BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G07960.1
Length=2817
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928483 jgi|Araly1|928483|scaffold_300940.1 3674 0.0
> Ahg928483 jgi|Araly1|928483|scaffold_300940.1
Length=2188
Score = 3674 bits (1989), Expect = 0.0
Identities = 2122/2188 (97%), Gaps = 1/2188 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 368 gaagaaagaagaagagagaaaTGTCGGTAGCACACGCAGATGACGCCGACGATTACAGCA 427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAAGAAAGAAGAAGAGAGAAATGTCGGTAGCACACGCAGATGACGCCGACGATTACAGCA 60
Query 428 GACCAACGGGAGAGAGTTACCACGCCGAGAAAGCATTACCAAGCGGTGATTTCTACACAG 487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GACCAACGGGAGAGAGTTACCACGCCGAGAAAGCATTACCAAGCGGTGATTTCTACACAG 120
Query 488 GACAATGGCGAGACAATCTCCCTCACGGTCATGGCAAATACCTTTGGACCGATGGTTGTA 547
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GACAATGGCGAGATAATCTCCCTCACGGTCATGGCAAATACCTTTGGACCGATGGTTGTA 180
Query 548 TGTATGTCGGAGATTGGCACCGAGGCAAAACCATGGGCAAAGGTCGTTTTAGTTGGCCTA 607
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGTATGTCGGAGATTGGCACAGAGGCAAAACCATGGGCAAAGGTCGTTTTAGTTGGCCTA 240
Query 608 GTGGTGCCACCTACGAAGGCGATTTCAAAAACGGCTACATGGACGGCAAAGGTACTTACA 667
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTGGTGCCACCTACGAAGGCGATTTCAAAAACGGTTACATGGACGGCAAAGGTACTTACA 300
Query 668 TTGATTCCTCTGGAGATTTATATAGAGGATCATGGGTGATGAATCTGAGACATGGGCAAG 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGATTCCTCTGGAGATTTATATAGAGGATCATGGGTGATGAATCTGAGACATGGGCAAG 360
Query 728 GAACGAAAAGTTACGTCAACGGAGATTGCTACGATGGAGAATGGAGAAGAGGTTTACAAG 787
| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 361 GGACGAAAAGTTACGTCAACGGAGATTGCTACGACGGTGAATGGAGGAGAGGTTTACAAG 420
Query 788 ATGGACATGGGAGGTATCAATGGAAGAACGAGAATCATTACATTGGACAATGGAAGAATG 847
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATGGACATGGGAGGTATCAGTGGAAGAACGAGAATCATTACATTGGACAATGGAAGAATG 480
Query 848 GTTTGATGAATGGTAACGGGACGATGATATGGAGCAACGGGAACCGTTACGATGGGTCTT 907
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 481 GGTTGATGAATGGTAACGGGACGATGATATGGAGCAACGGGAACCGTTACGATGGCTCTT 540
Query 908 GGGAAGACGGAGCTCCTAAAGGCAATGGAACTTTCCGATGGTCGGATGGGAGTTTCTACG 967
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 541 GGGAAGACGGAGCTCCTAAAGGCAATGGAACTTTCCGATGGTCGGACGGGAGTTTCTACG 600
Query 968 TTGGAGTTTGGAGTAAAGATCCTAAAGAACAGAACGGGACTTATTACCCTTCGACTTCTT 1027
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 601 TCGGAGTTTGGAGCAAAGATCCTAAAGAACAGAACGGGACTTATTACCCTTCGACATCTT 660
Query 1028 CCGGGAATTTTGATTGGCAACCACAACAAGTGTTTTATGTTGATTTGAGTGAATGTGTGG 1087
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CAGGGAATTTTGATTGGCAACCACAACAAGTGTTCTATGTTGATTTGAGTGAATGTGTGG 720
Query 1088 TTTGTACTTGTCAGAGAATCCCGGTTTTGCCGTCTCAGAAGATGCCGGTTTGGTACGGTG 1147
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTTGTACTTGTCAGAGAATCCCGGTTTTGCCATCTCAGAAGATGCCGGTTTGGTACGGTT 780
Query 1148 CTTCTGAGCAGAGTAGTAGTGGGAACAGGACGAAGAACAGTGAGAGGCCGAGGAGGAGAT 1207
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTTCGGAGCAGAGTAGTAGTGGGAACAGGACCAAGAACAGTGAGAGGCCGAGGAGGAGAT 840
Query 1208 CTGTTGATGGAAGAGTAAGTAATGGTGAAATGGAATTGAGGAGTAATGGTTCTGGTTATC 1267
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 841 CTGTTGATGGAAGAGTAAGTAATGGTGAAATGGAATTGAGGAATAATGGTTCTGGTTATC 900
Query 1268 TTCAGGTAGATGATAATGCTGAGAGTACTAGATCATCACTAGGGCCTTTGAGAATACAAC 1327
||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 901 TTCAGTTAGATGATAATGCAGAGAGTAATAGATCATCATTAGGGCCTTTGAGAATACAGC 960
Query 1328 CTGCTAAGAAACAAGGACAAACTATCTCTAAAGGTCATAAGAATTATGAACTCATGCTTA 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CTGCTAAGAAACAAGGACAAACTATCTCTAAAGGTCACAAGAATTATGAACTCATGCTTA 1020
Query 1388 ACTTGCAGCTTGGAATTAGACATTCTGTTGGAAGACCAGCACCAGCTACTTCTCTTGATT 1447
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1021 ACTTGCAGCTCGGAATTAGGCATTCTGTTGGAAGACCAGCACCAGCTACATCTCTTGATT 1080
