BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G08820.1
Length=2062
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478184 jgi|Araly1|478184|fgenesh2_kg.3__885__AT3G08820.1 3382 0.0
> Ahg478184 jgi|Araly1|478184|fgenesh2_kg.3__885__AT3G08820.1
Length=2062
Score = 3382 bits (1831), Expect = 0.0
Identities = 1987/2064 (96%), Gaps = 4/2064 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCATCGTCACCGTTCCATCAGCAACATCAAAAGTCCAGCAGATCAAAACTCTAATC 60
||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGAGCATCGTCACCGTCCCATCATCAACGTCAAAAGTCCAGCAAATCAAAACCCTAATC 60
Query 61 TCCGTCGCATGCACCGTCAATCATCTGAAACAAATCCACGTCTCTCTCATTAACCACCAT 120
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 TCCGTCGCATCCACCTTCAATCATCTGAAACAAATCCACGTCTCTCTCATTCACCACCAT 120
Query 121 CTCCACCACGACACCTTCCTCGTCAACCTCCTCCTCAAGCGAACTCTCTTCTTCCGCCAA 180
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCCACCACGACACCTTCCTCGCCAACCTCCTCCTCAAGCGAACTCTCTTCTTCCGCCAA 180
Query 181 ACCAAATACTCCTATCTCCTCTTCTCTCATACCCAATTCCCCAACATTTTCCTCTACAAT 240
||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 181 ACCCATTACTCTTTTCTCCTCTTCTCTCATACCCAATTCCCCAACATTTTTCTCTACAAT 240
Query 241 AGTCTCATCAATGGCTTCGTCAATAATCATCTCTTCCATGAAACCCTCGATCTCTTCCTC 300
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACTCTCATCAATGGCTTCGTCAACAATCATCTCTTCCATGAAACCCTCGATCTCTTCCTC 300
Query 301 TCCATCCGCAAACATGGTCTCTACCTCCATGGTTTCACCTTCCCTTTGGTTCTCAAGGCA 360
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCCATCCGCAAACATGGTCTCAACCTCCATGGTTTCACATTCCCTTTGGTTCTCAAGGCC 360
Query 361 TGCACCAGAGCCTCGAGTCGCAAGCTTGGGATTGATCTTCATTCCCTTGTGGTCAAATGT 420
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGCACCAGAGCCTCGAATCGCAAGCTTGGGATTGATCTTCATTCCCTTGTGGTCAAATGT 420
Query 421 GGGTTTAATCACGATGTGGCCGCTATGACGAGCCTGCTCTCTATCTACTCTGGATCCGGG 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGGTTTAATCACGATGTGGCCGCTATGACGAGCCTGCTTTCTATCTACTCTGGATCCGGG 480
Query 481 CGTTTGAATGATGCCCACAAACTGTTCGACGAAATTCCTGACAGAAGCGTTGTTACTTGG 540
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 481 CGTTTGAATGATGCCCACAAAGTGTTCGAGGAAATTCCTGAGAGAAGCGTTGTAACTTGG 540
Query 541 ACGGCTTTGTTTAGTGGGTATACTACTTCAGG-AAGACACAGGGAAGCCATTGATTTGTT 599
||||||||||||||||||||||| ||| | || ||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 ACGGCTTTGTTTAGTGGGTATACGACTGCCGGAAAG-CACAGGGAAGCCATTGGTTTGTT 599
Query 600 TAAGAAGATGGTGGAGATGGGTGTGAAACCCGATAGCTACTTTATTGTTCAGGTTTTATC 659
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TAAGAAGATGGTGGAGATGGGTCTGAGACCCGATAGCTACTTTATTGTTCAGGTTTTATC 659
Query 660 TGCTTGTGTTCATGTAGGGGATCTCGACAGTGGGGAGTGGATAGTTAAGTACATGGAAGA 719
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 660 TGCTTGTGTTCATGTAGGGGATCTCGACAGCGGGGAGTGGATAGTTAAGCACATGGAAGA 719
Query 720 GATGGAGATGCAGAAGAATTCCTTTGTGCGGACAACACTTGTCAATCTCTATGCCAAGTG 779
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GATGGAGATGCAGAAGAATTCCTTTGTGCGCACAACACTTGTCAATCTCTATGCCAAGTG 779
Query 780 TGGGAAGATGGAGAAAGCACGTTCTGTTTTCGACTCGAT-GGTGGAGAAAGATATAGTTA 838
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 780 TGGGAAGATGGAGAAAGCCCGTTCTGTTTTCGACTCGATGGGT-GAGAAAGATATAGTTA 838
Query 839 CTTGGAGCACTATGATACAAGGGTATGCATCGAACAGCTTCCCAAAAGAAGGAATAGAGT 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 839 CTTGGAGCACTATGATACAAGGGTATGCATCGAACAGCTTCCCGAAAGAAGGAATAGAGT 898
Query 899 TATTTCTCCAGATGTTGCAGGAAAATCTGAAACCGGACCAGTTTTCTATTGTCGGGTTTC 958
| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 899 TCTTTCTTCAGATGTTGCAAGAAAATCTGAAACCGGACCAGTTTTCCATTGTCGGGTTTC 958
Query 959 TTTCGTCTTGTGCAAGCTTAGGAGCCCTTGATCTAGGTGAATGGGGAATTAGTTTAATAG 1018
