BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G08960.1
Length=3591
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg317700 jgi|Araly1|317700|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000716 5059 0.0
> Ahg317700 jgi|Araly1|317700|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000716
Length=3033
Score = 5059 bits (2739), Expect = 0.0
Identities = 2940/3038 (97%), Gaps = 10/3038 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 123 ATGGCGTTATCGGCTTCCGATTTGCCGGCGATGTACACGCTATTAGCTAATTCAATGAGC 182
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGTTGTCGGCTTCCGATTTGCCGGCGATGTACACGCTATTAGCAAATTCAATGAGC 60
Query 183 GGTGACGAGACCGTTCGGCGGCCGGCGGAGGCGGCTCTATCTCTGTCGGAGAGTAGACCT 242
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 GGTGACGAGACTGTTCGGCGGCCGGCGGAGGCGGCTCTGTCTCAGTCGGAGAGTAGACCT 120
Query 243 GGTTTCTGTTCTTGCCTTATGGAAGTAATTGCATCCAAGGATTTGGTGTCCCATGTGGAC 302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGTTTCTGTTCTTGCCTTATGGAAGTAATTGCATCCAAGGATTTGGTGTCCCATGTGGAC 180
Query 303 GTTAGATTAATGGCCTCAGTGTATTTCAAGAACAGTATCAACCGTCATTGGAAGAGCAGA 362
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 181 GTTAGATTGATGGCCTCAGTGTATTTCAAGAACAGTATCAACCGTCATTGGAAGAACAGA 240
Query 363 AGAAATTCATGGAGTATGAGCAACGAGGAAAAGAGTCATCTGAGGCAGAAATTGTTGTCT 422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGAAATTCATGGAGTATGAGCAACGAGGAAAAGAGTCATCTGAGGCAGAAATTGTTGTCT 300
Query 423 CACTTGAGAGAAGAGAACTACCAGATAGCGGAAATGTTGGCTGTTCTCATATCGAAGATA 482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 CACTTGAGAGAAGAGAACTACCAGATAGCGGAAATGTTGGCTGTTCTCATATCAAAGATA 360
Query 483 GCCCGTTTTGATTATCCTAGGGAATGGCCTGATCTCTTTTCGGTACTAGCGCAACAGCTT 542
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 GCCCGTTTTGATTATCCTAGAGAATGGCCTGACCTCTTTTCGGTACTAGCACAACAGCTT 420
Query 543 CACTCAGCTGACGTTCTGGCTTCTCACAGAATCTTTCTGATTCTTTTTCGAACCTTAAAG 602
||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CACTCGGCTGATGTTCTTGCTTCTCACAGAATCTTTCTGATTCTTTTTCGAACCTTAAAG 480
Query 603 GAATTGTCTACTAAACGTCTCACTGCGGATCAGAAG-ACCTTCGCTGAGATCTCGTCGCA 661
||||| || || ||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAATTATCCACCAAACGCCTCGCTGCGGATCAG-AGAACCTTCGCTGAGATCTCGTCGCA 539
Query 662 ATTCTTCGACTTTAGTTGGCACCTTTGGCAAACTGATGTCCAAACAATTCTACATGGCTT 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATTCTTCGACTTTAGTTGGCACCTTTGGCAAACTGATGTCCAAACAATTCTACATGGCTT 599
Query 722 TTCAACAATGGTTCAGAGCTATGGTTCAAATAGTGCCGAGCAGCATCACGATGAGCTTTT 781
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTCAACAATGGCTCAGAGCTATGGTTCAAATAGTGCCGAGCAGCATCACGATGAGCTTTT 659
