BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G08943.1
Length=3167
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478202 jgi|Araly1|478202|fgenesh2_kg.3__903__AT3G08947.1 4239 0.0
Ahg478201 jgi|Araly1|478201|fgenesh2_kg.3__902__AT3G08947.1 3066 0.0
> Ahg478202 jgi|Araly1|478202|fgenesh2_kg.3__903__AT3G08947.1
Length=2976
Score = 4239 bits (2295), Expect = 0.0
Identities = 2606/2753 (95%), Gaps = 33/2753 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 AGAAGCTTTTTCTCGATAGGCT-TTGCAGTGACAGGGACACAGG-GTTTGGATTGAAGCG 172
||||||||||| | ||||| | || |||||| |||||| || |||| |||||||||
Sbjct 90 AGAAGCTTTTTGTGGATAGAATCTT-CAGTGAGAGGGAC-GTGGTGTTTAAATTGAAGCG 147
Query 173 AAAAACCCTAGCGTTTACGCGTCTTCTCAAGCGAAAAAATCCTTAATTTCCACAGAGAAG 232
||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||| |||||||
Sbjct 148 AAAAACCCTAGCGTTTA--------CTCAAGC------A---TTGATTTCCATAGAGAAG 190
Query 233 AATGGCTATGGAGATCACACAGTTCCTTCTGGCTGCCCAGTCAGCCGATGCAAGAGTCCG 292
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 191 AATGGCTATGGAGATCACACAGTTCCTACTGGCTGCTCAGTCAGCTGATGCAAGAGTCCG 250
Query 293 TACTGAAGCAGAGGCTAGTCTCAGACAGTTCCAAGAACAAAACTTGCCGCTGTTCTTGTT 352
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 251 TACTGAAGCAGAGGCTAGTCTCAGGCAGTTCCAAGAACAAAACTTGCCACTGTTCTTATT 310
Query 353 ATCCTTGTCTTTTGAGCTTGAAAACAATGATAAACCTGCTGAATCCCGTCGACTAGCCGG 412
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 311 ATCCTTGTCTTTTGAGCTTGAGAACAATGATAAACCTGCTGAATCCCGTCGACTTGCTGG 370
Query 413 TATTCTGCTAAAGAATTCTCTGGACGCCAAAGATTCTGCCACAAAAGATCATCTGGTGAA 472
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 371 TATTCTGCTAAAGAATTCTCTTGACGCCAAAGATTCTGCCAGAAAAGATCATCTGGTGAA 430
Query 473 ACAATGGTTTGCAATTGATGTTGCTCTTAAATCCCAGATCAAGGATC-GCTTACTAAGAA 531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| | ||||
Sbjct 431 ACAATGGTTTGCAATTGATGTTGCTCTTAAATCCCAGATCAAGGAACTG-TTAATGAGAA 489
Query 532 CTCTTGGTTCATCTGCCCTAGAGGCAAGGCATACTTCAGCTCAGGTTATTGCTAAGGTAG 591
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 490 CTCTTGGTTCTTCTGCCCTAGAGGCGAGGCATACTTCAGCTCAGGTTATTGCAAAGGTAG 549
Query 592 CCTCCATTGAAATTCCTCAGAAGCAGTGGCCTGAACTTGTTGGATCGCTGCTTAACAATA 651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 550 CCTCCATTGAAATTCCTCAGAAGCAGTGGCCTGAACTTGTTGGATCGTTGCTTAACAATA 609
Query 652 TGACTCAGCAAGGCAGTCCCGCACACTTGAAGCAATCAACCTTGGAAACTCTAGGCTATG 711
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 610 TGACCCAGCAAGGCAGTCCCGCACACTTGAAGCAATCAACGTTAGAAACTCTAGGCTATG 669
Query 712 TCTGTGAAGAGATATCACACCATGATCTTGTGCAAGATGAAGTGAATTCTGTCCTCACAG 771
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 670 TCTGTGAAGAGATATCACACCATGATCTTGTGCAAAATGAAGTGAATTCCGTCCTCACAG 729
