BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G08590.1
Length=1986
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478159 jgi|Araly1|478159|fgenesh2_kg.3__860__AT3G08590.2 2935 0.0
Ahg471079 jgi|Araly1|471079|fgenesh2_kg.1__1033__AT1G09780.1 1520 0.0
> Ahg478159 jgi|Araly1|478159|fgenesh2_kg.3__860__AT3G08590.2
Length=2004
Score = 2935 bits (1589), Expect = 0.0
Identities = 1762/1845 (96%), Gaps = 13/1845 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 89 GTTATGGGTAGCTCCGGCGACGTTAACTGGAAACTTGCGGACCACCCCAAGCTTCCCAAA 148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 170 GTTATGGGTAGCTCCGGCGACGTTAACTGGAAACTTGCGGACCACCCCAAGCTTCCCAAA 229
Query 149 GGCAAAACTATCGGTTTGATTGTTCTCGATGGATGGGGTGAATCTGATCCCGATCAATAC 208
|||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 230 GGCAAAACCATCGGTTTAATTGTTCTTGATGGATGGGGTGAATCTGATCCTGATCAATAC 289
Query 209 AATTGCATCCATAAAGCTCCAACTCCTGCCATGGATTCCCTTAAAGACGGGAAG-CCCGA 267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 290 AATTGCATCCATAAAGCTCCAACTCCTGCCATGGATTCCCTTAAAAAC-GGAAGACCCGA 348
Query 268 CACATGGAGGTTGATCAAAGCTCATGGTACCGCCGTTGGTCTCCCCAGCGAAGACGACAT 327
|||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 349 CACATGGAGGCTGATCAAAGCCCACGGTACTGCCGTTGGCCTCCCCAGCGAAGACGACAT 408
Query 328 GGGAAACAGTGAAGTTGGCCACAATGCTCTTGGAGCTGGTCGAATTTACGCTCAAGGTGC 387
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 409 GGGAAACAGTGAAGTTGGCCACAATGCTCTCGGAGCTGGTCGAATTTACGCTCAAGGTGC 468
Query 388 TAAGCTTGTTGATCTCGCCCTTGCTTCAGGGAAAATCTATGAAGATGAAGGTTTCAAATA 447
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 469 TAAGCTTGTTGATCTCGCTCTTGCTTCTGGGAAAATCTATGAAGATGAAGGCTTCAAATA 528
Query 448 CATCTCTCAATCTTTTGAGAAAGGCACTGTGCACCTTATTGGTCTTCTAAGCGATGGTGG 507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 529 CATCTCTCAATCTTTTGAGAAAGGCACTGTGCACCTTATTGGTCTTCTAAGCGATGGTGG 588
Query 508 AGTTCACTCTCGTTTGGATCAAGTCCAGTTGCTGCTTAAGGGTTTTGCAGAACGTGGTGC 567
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 589 AGTTCACTCTCGTCTGGATCAAGTCCAGTTGCTGCTTAAGGGTTTTGCAGAACGAGGTGC 648
Query 568 TAAGAGAATCCGCGTCCATATTCTTACTGATGGTCGTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGT 627
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 TAAGAGAATCCGCGTCCATATTCTTACTGATGGGCGTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGT 708
Query 628 CGGATTTGTTGAAACTCTTGAAGCTGACCTAGCTGCTTTACGTGCGAAAGGTGTTGATGC 687
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||
Sbjct 709 CGGATTTGTTGAAACTCTTGAAGCTGACCTCGCTGCTTTGCGTTCGAAAGGTGTTGACGC 768
Query 688 TCAGGTTGCATCTGGTGGAGGTCGAATGTATGTCACAATGGACCGTTATGAGAATGATTG 747
