BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G07050.1
Length=1843
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478024 jgi|Araly1|478024|fgenesh2_kg.3__725__AT3G07050.1 2976 0.0
> Ahg478024 jgi|Araly1|478024|fgenesh2_kg.3__725__AT3G07050.1
Length=1833
Score = 2976 bits (1611), Expect = 0.0
Identities = 1766/1840 (96%), Gaps = 13/1840 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCATCTTCCTTCTCCATAAACCCTTTTCTTTTAACCTACTCAGTTTTTCTGTTTGCGTCG 60
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 CCATCTTCCTTCTCCATAAACCC-TTTCTTCTAACCTACTCAGTTTTTCTTTTTGCGTCG 59
Query 61 CTCTCATCC-CAGGGCGAGAAAGATGGTGAAACGGAGTAAAAAGAGTAAGAGTAAGAGGG 119
||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 CTCTCTTCCGCA-GGCGAGAAAGATGGTGAAACGGAGTAAAAAGAGTAAGAGTAAGAGGG 118
Query 120 TGACCTTGAAGCAGAAGCATAAGGTCCTGAAAAAGGTGAAGGAGCACCACAAGAAGAAGG 179
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 TGACCTTGAAGCAGAAGCATAAGGTCCTGAGAAAGGTGAAGGAGCACCACAAGAAGAAGG 178
Query 180 CAAAGGATGCTAAAAAGCTTGGCCTTCACCGTAAGCCAAGAGTAGAGAAAGACCCAGGTA 239
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 179 CAAAGGATGCTAAAAAGCTTGGGCTCCACCGTAAGCCAAGAGTAGAGAAGGACCCAGGTA 238
Query 240 TACCCAATGACTGGCCTTTCAAGGAACAAGAGCTTAAAGCCCTTGAAGTTCGACGTGCCC 299
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 239 TCCCCAATGACTGGCCTTTCAAGGAACAAGAGCTTAAGGCCCTTGAAGTTAGACGTGCCC 298
Query 300 GTGCTCTTGAGGAGATTGAACAGAAGAAAGAAGCTCGCAAAGAAAGGGCCAAAAAGAGGA 359
||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 299 GTGCTCTCGAAGAGATTGAACAGAAGAAAGAAGCCCGCAAAGAAAGGGCTAAAAAGAGGA 358
Query 360 AACTTGGTTTGGTTGATGATGAGGATACCAAGACAGAAGGAGAGACCATAGAGGACTTAC 419
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |
Sbjct 359 AACTTGGTTTGGTTGATGATGATGATACCAAGACAGAAGAAGAGACCATAGAGGAGTT-C 417
Query 420 -CTAAAGTTGTCAATGTTCGAGATAACTCGGAGAGGGCTTTCTACAAGGAGCTAGTTAAA 478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 ACTAAAGTTGTCAATGTTCGAGATAACTCGGAGAGGGCTTTCTACAAGGAGCTAGTTAAA 477
Query 479 GTCATTGAATTGTCTGATGTCATTTTGGAGGTTCTTGATGCCCGTGATCCTCTTGGCACT 538
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GTTATTGAATTGTCTGATGTCATTTTGGAGGTTCTTGATGCCCGTGATCCTCTTGGCACT 537
Query 539 CGTTGTACTGACATGGAGAGGATGGTGATGCAAGCCGGTCCCAATAAGCATCTTGTGTTG 598
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CGTTGTACCGACATGGAGAGGATGGTAATGCAAGCCGGTCCCAATAAGCATCTTGTGTTG 597
Query 599 CTGCTGAACAAGATTGATCTTGTTCCCCGAGAGGCTGCTGAGAAATGGCTTATGTACCTT 658
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 598 CTGCTGAACAAGATTGATCTTGTTCCCCGAGAGGCTGCTGAGAAATGGCTTAAGTACCTT 657
Query 659 AGGGAAGAATTTCCAGCTGTTGCCTTCAAGTGTAGCACCCAGGAACAGAGATCAAACTTG 718
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AGGGAAGAATTTCCAGCTGTTGCATTCAAGTGTAGCACCCAGGAACAGAGATCAAACTTG 717
Query 719 GGTTGGAAATCATCTAAGGCATCAAAACCAAGCAATATGTTGCAGACGAGTGATTGTCTT 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GGTTGGAAATCATCTAAGGCATCAAAACCAAGCAATATGTTGCAGACGAGTGATTGTCTT 777
Query 779 GGAGCAGACACTCTTATCAAATTGTTGAAGAACTACTCAAGAAGTCATGAGTTaaaaaaa 838
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GGAGCAGACACTCTTATCAAATTGTTGAAAAACTACTCAAGAAGTCATGAGTTAAAAAAA 837
Query 839 TCTATCACAGTTGGTATTATTGGACTGCCTAATGTCGGCAAGAGTAGTCTTATTAACAGT 898
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TCTATTACAGTTGGTATTATTGGACTGCCTAATGTCGGCAAGAGTAGTCTTATTAACAGT 897
