BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G08790.1
Length=1824
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg341017 jgi|Araly1|341017|fgenesh1_pg.C_scaffold_3000780 2828 0.0
> Ahg341017 jgi|Araly1|341017|fgenesh1_pg.C_scaffold_3000780
Length=1815
Score = 2828 bits (1531), Expect = 0.0
Identities = 1739/1835 (95%), Gaps = 31/1835 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGCATCCTTTGGTTGATAGAGCTACAAGCGATATGCTCATTGGTCCTGACTGGGCC 60
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGTGCATCCTTTGGTTGATAGAGCCACAAGCGATATGCTCATTGGTCCTGATTGGGCC 60
Query 61 ATGAACCTCGAGATATGTGACATGCTTAATCATGAGCCTGGGCAAACGAGAGAGGTAGTG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATGAACCTCGAGATATGTGACATGCTTAATCATGAGCCTGGGCAAACGAGAGAGGTAGTG 120
Query 121 AGTGGCATAAAGAAGAGGCTTACTAGTAGAACTTCCAAGGTTCAGCTTCTGGCTCTTACA 180
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 121 AGTGGCATAAAGAAGAGGCTTACCAGTAGGACTTCCAAGGTCCAGCTTTTGGCTCTTACA 180
Query 181 TTACTAGAGACAATAATAACCAATTGTGGAGAACTTATTCATATGCAAGTTGCAGAGAAG 240
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTACTAGAGACAATAATAAACAATTGTGGGGAACTTATTCATATGCAAGTTGCAGAGAAG 240
Query 241 GATATACTTCATAAGATGGTGAAGATGGCCAAAAGGAAGCCTAACATCCAAGTGAAGGAG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GATATACTTCATAAGATGGTGAAGATGGCCAAAAGGAAGCCTAACATCCAAGTGAAGGAG 300
Query 301 AAGATATTGATACTTATAGATACTTGGCAAGAGAGCTTTTCAGGTCCACAAGGAAGACAT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 AAGATATTGATACTTATAGATACTTGGCAAGAGAGCTTTTCAGGTCCACAAGGAAGGCAT 360
Query 361 CCACAATATTACGCAGCATACCAAGAATTGTTGCGTGCAGGAATTGTATTCCCTCAAAGA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 361 CCACAATATTACGCAGCATACCAAGAATTGTTGCGTGCAGGAATTGCATTCCCTCAAAGA 420
Query 421 CCTCAAATCACACCCAGTTCAGGACAAAATGGTCCTTCGACAAGGTATCCTCAGAATTCT 480
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 421 CCTCAAACCACACCCAGTTCAGGACAAACTGGTCCTTCGACAACGTATCCTCAGAATTCT 480
Query 481 CGTAACGCTAGACAAGAAGCTATTGATACTTCAACAGAGTCAGAATTTCCAACTCTGAGT 540
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 481 CGTAACACTAGACAAGAAGCTATTGATACTTCAACAGAATCAGAATTTCCAACTTTGAGT 540
Query 541 TTGACAGAAATTCAAAACGCAAGAGGAATTATGGATGTCTTAGCTGAAATGATGAACGCA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TTGACAGAAATTCAAAACGCAAGAGGAATTATGGATGTCTTAGCTGAAATGATGAACGCA 600
Query 601 ATAGATGGAAACAACAAAGAGGGACTTAAACAAGAGGTTGTTGTAGATCTTGTTAGCCAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATAGATGGAAACAACAAAGAGGGACTTAAACAAGAGGTTGTTGTAGATCTTGTTAGCCAA 660
Query 661 TGTCGCACCTATAAACAAAGAGTAGTGCACCTTGTAAACTCGACATCAGATGAATCTATG 720
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TGTCGCACCTATAAACAAAGAGTAGTACACCTTGTAAACTCGACATCAGATGAATCTATG 720
Query 721 CTTTGCCAAGGCCTAGCCTTAAATGACGATTTGCAGCGATTACTTGCAAAGCACGAAGCC 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 721 CTTTGCCAAGGCCTAGCCTTAAATGACGATTTGCAGCGATTACTTGCAAAGCACGAAGTC 780
Query 781 ATCGCCTCTGGAAACAGTATGATTaaaaaag-aagaaaaatctaaaaaagaagTTCCTAA 839
||||||||||||||||||||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 781 ATCGCCTCTGGAAACAGTATGAT-AATAAAGGAAGACAAATCTAAAAAAGAAGTTCCCAA 839
Query 840 GGACACAACTCAAATCATAGATGTTGGTTCAAGTGAGACCAAAAATGGTAGTGTTGTGGC 899
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 840 GCACACAACTCAGATCATAGATGTTGGTTCAAGTGAGACCAAAGATGGTAGTGTTGTGGC 899
