BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G08850.1
Length=4819
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478188 jgi|Araly1|478188|fgenesh2_kg.3__889__AT3G08850.1 7993 0.0
Ahg486889 jgi|Araly1|486889|fgenesh2_kg.6__23__AT5G01770.1 859 0.0
> Ahg478188 jgi|Araly1|478188|fgenesh2_kg.3__889__AT3G08850.1
Length=4797
Score = 7993 bits (4328), Expect = 0.0
Identities = 4660/4818 (97%), Gaps = 31/4818 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTTTGACAAAATCCCAATTTTCGCATCCTCACTTTCTCCTCTGCCttttttttttCT 60
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||
Sbjct 1 TCTCTTTGACAAAATCCCAAATTTCGCATCCTCACTTTCTCCTTTGCC----TTTTCTCT 56
Query 61 CTTCTGCCGCCACCACCACCACCACTGTTAATTCGCCGCCGCTTCCACATCAATCGCCGT 120
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 CTTCTGCCG---CCACCATCACCACTGTTAATTCGCCGCCGCTTCCACATCAATCGCCGT 113
Query 121 CGTAGCCAATCATCATCGTTCTTCATCCTCCGCTTCTCCTGATTCTTAGGGTTTCCGCTT 180
||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 114 CGTAGCC-ATCATCATCGTTCGTCATCCTCCTCTTCTCCTGATTCTTAGGGTTTCCGC-T 171
Query 181 CCGCT-TC-TCTGTCGAGGGTTTTTCGAGCTGGATTCTCTGCTCCTGCGCCGCTGGTGCA 238
| | || |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 172 --G-TCTCATCTG-GGAGGGTTTTTCGAGCTGGATTCTCCGCTCTTGCGCCGCTGGTGCA 227
Query 239 GCGGCTTTGTTGATTGATCTGGATTTCTCCGTCTTC-CTTTCTATTTTATTTTCTGTATC 297
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| || ||
Sbjct 228 GCGGCTTTGTTGATTGATCTGGATTTCTCTGTCTTCGC-TTCTATTTTATTTTC-GTTTC 285
Query 298 TCGCACAATCCAAACAAAAAAGCTAGGGCTGAGGATTTGATTTGCGTGATTTCTG-GGGG 356
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |
Sbjct 286 TCGCCCAATCCAAACAGAAAAGCTAGGGCTGAGGATTTGATTTGCGTGATTTC-GAGGAG 344
Query 357 TGTGTTAATTCGGGGGTGTGTTCTCCGATTTGGATGGCATTAGGAGACTTAATGGTGTCT 416
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 345 -GTGTTAAATC-GGGGTGTGTTCTCCGATTTGGATGGCATTAGGAGACTTAATGGTGTCT 402
Query 417 CGGTTCTCGCAATCTTCTGTTTCTTTGGTCTCCAATCACCGTTACGACGAAGACTGTGTC 476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 403 CGGTTCTCGCAATCTTCTGTTTCTTTGGTCTCCAATCACCGTTACGACGAAGACTGTGTC 462
Query 477 TCTAGTCACGATGACGGTGATTCCCGGAGGAAGGATTCTGAGGCTAAGAGCAGTAGTAGC 536
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 TCTAGTCACGATGACGGTGATTCGCGGAGGAAGGATTCTGAGGCTAAGAGCAGTAGTAGC 522
Query 537 TACGGGAATGGTACAACGGAGGGAGCCGCCACCGCCACCAGCATGGCTTACTTGCCTCAG 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 523 TACGGGAATGGTACAACGGAGGGAGCCGCCACCGCTACCAGCATGGCATACTTGCCTCAG 582
Query 597 ACTATTGTGCTCTGCGAGCTTAGACACGACGCATCCGAGGCTTCTGCTCCCTTGGGGACT 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 583 ACTATTGTGCTCTGCGAGCTTAGACACGACGCATCCGAGGCTTCTGCGCCCTTGGGGACT 642
Query 657 TCTGAGATCGTATTGGTCCCCAAATGGCGGCTTAAAGAACGAATGAAAACAGGATGTGTA 716
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 TCTGAGATCGCATTGGTCCCCAAATGGCGGCTTAAAGAACGAATGAAAACAGGATGTGTA 702
Query 717 GCTTTAGTTCTGTGTTTAAACATTACTGTTGATCCGCCGGATGTTATAAAGATATCTCCT 776
||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 GCTTTAGTTTTGTGTTTGAATATTACTGTTGATCCGCCGGATGTTATAAAGATATCTCCA 762
Query 777 TGTGCTAGAATCGAGGCATGGATAGATCCATTTTCTATGGCACCGCCTAAAGCTCTCGAG 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 763 TGTGCTAGAATCGAGGCATGGATAGATCCATTTTCCATGGCACCGCCTAAAGCTCTTGAG 822
