BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G07660.1
Length=3212
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928450 jgi|Araly1|928450|scaffold_300907.1 4132 0.0
> Ahg928450 jgi|Araly1|928450|scaffold_300907.1
Length=2593
Score = 4132 bits (2237), Expect = 0.0
Identities = 2482/2601 (95%), Gaps = 13/2601 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 170 TACGTTTGATAGAAGAGAGGATGGTCGGCAGTGGCGCTAGGGTTTCGATTTCGGCTACTA 229
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||
Sbjct 1 TACCTTTGATATAAGAGAGGATGGTCGGCAGTGGCGCTAGGGTTTCGATTCCGGCCAGTA 60
Query 230 CTCGGAAGATGATTCAGAACATTAAGGAGACCACTGCTGGGAACTATAGCGAGGATGAGA 289
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCGGAAGACGATTCAGAACATCAAGGAGACCACTGCTGGGAACTATAGCGAGGATGAGA 120
Query 290 TTATCGCAATGCTTCATGAATGTAACATGGATCCTGATGAGACCGCTCAACGCTTACTTC 349
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCTCGCAATGCTTCATGAATGTAACATGGATCCTGATGAGACCGCTCAACGCTTACTTC 180
Query 350 TTCAGGATCCATTCCATGAGGTTaaaaaaaaGCGTGATAAGAGGAAAGAGAACATCAACA 409
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 181 TTCAGGATCCATTCCATGAGGTTAAAAAAAAGCGTGATAAGAGGAAAGAGAACATCCACA 240
Query 410 ACAAGGATTCTGCTGAATCACAATGGAGATCTGGTGGAGGGGGCCGTGGTAGCAGGGGTG 469
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 241 ACAAGGATTCTGCTGAATCACCATGGAGATCTGGTGGAGGGGGGCGTGGTAGCAGGGGTG 300
Query 470 GTCGGATGAATTTCTCTTCTCGTCATGCATCAAATGATGTTGCTGGTGCAAAGAATTCTT 529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTCGGATGAATTTCTCTTCTCGTCATGCATCAAATGATGTTGCTGGTGCAAAGAATTCTT 360
Query 530 TCAAAAAAGAAAACGGTCCAAAGCAGGTTATTGATCCATCAACTTCAACCTCTCAAGAGA 589
||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 361 TCAGAAAAGAAAACGGTCCAAAACAGGTCACTGATCCATCAACTTCAACCTCTCAAGGGA 420
Query 590 TAAAAACGAAAGATATAGCTCTGGTCTCAAGCCATTCTGCTGTGATGGATAAAAGTACTG 649
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TAAAAACGAAAGATATGGCTTTGGTCTCAAGCCATTCAGCTGTGATGGATAAAAGTACTG 480
Query 650 TTGGTCCGAAATCAGGAAGCTCTGATGTTCGCCAGTCTTCCAACCTACCAGCTGGTTCAG 709
|||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 TTGGTCTGACATCAGGAAGCTCTGATGTTCGCCATTCTTCCAACCTACCAGCTAGTTCAG 540
Query 710 GTCAACTTAAAGCTGGC-CGATCTTCAGTGCCCTCAAACAACATTGATGGTGCACCGTCT 768
||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTCAACTGAAAGCT-ACTGGATCTTCAGTGCTCTCAAACAACATTGATGGTGCACCGTCT 599
Query 769 TCTGTGGAATTAAGCAAAAATCGTGTAGCAGTTGGCTCTAGGGTTGTGCATACTGAGCAG 828
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||
Sbjct 600 TCTGTGGAATTAAGCAAAAATCGTTTAGCAGTTGGCTCAAGGGATGTGTATACTGAGCAG 659
Query 829 AAGGCAGTTGATTCTCTGCCACTCCCTCGTCCATCCTCTTCTGAAGTTCGATTCACATCT 888
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AAGTCAGCTGATTCTCTGCCACTCCCTCGTCCATCCTCTTCTGAAGTTCGATTCACATCT 719
Query 889 TCAAATCCCAAATCAGAGCAAACAGCACCTGAACAGCACATTGGAGAAAGCAAGTCCCAT 948
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TCAAATCCCAAATCAGAGCAAACAGCACATGAACAGCACATTGGAGAAAGCAAGTCCCAT 779
Query 949 ACCAGATCCCGTGGGGTTGGGAAGACTGCCGTGAATGATACTTATGGTT-CAAGGCCTGC 1007
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| | ||||||||
