BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G07040.1
Length=3073
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478023 jgi|Araly1|478023|fgenesh2_kg.3__724__AT3G07040.1 4170 0.0
> Ahg478023 jgi|Araly1|478023|fgenesh2_kg.3__724__AT3G07040.1
Length=2817
Score = 4170 bits (2258), Expect = 0.0
Identities = 2493/2609 (96%), Gaps = 6/2609 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 229 CAAATCGAAGACATTCTCGACGAGTTTGGCTATCACATCCACGGTTATCGTAGCTGCGCC 288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 184 CAAATCGAAGACATTCTCGACGAGTTTGGCTATCACATCCACGGTTATCGTAGTTGCGCC 243
Query 289 AAAATTTGGCGTGCGTTTCATTTCCCGAGGTATATGTGGGCGAGGCACTCGATAGCTCAA 348
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 244 AAACTTTGGCGTGCGTTTCATTTCCCGAGGTATATGTGGGCGAGGCACTCAATAGCTCAG 303
Query 349 AAGCTAGGAATGGTTAATGTCATGATTCAATCCATTTCTGATTCCATGAAAAGGTACTAT 408
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 AAGCTAGGAGTGGTGAATGTCATGATTCAATCCATTTCTGATTCCATGAAAAGGTACTAT 363
Query 409 CATTCAGAAAACTACCAAGCAGCATTATTACCGCCTATTGATGATGGCGATGCAAAGTGG 468
|||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 364 CATTCAGAAAACTATCAAGCAGCAATATTATCGCCTATTGATGATGGCGATGCAAAGTGG 423
Query 469 GTGAACAACATCAGTGAGTCATCTCTTTTCTTTAGTGAAAATAGTCTTGTAGGGATTGAT 528
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 424 GTGAACAACATCAGTGAGTCTTCTCTTTTCTTTAGTGAAAATAGTCTTGTAGGGATTGAT 483
Query 529 GCACCCAAGGGAAAGCTCATCGGACGGCTTCTAAGTCCCGAACCTCAGCGGATTGTTGTC 588
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 484 GCACCCAAGGGAAAGCTCATCGGACGGCTTCTAAGTCCGGAACCTCAGCGGATTGTTGTC 543
Query 589 GCGGTGGTTGGGATGGGCGGTTCAGGGAAAACTACACTCTCAGCGAATATCTTCAAGTCT 648
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 544 GCGGTTGTTGGGATGGGCGGTTCAGGGAAGACTACACTCTCGGCGAATATCTTCAAGTCC 603
Query 649 CAAAGTGTGCGGAGGCATTTTGAGTCTTACGCTTGGGTTACAATCTCGAAATCTTATGTG 708
|| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 604 CAGAGCGTGCGGAGGCATTTTGAGTGTTACGCTTGGGTTACAATCTCGAAATCTTATGAG 663
Query 709 ATTGAAGATGTGTTTAGGACCATGATCAAGGAGTTTTACAAAGAAGCAGATACACAGATT 768
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 664 ATTGAAGATGTATTTAGGACCATGATCAAGGAGTTCTATAAAGAAGCAGAAACACAGATT 723
Query 769 CCAGCTGAATTATACTCCTTAGGCTACAGAGAGTTGGTGGAAAAACTTGTGGAGTATTTG 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 CCAGCTGAATTATACTCCTTAGGCTACAGAGAGTTGGTGGAAAAACTTGTGGAGTATTTG 783
Query 829 CAGTCGAAGAGGTACATTGTTGTGCTTGATGATGTATGGACCACTGGTCTATGGAGGGAG 888
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 784 CAGTCAAAGAGGTACATTGTTGTGCTTGATGATGTATGGACCACTGGTCTATGGAGGGAG 843
Query 889 ATAAGTATTGCTTTACCAGATGGTATTTATGGAAGTCGTGTTATGATGACTACTCGGGAC 948
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 844 ATAAGTATTGCTCTACCAGATGGTATTTACGGAAGTCGTGTTATGATGACCACTCGGGAC 903
Query 949 ATGAACGTGGCTTCTTTCCCATATGGAATTGGGAGCACAAAGCACGAGATTGAGCTCTTA 1008
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 904 ATGAACGTGGCTTCTTTCCCATATGGAATCGGGAGCGGAAAGCATGAGATTGAGCTCTTA 963
Query 1009 AAAGAAGACGAAGCTTGGGTGCTTTTCTCCAACAAAGCTTTTCCGGCAAGTCTTGAGCAA 1068
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 964 AAAGAAGACGAAGCTTGGGTGCTTTTCTCCAACAAAGCTTTTCCGGGAAGTCTTGAGCAA 1023
Query 1069 TGCAGAACGCAGAATTTGGAGCCGATAGCACGAAAATTAGTCGAGAGATGTCAGGGTTTG 1128
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 TGCAGAACGCAGAATTTGGAGCCGATAGCACGGAAATTACTCGAGAGATGTCAGGGTTTG 1083
