BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G08947.1
Length=3026
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478202 jgi|Araly1|478202|fgenesh2_kg.3__903__AT3G08947.1 4473 0.0
Ahg478201 jgi|Araly1|478201|fgenesh2_kg.3__902__AT3G08947.1 3033 0.0
> Ahg478202 jgi|Araly1|478202|fgenesh2_kg.3__903__AT3G08947.1
Length=2976
Score = 4473 bits (2422), Expect = 0.0
Identities = 2805/2985 (94%), Gaps = 46/2985 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTCTCTCCTTCGACAGTTTCAAGTACAGACTCTCTCTCTGTCTCTGCAAACTCTAGG 60
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTCTCTCTCCTTCGACAGTTTCAAGT--AGTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAAACTCTAGG 58
Query 61 G----T-T--T--GGTTTTTGCTCTTCTTCGAGAAGCTTTTTGTGGATAGAATCTGCAGT 111
| | | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 59 GTTTTTCTCCTGAGGTTTTTGCTCTTCTTCAAGAAGCTTTTTGTGGATAGAATCTTCAGT 118
Query 112 GAGAGGGACGTGGTGTTTAAATTGAAGCGAAAAACCCTAGCGTTTACGCAAACCTTAATT 171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||
Sbjct 119 GAGAGGGACGTGGTGTTTAAATTGAAGCGAAAAACCCTAGCGTTTACTCAAGCATTGATT 178
Query 172 TCCAGAGACCAGAATGGCGATGGAGATCACACAGTTTCTGTTGGCTGCCCAGTCAGCCGA 231
|||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||
Sbjct 179 TCCATAGAGAAGAATGGCTATGGAGATCACACAGTTCCTACTGGCTGCTCAGTCAGCTGA 238
Query 232 TGCAAGAGTCCGGACTGAAGCAGAGGGTAATCTCAGGCAATTCCAAGAACAGAACTTGCC 291
|||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 239 TGCAAGAGTCCGTACTGAAGCAGAGGCTAGTCTCAGGCAGTTCCAAGAACAAAACTTGCC 298
Query 292 GCTGTTCTTAGTATCCTTGTCTTTTGAGCTTGCCAACAATGATAAACCTGCTGAATCCCG 351
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 ACTGTTCTTATTATCCTTGTCTTTTGAGCTTGAGAACAATGATAAACCTGCTGAATCCCG 358
Query 352 TCGACTAGCCGGTATTCTGCTAAAGAATTCTCTGGACGCCAAAGATTCTGCCACAAAAGA 411
|||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 359 TCGACTTGCTGGTATTCTGCTAAAGAATTCTCTTGACGCCAAAGATTCTGCCAGAAAAGA 418
Query 412 TCATCTGGTGAAACAATGGTTTGCAATTGATGTTGCTCTTAAATCCCAGATCAAGGATC- 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 419 TCATCTGGTGAAACAATGGTTTGCAATTGATGTTGCTCTTAAATCCCAGATCAAGGAACT 478
Query 471 GCTTACTAAGAACTCTTGGTTCATCTGCCCTAGAGGCAAGGCATACTTCAGCTCAGGTTA 530
| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 G-TTAATGAGAACTCTTGGTTCTTCTGCCCTAGAGGCGAGGCATACTTCAGCTCAGGTTA 537
Query 531 TTGCTAAGGTAGCCTCCATTGAAATTCCTCAGAAGCAGTGGCCTGAACTTGTTGGATCGC 590
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TTGCAAAGGTAGCCTCCATTGAAATTCCTCAGAAGCAGTGGCCTGAACTTGTTGGATCGT 597
Query 591 TGCTTAACAATATGACTCAGCAAGGCAGTCCCGCACACTTGAAGCAATCAACCTTGGAAA 650
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 598 TGCTTAACAATATGACCCAGCAAGGCAGTCCCGCACACTTGAAGCAATCAACGTTAGAAA 657
Query 651 CTCTAGGCTATGTCTGTGAAGAGATATCACACCATGATCTTGTGCAAGATGAAGTGAATT 710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 658 CTCTAGGCTATGTCTGTGAAGAGATATCACACCATGATCTTGTGCAAAATGAAGTGAATT 717
