BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G08840.2
Length=2844
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478185 jgi|Araly1|478185|fgenesh2_kg.3__886__AT3G08840.2 4403 0.0
> Ahg478185 jgi|Araly1|478185|fgenesh2_kg.3__886__AT3G08840.2
Length=2832
Score = 4403 bits (2384), Expect = 0.0
Identities = 2689/2833 (95%), Gaps = 34/2833 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 31 ATGGCGTCCATGGCGACCGGCGTCAGTTTTTCGATGACTAGCGGCATAGGAGAAGGAGGA 90
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||
Sbjct 1 ATGGCGTCCATGGCGACCGGTGTCAGTTTTTCGATGACTAGCGGAATAGGAGGAGGAAGA 60
Query 91 TACGATGTTCATCGAGTAGCGACGGCTGCACGGACAACTCTGAAGCTGAATCAGAAGAAC 150
|||||||| | |||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GACGATGTTGAACGAGTAGCGACGGCCGTACGGACGACGCTGAAGCTGAATCAGAAGAAC 120
Query 151 TCACTGAGCGAGAGTACATGCATGCTTTT-GGGGATGAATAAGTATCGGGGATCC---GG 206
|||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| | ||||||||||||| ||
Sbjct 121 TCACTGAGCGAGAGTACATGCA-GTTTTTCGGTGATGAACAGGTATCGGGGATCCGGAGG 179
Query 207 AGCTATACGAACCGTCTCGAAGGCTGTCGGTT-ACGGACAAGAGATGAGTAAGAGTCTGA 265
||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| | | ||||||||||| |||||
Sbjct 180 AGCTATACGAACCGTATCGAAGGCCGT-AGTTGACGGAGATGGGATGAGTAAGAATCTGA 238
Query 266 GGGTGGGACTCATTTGCGGAGGTCCGTCGGCGGAGCGCGGGATTTCTCTCAACTCTGCTA 325
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 239 GAGTGGGACTCATTTGCGGAGGTCCGTCGGCGGAGCGCGGGATTTCTCTCAATTCTGCTA 298
Query 326 GATCAGTTCTCGATCATATTCAGGGTGATGGTATAAACGTGAGCTGCTATTATATAGATC 385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GATCAGTTCTCGATCATATTCAGGGTGATGGTATAAGCGTGAGCTGCTATTATATAGATC 358
Query 386 CTGATCTCAAAGCCTTTGCAATTTCATCCGCTCAGGTGTACTCGAATACTCCTTCAGATT 445
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CTGATCTCAAAGCCTTTGCAATTTCCTCCGCTCAGGTGTACTCGAATACTCCTTCAGATT 418
Query 446 TCGATTTTAAGCTGGAGAGTCTTGCACAGGGATTCTCGTCATTATCCGAATTGGCCGAGC 505
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||
Sbjct 419 TCGATTTCAAGCTGGAGAGTCTTGCACAGGGATTCTCTTCATTATCCAAATTTGCCGAGC 478
Query 506 ATCTTGTTTCTGCTGTGGACATTGTTTTTCCAGTAATTCATGGTCGATTTGGTGAAGATG 565
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 ATCTTGTTTCTGCCGTGGACATTGTTTTTCCAGTAATTCATGGTCGATTTGGTGAAGATG 538
Query 566 GGGGCATTCAGGAGCTGTTGGAAAGTCACAACATTCCATTTGTGGGGACTGGATCCCGTG 625
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GAGGCATTCAGGAGCTGTTGGAAAGTCACAACATTCCATTTGTGGGGACTGGATCCCGTG 598
Query 626 AATGTTTTCGAGCATTTGACAAGTATGAAGCCTCTTTGGAGCTCAAGGAACTTGGTTTCA 685
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AATGTATTCGAGCATTTGACAAGTATGAAGCCTCTTTGGAGCTCAAGGAACTTGGTTTCA 658
Query 686 TGACAGTACCAAACTACTTGGTGCAGGGAACTGGAGTAGACAAAAGTGAAATAGCACTGT 745
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 659 TGACAGTACCTAACTACTTGGTGCAGGGAACTGGAGTAGACAAAAGTGAAATAGCACAGT 718
Query 746 GGTTTACAGATAACCAGCTGGATCTCGAGATGGGAAAAGTTGTGGTAAAACCAGCTAAAG 805
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 719 GGTTTACAGATAACCAGCTGGATCTCGAGATGGGAAAAGTCGTGGTAAAACCAGCCAAAG 778
Query 806 CAGGTTCAAGCATTGGTGTCAAGGTTGCTTTTGGCGTAAATGATTCAATTAAAAAGGCTA 865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 779 CAGGTTCAAGCATTGGTGTCAAGGTTGCTTTTGGCGTAAATGATTTAATTAAAAAGGCTA 838
Query 866 CTGAACTTATTCTAGAGGGAATTGATGATAGAGTTGTTGTTGAGGTGTTTATTGAAGATG 925