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 TCAGGTTGCATCTGGTGGTGGTCGTATGTATGTCACAATGGACCGTTATGAGAATGATTG 828
Query 748 GAGTGTTGTTAAACGAGGTTGGGATGCACAAGTCCTTGGGGAAGCTCCCCACAAATTTAA 807
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 829 GAGTGTTGTTAAACGAGGTTGGGATGCACAAGTACTTGGAGAAGCTCCCCACAAATTCAA 888
Query 808 AAGCGCTCTTGAAGCAGTTAAGACACTGAGGGCAGAACCTGGTGCCAATGACCAGTATTT 867
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AAGTGCTCTTGAAGCAGTTAAGACACTGAGGGCCGAACCTGGTGCCAATGACCAGTATTT 948
Query 868 GCCTTCGTTTGTTATTGTTGATGATAATGGAAAGGCTGTGGGTCCAATTGTTGATGGTGA 927
||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 ACCTCCTTTTGTTATTGTTGATGATAGTGGAAAGGCTGTGGGTCCAATTGTTGATGGTGA 1008
Query 928 CGCAGTTGTTACATTCAATTTCCGTGCTGATCGAATGGTCATGCATGCAAAGGCCCTCGA 987
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1009 CGCAGTTGTGACATTCAATTTCCGTGCTGATCGAATGGTCATGCATGCAAAGGCCCTTGA 1068
Query 988 ATACAAAGATTTCGACAAGTTTGATCGCGTACGTGTCCCTGATATACGTTATGCAGGAAT 1047
||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1069 ATATGAAGATTTCGATAAGTTTGATCGCGTACGAGTCCCTAAGATACGTTATGCAGGAAT 1128
Query 1048 GCTCCAATATGATGGAGAGCTTAAGCTTCCTAGCCGCTATCTTGTTTCTCCACCATTGAT 1107
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1129 GCTCCAATATGATGGAGAGCTTAAGCTTCCTAGCCGCTATCTTGTTTCCCCACCATTGAT 1188
Query 1108 TGACAGAACTTCTGGTGAATATCTGGCACACAATGGCGTTCGTACTTTTGCTTGCAGTGA 1167
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 TGATAGAACTTCTGGTGAATATCTGGCACACAATGGCGTTCGTACTTTTGCTTGCAGTGA 1248
Query 1168 GACTGTGAAGTTTGGCCATGTAACCTTCTTCTGGAATGGCAACCGCTCTGGATATTTCAA 1227
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 GACTGTAAAGTTTGGCCATGTAACCTTCTTTTGGAATGGCAACCGCTCTGGATATTTCAA 1308
Query 1228 TGAAAAGTTAGAAGAGTACGTTGAGATTCCAAGTGATAGTGGAATATCATTCAATGTCCA 1287
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 TGAAAAGTTAGAAGAGTATGTTGAGATTCCAAGTGATAGTGGAATATCATTCAATGTCCA 1368
Query 1288 GCCAAAGATGAAAGCACTGGAAATTGCCGAGAAAGCAAGGGATGCTATCCTTAGTGGCAA 1347
||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 GCCAAAGATGAAAGCTCTGGAAATTGCCGAGAAGGCTAGGGATGCTATCCTTAGTGGCAA 1428
Query 1348 GTTTGACCAGGTGCGTGTAAACCTGCCAAATGGAGATATGGTGGGGCATACTGGTGATAT 1407
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1429 GTTTGACCAGGTGCGTGTCAACCTGCCAAATGGAGATATGGTGGGTCATACTGGTGATAT 1488
Query 1408 TGAAGCAACTGTTGTTGCCTGTGAAGCTGCTGATCGTGCTGTGAGGACAATCCTTGATGC 1467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 TGAAGCAACTGTTGTTGCCTGTGAAGCTGCTGATCGTGCTGTGAGGACAATCCTTGATGC 1548
Query 1468 CATAGAACAGGTCGGAGGGATATACGTTGTGACTGCAGATCACGGAAATGCTGAGGACAT 1527