Query 711 CTGTCCTCACAGCAGTTGTGCAGGGCATGAACCAGTCTGAAAATACTGCTGAAGTTCGTC 770
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 718 CCGTCCTCACAGCAGTTGTGCAGGGCATGAACCAGTCTGAAAATACTGCAGAAGTTCGTC 777
Query 771 TCGCAGCAACAAAGGCACTG-TGTAATGCCTTGGATTTCTCTCAGACAAATTTTGAGAAT 829
| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 778 TTGCAGCAACAAAGGCACTGTTG-AATGCCCTGGATTTCTCTCAGACAAACTTTGAGAAT 836
Query 830 GAAATGGAGAGGAATTACATCATGAAGATGGTATGCGAGACAGCATGTTCCAAGGAGGCA 889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GAAATGGAGAGGAATTACATCATGAAGATGGTATGCGAGACAGCATGTTCCAAGGAGGCA 896
Query 890 GAGATCAGGCAAGCTGCTTTCGAGTGCCTTGTGTCCATTGCATCCACATACTATGAGGTG 949
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 897 GAGATCAGACAAGCTGCTTTCGAGTGCCTTGTGTCTATTGCGTCCACATACTACGAGGTG 956
Query 950 CTGGAGCACTACATACAAACACTCTTTGAGCTCACATCGAATGCTGTAAAGGGAGATGAA 1009
|||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CTGGAGCAATACATGCCAACACTCTTTGAGCTCACATCGAATGCTGTAAAGGGAGATGAA 1016
Query 1010 GAGAGCGTTTCCCTCCAAGCAATTGAGTTCTGGAGTTCCATCTGTGATGAAGAGATCGAC 1069
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GAGAGTGTTGCCCTCCAAGCAATTGAGTTCTGGAGTTCCATCTGTGATGAAGAGATCGAC 1076
Query 1070 CGTCAAGAGTATGACAGTCCTGCTAGTGGTGACTCATCTCCTCCCCACTCCTCTTTCATA 1129
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1077 CGTCAAGAGTATGACAGTCCTGATAGTGGTGACTCATCCCCTCCCCACTCCTGTTTCATA 1136
Query 1130 GAGAAGGCTCTTCCCCATTTAGTTCAAATGTTGCTAGAAACTCTGCTGAAGCAGGAAGAG 1189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GAGAAGGCTCTTCCCCATTTAGTTCAAATGTTGCTAGAAACTCTGCTGAAGCAGGAAGAG 1196
Query 1190 GATCAGGACCATGATGACGACGTCTGGAACATATCTATGGCTGGCGGGACATGCCTTGGC 1249
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GATCAGGACCATGACGACGATGTCTGGAACATATCTATGGCTGGCGGGACATGCCTTGGC 1256
Query 1250 CTGGTTGCCAGAACAGTTGGAGATCATGTAGTCCCTCTTGTGATGCCTTTTGTTGaaaaa 1309
|||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 CTGGTTGCCAGAACGGTTGGAGATGGTATAGTCCCTCTTGTGATGCCTTTTGTTGAAAAA 1316
Query 1310 aaCATAAGTTCGCCAGATTGGCGCTGCCGGGAGGCAGCCACTTATGCTTTTGGATCAATT 1369
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 AACATAAGTTCGCCAGATTGGCGAAGCCGGGAGGCAGCCACTTATGCTTTTGGATCAATT 1376
Query 1370 TTGGAGGGCCCAACAATTGATAAGCTTGCCCCGATGGTTGCTGCTGGCTTGGAATTTCTC 1429
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1377 TTGGAGGGCCCAACAATTGATAAGCTTGCCCCGATGGTTGCTGCTGGCTTGGAATTCCTC 1436
Query 1430 CTTAATGCAACCAAGGATCAGAATAACCATGTCAGGGATACAACTGCTTGGACTCTGAGC 1489
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CTTAATGCAACCAAGGATGGGAATAACCATGTCAGGGATACAACTGCTTGGACTCTGAGC 1496
Query 1490 CGTATCTTTGAATTTTTGCACTCCCCAGACAGTGGTTTCTCTGTTATATCACCCGAAAAC 1549
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CGTATCTTTGAATTTTTGCACTCCCCAGACAGTGGCTTCTCTGTTATATCACCCGAAAAC 1556