Query 782 TCTGACTTGTGAGAGGTGGTTTTTATGTTTGAAAATAGTGCGCCAACTGATAATTTCAGG 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCTGACTTGTGAGAGGTGGTTTTTATGTTTGAAAATAGTGCGCCAACTGATAATTTCAGG 719
Query 842 ATTTCTAAGCGATGCC-AATAATATACAGGAGATACAACCAGTGAAAGAAGTCTCTCCTG 900
||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 ATTTCAAAGCGATGCCAAAT-TTATACAGGAGATACAGCCAGTGAAAGAAGTCTCTCCTG 778
Query 901 CGCTCTTGAATGCGGCTCAATCCTTTCTTCCATATTATTCATCTTTTCAAAATCGAGATC 960
|||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 779 CGCTCTTGAACGCCGTTCAATCCTTTCTTCCATATTATTCATCTTTTCAGAATCGAGATC 838
Query 961 CTAAATTCTGGGAGTTTGTAAAGAAGGCATGTGTCAAGCTGATGAAGGTGTTAGGTGCTA 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 839 CTAAATTCTGGGAGTTTGTAAAGAAGGCATGTGTCAAGCTGATGAAAGTGTTAGGCGCTA 898
Query 1021 TTCAAAGCAGGCATCCATTTTCGTTTGGAGATAAATGTGCTCTTCCAGTTGTAGTGGATT 1080
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTCAAAGCAGACATCCTTTTTCGTTTGGAGATAAATGTGTTCTTCCAGTTGTAGTGGATT 958
Query 1081 TCTGCTTAAACAAGATAACGGACCCCGAACAGGCATTGTTGCCATTTGAAGAtttttttA 1140
||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 959 TCTGCTTAAACAAGATAACAGACCCTGAACAGTCATTGTTGCCGTTTGAAGAATTTTTTA 1018
Query 1141 TTCAGTGTATGGTGATGGTGAAATCTGTGCTTGAATGTAAAGAATATAAGCCAAGTCGAA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1019 TTCAGTGTATGGTGATGGTGAAATCTGTGCTTGAATGTAAAGAATATAAGCCAAGTCTAA 1078
Query 1201 CTGGTCGTGTGATGGATGACAACGGAGATACATTTGAGCAGAGGAAGAAGAATGCTTCCA 1260
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CTGGTCGTGTGATGGATGACAATGGAGTTACATTTGAGCAGAGGAAGAAGAATGCTTCCA 1138
Query 1261 ACACAGTTGGTGGCATTGTGTCGTCACTTTTACCCAATGAAAGGATAGTTCTTCTCTGCA 1320
|| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1139 ACGCAGTTGGTGGTATTGTGTCTTCACTTTTACCCAATGAAAGGATAGTTCTTTTGTGCA 1198
Query 1321 ACGTACTAGTGAGACGGTATTTTGTACTAACAGCAAGTGACCTAGAGGAGTGGTACCAGA 1380
|| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 ACATACTAGTGAGAAGGTATTTTGTTCTAACACCAAGTGACCTAGAGGAGTGGTACCAGA 1258
Query 1381 ACCCTGAGTCCTTTCATCATGAGCAGGACATGATTCAGTGGACAGAGAAATTGAGGCCTT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ACCCTGAGTCCTTTCATCATGAGCAGGACATGATTCAGTGGACAGAGAAATTGAGGCCTT 1318
Query 1441 GTGCTGAAGCTCTATATATGGTTTTGTTTGAGAACTACAGCCAACTGCTAGGACCTATTG 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1319 GTGCTGAAGCTCTATATATGGTTTTGTTTGAGAACTACAGCCAACTGCTAGGACCCATTG 1378
Query 1501 TTGTGTCCATCCTTCAAGAAGCAATGAATAATTGTCCCCCTTCTGTTACTGAAATAACTC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TTGTGTCCATCCTTCAAGAAGCAATGAATAATTGTCCCCCTTCTGTTACTGAAATAACTC 1438
Query 1561 CTGCACTGCTTCTTAAAGATGCGGCATACGCTGCTACTGCATATGTCTACTATGAGCTCT 1620
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CTGCACTGCTTCTTAAAGATGCGGCATATGCTGCTACTGCATATGTCTACTATGAGCTCT 1498
