BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G07400.1
Length=3373
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478060 jgi|Araly1|478060|fgenesh2_kg.3__761__AT3G07400.1 5275 0.0
> Ahg478060 jgi|Araly1|478060|fgenesh2_kg.3__761__AT3G07400.1
Length=3338
Score = 5275 bits (2856), Expect = 0.0
Identities = 3111/3234 (96%), Gaps = 18/3234 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 150 TAGTAATGGAGTCGATACAGAGCCGAGTGGAATCGTGGATCAGAGACCAGAGGGCAAGGT 209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 113 TAGTAATGGAGTCGATACAGAGCCGAGTGGAATCGTGGATCAGAGACCAGAGGGCGAGGT 172
Query 210 TCTTACGGGTTTCGTGGGGACCGATTCAATGGAGGTTCCGGTGGCCACCATGGAACGGAG 269
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 173 TCTTACGGGTTTCGTGGGGACCGATTCAATGGAGGTTCCGGTGGCCTCCATGGAACGGAG 232
Query 270 GAGATGCGGATCAAAGGATTAAGATCCGTCGGGAATACGAGAAGCGCAAAAAGCAAATTG 329
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 233 GAGATGCCGATCAGAGGATTAAGATCCGTCGGGAATATGAGAAGCGCAAAAAGCAAATCG 292
Query 330 AGGATCTCTGTCTCGCACTTAAATCAGAGTCTGTCGAAGATTTACAAGACATACTCTGTT 389
||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 293 AGGATCTCTGTCTGGCCCTTAAATCCGAGTCTGTCGAAGATTTACAAGACATACTCTGTT 352
Query 390 GCATGGTACTCTCCGAGTGTGTTTACAAGAGACCTGCAAGTGAGATGGTTCGAGCTGTTA 449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 GCATGGTACTCTCCGAGTGTGTTTACAAGAGACCTGCAAGTGAGATGGTTCGAGCTGTTA 412
Query 450 ACAAATTTAAAGCGGACTTCGGTGGCCAATTTATTTCGTTGGAGAGAGTTCAACCTTCAT 509
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 ACAAATTTAAAGCCGACTTCGGTGGCCAATTTATTTCGTTGGAGAGAGTTCAACCTTCAT 472
Query 510 CAGATCACGTTCCTCACAGGTATCTACTTGCTGAGGCAGGTGATACATTGTTTGCATCCT 569
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 473 CTGATCACGTACCTCACAGGTATCTACTTGCTGAGGCAGGTGATACATTATTTGCATCCT 532
Query 570 TTGTTGGAACTAGGCAATATAAGGACATCATGGCCGATGCAAATATACTTCAAGGACACA 629
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 533 TTGTCGGAACTAGGCAATATAAGGACATCATGGCCGATGCAAATATACTTCAAGGTCACA 592
Query 630 TATTTCACGATGATGTCGCAGAGGATGAATGTATCGAAGCATCTGAGCCTATACAGAGTG 689
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||
Sbjct 593 TTTTTCACGATGATGTCGCAGAGGATGAATGTATCGCAGCATCTGAACCTATTCAAAGTG 652
Query 690 AACCACTTAAGAATAATGGAGAGGGTTTGCGGAATCCTAAGCAACTTAGACAGAAGCCCA 749
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 653 AACCACTTAAGAAAAATGGAGAGGGTTTGCGGAATCCTAAACAACTTAGACAGAAGCCTA 712
Query 750 AACCTGCTGCTCATCGGGGGTTCTTGGCTCGTGCAAAGGGGATTCCTGCTCTGGAACTTT 809
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 713 AACCTGCTGCTCATCGGGGGTTCTTGGCTCGTGCTAAGGGGATACCTGCTCTGGAACTGT 772
Query 810 ATAGGCTTGCTCAGAAAAAGAAACGAAAACTTGTATTATGTGGACACTCACTTGGTGGAG 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 ATAGGCTTGCTCAGAAAAAGAAACGAAAACTTGTATTATGTGGACACTCACTTGGTGGAG 832
Query 870 CTGTAGCTGCGTTGGCTACACTCGCCATATTGAGGGTTGTTGCTGCATCTTCAAAGAGAG 929
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 833 CTGTAGCTGCGTTAGCTACACTCGCCATATTGAGGGTTGTTGCTGCCTCTTCAAAGAAAG 892
