BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G07560.1
Length=1375
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478079 jgi|Araly1|478079|fgenesh2_kg.3__780__AT3G07560.1 2015 0.0
> Ahg478079 jgi|Araly1|478079|fgenesh2_kg.3__780__AT3G07560.1
Length=1301
Score = 2015 bits (1091), Expect = 0.0
Identities = 1252/1324 (95%), Gaps = 33/1324 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGAAGAAAGTAATCTGTTTTGttttttcctctcttttcgaggtcccttctcctctgtct 60
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1 AAGAAGAAAGTAATCCGTTTTGTTTTTTCCTCTCTTTTCGAGGTCCCTCCTCCTTTGTCA 60
Query 61 tcttcatcccacctctcttgtctctctatctctctctctcCGCGCTTGAGGTTGGCGTCG 120
|| | | ||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 TC-T--T-----CTCTC---TCTCTC--TCTCT-T-TCTCCGCGCTTGAGGTTGGCATCG 105
Query 121 GAGATTACCAACAAGAGCTCTCTCCAATCGTCGTCTCTTTGATATATGGCGTCTCAGCCT 180
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 106 GAGATTACC-A-AAGAGCTCTCTCCAATCGTCGTCTC-TTG-GATATGGCGTCTCAGCCT 161
Query 181 GCAGGTGGCAGTCCTCCTAAACCTTGGGAAAAAGAAGGAAATACATCTGGTCCTA-ATCC 239
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 162 GCAGGTGGTTGTCCTCCTAAACCTTGGGAACAAGAAGGAAATACATCTGGTCCTACA-CC 220
Query 240 TTTCAGGCCTCCTTCTAATACTAGCACGGCTGGTTCAGTTGAGGCTTCTGGCACAGCTAA 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 221 TTTCAGGCCTCCTTCTAATACTAGCACGGCTGGTTCAGTTGAGGCTTCTGGCACAGCTAA 280
Query 300 TCCTGGTGAAGTAGTTCCTCCGCCCGTGAACAGGCCTAATACAGCTGCTAATATGAATTC 359
||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 281 TCCTGGTGAAGTAGTTCCTCCCCCCGTGAACCGGACTAATACAGCTGCTAATATGAATGC 340
Query 360 ACTCAGTAGGCCTGTACCGGCTAGACCTTGGGAACAGCAGAATTATGGGAGCACTATGGG 419
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 ACTGAGTAGGCCTGTACCGGCTAGACCTTGGGAGCAGCAGAATTATGGGAGCACTATGGG 400
Query 420 GGGAGGTTATGGTTCAAATCTAGGTATGACCTCTGGGTATGGGTCAGGTACATATGGTTC 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 AGGAGGTTATGGTTCAAATCTAGGTATGACCTCTGGGTATGGGTCAGGTACATATGGTTC 460
Query 480 AGCATTAGGTGGGTATGGTTCATCATATGGTGGTGGGATGTATGGAGGTAGTAGCATGTA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 461 AGCATTAGGTGGGTATGGTTCATCATATGGTGGTGGGATGTATGGTGGTAGTAGCATGTA 520
Query 540 TAGAGGAGGTTatggt-g-g-tggtgggctctatggaagttcaggcatgtatggtggtgg 596
|||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 TAGAGGAGGTTATGGTGGTGCTGGTGGTCTCTATGGAAGTTCAGGCATGTATGGTGGTGG 580
Query 597 tgcgatgggtggttatggtggcacgatgggtggttatggtatgggtatgggaacgggaat 656
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 CGCGATGGGTGGTTATGGTGGCACGATGGGTGGTTATGGTATGGGTATGGGAACGGGAAT 640
Query 657 gggaatggggatgggaatgggaatgggtggtCCTTATGGTAGTCAAGATCCAAATGACCC 716
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 641 GGGAATGGGGATGGGAATGGGAAT--G-GGTCCTTATGGTGGTCAAGATCCAAATGACCC 697
Query 717 TTTTAATCAACCTCCATCTCCACCAGGCTTCTGGATATCATTTCTCCGTGTGATGCAAGG 776
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 698 TTTTAATCAGCCTCCATCTCCACCAGGCTTCTGGATATCATTTCTCCGTGTGATGCAAGG 757
Query 777 TGCTGTGAATTTCTTTGGCCGTGTAGCGATGCTTATAGATCAAAACACACAGGCCTTTCA 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 758 TGCTGTGAATTTCTTTGGCCGTGTAGCGATGCTTATAGATCAAAACACACAGGCCTTTCA 817
Query 837 CATGTTCATGTCTGCCCTTCTTCAGCTATTTGATCGTGGTGGTATGTTATATGGAGAATT 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 CATGTTCATGTCTGCCCTTCTTCAGCTATTTGATCGTGGTGGTATGTTATATGGAGAATT 877
Query 897 AGCAAGATTTGTACTGCGTATGCTTGGGGTGAGAACAAGGCCTAGAAAGATGCAGCAGCC 956
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 878 AGCAAGATTTGTATTGCGTATGCTTGGGGTGAGAACAAGGCCTAGAAAGATGCAGCAGCC 937
Query 957 ACCACAAGGGCCTAATGGGCTACCTTTACCACACCAGCCACATGGAAACCAGAACTACCT 1016
|||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 938 ACCACAAGGGCCTAATGGACTCCCTTTACCCCACCACCCACATGGAAACCAGAACTACAT 997
Query 1017 CGAGGGGCCTAAAACTGCTGCACCAGGTGGTGGCGGTGGTTGGGACAATGTATGGGGCAA 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 998 CGAGGGGCCTAAAACTGCTGCACCAGGTGGTGGCGGTGGTTGGGACAATGTATGGGGCAA 1057
Query 1077 CTAA--GTTACTTCTTTCATTACCCAAATCCTTCAACATTGCTTTAAA-ACACCATGACA 1133
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || || |
Sbjct 1058 CTAAAAGTTACTTCTTTCATTACCCAAATCCTTCAGCATTGCTTTAAATACAACAAGAAA 1117
Query 1134 ACCAGTTGGTTACCGATAGAAGATAAACCGTGTAGCAGCCTGCAACACAGATTGGGATGT 1193
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1118 ACCAGTTGGTTACCGATAGAAGACAAGCCGTGTAGCAGCCTGCAACGCAGATTGGGATGT 1177
Query 1194 ACGAAAACCAGATGTTTGTTTGCAAATTGAGtctcttcttctcttctctctatctctc-a 1252
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1178 ACGAAAACCAGATGTTTGTTTACAAATCGAGTCTCTTCTTCTCTTCTCTCTATCTCTCTA 1237
Query 1253 g-tat-tctctGATTGTGTGGTAAAGGATAGATGTCGTACTCTACAAAATGGAAAGTGAA 1310
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1238 TCTATCTCTCTGATTGTGTGGTAAAGGATAGATGTCGTACTCAATAAAATGGAAAGTGAA 1297
Query 1311 GTTT 1314
||||
Sbjct 1298 GTTT 1301
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 51465937950
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5