BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G07770.1
Length=2687
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928461 jgi|Araly1|928461|scaffold_300918.1 4113 0.0
> Ahg928461 jgi|Araly1|928461|scaffold_300918.1
Length=2442
Score = 4113 bits (2227), Expect = 0.0
Identities = 2372/2443 (97%), Gaps = 5/2443 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 TTTTAGAAGTTTGCGACGATGATCAGGCTCTCTAAGCGCTCCGTCTCTACCCTCCTACGC 105
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3 TTTTAGAAGTTTGCGACTATGATAAGGCTCTCTAAGCGCTCCGTCTCTACCTTCCTACGC 62
Query 106 TCCGGTAACCAAAGCTTCCGTATCGCCGCCGCAGCTTCCACCTCCCGTTCTTCCCCATCT 165
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 63 TCCGGTAACCGAAGCTTCCGTGTCGCCGCCGCAGCTTCCACCTCCCGCTCTTCCCCATCT 122
Query 166 GCCACGGATGTCAAGAGAAGTGACACTGAATCGAGATGGTACTCATCTTTAACCAATGGA 225
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 GCCACGGATGTGAAGAGAAGTGACACTGAATCGAGATGGTACTCATCTTTAACCAATGGA 182
Query 226 CAATCTAAGAATAGTGGGTCATTTGCTCAATTGAACATGAAAACCAATTGGTTTATGGGA 285
||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 CAATCTACGAAAAGTGGGTCATTGGCTCAATTGAACATGAAAACCAATTGGTTTATGGGA 242
Query 286 TACCGGAACGAATCCAGTGCAGCAGCATCAGATTCTTCCTCACAAGCTCCTCCACCGGCT 345
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 243 TACCGGAACGAATCCAGTGCAGCAGCATCAGACTCTTCCTCGCAAGCTCCTCCACCGGCT 302
Query 346 GAGAAATTCGAGTATCAAGCTGAAGTTAGTCGCCTCATGGACCTTATTGTCAACAGCTTA 405
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 303 GAGAAATTCGAGTATCAAGCTGAAGTTAGTCGCCTCATGGACCTTATTGTTAACAGCTTA 362
Query 406 TACAGCAATAAGGAGGTGTTTCTTCGGGAGCTTATTAGTAATGCAAGTGATGCATTGGAT 465
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 TACAGCAATAAGGAGGTGTTTCTTCGGGAGCTTATTAGTAATGCAAGTGATGCATTGGAT 422
Query 466 AAGCTTCGTTATTTGAGCGTTACCAACCCTGAGCTCTCAAAAGATGCTCCTGATCTTGAT 525
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 423 AAGCTTCGTTATTTGAGCGTTACCAACCCTGAGCTTTCAAAAGATGCTCCTAATCTTGAT 482
Query 526 ATACGTATCTATGCAGACAAGGAGAATGGAATCATAACTCTCACTGATTCTGGTATTGGT 585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 ATACGTATCTATGCAGACAAGGAGAATGGAATCATAACTCTCACTGATTCTGGTATTGGT 542
Query 586 ATGACACGGCAAGAATTAGTTGACTGTCTTGGGACTATTGCTCAAAGTGGAACCGCCAAG 645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 543 ATGACACGGCAAGAATTAGTTGACTGTCTTGGGACTATTGCTCAAAGTGGAACTGCCAAG 602
Query 646 TTCATGAAAGCTCTAAAGGATAGCAAGGATGCAGGTGGTGACAACAATTTAATTGGTCAA 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 TTCATGAAAGCTCTAAAGGATAGCAAGGATGCAGGTGGTGACAACAATTTAATTGGTCAA 662
Query 706 TTTGGTGTAGGG-TTCTATTCAGCATTTTTGGTTGCAGATCGGGTAATTGTGTCAACCAA 764
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 TTTGGTGT-GGGATTCTATTCAGCATTTTTGGTTGCAGATCGGGTAATTGTGTCAACCAA 721
Query 765 GAGCCCTAAGTCTGATAAACAATATGTATGGGAAGGAGAAGCAAATTCAAGCAGTTTTAC 824
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 GAGCCCTAAGTCTGATAAGCAATATGTATGGGAAGGAGAAGCAAATTCAAGCAGTTTTAC 781