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 839 TTGAACTTATTCTAGAGGGAATTGATGATAGAGTTGTTGTGGAGGTGTTTATTGAAGATG 898
Query 926 CATATGAGTTCACTGCCATCGTCCTGGATGTGGGTTCTGGTTCTGTTTGCCATCCTGTTG 985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 899 CATATGAGTTCACTGCCATCGTCCTGGATGTGGGTTCTGGTTCTGGTTGCCATCCTGTTG 958
Query 986 TTTTGATGCCTACTGAGGTGCAACTTCAGTTTCATGGCATTGGTGATCCA-AAGGAAAAC 1044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||
Sbjct 959 TTTTGATGCCTACTGAGGTGCAACTTCAGTTTCATGGCAGTGGTGATCTACAA-GAAAAT 1017
Query 1045 GCAATCTTCGACTATCGGAGGAAGTATCTGCCGACACAGCAGGTCACCTATCACACTCCT 1104
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GCAATCTTCGACTATCGGAGGAAGTATTTGCCGACACAGCAGGTCACCTATCACACTCCT 1077
Query 1105 CCACGTTTCCCTATCCATGTTATCAAAAGTATTCGTGAAGAGGCATCTCTTATATTTCAA 1164
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 CCCCGTTTCCCTATCCATGTTATCAAAAGTATCCGTGAAGAGGCATCTCTTATATTTCAA 1137
Query 1165 AAGCTTGGTTTACGTGACTTTGCTCGCATTGATGGATGGTATTTGGCTCCCAATTCAAAT 1224
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 AAGCTTGGTCTACGTGACTTTGCTCGCATTGATGGATGGTATTTGGCTCCCAATTCAAAT 1197
Query 1225 TTATCATCACCTGTAAGTGAAACGCTTGGAGGAACCAAGTCAGGAGATATTATATTCACA 1284
||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1198 TTATCAT---CTGCAAGTGAAACGCTTGGAGGACCCGAGTCAGGGGATATTATATTCACT 1254
Query 1285 GACATCAACCTGATAAGTGGCATGGAGCAAACTAGCTTTCTCTTCCAGCAGGCATCTAAG 1344
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1255 GACATCAACCTGATAAGTGGCATGGAGCAAACCAGCTTTCTCTTCCAGCAGGCTTCTAAG 1314
Query 1345 GTTGGATTTTCTCATTCAAACATTCTGCGAACAATCGTCCACCGTGCTTGCTCGAGGTTT 1404
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 GTTGGATTTTCTCATTCAAACATTCTGCGAACAATCATCCACCGTGCTTGCTCGAGGTTT 1374
Query 1405 CCCCATCTTGA-TTGGTATAATTATGGGTATAGTCAATTACTCCAAGGTTCAACAACCCT 1463
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 CCCCATCTT-ACTTGGTATAATTATGGGTATAGTCAATTACTCCAAGGTTCAACAACCCT 1433
Query 1464 GGAAGTCTCTGAGGACCCCCAGAAAGTGTTTGTCATATTTGGAGGAGATACTTCAGAGCG 1523
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 GGAAGTCTCTGGGGACGTCCAGAAAGTGTTTGTCATATTTGGAGGAGATACTTCAGAGCG 1493
Query 1524 GCAGGTGTCCGTCATGAGTGGAACAAATGTCTGGGTCAATTTGCAAAGATATGTAGATCT 1583
||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1494 GCAGGTGTCTGTAATGAGTGGAACAAATGTCTGGATCAATTTGCAAAGATTTGTAGATCT 1553
Query 1584 TAATGTAACTCCCTGTTTGCTTTCCCCCTCACTTAGCAACTCATTAGGCGCATCTTCGAA 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1554 CAATGTAACTCCCTGTTTGCTTTCCCCCTCACTTGGAAACTCATCAGGCGCATCTTTGAA 1613
Query 1644 CTTGGACAATAGAGAAGTCTGGGTTTTGCCCTACTCGGTTGTGCTAAGGCACACTGCTGA 1703
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 CTTGGACAACAGAGAAGTCTGGGCTTTGCCCTACTCGGTTGTGCTAAGGCACACTGCTGA 1673
Query 1704 GGAAGTTCTTGCAGCGTGCTTAGAAGCAGTCGAGCCTGTTAGGGCTTTATTTACATCTCT 1763
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||
Sbjct 1674 GGAAGTTCTTGCAGCGTGCTTAGAAGCAGTCGAGCCTGATCGGGCTTTGTTTACATCTCT 1733
Query 1764 GCTGCAGAAGCAAGTGATGGAGGATCTTATGGATGGTTTTAAGAATCAAAGCTGGTTTGC 1823
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1734 CCTGCAGAAGCAAGTGATGGAGGATCTTATGGATGGTTTGAAGAATCAAAGCTGGTTTAC 1793
Query 1824 AGGGTTTGATATAACAGACGAGCTGCCCAGAAAGTACTCATTGAAAGAGTGGATCAAGCA 1883
|||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 AGGGTTTGATATCACAGACGAACTGCCTAGAAATTTCTCGTTGAAAGAGTGGATCAAGCA 1853
Query 1884 TGCCAAGGAAGCTCAAGCAACTGTCTTCATTGCAG--T---GC-AT--------G---G- 1925