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1549 CATAGAACAGGTAGGAGGGATATACGTTGTGACTGCAGATCACGGAAATGCCGAGGACAT 1608
Query 1528 GGTTAAAAGGGACAAATCCGGCAAGCCTGCTCTCGATAAGGAAGGGAACCTTCAGATTCT 1587
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 GGTTAAAAGGGACAAATCCGGCAAGCCAGCTCTCGATAAGGAAGGGAACCTTCAGATTCT 1668
Query 1588 TACCTCTCACACCCTTAAACCAGTGCCAATTGCCATAGGAGGTCCTGGCTTGTCAGCAGG 1647
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 CACCTCTCACACCCTTAAACCAGTGCCAATTGCCATAGGAGGTCCTGGCTTGTCAGCAGG 1728
Query 1648 AGTTAGGTTTAGACAGGATATCGAGACACCTGGGCTTGCAAATGTAGCTGCGACAGTGAT 1707
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 AGTTAGGTTCAGACAGGATATCGAGACACCTGGGCTTGCGAATGTAGCTGCGACAGTGAT 1788
Query 1708 GAACCTCCATGGATTTGTGGCCCCG-AGTGACTATGAGACAAGTCTGATCGAAGTCGTCG 1766
|||||||||||| ||||| |||||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1789 GAACCTCCATGGCTTTGTAGCCCCGGAC-GATTATGAGACAAGTCTGATTGAAGTTGTCG 1847
Query 1767 AGAAGTGATGATTCTTGTTGTTGTAGTTCTTTTTAAAAGTCCCACCTGAGCCTCTATAGA 1826
| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1848 ACAAGTGATGATTCTTGTTGTTGTAGTTCCCTTTAAAT-TCCCACCTGAGCCTCTCTAGT 1906
Query 1827 CTCTGATTCTCTTTTAA-GTTACTATTTTCACCGCTCTCTAATAAGGCTCGTGATTTTTT 1885
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 CTCTGATCCTCTTTTAAAGTTACTATTTTCACCGCTCTCTAATAAGGCTCGTGATTTTTG 1966
Query 1886 GGGAGCCATACTGTATACTCGCCGGCCCTCTCACGATGTTGTTCA 1930
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 GGGAGCCATACT-----C--GCCGGCCCTCTCACGATGTTGTTCA 2004
> Ahg471079 jgi|Araly1|471079|fgenesh2_kg.1__1033__AT1G09780.1
Length=1795
Score = 1520 bits (823), Expect = 0.0
Identities = 1375/1644 (84%), Gaps = 28/1644 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 CTGGAAACTTGCGGACCACCCCAAGCTTCCCAAAGGCAAAACTATCGGTTTGATTGTTCT 174
|||||| || | ||||| || || || ||||| |||||||| |||| || || || ||
Sbjct 73 CTGGAAGCTCGATGACCATCCTAAACTACCCAAGGGCAAAACCATCGCCTTAATCGTCCT 132
Query 175 CGATGGATGGGGTGAATCTGATCCCGATCAATACAATTGCATCCATAAAGCTCCAACTCC 234
||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||
Sbjct 133 AGATGGTTGGGGTGAATCTGCTCCTGATCAGTACAACTGTATCCACAACGCTCCTACTCC 192
Query 235 TGCCATGGATTCCCTTAAAGACGGGAAGC-CC-GACACATGGAGGTTGATCAAAGCTCAT 292
||||||||||| |||||| | || ||| || || || |||| |||||| || |||||
Sbjct 193 AGCCATGGATTCTCTTAAACA-TGG-AGCTCCTGATACTTGGACGTTGATTAAGGCTCAC 250
Query 293 GGTACCGCCGTTGGTCTCCCCAGCGAAGACGACATGGGAAACAGTGAAGTTGGCCACAAT 352
||||| || ||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| || |||
Sbjct 251 GGTACTGCTGTTGGACTTCCCAGTGAAGATGATATGGGAAACAGTGAGGTTGGTCATAAT 310
Query 353 GCTCTTGGAGCTGGTCGAATTTACGCTCAAGGTGCTAAGC-TTGTTGATCTCGCCCTTGC 411