Query 825 CATTCAGGAAGATACTGACCCACAATCTCTCATTCCTAGAGGAACTCGTATTACTTTGCA 884
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 CATTCAGGAAGATACTGATCCACAGTCTCTCATTCCTAGAGGAACTCGTATTACTTTGCA 841
Query 885 TCTTAAGCAAGAAGCCAAAAACTTTGCAGATCCTGAGCGGATTCAGAAGCTCGTGAAAAA 944
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 TCTGAAGCAAGAAGCCAAAAACTTTGCAGATCCTGAGCGGATTCAGAAGCTCGTGAAAAA 901
Query 945 CTATTCCCAGTTTGTTTCTTTCCCTATTTACACTTGGCAGGAAAAAGGATACACAAAAGA 1004
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 CTATTCCCAATTTGTTTCTTTCCCTATTTACACGTGGCAGGAAAAAGGATACACAAAAGA 961
Query 1005 GGTTGAGGTTGAAGATGATCCAACTGAAACaaaaaaaGATGACCAAGATGACCAAACTGA 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 GGTTGAGGTTGAAGATGATCCAACTGAAACAAAAAAAGATGACCAAGATGACCAAACTGA 1021
Query 1065 GAAAAAGAAGAAGACCAAGAAGGTTGTTGAGAGATACTGGGATTGGGAGCTTACAAATGA 1124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 GAAAAAGAAGAAGACCAAGAAGGTTGTTGAGAGATATTGGGATTGGGAGCTTACAAATGA 1081
Query 1125 GACACAACCGATTTGGCTGCGTAACCCTAAGGAGGTGACAACAGCAGAATACAATGAGTT 1184
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1082 GACACAACCGATTTGGTTGCGTAACCCTAAGGAGGTGACAACAGAAGAATACAATGAGTT 1141
Query 1185 TTACAGAAAAGCTTTCAATGAGTATTTGGACCCATTGGCTTCATCCCATTTCACGACAGA 1244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 TTACAGAAAAGCTTTCAATGAGTATTTGGACCCATTGGCATCATCCCATTTCACGACAGA 1201
Query 1245 GGGCGAAGTCGAGTTTAGGTCTATCCTATATGTGCCACCTGTTTCACCATCGGGGAAGGA 1304
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1202 GGGCGAAGTCGAGTTTAGATCTATCCTATATGTGCCACCTGTTTCACCAACGGGGAAGGA 1261
Query 1305 TGACATAGTCAATCAAAAGACAAAGAACATAAGGCTCTATGTTAAACGAGTTTTCATTTC 1364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 TGACATAGTCAATCAAAAGACAAAGAACATAAGGCTCTATGTTAAACGAGTTTTCATTTC 1321
Query 1365 AGATGACTTTGATGGGGAGCTGTTTCCTCGGTACTTGAGCTTTGTTAAAGGTGTTGTGGA 1424
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 AGATGACTTCGATGGGGAGCTGTTTCCTCGGTACTTGAGCTTTGTTAAAGGTGTTGTGGA 1381
Query 1425 CTCGCATGATCTCCCACTTAATGTATCACGTGAGATTCTTCAAGAAAGTCGCATAGTGCG 1484
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1382 CTCGCATGATCTCCCACTTAATGTATCCCGTGAGATTCTTCAAGAAAGTCGCATTGTGCG 1441
Query 1485 GATCATGAAGAAACGTCTAGTGAGGAAGGCTTTTGATATGATTTTGGGTATATCCTTGAG 1544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1442 GATCATGAAGAAACGTCTAGTGAGGAAGGCTTTTGATATGATTTTGGGTATATCCTTAAG 1501
Query 1545 TGAAAACAGAGAAGACTATGAGAAGTTTTGGGATAATTTTGGCAAACACTTGAAATTAGG 1604
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||
Sbjct 1502 TGAAAACAGAGAAGACTATGAGACGTTTTGGGAGAATTTTGGCAAACATTTGAAACT-GG 1560
Query 1605 G-TGCATCGAAGACCGTGAAAACCACAAGCGTATAGCTCCACTGCTTCGATTTTTCTCCT 1663
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GATGCATCGAGGACCGTGAAAACCACAAGCGTATAGCGCCACTGCTTCGATTTTTCTCCT 1620
