BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G08650.2
Length=2155
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928515 jgi|Araly1|928515|scaffold_300972.1 2976 0.0
> Ahg928515 jgi|Araly1|928515|scaffold_300972.1
Length=1835
Score = 2976 bits (1611), Expect = 0.0
Identities = 1749/1817 (96%), Gaps = 4/1817 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 129 ATCAAAATGATGCATTCAAGCTGCAAAGGACTTGTGCTGCTTCTATTCTTATTTGTCGTT 188
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATCAAAATGATGCATTCAAGCTGCAAACGACTTCTGCTGCTTCTATTCTTATTTGTCGTT 80
Query 189 GTATTCATT-GGAAACACCGATGCGAATGCTCAGTGGGAGGTTTCACATAAAGTAAGAGC 247
||||||||| || |||||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 81 GTATTCATTCGG-AACACCGACGCAAATTCTCAGTGGGAGATTTCACATAAAGTTAGAGC 139
Query 248 TTCTCCCCATGAAAACATGGGACGTAATGTTATTGACGGAAGTGGTGTAGAGAAAACATT 307
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||
Sbjct 140 TTCTCCCCATGAAAACATGGGACGAAATGTTATTGATGGAAGTGGTGTAGAGAAGACGTT 199
Query 308 ACATGACATTGGAATGGGTGAAAAGAGAGGCACTCACAACAAAGTTTCAGTCTCAACAGT 367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 200 GCATGACATTGGAATGGGTGAAAAGAGAGGCACTCACAACAAAGTCTCAGTCTCAACGGT 259
Query 368 TGCGTTGTTCACCTTGGCTATGGCTGCTGCCACTGGGTTAGGTGCTGTGCCCTTCTTCTT 427
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 TGCATTGTTCACCTTGGCTATGGCTGCTGCCACTGGGTTAGGTGCTGTGCCCTTCTTCTT 319
Query 428 TGTTGAGCTTGATCCTCAATGGGCTGGAATTTGCAATGGCATGGCTGCTGGTGTGATGTT 487
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 320 TGTTGAGCTTGATCCTCAATGGGCTGGAATATGCAATGGTATGGCGGCTGGTGTGATGTT 379
Query 488 GGCCGCTAGCTTTGATCTTGTTAAGGAAGGGCAGGAACATGGCTCTGGAAACTGGGTTGT 547
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 GGCCGCTAGCTTTGATCTTGTTAAGGAAGGGCAGGAGCATGGCTCTGGAAACTGGGTTGT 439
Query 548 TACTGGGATCCTAGCCGGTGCTTTGTTCATTTGGCTCTGTAAGCAGATTCTTGAACAATA 607
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 TACTGGGATCCTAGCCGGTGCTTTGTTCATATGGCTATGTAAGCAGATTCTTGAACAATA 499
Query 608 TGGTGAAGTTAGTATGCTGGATATTAAAGGCGCAGATGCAACTAAAGTTGTTCTCGTCAT 667
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 TGGTGAAGTTAGTATGCTGGATATTAAAGGTGCAGATGCAACTAAAGTTGTTCTCGTCAT 559
Query 668 AGGAATTATGACACTTCATTCTTTCGGGGAAGGATCAGGGGTTGGTGTATCATTCGCTGG 727
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 560 AGGAATTATGACACTTCATTCTTTTGGGGAAGGATCAGGGGTTGGTGTATCGTTCGCTGG 619
Query 728 CTCAAAAGGTTTTAGCCAAGGGCTTCTGGTCACTTTGGCCATAGCTGTTCATAACATTCC 787
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 TTCAAAGGGTTTTAGTCAAGGGCTTCTGGTCACTTTGGCCATAGCTGTTCATAACATTCC 679
Query 788 AGAAGGGTTGGCTGTTAGCATGGTGTTGGCATCAAGGGGTGTCTCTCCACAAAATGCCAT 847
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 AGAAGGGTTGGCTGTTAGCATGGTGCTGGCATCAAGGGGTGTCTCTCCACAAAATGCCAT 739
Query 848 GCTCTGGAGTATAATAACATCCTTACCTCAGCCTCTCGTCGCCGTGCCAGCTTTTTTATG 907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 740 GCTCTGGAGTATAATAACATCCTTACCTCAGCCTCTCGTCGCTGTGCCAGCTTTTTTATG 799
Query 908 CGCTGATGCGTTCAGCAAGTTTTTGCCTTTTTGCACTGGATTTGCTGCCGGATGCATGAT 967
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 800 CGCTGATGCGTTCAGCAAGTTTTTGCCTTTTTGCACTGGATTCGCTGCCGGATGCATGAT 859
Query 968 TTGGATGGTTATTGCTGAAGTGCTTCCTGATGCTTTTAAGGAAGCGTCTCCTTCGCAAGT 1027
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 860 TTGGATGGTTATTGCTGAAGTGCTTCCTGATGCATTTAAGGAAGCGTCTCCGTCGCAAGT 919