Sbjct 780 GCCAGATCCCGTGGGGTTGGGAAGACTGCCGTGAATG--A-TTAT-GTTCCGAGGCCTGC 835
Query 1008 TTCATCTCATAGCAACAGCACGGGTAGTCGGCCTTCTTCTAACTACAGTAATCGGTCACA 1067
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 TTCGTCTCATAGCAACAGCACGGGTAGTCGGCCTTCTTCTAACTACAGTAATCGGTCACA 895
Query 1068 TCAGACTGTCGGTCCTCAAAGAGGTGCTGGTTCCATTAAGGAATGGAAACCGAAGCCAGT 1127
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TCAGACTGTTGGTCCTCAAAGAGGTGCTGGTTCCATTAAGGAATGGAAACCGAAGCC--- 952
Query 1128 AGTGAACCATAACACTACCCAGGGCTCTGGTGCATCATCTACAGGTGAAACTCTTGCAGT 1187
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 953 AGTGAACCATAACACTACCCAGGGCCCTGGTGCATCATCTACAGGTGAAACCCTTGCAGT 1012
Query 1188 TCCTACTGAAGCCAGTGACAAATCAGTTGAAGATGCTACCCCTTCGGCAGAAGCCACATC 1247
|||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||| || |||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1013 TCCTACTGAATCCAGTGAAAAATCTGTTGAGGATGTTATCCCTTCAGCAGAGGCCACATC 1072
Query 1248 CAGATTGCAGAGACAGCTTGAAGACTTGCAGATTCAACGTCAGCATGTTATTATTCCAAA 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 CAGATTGCAGAGACAGCTTGAAGACTTGCAGATTCAACGTCAGCATGTTATTATTCCAAA 1132
Query 1308 CCATATTCTTGTTCCAGAGGCTGAACGAACCAAGTTAAGCTTTGGAAGCTTTGATGCTGA 1367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 CCATATTCTTGTTCCAGAGGCTGAACGAACCAAGTTAAGCTTTGGAAGCTTTGATGCTGG 1192
Query 1368 CTTTTCTATTACGTCTAGCACAGTAGCCTTTCCTCAGAGTGAAAAGAGATCTGCACCTCT 1427
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 CTTTTCTATTACGTCTAGCTCAGTAGCCTGTCCTCAGAGTGAAAAGAGATCTGCACCTCT 1252
Query 1428 TTCTCATAATTCGCAGGAAGTTGAAGAAAGTTTTGCAGAGGAGGAATTTAGGCACCCAAC 1487
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 CTCTCATAATTCGCAGGAAGTTGAAGAAAGTTTTGAAGAGGAGGAATTTAGGCACCCAAC 1312
Query 1488 TGTCCATTCGATTGAAAAAGAAGAGGACGGTAATGTTTACTCCGAGTCACCTTCACAAGT 1547
||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TGTCCATTCGACTGAAAAGGAAGAGGACAATAATGTTTACTCCGAGTCACCTTCACAAGT 1372
Query 1548 TCCAGATAATATGGCTGGTGAAGGTAATACTGCAACAAATACAGCTCCAGAGTATGATGT 1607
|||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1373 TCCAGAAAATATGGCTGGTGAAGGTATTAGTGCAACAAATGCAGCTCCAGAGTATGATGT 1432
Query 1608 CACCAAGCAGGAGAATATGTTGGAGTCCGAAAGCAATCAAAACTCGTTTGACCAGGTTCC 1667
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1433 CACCAAGCAAGAGAATCTGTTGGAGTCCGAAAGCAATCAAAACTCTTTTGACCATGTTCC 1492
Query 1668 AAGTAATATTATTGGGATTGTTCCTCCAGCTCCTGGGAACCAGCATCCACAATTTGAGAC 1727
||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 AAGTAGTATTATCGGGCTTGCTCCTCCAGCTCCTGGGAGCCAGCATCCACAATTTGAGAC 1552
Query 1728 TTCTGACCCTCAAGCACGTGATGCCCTTCGTCTTCCCAGTTTTATGGGCCAACAACCTTT 1787
| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| ||||||
Sbjct 1553 TGCTGACCCTCAAGCACGTGATGCTCTTCGTATTCCCAATTTTGTGGTCCAACCACCTTT 1612
Query 1788 TGATACGGCGAGCTACTATGCTCAGTTCTACCGCTCAGGTCCTGACAGTGATGGCCGTGT 1847
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 TGATACGGCGAGTTACTATGCTCAATTCTACCGCCCAGGTCCTGACAGTGATGGCCGTGT 1672
Query 1848 TTCTCCCTTCGTTTCCCCAGGGGTTGCCTCCAAATTTAATGGG-A--TTACAGTATTGCC 1904
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||