Query 1550 CTCCCTAGAATTGTGAGTGTATTACTGGAATCAATTAAAGATGTGCCAAATGTTGCAGAG 1609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 CTCCCTAGAATTGTGAGTGTATTACTGGAATCAATTAAAGATGTGCCAAATGTTGCAGAG 1616
Query 1610 AAGGTCTGTGGAGCAATATACAATCTTGCACAGGGATATGAAGACTCTGGAGCAA-GTTC 1668
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1617 AAGGTCTGCGGAGCAATATACAATCTTGCACAGGGATATGAAGACTCTGGAGCAAAGTCC 1676
Query 1669 ATCTCTTCTCTCTCCTTATCTTACAGAGATCATCACACATCTGCTTGCAGCTGCTGAGCG 1728
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 -TCTCTTCTCTCTCCTTATCTCACAGAAATCATCACACATCTGCTTGCAGCTGCTGAGCG 1735
Query 1729 TACAGATGGGGCAGAGTCTAAGCTAAGAGGTGCTGCGTATGAAACCTTGAACGAGGTTGT 1788
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1736 TACAGATGGGGCAGAGTCTAAACTAAGAGGTGCTGCGTATGAAACCTTGAATGAGGTTGT 1795
Query 1789 CCGGTGTTCAAACCTTTCAGAGGCCTCAAGCATCATAGCGCATCTCCTCCCTGCCATCAT 1848
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 CCGGTGTTCAAACCTTTCAGAGGCCTCGAGCATCATAGCGCATCTCCTCCCTGCCATCAT 1855
Query 1849 GAAAAAATTAGCTGAGACAATGGACCTCCCTATAATATCAACTGATGACCGTGAGAAGCA 1908
||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1856 GAAAAAATTAGCTGAAACTATGGACCTCCCGATAATATCAACTGATGACCGTGAGAAACA 1915
Query 1909 AGCGGAAGTCCAGGCTTCTCTGTGTGGTGTTCTCCAAGTTATAATCCAGAAGCTGAGCGG 1968
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1916 GGCAGAACTCCAGGCTTCTCTGTGTGGTGTTCTCCAAGTCATAATCCAGAAGCTGAGTGG 1975
Query 1969 CAGGGAGGATACGAAACCCATCATAATGCAGAGCGCAGATGACATTATGAGGCTGTTCCT 2028
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1976 CAGGGAGGATACGAAACCCATCATAATGCAGAACGCAGATGACATCATGAGGCTGTTCTT 2035
Query 2029 AAGAGTGTTTGGATGCCATAGTTCAAGTGTCCACGAAGAAGCCATGCTTGCAATCGGTGC 2088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 AAGAGTGTTTGGATGCCATAGTTCAAGTGTCCACGAAGAAGCCATGCTTGCAATCGGTGC 2095
Query 2089 TCTTGCATATGCTACTGGAGCTGAGTTTGTGAAATACATGCCCGAGCTTTTCAAATATCT 2148
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TCTTGCCTATGCAACTGGAGCTGAGTTTGTGAAATACATGCCCGAGCTTTTCAAATATCT 2155
Query 2149 CCAGATGGGGCTGCAGAATTTCGAAGAATACCAAGTCTGCTCAATCACAGTAGGAGTGCT 2208
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2156 CCAGATGGGGCTGCAGAATTTTGAAGAATACCAAGTCTGCTCAATCACCGTAGGAGTGAT 2215
Query 2209 TGGTGACATTTGCCGTGCCCTGGATGAAAAAATCCTACCTTTTTGCGATCAGATAATGGG 2268
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 TGGTGACATATGCCGTGCCTTGGATGAAAAAATCCTACCTTTTTGCGATCAGATAATGGG 2275
Query 2269 TCTCCTTATCCAAAACCTTCAAAGTGGGGCACTCCACAGATCAGTGAAGCCTCCAATATT 2328
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2276 TCTCCTTATCCAAAACCTTCAAAGTGGTGCACTCCACAGATCGGTGAAGCCTCCAATGTT 2335
Query 2329 CTCATGCTTTGGAGACATTGCTCTGGCAATTGGTGCTCATTTTGAAAGGTATGTAGCACC 2388
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 2336 CTCATGCTTTGGAGACATTGCTCTGGCGATTGGTGCTCATTTCGAAAGGTATGTTGCTCC 2395
