BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G07040.1 Length=3073 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg478023 jgi|Araly1|478023|fgenesh2_kg.3__724__AT3G07040.1 4170 0.0 > Ahg478023 jgi|Araly1|478023|fgenesh2_kg.3__724__AT3G07040.1 Length=2817 Score = 4170 bits (2258), Expect = 0.0 Identities = 2493/2609 (96%), Gaps = 6/2609 (0%) Strand=Plus/Plus Query 229 CAAATCGAAGACATTCTCGACGAGTTTGGCTATCACATCCACGGTTATCGTAGCTGCGCC 288 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 184 CAAATCGAAGACATTCTCGACGAGTTTGGCTATCACATCCACGGTTATCGTAGTTGCGCC 243 Query 289 AAAATTTGGCGTGCGTTTCATTTCCCGAGGTATATGTGGGCGAGGCACTCGATAGCTCAA 348 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 244 AAACTTTGGCGTGCGTTTCATTTCCCGAGGTATATGTGGGCGAGGCACTCAATAGCTCAG 303 Query 349 AAGCTAGGAATGGTTAATGTCATGATTCAATCCATTTCTGATTCCATGAAAAGGTACTAT 408 ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 304 AAGCTAGGAGTGGTGAATGTCATGATTCAATCCATTTCTGATTCCATGAAAAGGTACTAT 363 Query 409 CATTCAGAAAACTACCAAGCAGCATTATTACCGCCTATTGATGATGGCGATGCAAAGTGG 468 |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 364 CATTCAGAAAACTATCAAGCAGCAATATTATCGCCTATTGATGATGGCGATGCAAAGTGG 423 Query 469 GTGAACAACATCAGTGAGTCATCTCTTTTCTTTAGTGAAAATAGTCTTGTAGGGATTGAT 528 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 424 GTGAACAACATCAGTGAGTCTTCTCTTTTCTTTAGTGAAAATAGTCTTGTAGGGATTGAT 483 Query 529 GCACCCAAGGGAAAGCTCATCGGACGGCTTCTAAGTCCCGAACCTCAGCGGATTGTTGTC 588 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 484 GCACCCAAGGGAAAGCTCATCGGACGGCTTCTAAGTCCGGAACCTCAGCGGATTGTTGTC 543 Query 589 GCGGTGGTTGGGATGGGCGGTTCAGGGAAAACTACACTCTCAGCGAATATCTTCAAGTCT 648 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 544 GCGGTTGTTGGGATGGGCGGTTCAGGGAAGACTACACTCTCGGCGAATATCTTCAAGTCC 603 Query 649 CAAAGTGTGCGGAGGCATTTTGAGTCTTACGCTTGGGTTACAATCTCGAAATCTTATGTG 708 || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 604 CAGAGCGTGCGGAGGCATTTTGAGTGTTACGCTTGGGTTACAATCTCGAAATCTTATGAG 663 Query 709 ATTGAAGATGTGTTTAGGACCATGATCAAGGAGTTTTACAAAGAAGCAGATACACAGATT 768 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| Sbjct 664 ATTGAAGATGTATTTAGGACCATGATCAAGGAGTTCTATAAAGAAGCAGAAACACAGATT 723 Query 769 CCAGCTGAATTATACTCCTTAGGCTACAGAGAGTTGGTGGAAAAACTTGTGGAGTATTTG 828 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 724 CCAGCTGAATTATACTCCTTAGGCTACAGAGAGTTGGTGGAAAAACTTGTGGAGTATTTG 783 Query 829 CAGTCGAAGAGGTACATTGTTGTGCTTGATGATGTATGGACCACTGGTCTATGGAGGGAG 888 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 784 CAGTCAAAGAGGTACATTGTTGTGCTTGATGATGTATGGACCACTGGTCTATGGAGGGAG 843 Query 889 ATAAGTATTGCTTTACCAGATGGTATTTATGGAAGTCGTGTTATGATGACTACTCGGGAC 948 |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 844 ATAAGTATTGCTCTACCAGATGGTATTTACGGAAGTCGTGTTATGATGACCACTCGGGAC 903 Query 949 ATGAACGTGGCTTCTTTCCCATATGGAATTGGGAGCACAAAGCACGAGATTGAGCTCTTA 1008 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| Sbjct 904 ATGAACGTGGCTTCTTTCCCATATGGAATCGGGAGCGGAAAGCATGAGATTGAGCTCTTA 963 Query 1009 AAAGAAGACGAAGCTTGGGTGCTTTTCTCCAACAAAGCTTTTCCGGCAAGTCTTGAGCAA 1068 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 964 AAAGAAGACGAAGCTTGGGTGCTTTTCTCCAACAAAGCTTTTCCGGGAAGTCTTGAGCAA 1023 Query 1069 TGCAGAACGCAGAATTTGGAGCCGATAGCACGAAAATTAGTCGAGAGATGTCAGGGTTTG 1128 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1024 TGCAGAACGCAGAATTTGGAGCCGATAGCACGGAAATTACTCGAGAGATGTCAGGGTTTG 