Query 1664 CCCAGAGTGAGAATGACATGATCAGCTTGGATGAGTATGTTGAGAACATGAAACCTGAAC 1723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 CCCAGAGTGAGAATGACATGATCAGCTTGGATGAGTATGTTGAGAACATGAAACCTGAAC 1680
Query 1724 AGAAAGCCATATACTTCATTGCTTCTGACAGCATTACAAGTGCTAAGAATGCACCTTTCC 1783
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 AGAAAGCCATATATTTCATTGCTTCCGACAGCATTACAAGTGCTAAGAATGCACCTTTCC 1740
Query 1784 TCGAAAAGATGCTGGAGAAAGGACTTGAAGTACTATATTTGGTAGAGCCTATTGATGAAG 1843
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TCGAAAAGATGCTGGAGAAGGGACTTGAAGTATTATATTTGGTAGAGCCTATTGATGAAG 1800
Query 1844 TTGCCGTACAGAGTTTAAAAGCTTATAAGGAGAAGGATTTTGTAGATATCAGCAAGGAAG 1903
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TTGCGGTGCAGAGTTTAAAAGCTTATAAGGAGAAGGATTTTGTAGATATCAGCAAGGAAG 1860
Query 1904 ACTTGGATCTAGGAGACAAGAACGAGGAGAAAGAGGCAGCAGTGAAAAAAGAGTTTGGAC 1963
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1861 ACTTGGATCTAGGAGACAAGAACGAGGAGAAAGAGGCAGCAGTGAAAAAAGAGTTTGGGC 1920
Query 1964 AGACTTGTGACTGGATAAAGAAACGATTGGGTGACAAGGTTGCCAGTGTTCAAATTTCCA 2023
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AGACTTGTGATTGGATAAAGAAACGATTGGGTGATAAGGTTGCCAGTGTTCAAATTTCCA 1980
Query 2024 ACCGTCTTAGTTCTTCCCCCTGTGTTCTTGTATCTGGTAAATTTGGTTGGTCAGCCAATA 2083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 ACCGTCTTAGTTCTTCCCCCTGTGTTCTTGTATCTGGTAAATTTGGTTGGTCAGCCAATA 2040
Query 2084 TGGAGAGGCTAATGAAGGCACAATCAACTGGTGACACAATAAGCCTCGACTACATGAAAG 2143
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || | ||||||||
Sbjct 2041 TGGAGAGGCTAATGAAGGCACAATCAGCTGGTGACACAACAAGCCTTGAGTTCATGAAAG 2100
Query 2144 GGAGAAGAGTGTTTGAGATCAATCCCGACCACTCAATTATCAAGAACATAAATGCTGCTT 2203
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 GGAGAAGAGTGTTTGAGATCAATCCCGACCACTCGATTATCAAGAACATAAATGCTGCTT 2160
Query 2204 ACAATAGTAACCCAAATGACGAAGATGCAATGAGAGCCATAGATCTTATGTATGACGCAG 2263
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2161 ACAACAGCAACCCAAATGACGAAGATGCAATGAGAGCCATAGATCTTATGTATGATGCAG 2220
Query 2264 CACTAGTTTCTAGTGGGTTCACGCCCGATAATCCAGCAGAGCTGGGTGGGAAGATATATG 2323
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 CACTAGTTTCTAGTGGGTTCACGCCTGAGAATCCAGCAGAGCTGGGTGGGAAGATATATG 2280
Query 2324 AGATGATGGATGTAGCTCTTTCCGGGAAATGGTCAAGCCCTGAGGTGCAGCCGCAGCAAC 2383
||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 AGATGATGGGTATAGCTCTTTCCGCGAAATGGTCAAGCCCTGAGGTGCAGCCGCAGCAAC 2340
Query 2384 AGCAGATGGCACATTCTCACGATGCAGAGACGTTTGAAGCTGAAGTGGTTGAACCAGTCG 2443
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2341 AGCAGATGGCACATTCTCACGATGCAGAGACATTTGAAGCTGAAGTGGTTGAACCAGTTG 2400
Query 2444 AAGTGGATGGGAAGAAATGAACACAAGCCTAATGTTTTATGTC 2486
||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||
Sbjct 2401 AAGTGGATGGGAAGAAATGAAGAGAAGCTTAATGTTT-ATGTC 2442
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101358141945
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5