAGCAATGGGTGTGGTTGAAGACTTCATCTACCTGAATCGAAGTTCATCCGCAAA 3251
Query 3651 CACTCTTCAG-ATTT 3664
|||||||||| ||||
Sbjct 3252 CACTCTTCAGCATTT 3266
Score = 1162 bits (629), Expect = 0.0
Identities = 715/756 (95%), Gaps = 7/756 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTACCTTTCATCTTCTCAATCGACTTTTATCTCATGTAGTGAGAATTCATCTCTT 60
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTACCTTTCATCTTCTCAATCGAGTTTTATCTCATGTAATGAGAATTCATCTCTT 60
Query 61 GATTCGATTCTAGTTTCAATCAACGTCTACATCCTCGGCGTCATATCAGACCCTGAAGCA 120
|| |||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 61 GACTCGATTCTAGTTTCGATCAACGACTACATTCTTGGCGTGATATCAGACCCCGAAGCA 120
Query 121 TGGATTTCGCTTAAGCAGAAATGCATCACATTGCTCAGCATTGAAGAAGATAATACTCTG 180
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 TGGATTTCGCTTAAGAAGAAATGCATCACATTGCTCAGCATTGAAGAAGATAACACTCTG 180
Query 181 TTTGA--A-TTCTCCTCTGAACACTCTGCTCTCTCCAATCTCTATTGGGGAATCGATAGC 237
||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTGATGATTTCTCTTCTGAACACTCTGCTCTCTCGAATCTCTATTGGGGAATCGATAGC 240
Query 238 ATCGAAGCTTCTATACATCCCGAATGCTCAGAAGAAAAGACGTCTCGTCTGAGAAACTCA 297
|||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCGAAACGTCTATACACCCCGAATGCTCAGAAGAGAAGACGTCTCGTCTGAGAAACTCA 300
Query 298 GAGAGAATGCTTCAAATGCCTGCGTTGCTTGACGAACAAGGGACCACCACTTCTGGTGTT 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 GAGAGAATGCTTCAAATGCCTGCGTTGCTTGACGAACAAGGGACCACTACTTCTGGTGTT 360
Query 358 CCAAACACAGTCTTGATTTCTTTCTCTTACTTTTACCTCTCCATTGTAAGCTATCTTCAA 417
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 CCAAACACAATCTTGGTTTCTTTCTCTTACTTTTACCCCTCCATTGTAAGCTATCTCCAA 420
Query 418 GGTGATTCCTTGCAGTCCACATTGCATTTTCTGCAGTCGGTTTTGGTCTCGCCGGAGATT 477
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 GGTGATTCCTTGCAGTCCACATTGCACTTTCTCCAGTCAGTTTTGGTCTCGCCGGAAATT 480
Query 478 GTAAGAACCGACATTGCCCCTGAACTCTGCGAGAGCATTTTCTTCACTCCTGGTGTGTAC 537
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTAAGAACCGACATTGCCCCTGAACTTTGCGAGAGCATTTTCTTCACTCCTGGTGTGTAC 540
Query 538 AAGTCAGATGAAGAGATCAGAGAGATTGCAAGAAAGTATAAATACAGAGCAACTTATTAC 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AAGTCAGATGAAGAGATCAGAGAGATTGCAAGAAAGTATAAATACAGAGCAACTTATTAC 600
Query 598 CAAGTTATGTCCTATGGAGAGACTCATCAGCCGCCACGTGAATGTATAGAGACA-CCGGT 656
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |
Sbjct 601 CAGGTTATGTCCTATGGAGAGACTCATCAGCCGCCACGTGAATGTACAGAGA-AGCCGCT 659
Query 657 TAGAAGGCAGAAGGAATATGGGCAAGAAATATTTGCGGCTAATGCACATTCAGTTGCAGA 716
|||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAGAAGTCAGAAGAAATATGGGCAAGAATTATTTGCGGCTAATGCACATTCAGTTGCAGA 719
Query 717 GAAGCTAGAGTTGTCAGAAACTTGTGAG-AAG-TTA 750
||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 720 GAAGCTAGAGTTGTCAGAAACCTGTGAGGAAGATTA 755
Score = 981 bits (531), Expect = 0.0