Query 837 ACAATTGGAAAAAATTTGAGCACTCAGTATGAGAGATGGCAACCCAGGGCCCGCTATAAG 896
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 823 ACAATTGGAAAAAATTTGAGTACTCAGTATGAGAGATGGCAACCAAGGGCCCGCTATAAG 882
Query 897 GTTCAGCTTGATCCGACAGTAGATGAGGTGAGGAAGCTGTGCTTGACTTGTCGGAAATAT 956
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 GTTCAGCTAGATCCGACAGTAGATGAGGTGAGGAAGCTGTGCTTGACTTGTCGGAAATAT 942
Query 957 GCAAAGACCGAGAGAGTTCTATTCCATTATAATGGGCATGGTGTGCCAAAACCTACAGCT 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 943 GCAAAGACCGAGAGAGTTCTATTCCATTATAATGGGCATGGTGTGCCAAAGCCTACAGCT 1002
Query 1017 AATGGTGAAATTTGGGTATTTAACAAGAGTTATACACAGTACATTCCCTTGCCAATCAGT 1076
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 AATGGTGAAATTTGGGTATTCAACAAGAGTTATACACAGTACATTCCCTTGCCAATCAGT 1062
Query 1077 GAACTTGATTCCTGGTTGAAGACACCCTCCATCTATGTTTTCGACTGCTCTGCTGCTAGG 1136
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1063 GAGCTTGATTCCTGGTTGAAGACACCCTCCATCTATGTTTTTGACTGCTCTGCTGCTAGG 1122
Query 1137 ATGATTCTGAATGCCTTTGCTGAGCTTCATGAT-TGGGGTTCTTCTGGTTCCTCTGGATC 1195
|||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 ATGATTCTTAATGCCTTTGCTGAGCTTCATGATAT-GGGTTCTTCTGGTTCCTCTGGATC 1181
Query 1196 CTCAAGGGACTGCATTCTACTTGCTGCTTGTGATGTACATGAGACACTTCCTCAGAGCGT 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1182 CTCAAGGGACTGCATTCTACTTGCTGCTTGTGATGTACATGAGACACTTCCACAGAGCGT 1241
Query 1256 TGAGTTTCCAGCTGATGTTTTTACGTCTTGCCTGACAACGCCCATTAAAATGGCGTTGAA 1315
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 TGAGTTTCCAGCTGATGTTTTTACGTCTAGCCTCACAACGCCCATTAAAATGGCGTTGAA 1301
Query 1316 ATGGTTCTGCAGGCGTTCGCTTCTGAAAGAAATTATCGATGAATCACTTATCGACAGGAT 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1302 ATGGTTCTGCAGGCGTTCGCTTCTGAAAGAAATCATCGATGAATCACTTATTGACCGGAT 1361
Query 1376 TCCAGGCCGGCAAAACGATCGTAAGACATTGTTAGGGGAGTTGAACTGGATTTTCACAGC 1435
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1362 TCCAGGCCGGCAAAATGACCGTAAGACATTGTTAGGGGAGTTGAACTGGATTTTTACAGC 1421
Query 1436 AGTGACGGATACAATTGCTTGGAATGTGCTTCCTCATGAACTTTTCCAGAGATTATTCAG 1495
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 AGTGACGGATACAATTGCATGGAATGTGCTTCCTCATGAACTTTTCCAGAGATTATTCAG 1481
Query 1496 ACAGGACTTGTTGGTCGCTAGCCTTTTCCGGAATTTCTTACTTGCTGAGAGAATAATGCG 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 ACAGGACTTGTTGGTCGCTAGCCTTTTCCGGAATTTCTTACTTGCTGAGAGAATAATGCG 1541
Query 1556 GTCCGCAAACTGTAATCCAATATCTCACCCTATGCTGCCTCCTACGCATCAACATCATAT 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 GTCCGCAAACTGTAATCCAATATCTCACCCTATGCTGCCTCCTACGCATCAACATCATAT 1601
Query 1616 GTGGGATGCATGGGACATGGCTGCTGAAATCTGTCTTTCTCAGCTTCCCCAACTTGTTCT 1675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1602 GTGGGATGCATGGGACATGGCTGCTGAAATCTGTCTTTCTCACCTTCCCCAACTTGTTCT 1661
Query 1676 GGACCCAAGCACAGAGTTCCAGCCAAGTCCGTTTTTTACTGAGCAACTGACAGCTTTTGA 1735
|||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1662 GGACCCAACCGCAGAATTCCAGCCAAGTCCGTTTTTCACTGAGCAATTGACAGCTTTTGA 1721
Query 1736 GGTGTGGCTTGATCATGGATCTGAGCATAAGAAGCCACCGGAGCAGTTACCTATTGTTCT 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1722 GGTGTGGCTTGATCATGGATCTGAGCATAAGAAGCCACCGGAGCAGTTACCCATTGTTCT 1781