Query 772 CAGTTGTGCAGGGCATGAACCAGTCTGAAAATACTGCTGAAGTTCGTCTCGCAGCAACAA 831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 730 CAGTTGTGCAGGGCATGAACCAGTCTGAAAATACTGCAGAAGTTCGTCTTGCAGCAACAA 789
Query 832 AGGCACTGTTAAATGCCTTGGATTTCTCTCAGACAAATTTTGAGAATGAAATGGAGAGGA 891
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 AGGCACTGTTGAATGCCCTGGATTTCTCTCAGACAAACTTTGAGAATGAAATGGAGAGGA 849
Query 892 ATTACATCATGAAGATGGTATGCGAGACAGCATGTTCCAAGGAGGCAGAGATCAGGCAAG 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 850 ATTACATCATGAAGATGGTATGCGAGACAGCATGTTCCAAGGAGGCAGAGATCAGACAAG 909
Query 952 CTGCTTTCGAGTGCCTTGTGTCCATTGCATCCACATACTATGAGGTGCTGGAGCACTACA 1011
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 910 CTGCTTTCGAGTGCCTTGTGTCTATTGCGTCCACATACTACGAGGTGCTGGAGCAATACA 969
Query 1012 TACAAACACTCTTTGAGCTCACATCGAATGCTGTAAAGGGAGATGAAGAGAGCGTTGCCC 1071
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 970 TGCCAACACTCTTTGAGCTCACATCGAATGCTGTAAAGGGAGATGAAGAGAGTGTTGCCC 1029
Query 1072 TCCAAGCAATTGAGTTCTGGAGTTCCATCTGTGATGAAGAGATCGACCGTCAAGAGTATG 1131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 TCCAAGCAATTGAGTTCTGGAGTTCCATCTGTGATGAAGAGATCGACCGTCAAGAGTATG 1089
Query 1132 ACAGTCCTGATAGTGGTGACTCATCCCCTCCCCACTCCTGTTTCATAGAGAAGGCTCTTC 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 ACAGTCCTGATAGTGGTGACTCATCCCCTCCCCACTCCTGTTTCATAGAGAAGGCTCTTC 1149
Query 1192 CCCATTTAGTTCAAATGTTGCTAGAAACTCTGCTGAAGCAGGAAGAGGATCAGGACCATG 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 CCCATTTAGTTCAAATGTTGCTAGAAACTCTGCTGAAGCAGGAAGAGGATCAGGACCATG 1209
Query 1252 ACGACGATGTCTGGAACATATCTATGGCTGGCGGGACATGCCTTGGCCTGGTTGCTAGAA 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1210 ACGACGATGTCTGGAACATATCTATGGCTGGCGGGACATGCCTTGGCCTGGTTGCCAGAA 1269
Query 1312 CGGTTGGAGATGGTGTAGTCCCTCTTGTGATGCCTTTTGTTGaaaaaaaCATAAGTTCGC 1371
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 CGGTTGGAGATGGTATAGTCCCTCTTGTGATGCCTTTTGTTGAAAAAAACATAAGTTCGC 1329
Query 1372 CAGATTGGCGAAGCCGGGAGGCAGCCACTTATGCTTTTGGATCAATTTTGGAGGGCCCAA 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 CAGATTGGCGAAGCCGGGAGGCAGCCACTTATGCTTTTGGATCAATTTTGGAGGGCCCAA 1389
Query 1432 CAATTGATAAGCTTGCCCCGATGGTAGCTGCTGGCTTGGAATTTCTCCTTAATGCAACCA 1491
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1390 CAATTGATAAGCTTGCCCCGATGGTTGCTGCTGGCTTGGAATTCCTCCTTAATGCAACCA 1449
Query 1492 AGGATCAGAATAACCATGTCAGGGATACAACTGCTTGGACTCTGAGCCGTATCTTTGAAT 1551
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 AGGATGGGAATAACCATGTCAGGGATACAACTGCTTGGACTCTGAGCCGTATCTTTGAAT 1509
Query 1552 TTTTGC-CATCCCCAGACAGTGGCTTCTCTGTTATATCACCCGAAAACCTCCCTAGAATT 1610
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 TTTTGCAC-TCCCCAGACAGTGGCTTCTCTGTTATATCACCCGAAAACCTCCCTAGAATT 1568
