BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G07290.1
Length=2643
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg903624 jgi|Araly1|903624|Al_scaffold_0003_752 3413 0.0
> Ahg903624 jgi|Araly1|903624|Al_scaffold_0003_752
Length=2595
Score = 3413 bits (1848), Expect = 0.0
Identities = 2024/2110 (96%), Gaps = 7/2110 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TGCTGATACATATCAGAAGTACTCGAAAGATCTTAGCTTTGGGGCGTCATGTTTTT---C 61
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2 TGCTGATACATATCAGAATTCCTCGAAAGATCTTAGCTTTGAGGCGTCATGTTTTTCCGC 61
Query 62 CTTCTAATGCCTTCTTCTCCGTCTCTTCTCGACCTTCTCTGTCTTCCTCGGACGAAGTGG 121
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||
Sbjct 62 CTTATAATGCGTTCTTCTCCGTCTCTTCTCGACCTTCTCAGTTTTCCTCGGACCAAGTGG 121
Query 122 CGGCTCATGATGTCGCATCTTTGCTAAAAACCCCCAATTGGGAGAAGAACAGTTCTCTTA 181
||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 CGGCTCACAATGTTGCATCTTTACTAAAAAGCCCCAATTGGGAGAAGAACAGTTCTCTTA 181
Query 182 AATCTCTAGTCTCTCACATGAATCCAAATGTCGCTTCACAGGTCATTTCGCTTCAACGCA 241
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 AATCTCTAGTCTCTCACATGAGCCCAAATGTCGCTTCACAGGTCATTTCGCTTCAACGCA 241
Query 242 GTGACAACGATATTTGCGTTCGCTTTTTCATGTGGGTCTGCAAGCATTCGTCGTATTGTT 301
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 242 GTGACAATGACATTTGCGTTCGCTTTTTCATGTGGGTCTGCAAGCATTCGTCGTACTGTT 301
Query 302 TCGACCCAACTCAGAAAAATCAGCTTTTGAAACTGATTGTTTCTTCCGGATTGTATCGAG 361
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 302 TTGACCCAGCTCAGAAAAATCAGCTTTTGAAACTGACTGTTTCTTCCGGATTGTTTCGAG 361
Query 362 TTGCGCATGCTGTTATTGTTGCGTTGATCAAGGAATGTAGTAGATGCGAGAAAGAGATGT 421
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 TTGCGCATGATGTTATTGTTGCGTTGATCAGGGAATGTAGTAGATGCGAGAAAGAGATGT 421
Query 422 TGAAACTAATGTA-TTGTTTTGATGAGCTGAGAGAAGTTTTTGGGTTCCGGTTAAATTAC 480
|||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 422 TGAAACTAAT-AAGTTGTTTTGATGAGCTGAGAGAGGTTTCTGGGTTCCGGTTAAATTAC 480
Query 481 CCTTGTTACAGCTCTCTTTTGATGTCCTTAGCTAAACTTGATTTAGGATTTTTGGCTTAC 540
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 CCTTGTTACAGCTCTCTTTTGATGTCCTTGGCTAAACTTGATTTAGGATTTTTAGCTTAC 540
Query 541 GTGACTTATAGAAGAATGGAAGCTGACGGATTTGTTGTTGGTATGATTGATTACAGAACC 600
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 GTGACTTACAGAAGAATGGAAGCTGACGGATTTGTTGTTGGTATGATTGATTATAGAACC 600
Query 601 ATTGTCAATGCTCTGTGTAAGAATGGATACACGGAAGCCGCTGAGATGTTCATGTCTAAG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 601 ATTGTCAATGCTCTGTGTAAGAATGGATACACGGAAGCCGCTGAGATGTTCATGTGTAAG 660
Query 661 ATTCTTAAAATTGGGTTTGTGTTAGATTCCCATATAGGCACTTCTTTGTTACTGGGTTTT 720
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||
Sbjct 661 ATTCTTAAAGTTGGGTTTCTGTTAGATTCCCATATAGTCACTTCTCTGTTGCTGGGTTTC 720
Query 721 TGCCGTGGATTGAATCTCAGAGATGCACTCAAGGTGTTTGATGTAATGTCTAAGGAGGTA 780
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 721 TGCCGTGGATTGAATCTTAGAGATGCACTCAAGGTGTTTGATGTAATGTCTAGGGAGGGA 780
Query 781 ACTTGTGCACCGAACTCTGTTAGTTACTCCATTTTGATTCACGGGTTGTGTGAAGTAGGG 840
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ACTTGTGCACCAAACTCTGTTAGTTACTCCATTTTGATTCACGGGTTGTGTGAAGTAGGG 840