Query 930 GAAATGAAAATATTCATGTCAAATGTATAACCTTTTCCCAACCTCCTGTTGGAAATGCTG 989
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 893 GAAATGAAAATATTCATGTCAAATGTATAACCTTTTCCCAGCCTCCTGTTGGAAATGCTG 952
Query 990 CGTTGAGAGATTATGTTCATGAAAAAGGGTGGCATCATTATTTCAAAAGCTACTGCATTC 1049
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 953 CTTTGAGAGATTATGTTCATGAAAAAGGGTGGCATCATTATTTCAAAAGCTACTGTATAC 1012
Query 1050 CTGAAGATTTGGTCCCGAGGATATTATCTCCTGCATATTTTCATCATTACAATGAACAAA 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 CTGAAGATTTGGTCCCGAGGATATTATCTCCTGCATATTTTCATCATTACAATGAACAAA 1072
Query 1110 GAATCTCAATGGCTGGAGAGACTGAAGCCACAAATGGCCAGGGCGTAACATCAGAGGCAG 1169
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1073 GAATGTCAATGGCTGGAGAGACTGAAGCCACAAATGGCCAGGGCGTATCATCAGAGGCAG 1132
Query 1170 AAAAGAGAAAAACTAAGGAGCACGAGCAGTTGGTCATTGGTGTTGGCCCTGTTCAGAACT 1229
|||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 AAAAGAGAAAAAATAAGGAGCACGAGCAGTTAGTTATTGGTGTTGGCCCTGTTCAGAACT 1192
Query 1230 CATTCTGGAGGCTTTCAAAACTTGTCCCCCTAGAGGCTGTTAAGAAACAATTGGATAGGT 1289
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1193 CATTCTGGAGGCTTTCAAAACTTGTCCCCCTAGAGGCTGTTAAGAAACAACTGGATAGGT 1252
Query 1290 ACATAGGAAAGAAAGAGGATCCTGCAGAGACGTCTACTGCAAATGAATCCGCAGTGTTAG 1349
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1253 ACATAGGAAAGAAAGAGGATCCTGCAGGGACGTCTACTGTAAATGAATCCGCAGTGTCAG 1312
Query 1350 CTCCTATTAGAGACGTGGTTATTGAACCACAATCTCTTGAAATAGAAGAGGGTAAGGATG 1409
|||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 CTCCTATTGGGGATGTGGTTATTGAACCACAATCTCTTGAAATAGAAGAGGGTAAGGATG 1372
Query 1410 GTATATCTCTCAAGCCATTGCCAGATGCTGGTAATGGACCAACAGTTAGTGGAAGAAGTG 1469
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 GTATATCTCTCAAGCCATTGCCAGATACTGGTAATGGACAAACAGTTAGTGGAAGAAGTG 1432
Query 1470 GAGGAAAGACCAATTCGCCTAATGGGTTCAGGGTTCCTTATCTACCCTCTTACGTTCCAT 1529
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 AAGGAAAGACCAATTCGCCTAATGGGTTCAGGGTTCCATATCTACCCTCTTACGTTCCAT 1492
Query 1530 TTGGAGAGCTATATCTCTTGGGAACTGCATCTGTAGAATCACTTTCAGAAGGAGAGTACT 1589
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 TTGGAGAGCTATATCTCTTGGGAACTGCATCTGTGGAATCACTTTCAGAAGGAGAGTACT 1552
Query 1590 CTAAATTGACATCGGTCAGATCTGTGATAACCGAACTGAGAGAACGTCTTCAGTCACATT 1649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1553 CTAAATTGACATCGGTCAGATCTGTGATAACCGAACTGAGAGAACGCCTTCAGTCGCATT 1612
Query 1650 CTATGAAGTCCTATAGGTCTCGCTTCCAGAGAATACATGACCTCTGCATGGATGTTGATG 1709
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1613 CTATGAAGTCCTATAGGTCTCGTTTCCAGAGAATACATGACCTCTGCATGGACGTTGATG 1672
Query 1710 GtttttttGGAGTGGATCAACAGAAGCAGTTTCCACATCTACAACAGTGGCTTGGACTTG 1769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 GTTTTTTTGGAGTGGATCAACAGAAGCAGTTTCCACATCTACAACAGTGGCTTGGACTTG 1732
Query 1770 CTGTCGGTGGTAGCATAGAACTTGGGCACATTGTTGAATCACCGGTTATTAGAACCGCCA 1829
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 CTGTCGGTGGTAGTATAGAACTTGGGCACATTGTTGAATCACCGGTTATTAGAACCGCCA 1792