Query 1796 TCAGGTGTTACTTAGCCAGTGCCATCGGTTTCGTGCTCTTGTACTTCTTGGAAGATTTCT 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 TCAGGTGTTACTTAGCCAGTGCCATCGGTTTCGTGCTCTTGTACTTCTTGGAAGATTTCT 1841
Query 1856 TGATATGGGTTCATGGGCTGTGGATCTGGCCTTGTCTGTTGGAATATTCCCATATGTGCT 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 TGATATGGGTTCATGGGCTGTGGATCTGGCCTTGTCTGTTGGAATATTCCCATATGTGCT 1901
Query 1916 GAAGCTTCTGCAAACAACAACGAATGAGCTAAGACAGATCCTGGTTTTCATATGGACAAA 1975
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 GAAGCTTCTGCAAACAACAACAAATGAGCTAAGACAGATTCTGGTTTTCATATGGACAAA 1961
Query 1976 AATTCTTGCACTTGACAAGTCATGTCAAATTGATCTTGTGAAGGATGGGGGGCATACATA 2035
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1962 GATTCTTGCACTTGATAAGTCATGTCAAATTGATCTTGTGAAGGATGGGGGGCATACATA 2021
Query 2036 CTTCATACGATTTCTAGATAGCTCGGGTGCATTTCCAGAACAACGAGCTATGGCTGCTTT 2095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 TTTCATACGATTTCTAGATAGCTCGGGTGCATTTCCAGAACAACGAGCTATGGCTGCTTT 2081
Query 2096 TGTTCTGGCTGTCATTGTGGATGGACATCGACGAGGCCAGGAAGCATGTCTTGAAGCTAA 2155
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 TGTTCTGGCTGTCATTGTTGATGGACATCGACGAGGCCAGGAAGCATGTCTTGAAGCTAA 2141
Query 2156 TTTAATTGGTGTTTGTCTCGGG-CACCTTGAAGCATCCAGACCAAGTGATCCACAACCAG 2214
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2142 TTTAATTGGTGTTTGTCT-GGGACACCTTGAAGCATCCAGACCAAGTGATCCACAGCCTG 2200
Query 2215 AACCATTGTTTCTACAATGGCTTTGTCTTTGTCTTGGAAAGTTATGGGAAGATTTTATGG 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2201 AACCATTGTTTCTACAATGGCTTTGTCTTTGTCTTGGAAAGTTATGGGAAGATTTTATGG 2260
Query 2275 AGGCCCAAATAATGGGCAGGGAGGCAAATGCTTTTGAAAAGTTGGCACCTCTGCTTTCCG 2334
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2261 AGGCCCAAATAATGGGCAGGGAGGCTAATGCTTTTGAAAAGTTGGCACCTCTGCTTTCCG 2320
Query 2335 AGCCCCAACCTGAGGTAAGGGCTGCTGCAGTTTTTGCCCTGGGTACCTTGCTTGATATTG 2394
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2321 AGCCCCAACCTGAGGTAAGGGCTGCTGCTGTTTTTGCCCTGGGTACCTTGCTTGATATTG 2380
Query 2395 GGTTTGACTCTAATAAAAGTGTGGTGGAGGATGAATTTGATGATGATGAAAAGATTAGAG 2454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2381 GGTTTGACTCTAATAAAAGTGTGGTGGAGGATGAATTTGATGATGATGAAAAGATTAGAG 2440
Query 2455 CCGAAGACGCTATCATTAAAAGTCTCTTAGATGTAGTTTCAGATGGGAGTCCACTTGTCC 2514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2441 CCGAAGACGCTATCATTAAAAGTCTCTTAGATGTAGTTTCAGATGGGAGTCCACTTGTCC 2500
Query 2515 GAGCAGAGGTTGCCGTAGCTCTTGCACGTTTTGCCTTTGGCCACAAACAGCACCTTAAGT 2574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2501 GAGCAGAGGTTGCCGTAGCTCTTGCACGTTTTGCCTTTGGCCACAAACAGCACCTTAAGT 2560
Query 2575 TAGCCGCAGCTTCATATTGGAAGCCTCAGTCAAGTTCTTTGCTTACTTCTCTACCTTCAA 2634
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2561 TAGCCGCAGCTTCATATTGGAAGCCTCAGTCGAGTTCTTTGCTTACTTCTCTCCCTTCAA 2620
Query 2635 TAGCTAAATTCCATGATCCTGGGAGTGCAACAATTGTTTCTTTACACATGAGTCCTCTGA 2694
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2621 TAGCTAAATTCCATGATCCTGGGAGTGCAACAATTGTTTCTTTACACATGAGTCCTTTGA 2680
Query 2695 CTAGAGCTAGCACGGATAGCCAACCAGTGGCTCGTGAGTCTAGGATCTCAAGCAGCCCTC 2754
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2681 CTAGAGTTAGCACGGATAGCCAACCAGTGGCTCGTGAGGCTAGGATCTCAAGCAGCCCTC 2740
Query 2755 TTGGCTCCTCTGGGCTGATGCAAGGATCTCCATTATCTGATGATTCTTCGTTACATTCTG 2814