Query 1129 CCATTAGCTATTGCTTCTTTGGGAAGCATGATGTCAACCAAGAAGTTTGAATCAGAATGG 1188
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 CCATTAGCTATTGCTTCTTTGGGGAGCATGATGTCAACCAAGAAGTTTGAATCAGAATGG 1143
Query 1189 AAGAAAGTCTACAGTACTTTAAACTGGGAACTGAACAACAATCATGAACTCAAGATTGTT 1248
|||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1144 AAGAAAGTCTACAGTACTTTGAATTGGGAATTGAACAACAATCTTGAACTCAAGATTGTT 1203
Query 1249 CGAAGCATTATGTTCCTTAGCTTCAATGATTTGCCATACCCGCTTAAACGTTGTTTCTTA 1308
||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 CGAAGCATTTTGTTGCTTAGCTTCAACGATTTACCATACCCGCTTAAACGTTGTTTCTTA 1263
Query 1309 TATTGTTCTCTTTTCCCTGTGAACTATCGGATGAAAAGAAAGAGGCTCATTAGGATGTGG 1368
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1264 TATTGTTCTCTTTTCCCTGTGAACTATCGGATGAAAAGAAAGAGTCTCGTTAGGATGTGG 1323
Query 1369 ATGGCACAAAGGTTTGTGGAACCGATCAGAGGAGTGAAAGCAGAAGAAGTGGCTGATAGT 1428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 ATGGCACAAAGGTTTGTGGAACCGATCAGAGGAGTGAAAGCAGAAGAAGTGGCTGATAGT 1383
Query 1429 TACCTCAATGAACTTGTTTACAGAAATATGCTTCAAGTTATCTTGTGGAATCCTTTTGGA 1488
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1384 TACCTCAATGAACTTGTTTACAGAAACATGCTTCAAGTTATCTTGTGGAATCCGTCTGGA 1443
Query 1489 CGACCCAAGGCGTTCAAGATGCATGACGTGATATGGGAGATTGCTCTATCTGTATCCAAA 1548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 CGACCCAAGGCGTTCAAGATGCATGACGTGATATGGGAGATTGCTCTATCTGTATCCAAA 1503
Query 1549 CTTGAGAGGTTCTGTGATGTATATAATGATGACAGTGATGGTGATGATGCTGCAGAAACA 1608
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1504 CTTGAGAGGTTTTGTGATGTATATAATGATGACAGTGATGGTGATGATGCTGCAGAAACA 1563
Query 1609 ATGGAGAATTACGGTAGTCGCCATTTATGCATTCAGAAAGAGATGACACCTGATAGTATA 1668
|| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1564 ATAGAGAATTATGGTAGTCGCCATCTATGCATTCAGAAAGAGATGACACCAGATAGTATA 1623
Query 1669 CGTGCAACAAACCTTCACTCTCTTTTGGTTTGCTCTTCTGCTAAACACAAGATGGAATTA 1728
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1624 CGTGCAACAAACCTTCACTCTCTGTTGGTTTGCTCTTCTGCTAAACACAAGATGGACTTA 1683
Query 1729 CTTCCAAGTCTGAACCTTCTGAGAGCCTTAGACCTTGAAGACTCTTCCATCAGCAAGTTA 1788
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1684 CTTCCAAGTCTGAAACTTCTGAGAGCCTTAGACCTTGAAGACTCTGCCATCAGCAAGTTA 1743
Query 1789 CCAGATTGTTTAGTAACTATGTTCAACTTAAAGTACTTGAATTTGTCCAAGACACAGGTG 1848
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1744 CCAGATTGTTTAGTAACTATGTTCAACCTAAAGTACTTGAATTTGTCGAAGACACAGGTA 1803
Query 1849 AAAGAACTGCCAAAAAACTTCCATAAACTCGTCAATTTGGAGACGTTGAACACAAAGCAC 1908
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1804 AAAGAACTGCCAAAAGACTTCCATAAACTCATCAATTTGGAGACATTGAATACAAAGCAC 1863
Query 1909 TCCAAGATTGAGGAACTTCCTCTAGGGATGTGGAAATTGAAGAAGTTGCGATATCTCATT 1968
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1864 TCCAAGATTGAGGAACTTCCTCCCGGGATGTGGAAGTTGCAGAAGTTGCGTTATCTCATT 1923
Query 1969 ACTTTTCGCCGCAATGAAGGACATGATTCCAATTGGAATTATGTTTTAGGTACAAGGGTT 2028
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1924 ACTTTTCGGCGCAATGATGGACATGATTCCAATTGGAACTATGTTTTAGGTACAAGGGTT 1983
Query 2029 GTTCCTAAAATCTGGCAGTTGAAGGATTTGCAAGTCATGGACTGCTTCAACGCAGAAGAT 2088
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1984 GTTCCTAAAATCTGGCAGTTGAAGGATTTGCAAGTCATGGACTGCTTCAACGCAGAAGCT 2043
Query 2089 GAGCTTATCAAAAATCTCGGGTGTATGACTCAGCTCACAAGAATAAGTCTTGTCATGGTT 2148