Query 1830 CTTCTATCGCTCCTCTTGGCTGGAAAGGCGTTCCGGGTGATAAGAATGCAGAACT-TCTA 1888
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1793 CTTCTATCGCCCCTCTTGGCTGGAAAGGCGTTCCGGGTGATAAGAATGCAGAA-TCTCTA 1851
Query 1889 AAGGTTGATATCACTGGATTTGGCTTGCATTTGTGTTCTTTTGTACATGCACAAGTGAAT 1948
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 AAAATTGATATCACTGGATTTGGCTTGCATTTGTGTTCTTTTGTACATGCACAAGTGAAT 1911
Query 1949 GGCAACTGGTGCTCAACTACTGTGGAAT-CTTTCCCTACAACACCTGCTTATTCTTCAGA 2007
|||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1912 GGCAACTGGTGCTCAACTACCGTGGAATCCTTT-CCTACAACACCTGCTTATTCTTCTGA 1970
Query 2008 TAATGTAGAACAGACAGAACTACAGAAAATTAGGGTGGTCATTGGAGCTCCTCTGAAACG 2067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 TAATGTAGAACAGACAGAACTACAGAAAATTAGGGTGGTCATTGGAGCTCCTCTGAAACG 2030
Query 2068 ACCTCCAAGCAATCAGATAGTTGAAGATCCTTTGGTTCCTATGTTCTCGTCTGTTGATTC 2127
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 ACCTCCAAGCAATCAGATAGTTGAAGATCCTTTAGTTCCTATGTTCTCGTCTGTTGATTC 2090
Query 2128 GAAAACCGGTTTTCCAAAGGAAGGAATCAACCTAGGATTTTTTCAAGAGGACAAGTTTGT 2187
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 GAACACCGGTTTTCCAAAGGAAGGAATCAACCTAGGATTTTTTCAAGAGGACAAGTTTGT 2150
Query 2188 CCGTCCTGAAGGTTTGGAAGACTTGTATATATTCTGCACTAGTGATTTCGCTACTGTAGC 2247
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 TCGTCCTGAAGGTTTGGAAGACTTGTATATATTCTGCACTAGTGATTTCGCTACTGTAGC 2210
Query 2248 TAAGGAAGTTGAGGTCAGAACACGGAGGGTGAGACTACTCGGGCTTGAGGGTGCTGGTAA 2307
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 TAAGGAAGTTGAGGTCAGAACACGGAGGGTGAGATTACTCGGGCTTGAGGGTGCTGGTAA 2270
Query 2308 AACCTCTCTATTCCGCGCTATACTGGGCCAAAGCATGCTAAGTTCGATGACTCATGTGGA 2367
|||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2271 AACCTCTCTATTCCGCTCAATACTGGGTCAAAGCATGCTGAGCTCGATGACTCATGTGGA 2330
Query 2368 AAATCTTCAGATACAATCTGATGTTCAAGAATGTATTATTGGTGGTGTTTGCTACTCGGA 2427
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 GAATCTTCAGATACAATCCGATGTTCAAGAATGTATTATTGGTGGTGTTTGCTACTCGGA 2390
Query 2428 CACTGTGGGCGTAAACCTGCAGGAGCTGCACTTAGAGGCATCTCGCTTCAGAGAAGAACT 2487
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 CACGGTGGGCGTAAACCTGCAGGAGCTGCACTTAGAGGCATCTCGCTTCAGAGAAGAACT 2450
Query 2488 ATGGAAAGGAGTTCGTAATCTAAGTAAAAAGATAGATTTAATTATTCTTGTGCACAATCT 2547
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451 ATGGAAAGGAGTTCGTAATCTAAGTAAAAAGATTGATTTAATTATTCTTGTGCACAATCT 2510
Query 2548 CTCTCACAGAATACCACGTTACCAAAACTCAACAACACTACTGCAGCAACAGCAACCAGC 2607
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||
Sbjct 2511 CTCTCACAGAATACCACGTTACCAAAACTCTACAACGCAACTGCAGCAACAGCAACCTGC 2570
Query 2608 ACTTGCTCTTCTGTTAGATGAGGTTAAATCTCTTGGTATCCCTTGGGTCCTCGCCATAAC 2667
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2571 ACTTGCTCTTCTGTTAGACGAGGTTAAATCTCTCGGTATCCCTTGGGTCCTCGCCATAAC 2630
Query 2668 AAACAAGTTCTCAGTCAGTGCCCATCAGCAGAAATCCGCTATCGAAGCTGTACTTCAGGC 2727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2631 AAACAAGTTCTCAGTCAGTGCCCATCAGCAGAAATCCGCTATCGAAGCTGTACTTCAGGC 2690