Query 900 TTATACAACCAATGGTCCAAAAATAGACCTTCTAAGTGGTGATGACTTCGAGACTCCGAA 959
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 900 TTCTACAACCAATGGTCCAAAAATAGACCTTCTAAGTGGTGATGACTTCGAGACTCCGGA 959
Query 960 TGCGGATAACTCATTAGCTCTTGTTCCTCTCGGACCTCCACAACCAAGTAGCCCCGTAGC 1019
|||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 960 TGCGGACATCTCATTAGCTCTTGTTCCCCTCGGACCTCCACAACCAAGTAGTCCCATAGC 1019
Query 1020 AAAGCCAGATAATTCCATCGTCTTAATCGATATGTTGTCAGATAATAACTGCGAAAGCTC 1079
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1020 AAAGCCAGACAATTCCATCGTCTTAATTGATATGTTATCAGATAATAACTGTGAAAGCTC 1079
Query 1080 TACTCCAACTTCGAATCCTCACGCAAATCATCAGAAGGTGCAACAAAATTACTCGAATGG 1139
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1080 TACTCCAACTTCGAATCCACACGCAAATCATCAGATGGTGCAACAACATTACTCGAATGG 1139
Query 1140 ATTTGGACCTGGCCATCAAGAGCAATCTTATTATGGTCAAGGGTCATCTGCTCCTGTTTG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ATTTGGACCTGGCCATCAAGAGCAATCTTATTATGGACAAGGGTCATCTGCTCCTGTTTG 1199
Query 1200 GAATCTCCAAATTACTCAACAAC-C-A-------TCTTCTCCTGCCTACGGAAACCAACC 1250
||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1200 GAATCTCCAAATTACTCAACAACACCAACAACCATCTTCTCCTGCGTATGGAAACCAACC 1259
Query 1251 ATTTTCGCCTAACTTTAGCCCGCCCGCCTCTCCTCACTATGGTGGACAAAACAACAACGT 1310
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1260 CTTTTCGCCTAACTTTAGCCCGCCTGCCTCTCCTCACTATGGTGGACAAAACAACAATGT 1319
Query 1311 TCTGGCATTACCTCCACCACCATGGGAAGCTCAATCTCCAAGCTCTAGCCCTCAATACTC 1370
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TCTAGCATTACCTCCACCACCATGGGAAGCTCAATCTCCAAGCTCTAGCCCTCAATACTC 1379
Query 1371 TCCTACACATCCAATGCAAGTGACTCAAGTGGTCATCACcacacacacacaTCAACCCCT 1430
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1380 TCCAACTCATCCAATGCAAGTGACTCAAGTGGTCATCACCACACACACTCATCAACCCCT 1439
Query 1431 CGGTTACAACCCTCAAGGCGGCTCTCCTCATGCTACcaacaacaacaacaacaacaTGTT 1490
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1440 CGGTTACAACCCTCAAGGCGGCTCTCCTCATGCTACGAACAACAACAATAACT---TGTT 1496
Query 1491 CGGGATGTTCCTCCCTCCAAT-GACAGGAGGCCACATGCCGCCACCCTTTGGCCACAACG 1549
||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1497 CGGAATGTTCCTCCCTCCAATAG-CAGGAGGCCATATGCC---ACCCTTTGGCCACAACC 1552
Query 1550 GACACGTCACAAACAACAATTATAATCCCAACATGTACGGAGGCTATGGAGGACAAGCTC 1609
| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1553 CAAACGTCACAAACAACAATTACAATCCCATTATGTACGGAGGCTATGGAGGACATGCTC 1612
Query 1610 AGCCACCACAACAGTATCTTGTAGAACAACAAATGTACGGAATGTCTCTTCAAGACAATG 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1613 AGCCACCACAACAGTATCTTGTAGAACAACAAATGTACGGAATGTCTCTTCAAGAGAATG 1672
Query 1670 GAAACAACAATACTAATCCCTACCAAGTTTCTTCTCATCAGCCTCCACCAATGATGAAGC 1729
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1673 GAAACAACAACACTAATCCCTACCAAGTTTCTTCTCATCAGCCTCCACCAATGA--A--- 1727
Query 1730 CTATGAATAAGAAACCAGAAGACAAGTTGTTTGGTGATCTTGTTGAACTCTCCAAGTTCA 1789
|| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 -TA--A----GAAACCAGAAGACATGTTGTTTGGTGATCTTGTTGAACTCTCCAAGTTCA 1780
Query 1790 AGAAACCCACTTCAGGACGAGCTGGTAGTATGTAA 1824
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1781 AGAAACCCACTTCCGGACGAGCCGGTAGTATGTAA 1815
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68486260510
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5