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2741 TTGGCTCTTCTGGGCTGATGCAAGGATCTCCATTATCTGATGATTCTTCGTTACATTCTG 2800
Query 2815 ATTCTGGAATGATGCATGACAGTGTCAGCAATGGAGCGGTCCATCAGCCAAGACTGTTGG 2874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2801 ATTCTGGAATGATGCATGACAGTGTCAGCAATGGAGCGGTCCATCAGCCAAGACTGTTGG 2860
Query 2875 ATAATGCTGTTTATTCGCAGTGCGTCCGAGCTATGTTTGCATTAGCTAAAGATCCATCTC 2934
| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2861 ACAACGCTGTTTATTCGCAGTGCGTTCGAGCTATGTTTGCATTAGCTAAAGATCCATCTC 2920
Query 2935 CACGTATTGCAAGTCTCGGACGGCGTGTGCTTTCTATTATTGGAATCGAACAGGTTGTTG 2994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2921 CACGTATTGCAAGTCTCGGACGGCGTGTGCTTTCTATTATTGGAATCGAACAGGTTGTTG 2980
Query 2995 CGAAACCCTCGAAGCCCACTGGCCGACCAGGGGAAGCTGCAACGACATCTCACACTCCAC 3054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2981 CGAAACCCTCGAAGCCCACTGGCCGACCAGGGGAAGCTGCAACGACATCTCACACTCCAC 3040
Query 3055 TTGCTGGCCTAGCTCGTTCATCCTCATGGTTTGATATGCATGCAGGTAATCTGCCTTTAA 3114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3041 TTGCTGGCCTAGCTCGTTCATCCTCATGGTTTGATATGCATGCAGGTAATCTGCCCTTAA 3100
Query 3115 GTTTTAGGACTCCCCCGGTCAGCCCCCCTAGAACAAACTACCTGAGTGGATTGAGGAGAG 3174
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||
Sbjct 3101 GTTTTAGGACTCCCCCGGTCAGCCCCCCAAGAACAAACTATCTAAGTGGACTGAGGAGAG 3160
Query 3175 TTTGTTCATTAGAGTTCAGGCCTCATCTATTGGGTTCACCCGACTCAGGATTGGCTGATC 3234
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3161 TTTGTTCATTAGAGTTCAGGCCTCATCTATTGAGTTCACCCGACTCAGGGTTGGCTGATC 3220
Query 3235 CGCTTTTAGGCGCCAGTGGATCTGAACGGAGTTTGCTTCCACTATCAACTATCTACGGCT 3294
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3221 CGCTTTTAGGCGTCAGTGGATCTGAACGAAGTTTGCTTCCACTATCAACTATCTATAGCT 3280
Query 3295 GGAGTTGTGGGCACTTTTCTAAGCCACTTCTTGGTGGTGCGGATGCTAGTCAAGAGATTG 3354
|||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3281 GGAGTTGTGGCCACTTTTCTAAACCGCTTCTTGGTGGTGCGGATGCTAGTCAAGAGATTG 3340
Query 3355 CAGCCAAAAGAGAAGAGAAAGAAAAATTCGCACTTGAGCATATTGCAAAATGCCAGCACT 3414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 CAGCCAAAAGAGAAGAGAAAGAAAAATTCGCACTTGAGCATATTGCAAAATGCCAGCACT 3400
Query 3415 CTTCTATTAGCAAGCTCAACAATAATCCTATTGCCAACTGGGATACAAGGTTTGAAACGG 3474
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3401 CCTCTATTAGCAAGCTCAACAATAATCCTATTGCCAACTGGGATACGAGGTTTGAAACGG 3460
Query 3475 GAACAAAGACAGCCCTCCTTCACCCATTCTCTCCTATTGTAGTTGCTGCAGACGAGAATG 3534
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3461 GAACAAAGACAGCACTCCTTCACCCATTCTCTCCTATTGTAGTTGCTGCAGACGAGAATG 3520
Query 3535 AACGGATCAGAGTGTGGAACTATGAGGAAGCAACTCTTCTCAATGGCTTTGACAATCATG 3594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3521 AACGGATCAGAGTGTGGAACTATGAGGAAGCAACTCTTCTCAATGGCTTTGACAATCATG 3580
Query 3595 ATTTTCCTGACAAAGGAATTTCAAAGCTCTGCCTCATCAATGAACTTGACGACTCTCTGC 3654
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3581 ATTTTCCTGACAAAGGAATTTCAAAGCTCTGCCTCGTCAATGAACTTGACGACTCTCAGC 3640
Query 3655 TACTTGTTGCATCATGCGATGGGTCGGTCCGGATATGGAAAAACTATGCAACTAAGGGTA 3714
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3641 TACTTGTTGCGTCATGCGATGGGTCGGTCCGGATATGGAAAAACTATGCAACTAAGGGTA 3700