Query 1621 CGAATTATCTTAATTTCAGAGATTGGTTTAATGGTGCTCTATCCCTTGAACTCTCAAATG 1680
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CGAATTATCTTAATTTTAGAGATTGGTTTAATGGTGCTCTATCCCTTGAACTCTCAAATG 1558
Query 1681 ACCATCCAAATAGGCGTATCATCCACCGAAAAGTTGCTATGATATTGGGACATTGGGTTT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 ACCATCCAAATAGGCGTATCATCCACCGAAAAGTTGCTATGATATTGGGACATTGGGTTT 1618
Query 1741 CGGAGATTAAGGATGACACAAAAAGAGCAGTTTATTGTGCTTTGATCAAATTGTTGCAAG 1800
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 CAGAGATTAAGGATGACACAAAAAGGGCAGTTTATTGTTCTTTGATCAAATTGTTGCAAG 1678
Query 1801 ACAATGACCTCGCTGTAAAGCTGGCAGCTAGTAGGTCATTATGCTTACATGTCGAGGATG 1860
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 ACAATGACCTCGCTGTCAAGCTGGCAGCTAGTAGGTCATTATGCTTACATGTCGAGGATG 1738
Query 1861 CAAATTTTTCGGAGCAAAGTTTTCTTGATCTTCTTCCAATCTGTTGGGATTCATGTTTCA 1920
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1739 CGAATTTTTCGGAGCAAAGTTTTCTTGATCTTCTTCCAATCTGTTGGGAATCATGTTTCA 1798
Query 1921 AAATGGTCGAGGTAGTTCAAGAGTTTGATTCGAAGGTTCAAATTCTGAATTTGATTTCTA 1980
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||
Sbjct 1799 AAATGGTCGAGGAAGTTCGAGAGTTTGATTCGAAGGTTCAAGTTTTGAACTTGATTTCTA 1858
Query 1981 CTCTTATTGGCCATGTTAGCGAAGTCATTCCGTACGCACAAAAGTTGGTGCAATTCTTCC 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 CTCTTATTGGCCATGTTAGCGAAGTCATTCCGTACGCACAAAAGTTGGTGCAATTCTTCC 1918
Query 2041 -AGAAGGTTTGGGAGGAATCTTCTGGTGAAAGCCTTCTGCAGATCCAGCTTCTTGTCGCA 2099
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1919 AAG-CGGTTTGGGAGGAATCTTCTGGTGAAAGCCTTCTACAGATTCAGCTTCTTGTTGCA 1977
Query 2100 CTGCGAAATTTTGTGATTGCACTTGGTTATCAGTCTCCCATTTGCTATAGCATACTGCTC 2159
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 CTGCGGAATTTTGTGATTGCACTTGGTTATCAGTCTCCCATTTGCTATAGCATACTGCTC 2037
Query 2160 CCAATACTCCAAAAGGGCATTGACATAAATAGCCCTGATTCACTCAACCTTCTGGAGGAT 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 CCAATACTCCAAAAGGGCATTGACATAAATAGCCCTGATTCACTCAACCTTCTGGAGGAT 2097
Query 2220 AGCATGGCATTATGGGAAACCACACTTTCCTATGCTCCTATGATGGTGCCCCAGCTATTA 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 AGCATGGCATTATGGGAAACCACACTTTCCTATGCTCCTATGATGGTGCCCCAGCTATTA 2157
Query 2280 GCATTG-TTTCCCTATATGGTGGAGATCATTGAAAGAAGTTTTGATCATTTACAGGTTGC 2338
|||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 GCAT-GCTTTCCCTATATGGTGGAGATCGTTGAAAGAAGTTTTGATCATTTACAGGTTGC 2216
Query 2339 TGTCAGTATCATGGATTCGTATATCATTTTGGATGGAGGAGAATTTCTAAATATGCATGC 2398
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 TGTCAGTATCATGGAATCGTATATCATTTTGGATGGAGGAGAATTTCTAAATATGCATGC 2276