Query 899 CTGAAGAGAGCGCATGTTGTCAATGTTGGTGCCACTCCTGGACTGACTAGATCTCTGCAA 958
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 898 TTGAAGAGAGCGCATGTTGTCAATGTCGGTGCCACTCCTGGACTTACAAGGTCTCTGCAA 957
Query 959 GAGGTTCACTTGGACAAAAACGTGAAGTTGCTGGATTGTCCTGGAGTTGTGATGTTGAAA 1018
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 958 GAGGTTCATTTAGACAAAAACGTGAAGTTGCTGGATTGTCCTGGAGTTGTGATGCTGAAA 1017
Query 1019 TCATCAGGAAATGATGCTTCCATAGCTCTCCGAAATTGTAAAAGAATCGAGAAGTTGGAT 1078
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1018 TCATCAGGAAATGATGCTTCTATAGCTCTCCGAAATTGTAAAAGAATTGAGAAGTTGGAT 1077
Query 1079 GACCCAGTTAGTCCAGTGAAGGAAATTCTCAAGCTTTGTCCTAA-AGATATGCTGGTGAC 1137
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||||
Sbjct 1078 GACCCAGTCAGTCCAGTGAAGGAAATTCTCAAGCTTTGTCC-AACACAAATGCTGGTGAC 1136
Query 1138 TCTCTACAAAATCCCGAGCTTCGAGGCAGTTGATGATTTCCTTTACAAAGTCGCCACTGT 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TCTCTACAAAATCCCGAGCTTCGAGGCAGTTGATGATTTTCTTTACAAAGTCGCCACTGT 1196
Query 1198 AAGGGGTAAACTTAAAAAGGGTGGTCTTGTGGATATTGATGCTGCTGCCAGAATTGTTTT 1257
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 AAGGGGTAAGCTTAAAAAGGGTGGTCTTGTGGATATTGAAGCTGCTGCCAGAATTGTTTT 1256
Query 1258 GCATGACTGGAATGAAGGTAAAATCCCATACTATACAATGCCGCCAAAGAGGGACCAGGG 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1257 GCATGACTGGAATGAAGGTAAAATCCCATACTATACAATGCCGCCAAAGAGGGACCAAGG 1316
Query 1318 TGGACATGCAGAGTCAAAGATTGTGACTGAGCTGGCCAAGGATTTCAACATCGATGAGGT 1377
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1317 TGGACATGCAGAGTCAAAGATTGTGACCGAGCTGGCCAAGGATTTCAATATCGATGAGGT 1376
Query 1378 TTACAGTGGTGAATCCTCTTTCATTGGGAGCTTGAAGACGGTTAACGAATTCAACCCTGT 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1377 TTACAGTGGTGAATCCTCTTTCATTGGGAGCTTGAAGACGGTAAACGAATTCAACCCTGT 1436
Query 1438 T-ATTATTCCTTCAAATGGTCCTCTCAATTTCGATGAAACTATGATCGAGGATGAGTCTA 1496
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TGAAG-TTCCTTCAAATGGTCCTCTCAATTTCGATGAAACTATGATCGAGGATGAGTCTA 1495
Query 1497 AGAC-GCAGACggaagaggaggctgagcatgagagtgatgatgatgagtcaatgggaggg 1555
|||| | |||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1496 AGACTG-AGACAGAAGAAGAGCCTGAGCATGACAGTGATGATGATGAGTCTATGGGAGGG 1554
Query 1556 gaggaggaggaagaggcaggaaagacgaaggagaaatcagagacggggaggcagaaCGTG 1615
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GACGAGGAGGAAGAGGCAGGAAAGGCGAAGGAGAAATCAGAGACGGGGAGGCAGAACGTG 1614
Query 1616 AAGCTATACGCAGCGGAAAGCATGTTGAATACaaagaaa-cagaaagcagagaagaagaa 1674
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 AAGCTATATGCAGCGGAAAACATGTTGAATACAAA-AAAGCAGAAAGCAGAGAAGAAGAA 1673
Query 1675 gaggaagaaagcaaagaaagCAGGAGCTGATGAGGAGGATCTGATGGACGGAGATTATGA 1734
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 GAGGAAGAAAGCAAAGAAAGCAGGAGGTGGTGAGGAGGATCTGATGGACGGAGATTATGA 1733
Query 1735 TTTCAAAGTGGATTATAGGAAGAACAAAGATGGAGAAGACGAAGAATTCCAGATTGATGC 1794
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1734 TTTCAAAGTGGACTATAGGAAGAAGAAAGATGGAGAAGACGAAGAATTCCAGATTGAGGC 1793
Query 1795 TAAAATCCCAATGGCTGGACTTTTGCCTGAAGAATGAGTG 1834
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 TAAAATTCCAATGGCTGGACTTTTGCCTGAAGAATGAGTG 1833
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69209975165
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5