Query 2728 ATACCAAGCGTCTCCAAACACAACCGGAATTGTCAACTCTATCCCTTATATTATTTCTGG 2787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 ATACCAAGCGTCTCCAAACACAACCGGAATTGTCAACTCTATCCCTTATATTATTTCTGG 2750
Query 2788 CTCTGGAACTTCCTCATTGCCTTGGGCAGCTGTGAATGCGGGAAATGACGGATCAGTAGG 2847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||
Sbjct 2751 CTCTGGAACTTCCTCATTGCCTTGGGCAGCTGTGAATGCAGGTAATGATGGATCAGTAGG 2810
Query 2848 CGTACCGAAGATGATATTCGCTCCACTCGACCTTGTCAAAAAGCCGTTTCAGAGAAAAGA 2907
|| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2811 CGCGCAGAAGATGATATTCGCTCCACTCGACCTAGTCAAAAAGCCTTTTCAGAGAAAAGA 2870
Query 2908 CACTGTTTTTCCAGTGGATGGTGTGAATTCTCTTTGCGAGCTTGTCCATCGTGTCCTTCA 2967
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2871 CACTGTTTTTCCAGTGGATGGTGTGAATTCCCTTTGCCAGCTTGTCCATCGTGTCCTTCA 2930
Query 2968 AACTCAAGAAGAAGCTTGCTTTGAGGAACTTGCTAGAGACAGACTGCTGGTGGAACTAGC 3027
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2931 AACTCAAGAAGAAGCTTGCTTTCAGGAACTTGCTAGAGACAGACTGCTGGTGGAACTAGC 2990
Query 3028 CAAAGACCGTG-TCGTAGATGGTTCACAGGCCAAGTCATCATCAATGTCAGCAGCAGCTG 3086
||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 2991 CAAAGACCGTGCT-GTAGATGGTTCACAGGGCAAGTCATCGTCAATGTCAGCAGCATCTG 3049
Query 3087 TAGGTGCTTCACTTGGAGCTGGTCTTGGCCTTGTCTTGGCAGTAGTAATGGGTGCTGGTT 3146
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3050 TGGGCGCTTCACTTGGAGCTGGTCTTGGCCTTGTCTTGGCAGTAGTAATGGGTGCTGGTT 3109
Query 3147 CCGCTTTACGAAAACCCTGATTGTACTTGATCAACCATTCCATCTGTTAATGTTATATAT 3206
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 3110 CCGCTTTACGAAAACCCTGATTGTACCCAATCAACCGTTGCACCTGTTAATGTTATATAT 3169
Query 3207 TTTTCTATGTACATAACTCCCACTAAAGTTCA--T----GTTTTCGCCATTTTCTCTATT 3260
|||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||
Sbjct 3170 TTTTATATGTACATAACTCCCACTAAAGTTCAAATTCATGTTTTCGCCATTTTCTCGATT 3229
Query 3261 CGGTCAGGTCATTTTTGTTTAATCCCTCGGCCAGAACCAATGTGTAGTATCAA-GACAAA 3319
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 3230 CGGTCAGGTCATTTT-GTTTAATCCCTCGGCCAGAACCAATGTGTAGTATCAACG-CAAA 3287
Query 3320 ACAGATTGCAAGTATCTTATTATAAGTCTGACTTCATAAATGATAATTATAACC 3373
|||||| ||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3288 ACAGATAGCAAGTATCTTAT-A-A-GTCCGACTTCATAAATGATAATTATAACC 3338
Score = 156 bits (84), Expect = 1e-36
Identities = 104/114 (91%), Gaps = 0/114 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGCTTCCTTAATTTTATCATCTTCTCAAATCTCACCCTGAGTATTCCCATTTTCAAATTT 60
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGCTTCCTTAATTCTATCATCTTCTCAAATCTCACCCAGAATATTCCCATTTTCAAATTT 60
Query 61 CGACGCGGTTTCAATACTCAAAACTCAAGCGCTCCAAACTAATTCCGGTCTTTA 114
|||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||
Sbjct 61 CGACGCGGTTTCAAAACTCAAAACTCAAATGCTCGAAGGTAATTGCGGTCTTTA 114
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127340639258
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5