Query 1611 GTGAGTGTATTACTGGAATCAATTAAAGATGTGCCAAATGTTGCAGAGAAGGTCTGTGGA 1670
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1569 GTGAGTGTATTACTGGAATCAATTAAAGATGTGCCAAATGTTGCAGAGAAGGTCTGCGGA 1628
Query 1671 GCAATATACAATCTTGCACAGGGATATGAAGACTCTGGAGCAA-GTTCCTCTCTTCTCTC 1729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1629 GCAATATACAATCTTGCACAGGGATATGAAGACTCTGGAGCAAAGT-CCTCTCTTCTCTC 1687
Query 1730 TCCTTATCTTACAGAGATCATCACACATCTCCTTGCAGCTGCTGAGCGTACAGATGGGGC 1789
||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688 TCCTTATCTCACAGAAATCATCACACATCTGCTTGCAGCTGCTGAGCGTACAGATGGGGC 1747
Query 1790 AGAGTCTAAGCTAAGAGGTGCTGCGTATGAAACCTTGAACGAGGTTGTCCGGTGTTCAAA 1849
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 AGAGTCTAAACTAAGAGGTGCTGCGTATGAAACCTTGAATGAGGTTGTCCGGTGTTCAAA 1807
Query 1850 CCTTTCAGAGGCCTCAAGCATCATAGCGCATCTCCTCCCTGCCATCATGAAAAAATTAGC 1909
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1808 CCTTTCAGAGGCCTCGAGCATCATAGCGCATCTCCTCCCTGCCATCATGAAAAAATTAGC 1867
Query 1910 TGAGACAATGGACCTCCCTATAATATCAACTGATGACCGTGAGAAGCAAGCGGAACTCCA 1969
||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 1868 TGAAACTATGGACCTCCCGATAATATCAACTGATGACCGTGAGAAACAGGCAGAACTCCA 1927
Query 1970 GGCGTCTCTGTGCGGTGTTCTCCAAGTCATAATCCAGAAGCTGAGCAGCAGGGACGATAT 2029
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 1928 GGCTTCTCTGTGTGGTGTTCTCCAAGTCATAATCCAGAAGCTGAGTGGCAGGGAGGATAC 1987
Query 2030 GAAACCTATCATAGTGCAAAACGCAGATGACATCATGAGGTTATTCCTAAGAGTGTTTGG 2089
|||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||
Sbjct 1988 GAAACCCATCATAATGCAGAACGCAGATGACATCATGAGGCTGTTCTTAAGAGTGTTTGG 2047
Query 2090 TTGCCATAGTTCAAGTGTCCACGAAGAAGCCATGCTTGCAATCGGTGCTCTTGCCTATGC 2149
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2048 ATGCCATAGTTCAAGTGTCCACGAAGAAGCCATGCTTGCAATCGGTGCTCTTGCCTATGC 2107
Query 2150 GACTGGAACTGAGTTTGTGAAATACATGCCCGAGCTTTTTAAATATCTCCAGATGGGGCT 2209
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2108 AACTGGAGCTGAGTTTGTGAAATACATGCCCGAGCTTTTCAAATATCTCCAGATGGGGCT 2167
Query 2210 GCAGAATTTCGAAGAATACCAAGTCTGCTCAATCACCGTAGGAGTGATTGGTGACATATG 2269
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2168 GCAGAATTTTGAAGAATACCAAGTCTGCTCAATCACCGTAGGAGTGATTGGTGACATATG 2227
Query 2270 CCGTGCGCT-GGATGAAAAAATCCTACCCTTTTGCGATCAGATAATGGGTCTCCTTATCC 2328
|||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2228 CCGTGC-CTTGGATGAAAAAATCCTACCTTTTTGCGATCAGATAATGGGTCTCCTTATCC 2286
Query 2329 AAAACCTTCAAAGTGGTGCACTCCACAGATCGGTGAAGCCTCCAATCTTCTCATGCTTTG 2388
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2287 AAAACCTTCAAAGTGGTGCACTCCACAGATCGGTGAAGCCTCCAATGTTCTCATGCTTTG 2346