Query 3715 AACAAAAGCTTGTTACTGGGTTTTCTTCAATCCAGGGTCACAAGCCCGGTGCCCGTGACT 3774
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3701 AACAAAAGCTTGTTACTGGGTTTTCTTCAATCCAGGGTCACAAGCCCGGTGCACGTGACT 3760
Query 3775 TGAACGCTGTCGTGGACTGGCAACAACAGTCCGGTTACCTGTATGCTTCTGGGGAGACGT 3834
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3761 TGAACGCTGTTGTGGACTGGCAACAACAGTCCGGTTACCTGTATGCTTCTGGGGAGGTGT 3820
Query 3835 CAACAGTCACACTTTGGGACCTGGAGAAAGAACAGCTTGTCAGATCTGTTCCCTCTGAAT 3894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3821 CAACAGTCACACTTTGGGACCTGGAGAAAGAACAGCTTGTCAGATCTATTCCCTCTGAAT 3880
Query 3895 CAGAATGTGGAGTTACAGCACTTTCTGCTTCTCAAGTGCACGGAGGCCAACTCGCTGCTG 3954
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3881 CAGAGTGTGGAGTTACAGCACTTTCTGCTTCTCAAGTACACGGAGGCCAACTTGCTGCTG 3940
Query 3955 GTTTTGCTGATGGATCTTTGAGACTCTATGATGTTCGGTCACCTGAACCGCTTGTCTGCG 4014
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3941 GTTTTGCCGATGGATCTTTGAGACTCTATGATGTTCGGTCACCTGAACCGCTTGTCTGCG 4000
Query 4015 CGACTCGGCCTCATCAGAAAGTTGAAAGGGTGGTTGGCCTCAGTTTTCAACCTGGACTTG 4074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4001 CGACTCGGCCTCATCAGAAAGTTGAAAGGGTGGTTGGACTCAGTTTTCAACCTGGACTTG 4060
Query 4075 ACCCCGCAAAGGTGGTGAGTGCATCACAGGCGGGTGACATACAGTTTCTTGACCTTAGAA 4134
| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4061 ATCCCGCAAAGGTGGTGAGTGCATCGCAGGCCGGTGACATACAGTTTCTTGACCTTAGAA 4120
Query 4135 CAACAAGGGACACATACCTGACGATTGATGCACACAGGGGTTCACTCACGGCCTTAGCTG 4194
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4121 CAACAAGGGACACATACCTGACAATTGATGCACACAGGGGTTCACTCACGGCTTTAGCTG 4180
Query 4195 TTCACAGACACGCTCCAATAATCGCGAGTGGATCTGCAAAACAGCTCATTAAAGTATTCA 4254
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4181 TTCACAGACACGCTCCAATAATCGCGAGCGGATCTGCAAAACAGCTCATTAAAGTGTTCA 4240
Query 4255 GTCTTCAAGGGGAACAACTAGGGATAATCCGCTACTACCCATCCTTCATGGCTCAAAAGA 4314
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 4241 GCCTTCAAGGGGAACAACTAGGGAGAATCCGCTACTACCCGTCTTTCATGGCACAAAAGA 4300
Query 4315 TTGGATCAGTGAGTTGCCTCACATTTCATCCGTACCAGGTTCTGCTAGCAGCTGGAGCTG 4374
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4301 TTGGTTCAGTGAGTTGCCTCACATTTCATCCGTACCAGGTTCTCCTAGCAGCTGGAGCTG 4360
Query 4375 CTGACTCATTTGTCTCCATATACACCCACGACAACTCGCAAGCAAGATGAGTCACAACCG 4434
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 4361 CTGACTCATTCGTCTCCATATACACCCACGACAACTCGCAAGCAAGATGAGTCGCAACTG 4420
Query 4435 TAAGTGAATATGTTGCATTTAGCATTGCTCTTGTGATAAAAAGAAAAGCATAAATCAGTG 4494
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4421 TAAGTGGATATGTTGCATTTAGCATTGCTCTCGTGATAAAAAGAAAAGCAAAAATCAGTG 4480
Query 4495 CAGGTCGGGTCGGTTTTGGGTCGGGGTAAAGTGGGTGTGGTTTATAGTATTCGTTAGCCT 4554
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4481 CAGGTCGGGTCGGTTTTGGGCCGGGGTAAAGTGGGTGTGGTTTATAGTATTCGTTAGCCT 4540
Query 4555 CCGTCCAAGATA-AAACAAGATCTAAGTTAACACTAAAGAAGGAGGCTTCACCAAATAAG 4613
||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4541 CCGTCCAAGTTAGAAAGAAGATCTAAGTTAACACTAAAGAAGGAGGCTTCACCAAATAAG 4600
Query 4614 TTATATCTCTACCTATGCAACAACGCACGTAAATGGTGTCTGTAAATAGTTTCCCTGTTT 4673
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4601 TTTTATCTCTACCTATGCAACAACGCACGTAAATGGTGTCTGTAAATAGTTTCCCTGTTT 4660