Query 1028 GGCATCTGCAGCCACCATATCAGTAGCATCCATGGAAGCTCTTAGCACTCTTTTCGAGAG 1087
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 GGCATCTGCAGCCACAATATCAGTAGCATCCATGGAAGCTCTTAGCACTCTTTTCGAGAG 979
Query 1088 TTTCACACATGATTACAACTCAGAGGATGCTTCTGGCTTCTTCGTTTCACTCCTCTTTGG 1147
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 TTTCACACATGATTACAACTCAGAGGATGCTTCTGGCTTCTTCGTTTCACTCCTCTTTGG 1039
Query 1148 TCTGGGTCCATTGCTTGGGGGAGTATTTCTGGTTGCATCGGCAGTCACCTTCCGTCTCCA 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1040 TCTGGGTCCATTGCTTGGGGGAGTATTTCTGGTTGCATCAGCAGTGACCTTCCGTCTCCA 1099
Query 1208 GCACGCCCTTCTCATGGGAGTTGCCTCAGGCATTGCTTTTGTCCTTGGTCTCTGGCGCCC 1267
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1100 GCACGCCCTTCTCATGGGAGTAGCCTCAGGCATTGCTTTTGTCCTTAGTCTCTGGCGCCC 1159
Query 1268 ACTTCAACTGCTGCTATCCGCAAAAATGGGATTAATCCCTCTGGTTAGTCTACTTGCAAT 1327
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1160 GCTTCAACTGCTGCTATCCGCAAAAATGGGATTTATCCCTCTGGTTAGTCTACTTGCAGT 1219
Query 1328 TGGAGCTGGACTGAGCCATTTCACTAGCTCAACCATCCTGAATGTAACTGGTCGGAAAAA 1387
|||||| || |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1220 TGGAGCCGGGCTGAGCTATTTCACTAGCTCGACAATCCTGAATGTAACTTGTCGGAAAAA 1279
Query 1388 GTCCCGGGCTGGCAGTTTAATAAACCCAGTAACCAATTTTCCAACCAGTGTGATAACACT 1447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 GTCCCGGGCTGGCAGTTTAATAAACCCAGTAACCAATTTTCCAACCAGTGTGATAACACT 1339
Query 1448 CCAATCATTATTAGCGTGTGGAGCGGTTGGGTTCCATGCATTAGCCGAGGGGCTTGCTCT 1507
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1340 CCAATCATTATTAGCGTGTGGAACGGTTGGGTTCCATGCACTAGCAGAGGGGCTTGCTCT 1399
Query 1508 CGGGGTGGCTGCTCCAAATGCTTATGGCCTTGGCCGACATATGGTTCTCCCGGTTTCCCT 1567
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1400 TGGGGTGGCTGCTCCAAATGCTTATGGACTTGGCCGACACATGGTACTCCCGGTTTCCCT 1459
Query 1568 ACACGGGCTCCCAAGAGGGACAGCGGTTGCAAGCTGTGTCTTTGGGG-CTACAGACAGTT 1626
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||||
Sbjct 1460 ACACGGGCTCCCAAGAGGGACAGCGGTTGCAAGCTGTGTCTTCGGGGTC-ACTGACAGTT 1518
Query 1627 GGCACGCAGCTCTTGCAGCAGCAGCTTTGATAGGATTTGTGGGACCCATATCGGCCATAG 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1519 GGCACGCAGCTCTTGCAGCAGCAGCTTTGATAGGATTTGTGGGACCCATATCGGCGATAG 1578
Query 1687 GATCCATATTAGCAGGGATAGATTACAGCGGACTGGACCACGTGATGGTGGTGGCGTGCG 1746
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1579 GATCCATATTAGCCGGGATAGATTACAGCGGACTGGACCACGTGATGGTTGTGGCGTGCG 1638
Query 1747 GTGGATTACTACCCAGCTTCTGGCAGGTGATTAAGAGAGCAGTGAGGTTAGAGAGAAGGA 1806
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1639 GTGGATTACTACCCAGCTTCTGGCAGGTAATTAAGAGAGCGGTGAGGTTAGAGAGAAGGA 1698
Query 1807 AAGGCAGTGTGGGGATGGTGCTGGGACTAGCGTGTGCGGTTGTGTGTCTGACTTTCACGA 1866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 AAGGCAGTGTGGGGATGGTGCTGGGACTAGCGTGTGCCGTTGTGTGTCTGACTTTCACGA 1758
Query 1867 GACTTGTGTGCTTGCACACACCCTACTGCAATTCTGCACCTGAGGCTGTTAGGTGATGAC 1926
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1759 GACTCGTGTGCTTGCACACACCCTACTGCAATTCTGCACCTGAGGCTGTTAGATGATGAC 1818
Query 1927 TCCTTGTGAacacacac 1943
||||||||||| |||||
Sbjct 1819 TCCTTGTGAACTCACAC 1835
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81094131605
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5