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TTTCTTCTTGTGCAAGCTTAGGAGCGCTTGATCTAGGTGAATGGGGAATTAGTTTAATAG 1018
Query 1019 ATAGGCATGAGTTTTTGACCAATCTGTTTATGGCCAATGCCCTGATCGACATGTACGCGA 1078
|||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct 1019 GTAGGCATGAGTTCTTGACCAATATTTTTATGGCCAATGCGCTGATAGACATGTATGCGA 1078
Query 1079 AATGTGGGGCTATGGCTCGAGGTTTTGAAGTATTTAAAGAAATGAAGGAGAAAGATATAG 1138
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AATGTGGGGCTATGGCTCGAGGTTTTGAATTATTCAAAGAAATGAAGGAGAAAGATATAG 1138
Query 1139 TTATCATGAATGCTGCAATTTCTGGTCTGGCCAAGAATGGCCACGTTAAGCTCTCATTTG 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1139 TTATCATGAATGCTGCAATTTCTGGTCTGGCCAAGAATGGCCACGTGAAGCTCTCATTTG 1198
Query 1199 CGGTTTTTGGACAAACAGAGAAGTTAGGTATCTCACCTGATGGGTCCACGTTCCTTGGAC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1199 CGGTTTTTGGACAAACAGAGAAGTTAGGTATCTCACCTGATGGGTCCACTTTCCTTGGAC 1258
Query 1259 TGCTCTGTGGGTGCGTTCACGCAGGCCTAATCCAAGACGGGCTTCGGTTTTTCAATGCCA 1318
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1259 TGCTCTGTGGGTGCGTTCACGCAGGCCTAATTCAAGACGGGCTTCGGTTTTTTAACGCCA 1318
Query 1319 TAAGCTGTGTTTATGCTTTGAAACGCACGGTTGAGCACTATGGTTGCATGGTAGATCTTT 1378
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TAAGCTGTGTTTACGCTTTGAAACGCACGGTTGAGCACTATGGTTGCATGGTAGATCTTT 1378
Query 1379 GGGGCAGAGCAGGAATGTTAGATGACGCATACCGTTTGATCTGCGATATGCCCATGAGGC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGGGCAGAGCAGGAATGTTAGATGACGCATACCGTTTGATCTGCGATATGCCCATGAGGC 1438
Query 1439 CAAACGCGATAGTCTGGGGAGCGTTACTGAGCGGATGCAGACTGGTCAAAGATACGCAGT 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CAAACGCGATAGTCTGGGGAGCGTTACTGAGCGGATGCAGACTGGTCAAAGATACGCAGT 1498
Query 1499 TAGCTGAAACTGTTCTCAAAGAGCTCATCGCTTTGGAGCCATGGAATGCAGGAAACTATG 1558
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TAGCAGAAACTGTTCTCAAAGAACTCATCGCTTTGGAGCCATGGAATGCAGGAAACTATG 1558
Query 1559 TTCAATTATCCAACATATACTCTGTTGGTGGCAGATGGGACGAAGCTGCTGAAGTAAGGG 1618
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct 1559 TTCAGTTATCCAACATATACTCTGTCAGTGGCAGATGGGATGAAGCGGCTGAAGTGAGGG 1618
Query 1619 ACATGATGAACAAGAAAGGTATGAAGAAGATCCCGGGATATAGTTGGATCGAGTTGGAAG 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 ACATGATGAACAAGAAAGGTATGAAGAAGATCCCGGGATATAGTTGGATCGAGTTGGAAG 1678
Query 1679 GGAAGGTCCATGAGTTTCTAGCAGATGATAAATCTCATCCTCTAAGCGACAAGATATATG 1738
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1679 GGACGGTCCATGAGTTTCTAGCAGATGATAAATCGCATCCTCTTAGCGACAAGATATATG 1738
Query 1739 CAAAGCTAGAAGATTTGGGTAATGAAATGAGGCTTATGGGTTTTGTTCCAACGACAGAAT 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1739 CAAAGCTAGAAGATTTGGGTAATGAAATGAGGCTTATGGGGTTTGTTCCAACGACAGAGT 1798
Query 1799 TTGTTTTCTTCGATGTTGAAGAGGAAGAAAAAGAAAGGGTCTTGGGGTATCACAGCGAGA 1858
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1799 TTGTTTTCTTCGATGTTGAAGATGAAGAAAAAGAAAGGGTCTTGGGGCATCACAGCGAGA 1858
Query 1859 AGCTTGCGGTTGCGTTAGGGCTGATCAGTACGGATCATGGCCAAGTGATTCGGGTGGTGA 1918
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 AGCTTGCGGTTGCGTTTGGGCTGATCAGTACGGATCATGGCCAAGTGATTCGGGTGGTGA 1918
Query 1919 AGAATCTAAGGGTATGTGGAGATTGTCATGAAGTGATGAAGTTGATATCGAAGATCACAA 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AGAATCTAAGGGTATGTGGAGATTGTCATGAAGTGATGAAGTTGATATCGAAGATCACAA 1978
Query 1979 GACGAGAGATCGTTGTTAGAGACAACAATAGGTTTCATTGTTTTACAAACGGCTCTTGTT 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 GACGAGAGATCGTTGTTAGAGACAACAATAGGTTTCATTGTTTTACAAACGGCTCTTGTT 2038
Query 2039 CTTGCAATGACTACTGGTGAGCTC 2062
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 CTTGCAATGACTACTGGTGAGCTC 2062
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77551738820
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5