Query 4674 TGCTTTTCATTTTCTCATCTCTTGGGTGTGTGATTTCC-TTTTT-ATTAATCTTTTAAGT 4731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 4661 TGCTTTTCATTTTCTCATCTCTTGGGTGTGTGATTTCCCTTTTTTATTAATCTTTTAAGT 4720
Query 4732 CATTCTGTTTCCTAATTTGTTTCATGTGTaaaaaaaaTGGTAAAAGTAATGGTGGAAGAA 4791
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4721 CTTTCCGTTTCCTAATTTGTTTCATGTGTAAAAAAAATGGTAAAAGTAATGGTGGAA-AA 4779
Query 4792 A-ATTTGCATTTTCGTGA 4808
| |||||| |||||||||
Sbjct 4780 ATATTTGCGTTTTCGTGA 4797
> Ahg486889 jgi|Araly1|486889|fgenesh2_kg.6__23__AT5G01770.1
Length=4299
Score = 859 bits (465), Expect = 0.0
Identities = 831/1003 (83%), Gaps = 43/1003 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 568 CCGCCACCAGCATGGCTTACTTGCCTCAGACTATTGTGCTCTGCGAGCTTAGACACGACG 627
||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 279 CCGCCACAAGCATGGCATACTTGCCTCAGACTGTTGTGCTCTGCGACCTTAGACACGAGG 338
Query 628 CATCCGAGGCTTCTGCTCCCTTGGGGACTTCTGAGAT-CGTATTGGTCCCCAAATGGCGG 686
| ||||| | | |||| ||| || | | || | | ||||| ||||||
Sbjct 339 CCTCCGA-G-----G---CCTT--AGACATC---G-TCCG-A-T--CCCCCAGATGGCGC 379
Query 687 CTTAAAGAACGAATGAAAACAGGATGTGTAGCTTTAGTTCTGTGTTTAAACATTACTGTT 746
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||
Sbjct 380 CTTAAAGAGCGAATGAAAACAGGATGTGTAGCTCTAGTTATGTGTTTGCACATTAGTGTT 439
Query 747 GATCCGCCGGATGTTATAAAGATATCTCCTTGTGCTAGAATCG-AGGCATGGATAGATCC 805
||||| || |||||||| ||||| ||||| || || | | | | | || |||||||||||
Sbjct 440 GATCCCCCTGATGTTATTAAGATCTCTCCATGCGCCACACTGGAATGC-TGGATAGATCC 498
Query 806 ATTTTCTATGGC-A-CCGCC--TAA-AGCTCTCGAGACAATTGGAAAAAATTTGAGCACT 860
|||||||| | | || || || |||||| ||||| || || ||| ||||||| |
Sbjct 499 TTTTTCTAT--CTATCCACCAAGAAGAGCTCTTGAGACTATAGGCCAAAGCTTGAGCATT 556
Query 861 CAGTATGAGAGATGGCAACC-CAGGGCCCGCTATAAGGTTCAGCTTGATCCGACAGTA-G 918
||||| |||||||||| || | |||| || |||||||| | || ||||| ||| | |
Sbjct 557 CAGTACGAGAGATGGCTGCCTC-GGGCTCGATATAAGGTGGAACTGGATCCTACA-AAGG 614
Query 919 ATGAGGTGAGGAAGCTGTGCTTGACTTGTCGGAAATA-TGCAAAGACCGAGAGAGTTCTA 977
| || || ||||||||||||||| |||| |||||| | ||| ||||| ||| ||||| |
Sbjct 615 ACGATGTCAGGAAGCTGTGCTTGTCTTGCCGGAAA-ACTGCTAAGACTGAGCGAGTTTTG 673
Query 978 TTCCATTATAATGGGCATGGTGTGCCAAAACCTACAGCTAATGGTGAAATTTGGGTATT- 1036
|| |||||||| || |||||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 674 TTTCATTATAACGGCCATGGTGTCCCCAAACCTACACCTAATGGTGAAATCTGGGT-TTA 732
Query 1037 TAACAAGAGTTATACACAGTACATTCCCTTGCCAATCAGTGAACTTGATTCCTGGTTGAA 1096
|| |||| || ||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 733 CAATAAGAATTTTACGCAGTACATTCCCTTGCCAGTCAGCCAACTTGATTCCTGGTTGAA 792
Query 1097 GACACCCTCCATCTATGTTTTCGACTGCTCTGCTGCTAGGATGATTCTGAATGCCTTTGC 1156
||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||| | || | |||||||| ||
Sbjct 793 GACACCCGCAATTTATGTTTTTGACTGCTCTGCTGCTAGGCTCCTTGTCAATGCCTTCGC 852
Query 1157 TGAGCTTCATGATTGGGG-TTCTTCTGGTTCCTCTGGATCCTC-AAGGGACTGCATTCTA 1214
||||||||||| |||||| |||||||| || ||||| || | || ||||||||||||
Sbjct 853 TGAGCTTCATG-TTGGGGAATCTTCTGGCTCGTCTGGGCCCCCGAA-AGACTGCATTCTA 910
Query 1215 CTTGCTGCTTGTGATGTACATGAGACACTTCCTCAGAGCGTTGAGTTTCCAGCTGATGTT 1274
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 911 CTGGCTGCTTGTGATGTACATGAGACACTTCCTCAGAGTGTTGAATTTCCAGCTGACGTG 970