Query 2389 GAGACATTGCTCTGGCGATTGGTGCTCATTTTGAAAGGTATGTAGCTCCAGCTGTTCAGA 2448
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2347 GAGACATTGCTCTGGCGATTGGTGCTCATTTCGAAAGGTATGTTGCTCCAGCCGTTCAGA 2406
Query 2449 TAATGCAAGGTGCTGCTCAGGTGTGTGCGCAGATGGACACCCTTGACGAGGAGCTTATGG 2508
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2407 TCATGCAAGGGGCTGCTCAGGTGTGTGCGCAGATGGACACCCTTGACGAGGAGCTTATGG 2466
Query 2509 ATTATGCAAACCAACTCCGGAGAAGCATCTTTGAAGCATACTCCGGGATACTGCAAGGGT 2568
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||
Sbjct 2467 ATTATGCAAACCAACTCCGGAGAAGCATCTTTGAAGCATACTCCGGAATACTACAGGGGT 2526
Query 2569 TCAAGGATGCAAAGGCTGAGCTCATGATGCCCTATGCTCAACATCTGTTGCAGTTTGTTG 2628
||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2527 TCAAGGACACAAAAGCCGAGCTCATGATGCCCTACGCTCAACATCTACTGCAGTTTGTTG 2586
Query 2629 AACTAGTATCCAAAGATTCCCTGAGGGATGAGAGCGTGACAAAAGCCGCGGTTGCAGCAA 2688
| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2587 AGCTAGTATCCAAAGATCCCCTCAGGGATGAGAGTGTGACAAAAGCTGCGGTTGCAGCAA 2646
Query 2689 TGGGTGATCTTGCGGATGTTGTAGGGGAGAACACGAAGCAGTTGTTCCAA-AACTTCACC 2747
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 2647 TGGGTGATCTTGCGGATGTTGTAGGAGAGAACACAAAGCAGGTGTTC-AACAACTTCACC 2705
Query 2748 TTCTGT-GATGAGTTCCTCAATGAGTGTCTCGAATCAGAGGATGAAGATCTCAAGGTCAC 2806
|||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2706 TTCT-TCGGTGAGTTCCTCAATGAGTGTCTCGAATCAGAGGATGAAGATCTCAAGGTTAC 2764
Query 2807 TGCACGCTGGACTCAAGGAATGATCGCAAGACTCGTGCTCTAATCATAAATTT 2859
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||
Sbjct 2765 TGCACGCTGGACTCAAGGAATGATCGCAAGGCTCATGCACTCATCATAAATTT 2817
> Ahg478201 jgi|Araly1|478201|fgenesh2_kg.3__902__AT3G08947.1
Length=1870
Score = 3066 bits (1660), Expect = 0.0
Identities = 1802/1872 (96%), Gaps = 4/1872 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 882 ATGGAGAGGAATTACATCATGAAGATGGTATGCGAGACAGCATGTTCCAAGGAGGCAGAG 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGAGGAATTACATCATGAAGATGGTATGCGAGACAGCATGTTCCAAGGAGGCAGAG 60
Query 942 ATCAGGCAAGCTGCTTTCGAGTGCCTTGTGTCCATTGCATCCACATACTATGAGGTGCTG 1001
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 ATCAGACAAGCTGCTTTCGAGTGCCTTGTGTCTATTGCGTCCACATACTACGAGGTGCTG 120
Query 1002 GAGCACTACATACAAACACTCTTTGAGCTCACATCGAATGCTGTAAAGGGAGATGAAGAG 1061
||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGCAATACATGCCAACACTCTTTGAGCTCACATCGAATGCTGTAAAGGGAGATGAAGAG 180
Query 1062 AGCGTTGCCCTCCAAGCAATTGAGTTCTGGAGTTCCATCTGTGATGAAGAGATCGACCGT 1121
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 AGTGTTGCCCTCCAAGCAATTGAGTTTTGGAGTTCCATCTGTGATGAAGAGATTGACCGT 240
Query 1122 CAAGAGTATGACAGTCCTGATAGTGGTGACTCATCCCCTCCCCACTCCTGTTTCATAGAG 1181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CAAGAGTATGACAGTCCTGATAGTGGTGACTCATCCCCTCCCCACTCCTGTTTCATAGAG 300