Query 1448 TGAAGGCTTCAGCTTTTGATCCAAAGGAGAAACTTTGGACGAAGTTTCCATCTGAAGGGT 1507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1081 TGAAGGCTTCAGCTTTTGATCCAAAGGAGAAACTTTGGACGAAATTTCCATCTGAAGGAT 1140
Query 1508 CTAAATACACTCCTCCACACCAGTCTTGTGAGTTTAAATGGAAGGATTATTGTCCTGTGG 1567
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CTAAATACACTCCTCCACACCAGTCCTGTGAGTTTAAATGGAAGGATTATTGTCCTGTGG 1200
Query 1568 TTTTCAGGACTCTGCGGAAACTATTTAGTGTGGACGCAGCAGATTATATGTTATCGATTT 1627
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1201 TTTTCAGGACTCTGCGTAAATTATTTAGTGTGGACGCAGCAGATTACATGTTATCGATTT 1260
Query 1628 GTGGGAATGATGCTCTTAGGGAGCTATCATCTCCAGGGAAAAGTGGAAGCTTTTTCTACT 1687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GTGGGAATGATGCTCTTAGGGAGCTATCATCTCCAGGGAAAAGTGGAAGCTTTTTCTACT 1320
Query 1688 TGACCAACGATGACCGCTACATGATCAAGACTATGAAGAAGGCAGAAACCAAAGTTCTTA 1747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TGACCAACGATGACCGCTACATGATCAAGACTATGAAGAAGGCAGAAACCAAAGTTCTTA 1380
Query 1748 TAAGGATGCTTCCGGCTTACTACAATCATGTCAGGGCGTGTGAAAACACTCTAGTTACCA 1807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1381 TAAGGATGCTTCCGGCTTACTACAATCATGTCAGGGCATGTGAAAACACTTTAGTTACCA 1440
Query 1808 AGTTCTTCGGTCTTCATTGCGTGAAATTAACTGGCACTGCACAGAAAAAGGTTCGATTTG 1867
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AGTTCTTCGGTCTTCATTGCGTGAAATTGACTGGCACTGCACAGAAAAAGGTTCGATTTG 1500
Query 1868 TGATAATGGGTAATCTTTTCTGTACTGGTCACTCCATCCATAGGCGGTTTGACCTCAAAG 1927
| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TAATAATGGGTAACCTATTCTGTACTGGTCACTCCATCCATAGGCGGTTTGACCTCAAAG 1560
Query 1928 GATCCTCTCATGGCCGTCTTACTACTAAACCAGAGTCCGAAATCGATCCAAACACGACGC 1987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GATCCTCTCATGGCCGTCTTACTACTAAACCAGAGTCCGAAATCGATCCAAACACGACGC 1620
Query 1988 TTAAAGATCTTGATCTAAATTTTGCATTCCGATTGCAAAAGAACTGGTTCCAAGAATTCT 2047
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1621 TTAAAGATCTTGATCTAAATTTTGCATTCCGATTGCAAAAGAATTGGTTCCAAGAATTCT 1680
Query 2048 GCAGGCAAGTGGACAGAGACTGTGAATTCCTTGAACAAGAGAGGATTATGGATTATAGTC 2107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1681 GCAGGCAAGTGGACAGAGACTGTGAATTCCTTGAACAAGAGAGAATTATGGATTATAGTC 1740
Query 2108 TCTTGGTTGGTCTTCACTTTCGAGAAGCTGCTATCAAGGACTCTGCCACTCCTACTTCCG 2167
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1741 TCTTGGTTGGTCTTCACTTTCGAGAAGCTTCTTTCAAGGACTCTGCCACTCCTACTTCTG 1800
Query 2168 GCGCTCGAACCCCTACCGGAAATTCAGAAACTCGTCTCTCCCGAGCAGAAATGGACCGGT 2227
| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GTGCTCGAACCCCGACCGGAAATTCAGATACTCGTCTCTCCCGAGCAGAAATGGACCGGT 1860
Query 2228 TTCTTCTCGATGCCAGCAAGCTAGCATCAATAAAATTGGGTATAAACATGCCTGCAAGAG 2287
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1861 TTCTTCTTGATGCCAGCAAGCTAGCATCAATAAAATTGGGTATTAACATGCCTGCAAGAG 1920
Query 2288 TTGAAAGAACAGCGAGAAGAAGTGACTGTGAGAATCAGCTTGTTGGGGATCCAACTGGTG 2347
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1921 TTGAAAGAACATCAAGAAGAAGTGACTGTGAGAATCAGCTTGTTGGGGAACCAACAGGTG 1980
Query 2348 AATTTTACGATGTGATAGTGTATTTCGGTATTATAGACATTCTCCAAGACTACGACATAA 2407
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 AATTTTACGATGTGATTCTGTATTTCGGTATTATAGACATTCTCCAAGACTACGACATAA 2040
Query 2408 GCAAGAAGCTTGAACATGCCTACAAATCAATGCAGTATGATCCGACATCGATCTCAGCCG 2467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2041 GCAAGAAGCTTGAACATGCCTACAAATCAATGCAGTATGATCCGACATCAATCTCAGCAG 2100
Query 2468 TTGATCCGAAGCAATACTCACGACGATTCAGGGATTTCATCTTCAGGGTCTTCGTTGAAG 2527
||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2101 TTGATCCAAAGCAATACTCTCGACGTTTCAGGGATTTCATCTTAAGGGTCTTCGTTGAAG 2160
Query 2528 ACGCTTGAGAGAACAATCAT-CTAACTT 2554
|| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2161 ACACTTGAGAGAACAATCATTCTAACTT 2188
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106309873795
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5