Query 1275 TTTACGTCTTGCCTGACAACGCCCATTAAAATGGCGTTGAAATGGTTCTGCAGGCGTTCG 1334
||||| |||||||| || || || ||||| || || ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 971 TTTACTTCTTGCCTTACCACACCTATTAAGATCGCATTGAAATGGTTCTGCAGACGTTCT 1030
Query 1335 CTTCTGAAAGAAATTATCGATGAATCACTTATCGACAGGATTCCAGGCCGGCAAAACGAT 1394
|||||||| ||| |||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 1031 CTTCTGAAGGAATTTATAGATGAATCACTTATTGATAGAATTCCCGGCCGCCAAAATGAC 1090
Query 1395 CGTAAGACATTGTTAGGGGAGTTGAACTGGAT-TTTCACAGCAGTGACGGATACAATTGC 1453
|| || ||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||| ||||| || |||||
Sbjct 1091 CGCAAAACATTGTTAGGAGAGTTGAACTGGATCTTT-ACTGCAGTCACGGACACCATTGC 1149
Query 1454 TTGGAATGTGCTTCCTCATGAACTTTTCCAGAGATTATTCAGACAGGACTTGTTGGTCGC 1513
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1150 CTGGAATGTGCTTCCTCGCGAACTTTTCCAGAGATTATTCAGACAGGACTTGTTGGTTGC 1209
Query 1514 TAGCCTTTTCCGGAATTTCTTACTTGCTGAGAGAATAATGCGG 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1210 TAGCCTTTTCCGGAATTTCTTACTTGCTGAGAGGATAATGCGG 1252
Score = 621 bits (336), Expect = 1e-176
Identities = 548/650 (84%), Gaps = 16/650 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2354 GGCTGCTGCAGTTTTTGCCCTGGGTACCTTGCTTGATATTGGGTTTGACTCTAATAAAAG 2413
||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |
Sbjct 2029 GGCTGCTGCTGTTTTTGCCTTGGGTACCTTACTTGATGTTGGGTTTGACTCTGGTAAAGG 2088
Query 2414 TG-TGGTGGAGGATGAATTTGATGATGATGAAAAGATTAGAGCCGAAGACGCTATCATTA 2472
|| | || || || |||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||| || |
Sbjct 2089 TGTTCGT-GACGAAGAATTTGATGATGATGAAAATATTATAATTGAAGATATTATGATAA 2147
Query 2473 AAAGTCTCTTAGATGTAGTTTCAGATGGGAGTCCACTTGTCCGAGCAGAGGTTGCCGTAG 2532
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2148 AAAGTCTCTTAGATGTAGTTTCAGATGGGAGCCCGCTTGTCCGAGCAGAAGTTGCTGTAG 2207
Query 2533 CTCTTGCACGTTTTGCCTTTGGCCACAAACAGCACCTTAAGTTAGCCGCAGCTTCATATT 2592
|||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || |||| || |||||||||||||
Sbjct 2208 CTCTCGCACGGTTTGCCTTTGGACACAAACAACATCTAAAGTCAGTTGCAGCTTCATATT 2267
Query 2593 GGAAGCCTCAGTCAAGTTCTTTGCTTACTTCTCTACCTTCAATAGCTAAATTCCATGATC 2652
||||||| || ||||||| ||| |||||| | |||||||| || || || || || |
Sbjct 2268 GGAAGCCCCA---AAGTTCTCTGCGAACTTCTTTCCCTTCAATGGCCAAGTTTCACGA-C 2323
Query 2653 -CTGGGAGTGCAACAATTGTTTCTTTACACATGAGTCCTCTGACTAGAGCTAGCACGGAT 2711
|||| | | ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| | |||
Sbjct 2324 GCTGGAACTTCAACAATTGTTTCTTCACACATGGGTTCTCTGACTAGAGCTAGCCCTGAT 2383
Query 2712 AGCCAACCAGTGGCTCGTG-AGTCTAGGATCTCAAGCAGCCCT-CTTG--GC-TCCTCTG 2766
||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| | || || || || |
Sbjct 2384 AGCCAACCAGTGGCTCGTGAAG-GGAGGATCTCAAGCAG-CCTCCATGAAGCTTCTTCCG 2441
Query 2767 GGCTGATGCAAGGATCTCCATTATCTGATGATTCTTCGTTACATTCTGATTCTGGAATGA 2826
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |
Sbjct 2442 GGCCAATGCAAGGATCTCCATTATCTGATGATTCTTCCTTGCATTCTGATTCTGGAATCA 2501
Query 2827 TGCATGACAGTGTCAGCAATGGAGCGGTCCATCAGCCAAGACTGTTGGATAATGCTGTTT 2886
| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| | |
Sbjct 2502 TCCATGATGGTGTCAACAATGGAGTTGTCCATCAGCCAAGACCGCTGGATAATGCTATCT 2561
Query 2887 ATTCGCAGTGCGTCC-GAGCTATGTTTGCATTAGCTAAAGATCCATCTCCACGTATTGCA 2945