Query 841 AGACTTGAAGAAGCATTTGGCCTAAAAGATCAAATGGGTGAGAAAGGTTGCCAACCAAGC 900
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGACTTGAAGAAGCCTTTGGCTTAAAAGATCAAATGGGTGAGAAAGGTTGCCAACCAAGC 900
Query 901 ACACGTACATATACTGTGCTTATTAAAGCCTTGTGCGATAGAGGTTTGATTGATAAAGCT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACACGTACATATACTGTGCTTATTAAAGCCTTGTGCGATAGAGGTTTGATTGATAAAGCT 960
Query 961 TTTAACTTGTTTGATGAGATGATTCCTAGAGGGTGTAAACCAAACGTCCACACTTACACT 1020
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 961 TTTAACTTGTTTGATGAGATGATTGCTAGAGGGTGCAAACCAAACGTTCACACTTACACC 1020
Query 1021 GTTTTGATTGATGGGTTGTGTAGAGACGGAAAGATTGAAGAGGCTAATGGGGTTTGTCGA 1080
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTTTTGATTGATGGGTTATGTAGAGACGGAAAGATTGAAGAGGCTAATGGGGTTTGTCGA 1080
Query 1081 AAGATGGTTAAAGACAGGATATTTCCTAGTGTAATAACTTACAATGCGTTGATAAATGGC 1140
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAGATGGTTAAAGACGGGATATTTCCCAGTGTAATAACTTACAATGCGTTGATAAATGGC 1140
Query 1141 TACTGCAAAGATGGACGGGTTGTTCCCGCTTTTGAGCTTCTTACTGTAATGGAGAAGAGG 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1141 TACTGCAAAGATGGACGGGTTGTTCCCGCTTTTGAGCTTCTTACTGTAATGGGGAAGAGG 1200
Query 1201 GCTTGCAAACCAAATGTAAGAACTTTTAACGAGCTTATGGAAGGGTTGTGTAGAGTCGGG 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1201 GCTTGCAAACCAAATGTAAGAACTTTTAACGAGCTTATGGAAGGGTTGTGTAGAGTTGGG 1260
Query 1261 AAACCGTACAAGGCTGTGCACCTTTTGAAGAGAATGCTGGACAATGGCCTGTCACCTGAC 1320
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAACCGTACAAGGCCGTGCACCTTTTGAAGAGAATGCTGGACAATGGCCTGTCACCTGAC 1320
Query 1321 ATTGTGAGCTATAATGTTTTGATCGATGGGCTTTGTAGAGAAGGCCATATGAATACGGCT 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1321 ATTGTGAGCTATAATGTTTTGATCGATGGGCTTTGTAGAGAAGGCCATATGAATGTGGCG 1380
Query 1381 TACAAGCTACTTAGCTCGATGAACTGCTTTGACATTGAGCCTGATTGTCTTACATTCACC 1440
||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TACAAGCTACTTACCTCGATGAACTCCTTTGACCTTGAGCCTGATTGTCTTACATTCACC 1440
Query 1441 GCTATAATAAATGCTTTCTGCAAACAAGGGAAGGCTGACGTTGCTAGCGCGTTTTTAGGT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1441 GCTATAATAAATGCTTTCTGCAAACAAGGGAAGGCTGACGTTGCTAGCGCGTTCTTAGGT 1500
Query 1501 TTGATGCTTAGAAAAGGAATAAGCCTAGATGAAGTAACAGGTACAACTCTTATCGATGGT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1501 TTGATGCTTAGAAAAGGAATAAGCCTAGATGAAGTAACAGGTACAACTCTTATTGATGGT 1560
Query 1561 GTCTGTAAAGTCGGTAAAACCCGTGACGCATTGTTTATCCTGGAGACATTGGTTAAAATG 1620
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1561 GTCTGCAATGTCGGTAAAACCCGTGACGCATTGTTTATCCTGGAGACGTTGGTTAAAATG 1620
Query 1621 AGAATTTTGACAACTCCTCACTCCCTGAATGTGATTCTTGATATGCTCAGTAAAGGTTGT 1680
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AGAATGTTGACAACTCCTCACTCCCTGAACGTGATTCTTGATATGCTCAGTAAAGGTTGT 1680
Query 1681 AAAGTGAAGGAGGAATTAGCAATGCTTGGGAAAATCAATAAGCTTGGTTTAGTTCCTTCT 1740
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 AAACTGAAGGAGGAATTAGCAATGCTTGGGAAAATCAATAAGCTTGGTTTAGTTCCTTCT 1740
Query 1741 GTGGTGACATACACAACATTGGTTGATGGGTTGATTCGATCAGGTGATATTA-CTGGTTC 1799