|||||||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 GAGCTTATCAAAAACCTTGGGAATATGACTCAACTCACAAGAATAAGTCTTGTCATGGTT 2103
Query 2149 AGGAGAGAACATGGAAGAGACTTGTGCGATTCACTGAATAAGATTAAAAGAATTCGATTC 2208
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| |||| |||
Sbjct 2104 AGGAGAGAACATGGAAGAGACTTATGTGATTCACTGAATAAGATTAGAAGACTTCGGTTC 2163
Query 2209 TTATCTTTAACGTCGATTGATGAAGAGGAACCGTTAGAGATAGATGACCTGATCGCAACT 2268
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2164 TTATCTTTAACGTCGATTCATGAAGAGGAACCGTTAGAGATAGATGACCTGATAGCAACT 2223
Query 2269 GCAAGCATTGAGAAGCTCTTTCTTGCTGGGAAACTGGAGAGAGTACCAAGTTGGTTCAAC 2328
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 GCAAGCATTGAGAAGCTCTTTCTTGCTGGGAAACTGGAGAGAGTACCAAGTTGGTTCAAC 2283
Query 2329 ACTCTTCAAAACCTTACCTATTTGGGTTTGCGTGGATCTCAGCTACAGGAAAACGCCATT 2388
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 2284 ACCCTTCAAAACCTTACCTATTTGGGTTTGCGTGGATCTCAGTTGCAAGAAAACGCCATT 2343
Query 2389 CTCTCTATCCAAACGCTTCCTAGATTGGTATGGCTTTCATTTTACAATGCATACATGGGA 2448
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 CTCTCTATCCAAACGCTTCCTAAATTGGTATGGCTTTCATTTTACAATGCATACATGGGG 2403
Query 2449 CCTAGGTTGCGTTTTGCACAAGGATTTCAGAATCTGAAGATTCTAGAGATAGTTCAGATG 2508
||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2404 CCTAGGTTGTGTTTTGCACAGGGATTTCAAAATCTGAAGATTCTAGAGATAGTTCAGATG 2463
Query 2509 AAACATCTGACAGAAGTTGTTATAGAAGACGGTGCAATGTTTGAGCTTCAGAAGCTTTAT 2568
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2464 AAACATCTGACAGAAGTTGTTATAGAAGATGGTGCAATGTTTGAGCTTCAGAAGCTTTAT 2523
Query 2569 GTCAGGGCTTGTAGAGGGTTAGAGTACG-TACC-AAGAGGAATTGAGAATCTTATAAATC 2626
|||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2524 ATCAGGGCTTGTAGAGGGTTAGAGT-CGGTACCGAA-AGGAATTGAGAATCTAATAAATC 2581
Query 2627 TTCAAGAACTGCATTTGATTCATGTTTCTAATCAGTTAGTAGAACGCATTCGCGGAGAAG 2686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||| ||||||| |
Sbjct 2582 TTCAAGAACTGCATTTGATTCATGTTTCTAATCAGTTGGTGGAGGGGATTAGCGGAGATG 2641
Query 2687 GGAGTGTGGACCGGTCAAGGGTTAAACACATTCCTGCGATTAAGCATTATTTCAGAACTG 2746
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2642 GAAGTGTAGACCGGTCAAGGGTTAAACACATTCCTGCGATTAAGCATTATTTCAGAACTG 2701
Query 2747 ATAATGGCTCTTTCTATGTGAGCCTCTCATCTT-AGGCGGCCAAGGCAAGCTTCATCATA 2805
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||
Sbjct 2702 ATAATGGCTCTTTCTATGTGAGCCTCTCATCTTGAGT-GGCCAAGGCATGCTTCATCATA 2760
Query 2806 CAAGATACTGCACACTGTACTGTGAAAAT 2834
|||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2761 CAAGATACTGCACATTGCACTGTGAAAAT 2789
Score = 311 bits (168), Expect = 2e-83
Identities = 180/186 (97%), Gaps = 0/186 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTCGGCTACTGTTGATTTTGGGATCGGACGGATTCTTAGTGTCCTGGAAAACGAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTCGGCTACTGTTGATTTTGGGATCGGACGGATTCTTAGTGTCCTGGAAAACGAG 60
Query 61 ACCTTGTTATTGTCAGGAGTCCATGGTGAGATTGATAAAATGAAGAAGGAGTTGCTGATC 120
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACCTTGTTACTGTCAGGAGTCCATGGTGAGATTGATAAAATGAAGAAGGAGTTGCTGATC 120
Query 121 ATGAAGTCCTTTCTTGAGGATACTCATAAACATGGTGGAAATGGATCCACAACAACAACA 180
|||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 121 ATGAAGTCTTTTCTTGAGGACACCCATAAACATGGTGGAAATGGATCCATAGCAACAACA 180
Query 181 ACTCAA 186
||||||
Sbjct 181 ACTCAA 186
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116060976515
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5