|||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||| | || |||||
Sbjct 311 GCTCTTGGTGCTGGTCGTATTTTCGCTCAAGGTGCTAAGCTTTG-TGACCAAGCTCTTGC 369
Query 412 TTCAGGGAAAATCTATGAAGATGAAGGTTTCAAATACATCTCTCAATCTTTTGAGA-AAG 470
||| || ||||||| | ||| |||||||||||||||| | ||| ||||||| |||| ||
Sbjct 370 TTCTGGCAAAATCTTTCAAGGTGAAGGTTTCAAATACGTTTCTGAATCTTTCGAGACAA- 428
Query 471 GCACTGTGCACCTTATTGGTCTTCTAAGCGATGGTGGAGTTCACTCTCGTTTGGATCAAG 530
||| |||| ||| |||| ||||| || || |||||||| ||||||||| | |||| ||
Sbjct 429 ATACTTTGCATCTTGTTGGACTTCTCAGTGACGGTGGAGTCCACTCTCGTCTCGATC-AG 487
Query 531 -TCCAGTTGCTGCTTAAGGGTTTTGCAGAACGTGGTGCTAAGAGAATCCGCGTCCATATT 589
| |||||| || |||| || | ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 488 CTACAGTTGTTGATTAAAGGATCTGCTGAACGTGGTGCTAAGAGAATCAGAGTCCATATT 547
Query 590 CTTACTGATGGTCGTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTCGGATTTGTTGAAACTCTTGAA 649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 548 CTTACTGATGGTCGTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTTGGATTTGTGGAAACTCTTGAA 607
Query 650 GCTGACCTAGCTGCTTTACGTGCGAAAGGTGTTGATGCTCAGGTTGCATCTGGTGGAGGT 709
|| || || | | | ||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 608 GCCGATCTCGTTACATTACGTGAGAATGGTGTGGATGCTCAGATTGCATCTGGTGGAGGT 667
Query 710 CGAATGTATGTCACAATGGACCGTTATGAGAATGATTGG-AGTGTTGTTAAACGAGGTTG 768
|| |||||||| || ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||
Sbjct 668 CGTATGTATGTGACTTTGGACCGATATGAGAATGATTGGGAA-GTTGTTAAAAGAGGTTG 726
Query 769 GGATGCACAAGTCCTTGGGGAAGCTCCCCACAAATTTAAAAGCGCTCTTGAAGCAGTTAA 828
|||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||| |||| ||||||| || ||
Sbjct 727 GGATGCTCAAGTTCTTGGAGAAGCTCCTCACAAATTCAAAAACGCTGTTGAAGCTGTGAA 786
Query 829 GACACTGAGGGCAGAACCTGGTGCCAATGACCAGTATTTGCCTTCGTTTGTTATTGTTGA 888
||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 787 GACTTTGAGGAAAGAACCTGGTGCTAATGACCAGTATTTGCCTCCGTTTGTGATTGTTGA 846
Query 889 TGATA-ATGGAAAGGCTGTGGGTCCAATTGTTGATGGTGACGCAGTTGTTACATTCAATT 947
|||| | |||||| | || ||||| ||||| || ||||| || ||||| || ||||| |
Sbjct 847 TGATTCAGGGAAAG-CAGTTGGTCCGATTGTGGACGGTGATGCTGTTGTCACCTTCAACT 905
Query 948 TCCGTGCTGATCGAATGGTCATGCATGCAAAGGCCCTCGAATACAAAGATTTCGACAAGT 1007
|| | ||||| || ||||| |||||||| ||||| || || || ||||||| ||||| |
Sbjct 906 TCAGGGCTGACCGTATGGTTATGCATGCTAAGGCACTTGAGTATGAAGATTTTGACAAAT 965
Query 1008 TTGATCGCGT-ACGTGTCCCTGATATACGTTATGCAGGAATGCTCCAATATGATGGAGAG 1066
||||||| || | || |||| | || |||||||| || ||||| || ||||||||||||
Sbjct 966 TTGATCGTGTGAGGT-TCCCCAAGATTCGTTATGCTGGTATGCTTCAGTATGATGGAGAG 1024
Query 1067 CTTAAGCTTCCTAGCCGCTATCTTGTTTCTCCACCATTGATTGACAGAACTTCTGGTGAA 1126
