BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G07550.1
Length=1708
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928436 jgi|Araly1|928436|scaffold_300893.1 1930 0.0
> Ahg928436 jgi|Araly1|928436|scaffold_300893.1
Length=1225
Score = 1930 bits (1045), Expect = 0.0
Identities = 1161/1217 (95%), Gaps = 7/1217 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 345 GAA-TTGAAGTGAGGCATGGAAGATGTGTCCGAGTCTGATAATAATGTTGAGACCTCCAT 403
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5 GAAGTTGAAGTGAGGCATGGAAGATGTGTCCGAGTCTG---ATAATGTTGAGACCTCCAT 61
Query 404 TATCCACCTTCCAGATGATTGCCTTTCCTTTATCTTTCAACGACTTGATAGTGTTGCTGA 463
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 62 TATCCACCTTCCAGATGATTGCCTTTCCTTTATCTTCCAACGACTTGATAATGTTGCTGA 121
Query 464 CCATGATTCATTTGGTTTGACTTGTCATCGCTGGCTCAACATCCAAAACATTAGCCGTCG 523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 CCATGATTCATTTGGTTTGACTTGTCATCGCTGGCTCAACATCCAAAACATTAGCCGTCG 181
Query 524 CTCTTTACAGTTCCAGTGTTCTTTCTCTGTCCTGAACCCTTCAAGTCTGTCTCAGACAAA 583
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 182 ATCTTTACAGTTCCAGTGTTCTTTCACTGTCCTGAACCCTGCTAGTCTGTCTCAGACAAA 241
Query 584 TCCTGATGTGAGCT-CTCATCATCTCCACAGGCTTCTTACTCGGTTTCAGTGGTTGGAGC 642
||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 TCCTGATGTCAATTCCT-ATCATCTCCACAGGCTTCTTACTCGGTTTCAGTGGTTGGAGC 300
Query 643 ATCTTTCGCTTTCTGGCTGCACTGTGCTGAATGATTCGAGTCTCGACTCCCTCAGGTATC 702
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||
Sbjct 301 ATCTTTCCCTTTCTGGCTGCACGGTGCTGAATGATTCGAGTCTCGCCTCGCTCAGCTATC 360
Query 703 CCGGTGCAAGACTGCATACTCTTTACTTAGATTGTTGCTTTGGGATTTCTGATGATGGGA 762
| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTGGTGCAAGACTGCATAGTCTTTACTTAGATTGTTGCTTTGGGATTTCTGATGATGGGA 420
Query 763 TCTCCACTATTGCTAGCTTTTGTCCCAATCTAAGTGTGGTTAGTCTTTACCGCTGCAATA 822
||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| |
Sbjct 421 TCTCCACAATTGCTAGCTTTTGTCCCAATCTCAGAGTTGTCAGTCTCTACCGCTGCAACA 480
Query 823 TCAGTGACATTGGGTTAGAAACGTTGGCCAGGGCTTCCTTGTCTCTAAAATGCGTGAATC 882
||||||||||||| || || || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCAGTGACATTGGATTGGAGACATTGGCCACGGCTTCCTTGTCTCTAAAATGCGTGAATC 540
Query 883 TCTCGTACTGCCCGCTGGTATCTGATTTTGGGATAAAAGCGTTGTCACAAGCATGCTTGC 942
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCTCGTACTGCCCTCTGGTATCTGATTTAGGGATAAAAGCATTGTCACAAGCATGCTTGC 600
Query 943 AGCTTGAGTCAGTGAAAATCTCAAACTGCAAGAGCATTACCGGTGTTGGCTTTAGTGGCT 1002
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 601 AGCTTGAGTCAGTGAAAGTCTCAAACTGCAAGAGCATTACTGGTGTTGGCTTTAATGGCT 660
Query 1003 GTTCTCCAACTCTAGGCTATGTGGATGCTGACTCTTGTCAGCTTGAGCCGAAGGGTATAA 1062
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTTCTCCAACTCTAGGCTATGTGGATGCAGAGTCTTGTCAGCTTGAGCCGAAGGGTATAA 720
Query 1063 CGGGGATCATTAGCGGAGGTGGGATTGAGTTTCTAAACATTTCAGGTGTAAGTTGCTACA 1122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 721 CGGGGATCATTAGCGGAGGTGGGATTGAGTTTCTAAATATTTCAGGTGGAAGTTGCTACA 780
Query 1123 TTCGCAAAGATGGGTTGGTACCTATTGGATCTGGAATTGCATCAAAACTTAGAATCTTGA 1182
| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TCCGCAAAGATGGGTTGGTACCTATTGGATCCGGGATTGCATCAAAACTTAGAATCTTGA 840
Query 1183 ACCTTAGGATGTGCAGAACGGTTGGTGATGAATCCATTGAAGCTATAGCAAAAGGTTGTC 1242
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ACCTAAGGATGTGCAGAACGGTTGGTGATGAATCCATTGAAGCTATAGCAAAAGGTTGTC 900
Query 1243 CATTGCTCCAAGAGTGGAACTTGGCTCTTTGTCATGAAGTTAAGATTTCGGGATGGGAAG 1302
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 901 CATTGCTCCAAGAGTGGAACTTGGCTCTGTGTCATGAAGTTAAGGTTTCGGGATGGAAAG 960
Query 1303 CCGTAGGGAAGTGGTGCCGTAACTTGAAGAAACTCCATGTGAACCGTTGTAGGAACTTAT 1362
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CCGTAGGAAAGTGGTGCCGTAACTTGAAGAAACTCCATGTGAACCGTTGTAGGAACTTAT 1020
Query 1363 GTGACCAAGGGTTGCTTGCTCTACGATGCGGTTGCATGAACCTCCAGATTCTCTACATGA 1422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTGACCAAGGGTTGCTTGCTCTACGATGCGGTTGCATGAACCTCCAGATTCTCTACATGA 1080
Query 1423 ACGGGAACGCGAGGCTGACCCCTACAGCAATTGAGATGTTCAGATTACATAGAGCCGATA 1482
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ACGGGAACGTGAGGCTGACCCCTACAGCAATTGAGATGTTCAGATTACATAGAGCCGATA 1140
Query 1483 TAACACTAAGAACAGAAGAAATGATGGTCATAGGACCAGACTGGAGACTATATGCACAAG 1542
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TAACACTAAGGACAGAAGAAATGATGGTCATAGGACCAGACTGGAGACTATATGCACAAG 1200
Query 1543 AATAAAAGCATCAATTT 1559
||| || ||||||||||
Sbjct 1201 AATGAA-GCATCAATTT 1216
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64067792090
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5