Query 2399 TTCAAGTGTCGCAAAAATTCTTGATCTTATCGTTGGAAATGTAAATGATAAGGGTTTACT 2458
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2277 TTCAAGTGTTGCAAAAATTCTTGATCTTATCGTTGGAAATGTAAATGATAAGGGGTTACT 2336
Query 2459 CTCGATTCTTCCAGTGATTGACATCTTAGTTCAGTGTTTTCCTGTGGAAGTGCCCCCTCT 2518
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 CTCGATTCTTCCAGTGATTGACATCTTGGTTCAGTGTTTTCCTGTGGAAGTGCCCCCTCT 2396
Query 2519 CATCAGCAGCTGTTTGCAGAAACTGGTGATTATTTGCTTGAGTGGTGGAGATGACCGTGA 2578
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2397 CATCAGCAGCTGTTTGCAGAAACTGGTGATTATTAGCTTAAGTGGAGGAGATGACCGTGA 2456
Query 2579 TCCATCCAAGACTGCAGTTAAAGTGTCTTCAGCAGCTATCCTTGCAAGGATTCTGGTGAT 2638
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TCCATCCAAGACTGCAGTTAAAGCGTCTTCAGCAGCTATCCTTGCAAGGATTCTGGTGAT 2516
Query 2639 GAACACCACTTACCTGGCCCAGCTAACATCTGATTCATCTCTTTCAGTGTTACTCCAACA 2698
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 GAACACCACTTACCTGGCCCAGTTAACATCTGATTCATCTCTTTCAGTGTTACTCCAACA 2576
Query 2699 GGCAGGTGTCCCAGTCGAAGACAATATACTCCTTTGCCTCATCGACATTTGGCTCGACAA 2758
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2577 GGCAGGGGTCCCAGTCGAAGACAACATACTCCTTTGCCTCATTGACATTTGGCTCGACAA 2636
Query 2759 GGTGGACCATGCGTCTCCCATGCAACAAAAGACATTTGGCTT-GGCTCTTTCCATAATAC 2817
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2637 GGTGGACCATGCGTCTCCCATGCAAAAAAAGACATTTG-CTTTGGCTCTTTCCATAATAC 2695
Query 2818 TTACACTTAGAATGCCCCAAGTTCTTGACAAGCTTGATCTAATACTAAGTACATGCACCA 2877
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 TTACACTGAGAATGCCTCAAGTTCTTGACAAGCTTGATCAAATACTAAGTACATGCACCA 2755
Query 2878 GTGTGATCCTTGGTGAAAACAAAGATTTAACAGAAGAAGAATCAAGCGGTGACATGAGTT 2937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 GTGTGATCCTTGGTGAAAACAAAGATTTAACAGAAGAAGAATCAAGCGGTGACATGAGTT 2815
Query 2938 CAAGCAGGTCTCAAGGAGAAGAAACCCCGCCAAGCAAAGAGTTACGGAAAAGTCAGATAA 2997
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2816 CAAGCAGGTCTCAAGGAGAAGAAACCCCGCCAAGCAAAGAGTTACGGAAAAGTCAGATCA 2875
Query 2998 AAGTTTCCGACCCAATCTACCAGATGTCACTAGAGAACTCAACGCGTGAGAACCTTCAGA 3057
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 AAGTTTCCGACCCAATTTACCAGATGTCACTAGAGAACTCAACGCGTGAGAACCTTCAGA 2935
Query 3058 CATGTTCTACACTTCATGGAGATGCCTTTAATTCTGCCATTAGTAGGATGCACCCATCGG 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 CATGTTCTACACTTCATGGAGATGCCTTTAATTCTGCCATTAGTAGGATGCACCCATCGG 2995
Query 3118 CGCTTGCACAAGTGAAGCAAGCCTTAAAGCTGCCGTGA 3155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2996 CGCTTGCACAAGTGAAGCAAGCCTTAAAGCTGCCGTGA 3033
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135637190172
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5