1083 Query 1129 CCATTAGCTATTGCTTCTTTGGGAAGCATGATGTCAACCAAGAAGTTTGAATCAGAATGG 1188 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1084 CCATTAGCTATTGCTTCTTTGGGGAGCATGATGTCAACCAAGAAGTTTGAATCAGAATGG 1143 Query 1189 AAGAAAGTCTACAGTACTTTAAACTGGGAACTGAACAACAATCATGAACTCAAGATTGTT 1248 |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1144 AAGAAAGTCTACAGTACTTTGAATTGGGAATTGAACAACAATCTTGAACTCAAGATTGTT 1203 Query 1249 CGAAGCATTATGTTCCTTAGCTTCAATGATTTGCCATACCCGCTTAAACGTTGTTTCTTA 1308 ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1204 CGAAGCATTTTGTTGCTTAGCTTCAACGATTTACCATACCCGCTTAAACGTTGTTTCTTA 1263 Query 1309 TATTGTTCTCTTTTCCCTGTGAACTATCGGATGAAAAGAAAGAGGCTCATTAGGATGTGG 1368 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| Sbjct 1264 TATTGTTCTCTTTTCCCTGTGAACTATCGGATGAAAAGAAAGAGTCTCGTTAGGATGTGG 1323 Query 1369 ATGGCACAAAGGTTTGTGGAACCGATCAGAGGAGTGAAAGCAGAAGAAGTGGCTGATAGT 1428 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1324 ATGGCACAAAGGTTTGTGGAACCGATCAGAGGAGTGAAAGCAGAAGAAGTGGCTGATAGT 1383 Query 1429 TACCTCAATGAACTTGTTTACAGAAATATGCTTCAAGTTATCTTGTGGAATCCTTTTGGA 1488 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 1384 TACCTCAATGAACTTGTTTACAGAAACATGCTTCAAGTTATCTTGTGGAATCCGTCTGGA 1443 Query 1489 CGACCCAAGGCGTTCAAGATGCATGACGTGATATGGGAGATTGCTCTATCTGTATCCAAA 1548 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1444 CGACCCAAGGCGTTCAAGATGCATGACGTGATATGGGAGATTGCTCTATCTGTATCCAAA 1503 Query 1549 CTTGAGAGGTTCTGTGATGTATATAATGATGACAGTGATGGTGATGATGCTGCAGAAACA 1608 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1504 CTTGAGAGGTTTTGTGATGTATATAATGATGACAGTGATGGTGATGATGCTGCAGAAACA 1563 Query 1609 ATGGAGAATTACGGTAGTCGCCATTTATGCATTCAGAAAGAGATGACACCTGATAGTATA 1668 || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1564 ATAGAGAATTATGGTAGTCGCCATCTATGCATTCAGAAAGAGATGACACCAGATAGTATA 1623 Query 1669 CGTGCAACAAACCTTCACTCTCTTTTGGTTTGCTCTTCTGCTAAACACAAGATGGAATTA 1728 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1624 CGTGCAACAAACCTTCACTCTCTGTTGGTTTGCTCTTCTGCTAAACACAAGATGGACTTA 1683 Query 1729 CTTCCAAGTCTGAACCTTCTGAGAGCCTTAGACCTTGAAGACTCTTCCATCAGCAAGTTA 1788 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1684 CTTCCAAGTCTGAAACTTCTGAGAGCCTTAGACCTTGAAGACTCTGCCATCAGCAAGTTA 1743 Query 1789 CCAGATTGTTTAGTAACTATGTTCAACTTAAAGTACTTGAATTTGTCCAAGACACAGGTG 1848 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1744 CCAGATTGTTTAGTAACTATGTTCAACCTAAAGTACTTGAATTTGTCGAAGACACAGGTA 1803 Query 1849 AAAGAACTGCCAAAAAACTTCCATAAACTCGTCAATTTGGAGACGTTGAACACAAAGCAC 1908 ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 1804 AAAGAACTGCCAAAAGACTTCCATAAACTCATCAATTTGGAGACATTGAATACAAAGCAC 1863 Query 1909 TCCAAGATTGAGGAACTTCCTCTAGGGATGTGGAAATTGAAGAAGTTGCGATATCTCATT 1968 |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| Sbjct 1864 TCCAAGATTGAGGAACTTCCTCCCGGGATGTGGAAGTTGCAGAAGTTGCGTTATCTCATT 1923 Query 1969 ACTTTTCGCCGCAATGAAGGACATGATTCCAATTGGAATTATGTTTTAGGTACAAGGGTT 2028 |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1924 ACTTTTCGGCGCAATGATGGACATGATTCCAATTGGAACTATGTTTTAGGTACAAGGGTT 1983 Query 2029 GTTCCTAAAATCTGGCAGTTGAAGGATTTGCAAGTCATGGACTGCTTCAACGCAGAAGAT 2088 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1984 GTTCCTAAAATCTGGCAGTTGAAGGATTTGCAAGTCATGGACTGCTTCAACGCAGAAGCT 2043 Query 2089 GAGCTTATCAAAAATCTCGGGTGTATGACTCAGCTCACAAGAATAAGTCTTGTCATGGTT 2148 |||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2044 