Query 2389 AGCCGTTCAGATCATGCAAGGGGCTGCTCAGGTGTGTGCTCAGATGGATACCCTTGACGA 2448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2396 AGCCGTTCAGATCATGCAAGGGGCTGCTCAGGTGTGTGCGCAGATGGACACCCTTGACGA 2455
Query 2449 GGAGCTTATGGATTATGCAAACCAACTGCGGAGAAGCATCTTTGAGGCATACTCCGGGAT 2508
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2456 GGAGCTTATGGATTATGCAAACCAACTCCGGAGAAGCATCTTTGAAGCATACTCCGGAAT 2515
Query 2509 ACTACAAGGGTTCAAGGACACAAAAGCCGAGCTCATGATGCCCTACGCTCAACATCTCCT 2568
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2516 ACTACAGGGGTTCAAGGACACAAAAGCCGAGCTCATGATGCCCTACGCTCAACATCTACT 2575
Query 2569 GCAGTTTGTTGAACTAGTATCCAAAGATCCCCTGAGGGATGAGAGCGTGACAAAAGCCGC 2628
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2576 GCAGTTTGTTGAGCTAGTATCCAAAGATCCCCTCAGGGATGAGAGTGTGACAAAAGCTGC 2635
Query 2629 GGTTGCAGCGATGGGTGATCTTGCGGATGTTGTAGGAGAGAACACAAAGCAGTTGTTCCA 2688
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2636 GGTTGCAGCAATGGGTGATCTTGCGGATGTTGTAGGAGAGAACACAAAGCAGGTGTTC-A 2694
Query 2689 A-AACTTCACCTTCTTCGGTGAGTTCCTTAATGAGTGTCTCGAATCAGAGGATGAAGATC 2747
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 ACAACTTCACCTTCTTCGGTGAGTTCCTCAATGAGTGTCTCGAATCAGAGGATGAAGATC 2754
Query 2748 TCAAGGTCACTGCACGCTGGACTCAAGGAATGATTGCAAGGCTCATGCACCCATCATAAA 2807
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2755 TCAAGGTTACTGCACGCTGGACTCAAGGAATGATCGCAAGGCTCATGCACTCATCATAAA 2814
Query 2808 TTTAACCCTCTAttttttttGCATGTCGTCTTTCCGCTTCTCTCTATCGTATCATGTGAA 2867
||| | ||||| ||||| | | | | |||| || || | || |||||
Sbjct 2815 TTTTAGCCTCT-TTTTTCT--C-T--C-TCTT---GC--------AT-G-AT---GTGAA 2851
Query 2868 TAGTGGTTA-GtttttttttGGGTAAAAGTAGTTTAATTCCCCTCAGGCCATATCTGTTT 2926
||||| | | | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2852 TAGTGCTGACGGGGTTTTT-GGGTAAAAGTAGTTTCATTCCCCTCAGGCCATATCTGTTT 2910
Query 2927 -GAGGTTG-GGTCTTATTTTGTTCTCTTGGGGTAGTTAATGCAAA 2969
|||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2911 TGAGGTTTCGGTCTTATTTTATTCTCTTTTGGAAGTTAATGCAAA 2955
> Ahg478201 jgi|Araly1|478201|fgenesh2_kg.3__902__AT3G08947.1
Length=1870
Score = 3033 bits (1642), Expect = 0.0
Identities = 1794/1870 (96%), Gaps = 0/1870 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 833 ATGGAGAGGAATTACATCATGAAGATGGTATGCGAGACAGCATGTTCCAAGGAGGCAGAG 892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGAGGAATTACATCATGAAGATGGTATGCGAGACAGCATGTTCCAAGGAGGCAGAG 60
Query 893 ATCAGGCAAGCTGCTTTCGAGTGCCTTGTGTCCATTGCATCCACATACTATGAGGTGCTG 952
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 ATCAGACAAGCTGCTTTCGAGTGCCTTGTGTCTATTGCGTCCACATACTACGAGGTGCTG 120
Query 953 GAGCACTACATACAAACACTCTTTGAGCTCACATCGAATGCTGTAAAGGGAGATGAAGAG 1012
||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGCAATACATGCCAACACTCTTTGAGCTCACATCGAATGCTGTAAAGGGAGATGAAGAG 180
Query 1013 AGCGTTTCCCTCCAAGCAATTGAGTTCTGGAGTTCCATCTGTGATGAAGAGATCGACCGT 1072
|| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 AGTGTTGCCCTCCAAGCAATTGAGTTTTGGAGTTCCATCTGTGATGAAGAGATTGACCGT 240
Query 1073 CAAGAGTATGACAGTCCTGCTAGTGGTGACTCATCTCCTCCCCACTCCTCTTTCATAGAG 1132
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 CAAGAGTATGACAGTCCTGATAGTGGTGACTCATCCCCTCCCCACTCCTGTTTCATAGAG 300
Query 1133 AAGGCTCTTCCCCATTTAGTTCAAATGTTGCTAGAAACTCTGCTGAAGCAGGAAGAGGAT 1192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGGCTCTTCCCCATTTAGTTCAAATGTTGCTAGAAACTCTGCTGAAGCAGGAAGAGGAT 360
Query 1193 CAGGACCATGATGACGACGTCTGGAACATATCTATGGCTGGCGGGACATGCCTTGGCCTG 1252
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAGGACCATGACGACGATGTCTGGAACATATCTATGGCTGGCGGGACATGCCTTGGCCTG 420
Query 1253 GTTGCCAGAACAGTTGGAGATCATGTAGTCCCTCTTGTGATGCCTTTTGTTGaaaaaaaC 1312
||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTTGCCAGAACGGTTGGAGATGGTATAGTCCCTCTTGTGATGCCTTTTGTTGAAAAAAAC 480
Query 1313 ATAAGTTCGCCAGATTGGCGCTGCCGGGAGGCAGCCACTTATGCTTTTGGATCAATTTTG 1372
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATAAGTTCGCCAGATTGGCGAAGCCGGGAGGCAGCCACTTATGCTTTTGGATCAATTTTG 540
Query 1373 GAGGGCCCAACAATTGATAAGCTTGCCCCGATGGTTGCTGCTGGCTTGGAATTTCTCCTT 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 GAGGGCCCAACAATTGATAAGCTTGCCCCGATGGTTGCTGCTGGCTTGGAATTCCTCCTT 600
Query 1433 AATGCAACCAAGGATCAGAATAACCATGTCAGGGATACAACTGCTTGGACTCTGAGCCGT 1492
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AATGCAACCAAGGATGGGAATAACCATGTCAGGGATACAACTGCTTGGACTCTGAGCCGT 660
Query 1493 ATCTTTGAATTTTTGCACTCCCCAGACAGTGGTTTCTCTGTTATATCACCCGAAAACCTC 1552
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATCTTTGAATTTTTGCACTCCCCAGACAGTGGCTTCTCTGTTATATCACCCGAAAACCTC 720
Query 1553 CCTAGAATTGTGAGTGTATTACTGGAATCAATTAAAGATGTGCCAAATGTTGCAGAGAAG 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CCTAGAATTGTGAGTGTATTACTGGAATCAATTAAAGATGTGCCAAATGTTGCAGAGAAG 780
Query 1613 GTCTGTGGAGCAATATACAATCTTGCACAGGGATATGAAGACTCTGGAGCAAGTTCATCT 1672
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 781 GTCTGCGGAGCAATATACAATCTTGCACAGGGATATGAAGACTCTGGAGCAAACTCCTCT 840
Query 1673 CTTCTCTCTCCTTATCTTACAGAGATCATCACACATCTGCTTGCAGCTGCTGAGCGTACA 1732
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CTTCTCTCTCCTTATCTCACAGAAATCATCACACATCTGCTTGCAGCTGCTGAGCGTACA 900
Query 1733 GATGGGGCAGAGTCTAAGCTAAGAGGTGCTGCGTATGAAACCTTGAACGAGGTTGTCCGG 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 901 GATGGGGCAGAGTCTAAGCTAAGAGGTGCTGCGTATGAAACCTTGAATGAGGTTGTCCGG 960
Query 1793 TGTTCAAACCTTTCAGAGGCCTCAAGCATCATAGCGCATCTCCTCCCTGCCATCATGAAA 1852
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGTTCAAACCTTTCAGAGGCCTCGAGCATCATAGCGCATCTCCTCCCTGCCATCATGAAA 1020
Query 1853 AAATTAGCTGAGACAATGGACCTCCCTATAATATCAACTGATGACCGTGAGAAGCAAGCG 1912
||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1021 AAATTAGCTGAAACTATGGACCTCCCGATAATATCAACTGATGACCGTGAGAAACAGGCA 1080