Sbjct 1673 TTCTCCCTTTGTTTCCCCAGGGGTTGCCTCCAAATTTAATGGGAATGTTACAGTAATGCC 1732
Query 1905 TCCGCATTCATCTCAAACCATGCAAGAGGGTGGAAATAACTTGGTCCTGTCTACTGCTAG 1964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1733 TCCGCATTCATCTCAAACCATGCAAGAGGGTGGAAATAACTTAGTTCTGTCTACTGCTAG 1792
Query 1965 TCCACCACCACTGGTAACTCAAGCTGCTGGACTAATGCAGAGCTCTATACCTGTCACGCA 2024
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 TCCACCACCACTGGTAACTCAGGCTGCTGGACTAATGCAGAGCTCTATACCTGTCACGCA 1852
Query 2025 GCAGCCTGTTCCTGTTTTCCGCCCTCCGGGCTTACATATGTCGCATTATCCACCAAACTA 2084
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1853 GCAGCCTGTTCCTGTTTTCCGCCCCCCGGGTTTACATATGTCGCATTATCCACCAAATTA 1912
Query 2085 CGTGCCATATGGATACTTCTCCCCATTCTATTTACCTCCCCCTACAATGCACCAATACTT 2144
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 CGTGCCATATGGATACTTCTCCCCATTCTATCTACCTCCCCCTACAATGCACCAATACTT 1972
Query 2145 AAGCAATGGTGCATATGCTCAGCAACCTCAGGCAAGCGGTGTATATCCTCCACCTCCTGG 2204
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1973 AAGCAATGGTGCATTTGCTCAGCAACCTCAGGCAAGCGGTGTATATCCTCCACCCCCTGG 2032
Query 2205 AACTGCAACAGGAGGCAAATACACACTCCCTCATTACAAGCCTGGGACTAATACAGGAAA 2264
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 AGCTGCAACAGGAGGCAAATACACACTCCCTCATTACAAGCCTGGGACTAATACAGGAAA 2092
Query 2265 CATGACTCATGTCGGTATTACTGGTGGGTATGGACCAACATATGGGTCTTTCCCAGCAGG 2324
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2093 CATGACTCATGTCGGTATGCCTGGTGGTTATGGACCAACATATGGGTCCTTCCCAGCAGG 2152
Query 2325 ATATAATCCCACCTCTGCTGCATCGGCCGGGAATTCGACTTCCAATGAGGATCTCAACTC 2384
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 ATATAATCCCACCTCTGCTGCATCAGCCGGGAATTCGACTTCCAATGAGGATCTCAACTC 2212
Query 2385 ATTGCAGTTGAAAGAAAACAACGGCTACAGTACAACAGGGCAACAGAGTGAAGCATTACC 2444
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 ATTGCAGTTGAAAGAAAACAACGGCTACAGCGCAACAGGGCAACAGAGTGAAGCATTACC 2272
Query 2445 TGTATGGATTACTGGACCAGGACGAGATGTGCCAAGCTCTTTCTATGGTTTACAGCACCA 2504
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 TGTATGGATTACTGGGCCAGGACGAGATGTGTCAAGCTCTTTCTATGGTTTACAGCACCA 2332
Query 2505 TGGGCAACACGTGACTTATGCTCCAGCACAAGCTGGTCACGTCGCATTCCCAGGTATGTA 2564
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||
Sbjct 2333 TGGGCAACACGTGACTTACGCTCCAGCACAAGCTGGTCACGTCGCGTACCCAGGTATTTA 2392
Query 2565 CCATCCGGGACAAGCAGTAACAGCAACAGGAGTCCATCATCCGCTTTTACAACAGTCTCA 2624
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 CCATCCGGGACAAGCAGTAACAGCAACAGGAGTTCATCATCCGCTTTTACAACAGTCTCA 2452
Query 2625 AGGTGTGGCTGGAGCTGAAATGGTTGCACCTGCGCCTAACGTTTTCCAACAGCCTCAGCA 2684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 AGGTGTGGCTGGAGCTGAAATGGTTGCACCTGCGCCTAACGTTTTCCAACAGCCTCAGCA 2512
Query 2685 AACACAGATGAATTGGCCAAGTAATTACTGAAACAGGAAGTATAAAGGAGAAAAAGATTT 2744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 AACACAGATGAATTGGCCAAGTAATTACTGAAACAGGAAGTATAAAGGAGAAAAAGATTT 2572
Query 2745 TGAAGATTCAACAAGTTTCAA 2765
|||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 TGAAGATTCAACAAGTTTCAA 2593
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121355520570
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5