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || | |
Sbjct 1854 TGCCAAGGAAGCTCAAGCAACTGTCTTCATTGCAGGCTATCGCTATATCTTTATGCATGG 1913
Query 1926 AGGAATTGGTGAAGATGGTACACTGCAGGGCTTGCTGGAGGATGAAGGAGTTTCTTATAC 1985
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 AGGAATTGGGGAAGATGGTACACTGCAGGTCTTGCTGGAGGATGAAGGAGTTTCTTATAC 1973
Query 1986 AGGTCCAGGCGTACTAGCTTCAAGGACTTGTATGGACAAGGTTATGACATCTCAGGCTCT 2045
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 AGGTCCAGGCGTATTAGCTTCAAGGACTTGCATGGACAAGGTTATGACATCTCAGGCTCT 2033
Query 2046 TAGTAATCTTTCAGAGTTTGGAATTCATACCATAAGCAAAGATGTGAAGAGAACAGAGGA 2105
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 TAGTCATCTTTCAGAGTTTGGAATTCATACCATAAGCAAAGATGTGAAGAGAACAGAGGA 2093
Query 2106 TATAATGCATGAGACCTTCCCAAATGTTTGGGATGAATTAATCAAGAAGCTTCAGTGTCT 2165
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||
Sbjct 2094 TATAATGCATGAGACCATCCCAAATGTTTGGGATGAATTGATCAATAAGTTTCAGTGTCT 2153
Query 2166 CACACTATGTGTTAAACCAGCAAAGGATGGATGTTCCACTGGCGTTGCAAGATTATGTTC 2225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 CACACTATGTGTTAAACCAGCAAAGGATGGATGTTCCACTGGCGTTGCAAGATTATGTTC 2213
Query 2226 CTCTGAAGACCTTGCTGTATATGTACAAGCTTTGAAAGATTGTATACCAAGAATTCCTCC 2285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct 2214 CTCTGAAGACCTTGCTGTATATGTACAAGCTTTGAAAGATTGTCTACTAAGGATTCCTCC 2273
Query 2286 AAACACTCTTTCTAAGACACATGGAATGATTGAGATGCCAAATCCTACTCCAGAATTCTT 2345
||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2274 AAATACTCTTTCCAAGACACATGGAACGATTGAGATGCCAAATCCTACTCCAGAGTTCTT 2333
Query 2346 GATTTTTGAACCATTTGTCGAAACCGATGAAATCATAGTTTCATCCAAAGCCAAGCAGCA 2405
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2334 GATTTTTGAACCATTTGTTGAAACCGATGAAATCATAGTTTCATCCAAAGCCAAGCAGCA 2393
Query 2406 GCTCTCTTGGAAAGGTAGGAGGCGGTGGGTAGAGATGACTGTGGGTGTAATTGGAAAGCG 2465
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2394 GCTCTCTTGGAAAGGTAGGAGGCGGTGGGTAGAAATGACTGTGGGTGTAATCGGAAAGCG 2453
Query 2466 TGGGTCAATGCATTCACTGAGTCCTAGTCTTACTGTCAAGGAAAGTGGGGATATATTGTC 2525
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 TGGGTCAATGCATTCGCTGAGTCCTAGTCTTACTGTCAAGGAAAGTGGGGATATATTGTC 2513
Query 2526 TCTCGAGGAAAAGTTCCAAGGAGGCACTGGCATAAATCTTACTCCACCTCCACCAACAAT 2585
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 TCTCGAGGAGAAGTTCCAAGGCGGCACTGGCATAAATCTTACTCCACCTCCACCAACAAT 2573
Query 2586 CATGAGTAAGGAAGCTTTGGAGAGATGCAAACAAGGCATTGAGCTGATTGCAGAAACTCT 2645
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 CATGAGTAAGGAAGCTTTGGAGAGATGCAAACATGGTATTGAGCTGATTGCAGAAACTCT 2633
Query 2646 CGG-CTTAGAAGGGTTTTCACGGATCGATGCTTTTGTGCATGTTGAAACCGGAGAGGTGC 2704
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 2634 CGGGCT-AGAAGGGTTTTCACGGATCGATGCTTTTGTGCACGTTGAAACTGGAGAGGTGC 2692
Query 2705 TGGTTATAGAGGTAAACACAGTTCCCGGAATGACTCCTTCCACTGTTTTAATCCAACAGG 2764
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 TGGTTATAGAGGTAAACACAGTTCCTGGAATGACTCCTTCCACTGTTTTAATCCAACAGG 2752
Query 2765 CATTAGCAGAGCAGCCGCCAATGTACCCTCCTCAATTCTTTCGCACTCTGCTCCATCTTG 2824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 CATTAGCAGAGCAGCCGCCAATGTACCCTCCTCAATTCTTTCGCACTCTGCTCCATCTTG 2812
Query 2825 CTACGCAGAGAGT 2837
|||| ||||||||
Sbjct 2813 CTACACAGAGAGT 2825
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107338310410
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5