Query 1182 AAGGCTCTTCCCCATTTAGTTCAAATGTTGCTAGAAACTCTGCTGAAGCAGGAAGAGGAT 1241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGGCTCTTCCCCATTTAGTTCAAATGTTGCTAGAAACTCTGCTGAAGCAGGAAGAGGAT 360
Query 1242 CAGGACCATGACGACGATGTCTGGAACATATCTATGGCTGGCGGGACATGCCTTGGCCTG 1301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAGGACCATGACGACGATGTCTGGAACATATCTATGGCTGGCGGGACATGCCTTGGCCTG 420
Query 1302 GTTGCTAGAACGGTTGGAGATGGTGTAGTCCCTCTTGTGATGCCTTTTGTTGaaaaaaaC 1361
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTTGCCAGAACGGTTGGAGATGGTATAGTCCCTCTTGTGATGCCTTTTGTTGAAAAAAAC 480
Query 1362 ATAAGTTCGCCAGATTGGCGAAGCCGGGAGGCAGCCACTTATGCTTTTGGATCAATTTTG 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATAAGTTCGCCAGATTGGCGAAGCCGGGAGGCAGCCACTTATGCTTTTGGATCAATTTTG 540
Query 1422 GAGGGCCCAACAATTGATAAGCTTGCCCCGATGGTAGCTGCTGGCTTGGAATTTCTCCTT 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 GAGGGCCCAACAATTGATAAGCTTGCCCCGATGGTTGCTGCTGGCTTGGAATTCCTCCTT 600
Query 1482 AATGCAACCAAGGATCAGAATAACCATGTCAGGGATACAACTGCTTGGACTCTGAGCCGT 1541
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AATGCAACCAAGGATGGGAATAACCATGTCAGGGATACAACTGCTTGGACTCTGAGCCGT 660
Query 1542 ATCTTTGAATTTTTGC-CATCCCCAGACAGTGGCTTCTCTGTTATATCACCCGAAAACCT 1600
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATCTTTGAATTTTTGCAC-TCCCCAGACAGTGGCTTCTCTGTTATATCACCCGAAAACCT 719
Query 1601 CCCTAGAATTGTGAGTGTATTACTGGAATCAATTAAAGATGTGCCAAATGTTGCAGAGAA 1660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CCCTAGAATTGTGAGTGTATTACTGGAATCAATTAAAGATGTGCCAAATGTTGCAGAGAA 779
Query 1661 GGTCTGTGGAGCAATATACAATCTTGCACAGGGATATGAAGACTCTGGAGCAAGTTCCTC 1720
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 780 GGTCTGCGGAGCAATATACAATCTTGCACAGGGATATGAAGACTCTGGAGCAAACTCCTC 839
Query 1721 TCTTCTCTCTCCTTATCTTACAGAGATCATCACACATCTCCTTGCAGCTGCTGAGCGTAC 1780
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TCTTCTCTCTCCTTATCTCACAGAAATCATCACACATCTGCTTGCAGCTGCTGAGCGTAC 899
Query 1781 AGATGGGGCAGAGTCTAAGCTAAGAGGTGCTGCGTATGAAACCTTGAACGAGGTTGTCCG 1840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 900 AGATGGGGCAGAGTCTAAGCTAAGAGGTGCTGCGTATGAAACCTTGAATGAGGTTGTCCG 959
Query 1841 GTGTTCAAACCTTTCAGAGGCCTCAAGCATCATAGCGCATCTCCTCCCTGCCATCATGAA 1900
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GTGTTCAAACCTTTCAGAGGCCTCGAGCATCATAGCGCATCTCCTCCCTGCCATCATGAA 1019
Query 1901 AAAATTAGCTGAGACAATGGACCTCCCTATAATATCAACTGATGACCGTGAGAAGCAAGC 1960
|||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1020 AAAATTAGCTGAAACTATGGACCTCCCGATAATATCAACTGATGACCGTGAGAAACAGGC 1079
Query 1961 GGAACTCCAGGCGTCTCTGTGCGGTGTTCTCCAAGTCATAATCCAGAAGCTGAGCAGCAG 2020