Identities = 573/594 (96%), Gaps = 0/594 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2183 AGGGTGATCACAAACTCTTTGCAGCAGATATATTGCTTCAGTTAAATGCACTGGATTCTC 2242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1940 AGGGTGATCACAAACTCTTTGCAGCAGATATATTGCTTCAGTTGAATGCACTGGATTCCC 1999
Query 2243 CACCTGAGAACAAAAAGTACAGAAATGAAGCTACCAGAGCTCTACTTGATGCAGTTACAT 2302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 CACCTGAGAACAAAAAGTACAGAAATGAAGCTACCAGAGCTCTACTTGATGCAGTTACAT 2059
Query 2303 ATAGTGAAGGTTCAAATATGCAGCTTTTATCAACGTTCATTCTTGCGAATATCGGTGGAA 2362
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||| |||||||
Sbjct 2060 ATAGTGAAGGTTCAAATATGCAGCTTTTATCAACATTGATACTTTCGAATATTGGTGGAA 2119
Query 2363 CTTATTCATGGACAGGAGAACCTTACACTGCTGCTTGGCTAATGAAAAGAGGAGGTCTAA 2422
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2120 CTTATTCATGGACAGGAGAACCATACACTGATGCTTGGCTAATGAAAAGAGGAGGTCTAA 2179
Query 2423 CTTCTATGTCACATATGAATATGATAAGAAACATCAACTGGTCAGATGAATGCTTGCAGG 2482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2180 CTTCTATGTCACATATGAATATGATAAGAAACATCAATTGGTCAGATGAATGCTTACAGG 2239
Query 2483 ATACAGGAATAGATGGATGGTGTTGTAAGATAGCTAGAAGAATTATTGATACAGGCAAAG 2542
|| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2240 ATCCAGGAATAGATGGATGGTGTTGTAAAATAGCAAGACGAATTATTGATACAGGCAAAG 2299
Query 2543 CCACGTTTTGTGGTTTACAAGAAGGGCTAAAGAGTAAAAACAAGAGTGTTTCAAAAGCAT 2602
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 CCACGTTTTGTGGTTTACAAGAAGGGCTAAAGAGTCAGAACAAGAGTGTTTCAAAAGCAT 2359
Query 2603 GTCTTATAGCCATTGCATGGCTCAGTATAGAGATTTCAAAAGGTCCAAATAGTTTAAAAT 2662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2360 GTCTTATAGCCATTGCATGGCTCAGTATAGAGATTTCAAAAGGTCCAAATAGTTTAAAAT 2419
Query 2663 ACTCAGCATGTGAAGTTTTACTTGATGAGGTAGCACAATTTCTCCACCCTGGTTTGGAGC 2722
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2420 ACTCAGCATGTGAAGTCTTACTTGATGAGATAGCACAATTTCTACACCCTGGTTTGGAGC 2479
Query 2723 TTGAAGAAAGACTTCTTGCTTGTATATGCATCTATAATTTTAGCTCTGGCAAAG 2776
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2480 TTGAAGAAAGACTTCTTGCTTGTATATGCATCTACAATTTTAGCTCTGGCAAAG 2533
Score = 176 bits (95), Expect = 1e-42
Identities = 152/176 (86%), Gaps = 17/176 (10%)
Strand=Plus/Plus
Query 1977 GAAGTATATTTATCAGCATACTCGAGTGGCTCCTTTTGCGCATCTCCTGCAAAGCAAAGA 2036
||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 GAAGTATATCTATCAGCATACTCGAGTGACTCGTTTTGCGCATCTCCTGCAAAGCAAAGA 1843
Query 2037 CCAAGAAGAAATTTGCATTGCTCTTCAATTTCTTCATGAGGTCCTGAAGATACCAAGGTC 2096
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | | | | | |
Sbjct 1844 CCAAGAAGAAATGTGCATTGCTCTTCAATTTCTTCATGAAGTC--G----T-C-A-GCT- 1893
Query 2097 ATCAGCAATCAAGATTCTGCAACAGATAAAGAAAGAAGGAAGTTTTGACATTAAGG 2152
|| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894 AT------T-AAGATTCTGCAGCAGATAAAGAAAGAAGGAAGTTTTGACATTAAGG 1942
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 149528204317
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5