GAGCTTATCAAAAACCTTGGGAATATGACTCAACTCACAAGAATAAGTCTTGTCATGGTT 2103 Query 2149 AGGAGAGAACATGGAAGAGACTTGTGCGATTCACTGAATAAGATTAAAAGAATTCGATTC 2208 ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| |||| ||| Sbjct 2104 AGGAGAGAACATGGAAGAGACTTATGTGATTCACTGAATAAGATTAGAAGACTTCGGTTC 2163 Query 2209 TTATCTTTAACGTCGATTGATGAAGAGGAACCGTTAGAGATAGATGACCTGATCGCAACT 2268 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2164 TTATCTTTAACGTCGATTCATGAAGAGGAACCGTTAGAGATAGATGACCTGATAGCAACT 2223 Query 2269 GCAAGCATTGAGAAGCTCTTTCTTGCTGGGAAACTGGAGAGAGTACCAAGTTGGTTCAAC 2328 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2224 GCAAGCATTGAGAAGCTCTTTCTTGCTGGGAAACTGGAGAGAGTACCAAGTTGGTTCAAC 2283 Query 2329 ACTCTTCAAAACCTTACCTATTTGGGTTTGCGTGGATCTCAGCTACAGGAAAACGCCATT 2388 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| Sbjct 2284 ACCCTTCAAAACCTTACCTATTTGGGTTTGCGTGGATCTCAGTTGCAAGAAAACGCCATT 2343 Query 2389 CTCTCTATCCAAACGCTTCCTAGATTGGTATGGCTTTCATTTTACAATGCATACATGGGA 2448 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2344 CTCTCTATCCAAACGCTTCCTAAATTGGTATGGCTTTCATTTTACAATGCATACATGGGG 2403 Query 2449 CCTAGGTTGCGTTTTGCACAAGGATTTCAGAATCTGAAGATTCTAGAGATAGTTCAGATG 2508 ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2404 CCTAGGTTGTGTTTTGCACAGGGATTTCAAAATCTGAAGATTCTAGAGATAGTTCAGATG 2463 Query 2509 AAACATCTGACAGAAGTTGTTATAGAAGACGGTGCAATGTTTGAGCTTCAGAAGCTTTAT 2568 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2464 AAACATCTGACAGAAGTTGTTATAGAAGATGGTGCAATGTTTGAGCTTCAGAAGCTTTAT 2523 Query 2569 GTCAGGGCTTGTAGAGGGTTAGAGTACG-TACC-AAGAGGAATTGAGAATCTTATAAATC 2626 |||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2524 ATCAGGGCTTGTAGAGGGTTAGAGT-CGGTACCGAA-AGGAATTGAGAATCTAATAAATC 2581 Query 2627 TTCAAGAACTGCATTTGATTCATGTTTCTAATCAGTTAGTAGAACGCATTCGCGGAGAAG 2686 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||| ||||||| | Sbjct 2582 TTCAAGAACTGCATTTGATTCATGTTTCTAATCAGTTGGTGGAGGGGATTAGCGGAGATG 2641 Query 2687 GGAGTGTGGACCGGTCAAGGGTTAAACACATTCCTGCGATTAAGCATTATTTCAGAACTG 2746 | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2642 GAAGTGTAGACCGGTCAAGGGTTAAACACATTCCTGCGATTAAGCATTATTTCAGAACTG 2701 Query 2747 ATAATGGCTCTTTCTATGTGAGCCTCTCATCTT-AGGCGGCCAAGGCAAGCTTCATCATA 2805 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| Sbjct 2702 ATAATGGCTCTTTCTATGTGAGCCTCTCATCTTGAGT-GGCCAAGGCATGCTTCATCATA 2760 Query 2806 CAAGATACTGCACACTGTACTGTGAAAAT 2834 |||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 2761 CAAGATACTGCACATTGCACTGTGAAAAT 2789 Score = 311 bits (168), Expect = 2e-83 Identities = 180/186 (97%), Gaps = 0/186 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCTTCGGCTACTGTTGATTTTGGGATCGGACGGATTCTTAGTGTCCTGGAAAACGAG 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGCTTCGGCTACTGTTGATTTTGGGATCGGACGGATTCTTAGTGTCCTGGAAAACGAG 60 Query 61 ACCTTGTTATTGTCAGGAGTCCATGGTGAGATTGATAAAATGAAGAAGGAGTTGCTGATC 120 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 ACCTTGTTACTGTCAGGAGTCCATGGTGAGATTGATAAAATGAAGAAGGAGTTGCTGATC 120 Query 121 ATGAAGTCCTTTCTTGAGGATACTCATAAACATGGTGGAAATGGATCCACAACAACAACA 180 |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 121 ATGAAGTCTTTTCTTGAGGACACCCATAAACATGGTGGAAATGGATCCATAGCAACAACA 180 Query 181 ACTCAA 186 |||||| Sbjct 181 ACTCAA 186 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 116060976515 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5