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1080 AGAACTCCAGGCTTCTCTGTGTGGTGTTCTCCAAGTCATAATCCAGAAGCTGAGTGGCAG 1139
Query 2021 GGACGATATGAAACCTATCATAGTGCAAAACGCAGATGACATCATGAGGTTATTCCTAAG 2080
||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||||
Sbjct 1140 GGAGGATACAAAACCCATCATAATGCAGAACGCAGATGACATCATGAGGCTGTTCTTAAG 1199
Query 2081 AGTGTTTGGTTGCCATAGTTCAAGTGTCCACGAAGAAGCCATGCTTGCAATCGGTGCTCT 2140
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AGTGTTTGGATGCCATAGTTCAAGTGTCCACGAAGAAGCCATGCTTGCAATCGGTGCTCT 1259
Query 2141 TGCCTATGCGACTGGAACTGAGTTTGTGAAATACATGCCCGAGCTTTTTAAATATCTCCA 2200
||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1260 TGCCTATGCAACTGGAGCTGAGTTTGTGAAATACATGCCCGAGCTTTTCAAATATCTCCA 1319
Query 2201 GATGGGGCTGCAGAATTTCGAAGAATACCAAGTCTGCTCAATCACCGTAGGAGTGATTGG 2260
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GATGGGGCTGCAGAACTTCGAAGAATACCAAGTCTGCTCAATCACCGTAGGAGTGATTGG 1379
Query 2261 TGACATATGCCGTGCGCT-GGATGAAAAAATCCTACCCTTTTGCGATCAGATAATGGGTC 2319
||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TGACATATGCCGTGC-CTTGGATGAAAAAATCCTACCTTTTTGCGATCAGATAATGGGTC 1438
Query 2320 TCCTTATCCAAAACCTTCAAAGTGGTGCACTCCACAGATCGGTGAAGCCTCCAATCTTCT 2379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1439 TCCTTATCCAAAACCTTCAAAGTGGTGCACTCCACAGATCGGTGAAGCCTCCAATGTTCT 1498
Query 2380 CATGCTTTGGAGACATTGCTCTGGCGATTGGTGCTCATTTTGAAAGGTATGTAGCTCCAG 2439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1499 CATGCTTTGGAGACATTGCTCTGGCGATTGGTGCTCATTTCGAAAGGTATGTTGCTCCAG 1558
Query 2440 CTGTTCAGATAATGCAAGGTGCTGCTCAGGTGTGTGCGCAGATGGACACCCTTGACGAGG 2499
| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 CCGTTCAGATCATGCAAGGGGCTGCTCAGGTGTGTGCGCAGATGGACACCCTTGACGAGG 1618
Query 2500 AGCTTATGGATTATGCAAACCAACTCCGGAGAAGCATCTTTGAAGCATACTCCGGGATAC 2559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1619 AGCTTATGGATTATGCAAACCAACTCCGGAGAAGCATCTTTGAAGCATACTCCGGAATAC 1678
Query 2560 TGCAAGGGTTCAAGGATGCAAAGGCTGAGCTCATGATGCCCTATGCTCAACATCTGTTGC 2619
| || |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1679 TACAGGGGTTCAAGGATACAAAAGCCGAGCTCATGATGCCCTACGCTCAACATCTCTTGC 1738
Query 2620 AGTTTGTTGAACTAGTATCCAAAGATTCCCTGAGGGATGAGAGCGTGACAAAAGCCGCGG 2679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1739 AGTTTGTTGAACTAGTATCCAAAGATTCCCTGAGGGATGAGAGCGTGACAAAAGCCACGG 1798
Query 2680 TTGCAGCAATGGGTGATCTTGCGGATGTTGTAGGGGAGAACACGAAGCAGTTGTTCCAAA 2739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1799 TTGCAGCAATGGGTGATCTTGCGGATGTTGTAGGGGAGAACACGAAGCAGCTGTTCAAAA 1858
Query 2740 ACTTCACCTTCT 2751
||||||||||||
Sbjct 1859 ACTTCACCTTCT 1870
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119641459545
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5