|||||||||| || | | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 ATTCGCAGTGTGTTCTG-GCTATGTTTACGTTAGCTAAAGATCCATCTCCACGTATTGCA 2620
Query 2946 AGTCTCGGACGGCGTGTGCTTTCTATTATTGGAATCGAACAGGTTGTTGC 2995
|| || || ||||||||||| ||| || |||| || ||||| |||||||
Sbjct 2621 AGCCTTGGGCGGCGTGTGCTATCTGTTCTTGGGATTGAACAAATTGTTGC 2670
Score = 534 bits (289), Expect = 2e-150
Identities = 451/528 (85%), Gaps = 16/528 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1796 TCAGGTGTTACTTAGCCAGTGCCATCGGTTTCGTGCTCTTGTACTTCTTGGAAGATTTCT 1855
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1510 TCAGGTCTTACTTAGCCAGTGCCATCGGTTTCGTGCTCTTGTACTTCTTGGACGATTTCT 1569
Query 1856 TGATATGGGTTCATGGGCTGTGGATCTGGCCTTGTCTGTTGGAATAT-TCCCATATGT-G 1913
|||||||||| | |||||||| ||| ||||||| || |||||||||| ||| | || |
Sbjct 1570 TGATATGGGTCCTTGGGCTGTCGATTTGGCCTTATCCGTTGGAATATATCCT-TGCGTAG 1628
Query 1914 CTGAAGCTTCTGCAAACAA-CAACGAATGAGCTAAGACAGATCCTGGTTTTCATATGGAC 1972
| ||||| ||||| ||| |||| | ||||||| | ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1629 -TAAAGCTGCTGCAG-CAAACAACTATTGAGCTACGGCAGATTCTTGTTTTCATATGGAC 1686
Query 1973 AAAAATTCTTGCACTTGACAAGTCATGTCAAATTGATCTTGTGAAGGATGGGGGGCATAC 2032
||| ||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||| || |
Sbjct 1687 AAAGATTCTTGCATTTGATAAGTCATGTCAAGTAGATCTTGTGAAGGACCGGGGCCACAT 1746
Query 2033 ATACTTCATACGATTTCTAGATAGCTCGGGTGCATTTCCAGAACAACGAGCTATGGCTGC 2092
||| ||||| |||||| ||||||| || | |||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1747 ATATTTCATCCGATTTTTAGATAGTTCTGATGCATTCCCAGAACAACGTGCTATGGCTG- 1805
Query 2093 T-TTTGTTCTGGCTGTCATTGTGGATGGAC-ATCGA-CGAGGCCAGGAAGCATGTCTTGA 2149
| |||||| ||||||| ||||| ||||| | | | | | |||||| ||| | ||||||||
Sbjct 1806 TGTTTGTTTTGGCTGTTATTGTCGATGG-CTA-CAAACAAGGCCAAGAATCTTGTCTTGA 1863
Query 2150 AGCTAATTTAATTGGTGTTTGTCTCGGGC-ACCTTGAAGCATCC-AGACCAAGTGATCCA 2207
|||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || | |||| ||||||||
Sbjct 1864 AGCTAATTTAATTGGTGTTTGTCT-GGGCCACCTCGAAGCAACCCA-ACCATGTGATCCA 1921
Query 2208 CAACCAGAACCATTGTTTCTACAATGGCTTTGTCTTTGTCTTGGAAAGTTATGGGAAGAT 2267
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1922 CCGCCAGAACCATTGTTTCTTCAATGGCTTTGTCTTTGTCTTGGAAAGTTGTGGGAGGAC 1981
Query 2268 TTTATGGAGGCCCAAATAATGGGCAGGGAGGCAAATGCTTTTGAAAAG 2315
||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1982 TTTGTGGAGGCCCAGATAATGGGTAAGGAGGCAAATGCTTCTGAGAAG 2029
Score = 244 bits (132), Expect = 4e-63
Identities = 156/168 (93%), Gaps = 0/168 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1614 ATGTGGGATGCATGGGACATGGCTGCTGAAATCTGTCTTTCTCAGCTTCCCCAACTTGTT 1673
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1247 ATGCGGGATGCATGGGACATGGCTGCTGAAATCTGCCTTTCTCAGCTTCCTAAACTTTTT 1306
Query 1674 CTGGACCCAAGCACAGAGTTCCAGCCAAGTCCGTTTTTTACTGAGCAACTGACAGCTTTT 1733
|||||||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 CTGGACCCAAATACGGAGTTTCAGCCAAGTCTATTTTTTACTGAGCAACTGACAGCTTTT 1366
Query 1734 GAGGTGTGGCTTGATCATGGATCTGAGCATAAGAAGCCACCGGAGCAG 1781
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 GAGGTCTGGCTTGATCATGGATCTGAGCATAAGAAGCCACCGGAGCAG 1414
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 182371889816
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5