|||||||| || ||||| || || |||||||| || |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1025 CTTAAGCTACCAAGCCGTTACCTCGTTTCTCCCCCGGAGATTGATAGAACTTCTGGTGAA 1084
Query 1127 TATCTGGCACACAATGGCGTTC-GTACTTTTGCTTGCAGTGAGACTGTGAAGTTTGGCCA 1185
||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| || || ||||| ||
Sbjct 1085 TATTTGGCTCACAATGGCGT-CAGTACTTTTGCTTGCAGTGAGACCGTCAAATTTGGGCA 1143
Query 1186 TGTAACCTTCTTCTGGAATGGCAACCGCTCTGGATATTTCAATGA-AAAGTTAGAAGAGT 1244
||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| || || ||||
Sbjct 1144 TGTCACCTTCTTCTGGAATGGAAACCGATCTGGATATTTCAACGAGAAA-TTGGAGGAGT 1202
Query 1245 ACGTTGAGATTCCAAGTGATAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAAAGCAC 1304
| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1203 ATGTTGAAATCCCAAGTGACAGTGGAATATCATTCAATGTCCAACCAAAGATGAAAGCTC 1262
Query 1305 TGGAAATTGCCGAGAAAGCAAGGGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGGTGCGTG 1364
| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1263 TAGAAATTGGTGAGAAGGCAAGGGATGCAATCCTTAGTGGCAAGTTTGATCAGGTGCGAG 1322
Query 1365 TAAACCTGCCAAATGGAGATATGGTGGGGCATACTGGTGATATTGAAGCAACTGTTGTTG 1424
| ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1323 TTAACATTCCAAATGGAGATATGGTGGGTCATACAGGTGATATTGAAGCCACGGTTGTTG 1382
Query 1425 CCTGTGAAGCTGCTGATCGTGCTGTGAGGACAATCCTTGATGCCATAGAACAGGTCGGAG 1484
| || || |||||||||| |||||||| || || ||||||| || ||||| || | |
Sbjct 1383 CATGCGAGGCTGCTGATCTTGCTGTGAAGATGATTTTTGATGCAATCGAACAAGT-GAAA 1441
Query 1485 GGA-TATACGTTGTGACTGCAGATCACGGAAATGCTGAGGACATGGTTAAAAGGGACAAA 1543
||| | || ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 1442 GGAATTTATGTTGTGACTGCTGATCACGGAAACGCAGAGGACATGGTGAAGAGGGATAAA 1501
Query 1544 TCCGGCAAGCCTGCTCTCGATAAGGAAGGGAACCTTCAGATTCTTACCTCTCACACCCTT 1603
|| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1502 TCTGGGAAGCCTGCTTTGGATAAGGAAGGGAAGCTTCAGATTCTAACCTCTCACACACTC 1561
Query 1604 AAACCAGTGCCAATTGCCATAGGAGGTCCTGGCTTGTC-AGCAGGAGTTAGGTTTAG-AC 1661
|| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | |||||| || || | |
Sbjct 1562 AAGCCAGTGCCGATTGCTATTGGAGGTCCTGGCTTGTCTAA-AGGAGTGAGATTCCGTAA 1620
Query 1662 AGGATATCGAGACACCTGGGCTTGCAAATGTAGCTGCGACAGTGATGAACCTCCATGGAT 1721
|| || | || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AG-ATTTGGAAACACCAGGGCTTGCAAATGTAGCTGCAACAGTGATGAACCTCCATGGAT 1679
Query 1722 TTGTGGC-CCCGAGTGACTATGAG 1744
||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1680 TTGTGGCTCCCTC-TGACTATGAG 1702
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74656880200
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5