Query 1913 GAAGTCCAGGCTTCTCTGTGTGGTGTTCTCCAAGTTATAATCCAGAAGCTGAGCGGCAGG 1972
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1081 GAACTCCAGGCTTCTCTGTGTGGTGTTCTCCAAGTCATAATCCAGAAGCTGAGTGGCAGG 1140
Query 1973 GAGGATACGAAACCCATCATAATGCAGAGCGCAGATGACATTATGAGGCTGTTCCTAAGA 2032
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 1141 GAGGATACAAAACCCATCATAATGCAGAACGCAGATGACATCATGAGGCTGTTCTTAAGA 1200
Query 2033 GTGTTTGGATGCCATAGTTCAAGTGTCCACGAAGAAGCCATGCTTGCAATCGGTGCTCTT 2092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GTGTTTGGATGCCATAGTTCAAGTGTCCACGAAGAAGCCATGCTTGCAATCGGTGCTCTT 1260
Query 2093 GCATATGCTACTGGAGCTGAGTTTGTGAAATACATGCCCGAGCTTTTCAAATATCTCCAG 2152
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GCCTATGCAACTGGAGCTGAGTTTGTGAAATACATGCCCGAGCTTTTCAAATATCTCCAG 1320
Query 2153 ATGGGGCTGCAGAATTTCGAAGAATACCAAGTCTGCTCAATCACAGTAGGAGTGCTTGGT 2212
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1321 ATGGGGCTGCAGAACTTCGAAGAATACCAAGTCTGCTCAATCACCGTAGGAGTGATTGGT 1380
Query 2213 GACATTTGCCGTGCCCTGGATGAAAAAATCCTACCTTTTTGCGATCAGATAATGGGTCTC 2272
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GACATATGCCGTGCCTTGGATGAAAAAATCCTACCTTTTTGCGATCAGATAATGGGTCTC 1440
Query 2273 CTTATCCAAAACCTTCAAAGTGGGGCACTCCACAGATCAGTGAAGCCTCCAATATTCTCA 2332
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1441 CTTATCCAAAACCTTCAAAGTGGTGCACTCCACAGATCGGTGAAGCCTCCAATGTTCTCA 1500
Query 2333 TGCTTTGGAGACATTGCTCTGGCAATTGGTGCTCATTTTGAAAGGTATGTAGCACCAGCC 2392
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1501 TGCTTTGGAGACATTGCTCTGGCGATTGGTGCTCATTTCGAAAGGTATGTTGCTCCAGCC 1560
Query 2393 GTTCAGATCATGCAAGGGGCTGCTCAGGTGTGTGCTCAGATGGATACCCTTGACGAGGAG 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1561 GTTCAGATCATGCAAGGGGCTGCTCAGGTGTGTGCGCAGATGGACACCCTTGACGAGGAG 1620
Query 2453 CTTATGGATTATGCAAACCAACTGCGGAGAAGCATCTTTGAGGCATACTCCGGGATACTA 2512
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1621 CTTATGGATTATGCAAACCAACTCCGGAGAAGCATCTTTGAAGCATACTCCGGAATACTA 1680
Query 2513 CAAGGGTTCAAGGACACAAAAGCCGAGCTCATGATGCCCTACGCTCAACATCTCCTGCAG 2572
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1681 CAGGGGTTCAAGGATACAAAAGCCGAGCTCATGATGCCCTACGCTCAACATCTCTTGCAG 1740
Query 2573 TTTGTTGAACTAGTATCCAAAGATCCCCTGAGGGATGAGAGCGTGACAAAAGCCGCGGTT 2632
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1741 TTTGTTGAACTAGTATCCAAAGATTCCCTGAGGGATGAGAGCGTGACAAAAGCCACGGTT 1800
Query 2633 GCAGCGATGGGTGATCTTGCGGATGTTGTAGGAGAGAACACAAAGCAGTTGTTCCAAAAC 2692
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||
Sbjct 1801 GCAGCAATGGGTGATCTTGCGGATGTTGTAGGGGAGAACACGAAGCAGCTGTTCAAAAAC 1860
Query 2693 TTCACCTTCT 2702
||||||||||
Sbjct 1861 TTCACCTTCT 1870
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114270735000
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5