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1741 GTAGTGACTTACACAACATTGGTTGATGGGTTGATTCGATCAGGTGATATTAGC-GGTTC 1799
Query 1800 CTTCAGGATCCTAGAACTGATGAAGTTAAGTGGGTGTTTGCCGAATGTCTATCCATACAC 1859
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CTTCAGGATGCTAGAACTGATGAAGTTAAGTGGTTGTTTGCCGAATGTCTATCCATACAC 1859
Query 1860 AATCATCATAAATGGTCTTTGTCAATTTGGAAGAGTCGAGGAAGCAGAGAAGCTTCTTTC 1919
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AATCATCATCAATGGTCTTTGTCAATTTGGGAGAGTCGAGGAAGCAGAGAAGCTTCTTTC 1919
Query 1920 TGCTATGCAAGATTCAGGAGTTTCACCAAACCATGTCACTTATACCGTTATGGTGAAAGG 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TGCTATGCAAGATTCAGGAGTTTCACCAAACCATGTTACTTATACCGTTATGGTGAAAGG 1979
Query 1980 ATATGTCAACAATGGAAAACTAGACCGTGCTCTTGAAACAGTAAGAGCAATGGTTGAAAG 2039
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 ATATGTCAATAATGGAAAACTAGACCGTGCTCTTGAAACAGTAAGAGCAATGGTTGAAAG 2039
Query 2040 AGGATATGAACTAAATGACCGTATCTATTCTTCATTGTTACAGGGATTTGTCTTATCTCA 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGGATATGAACTAAATGACCGTATCTATTCTTCTTTGTTACGGGGATTTGTCTTATCTCA 2099
Query 2100 AAAGGGTATT 2109
||| ||||||
Sbjct 2100 AAAAGGTATT 2109
Score = 737 bits (399), Expect = 0.0
Identities = 466/497 (94%), Gaps = 9/497 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2147 TTAGAGAAACCGATCCTGAATGTATCAACGAACTCATATCTGTGGTTGAACAACTTGGTG 2206
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2108 TTAGAGAAACCGATCCTGAATGTATCAAAGAACTCATATCTGTGGTAGAACAACTTGGTG 2167
Query 2207 GGTGTATCAGCGGGTTATGTATTTTCTTGGTCACACGGTTATGCAAAGAGGGAAGAACGG 2266
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2168 GGTCTACCAGCGGGTTATGTATTTTCTTGGTCACACGGTTATGCAAAGAGGGAAGAACGG 2227
Query 2267 ATGAGTCCAACGATCTAGTCCAAAATGTACTCGAGAGAGGTGTTTTTCTTGAGAAGGCCA 2326
|||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2228 ATGAGTCCAACGGTCTAGTCCAAACTATACTCAAGAGCGGTGTTTTTCTCGAGAAGGCCA 2287
Query 2327 TGGACATCATTATGGAATCTTATTGCAGCAAGAAGAAACACACCAAGTGTATGGAGCTGA 2386
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2288 TCGACATCATCATGGAATCTTATTGCAGCAAGAAGAAACACACCAAGTGTGTGGAGCTGA 2347
Query 2387 TAACACTTGTTCTCAAATCCGGATTTGTCCCGAGTTTCAAATCCTTCTGCCTAGTGATTC 2446
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2348 TAACACTTGTTCTCAAATCCGGGTTTGTCCCGAGTTTCAAATCTTTCTGCCTAGTGATTC 2407
Query 2447 AAGGTTTGAAGAAGGAAGGAGATGCAGAGCGGGCGCGGGAGCTTGTAATGGAGCTTCTTA 2506
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2408 AAGGTTTGAAGAAGGAAGGAGATACAGAGCGGGCGCGTGAGCTCGTAATGGAGCTTCTTA 2467
Query 2507 CCTCAAATGGAGTTGTAGAGAAAAGTGGAGTGTTGACTTATGTTGAGTGTCTCATGGAAG 2566
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2468 CCTCGAATGGAGTTGTAGAGAAAAGTGGAGTGTTGCCTTATGTTGAGTGTCTCATGGAA- 2526
Query 2567 GAGATGAAACTGGTGATTGCAGTGAAGTCATAGATTTGGTTGATCAATTGCACTGCAGAG 2626
| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 2527 -A-------CTGGTGATTGCAGTGAAGTCATAGATTTGGTGGATCAATTGCACAGCAGAG 2578
Query 2627 AAAGACCCACCTTCTAA 2643
|||||||||||||||||
Sbjct 2579 AAAGACCCACCTTCTAA 2595
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99682171165
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5