BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G09040.1
Length=3087
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928561 jgi|Araly1|928561|scaffold_301018.1 4970 0.0
> Ahg928561 jgi|Araly1|928561|scaffold_301018.1
Length=3128
Score = 4970 bits (2691), Expect = 0.0
Identities = 2959/3091 (96%), Gaps = 8/3091 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTATTTCCGAGTTCTCTTGACGCCGTCCTCGGCCATGTTTGATTCTTTCTCCTTTGTA 60
||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 21 ATGTATTTCCGAGTTCTCTCGACACCGTCCTCGTCCATGTTCGATTCTTTCTCCTTGGTA 80
Query 61 CGTCGTTTGAGTTATTCCCCGGATTTGGGTCGTCGAATCTATGGACATGTTTTGCCCAGC 120
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 81 CGTCGTTTGAGTTATTCCACGGAGTTGGGTCGTCGAGTCTATGGACATGTTTTGCCCAAC 140
Query 121 CATGATCAGATACATCAACGTCTCCTAGAAATCTGTTTGGGGCAATGCAAATTATTCAAG 180
|||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 141 CATGATCAGATACATCAAGGTCTTCTGGAAATTTGTTTGGAGCAATGCAAATTATTCAAG 200
Query 181 AGTCGCAAAGTGTTCGACGAAATGCCTCAAAGACTTGCACTAGCCTTGAGAATTGGCAAA 240
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 201 AGTCGCAAAGTGTTCGACGAAATGCCTCACAGACTTGCACTGGCCTTGAGAATTGGCAAA 260
Query 241 GCTGTCCATTCCAAAAGCTTGATACTTGGAATAGATTCAGAAGGTAGATTAGGTAACGCC 300
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 261 GCTGTCCATTCCAAAAGCTTGATACTTGGAATCGATTCAGAAGGCAGGTTAGGCAACGCC 320
Query 301 ATTGTGGATTTATATGCCAAGTGTGCACAAGTTTCTTATGCTGAGAAGCAATTCGACTTC 360
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 321 ATTGTGGATTTATATGCCAAGTGTGCGCAAGTTTCTTATGCTGAGAAGCAATTCAACTCC 380
Query 361 CTTGAAAAAGATGTAACGGCGTGGAACTCAATGCTATCGATGTATTCCAGCATTGGGAAA 420
|||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 381 CTTGAAAAGGATCTTACAGCGTGGAACTCAATGCTATCGATGTATTCCAGCATTGGCCAA 440
Query 421 CCAGGAAAGGTCTTAAGGAGTTTTGTATCATTGTTTGAGAATCAGATTTTTCCAAATAAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 441 CCAGGAAAGGTCTTAAGGAGTTTTGTATCATTGTTTGAGAACCTGATTTTTCCAAATAAA 500
Query 481 TTCACTTTTTCGATTGTTTTATCAACCTGTGCCAGGGAGACTAATGTAGAGTTTGGTAGA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 TTCACTTTTTCGATTGTTTTATCAACCTGTGCCAGGGAGACTAATGTAGAGTTTGGTAGA 560
Query 541 CAAATTCATTGCAGTATGATTAAA-ATGGGGCTAGAACGCAACTCGTATTGTGGAGGGGC 599
||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 CAAATTCATTGCAGTATGA-TAAAGATGGGGCTTGAACGCAACTCGTATTGTGGAGGGGC 619
Query 600 TTTAGTTGATATGTATGCCAAGTGTGACCGTATTAGTGATGCTCGACGAGTTTTTGAAT- 658
| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||| ||
Sbjct 620 TCTAGTTGATATGTATGCCAAGTGTGACCGTCTTGGTGATGCGCAACGAGTTTTTG-ATG 678
Query 659 GGATAGTGGATCCTAATACAGTTTGCTGGACGTGTTTGTTTTCTGGCTATGTGAAGGCTG 718
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 679 GGATAGTGGATCCTAATACAGTTTGCTGGACATGTTTGTTTTCTGGCTATGTGAAGGCTG 738
Query 719 GTTTGCCAGAGGAAGCTGTCTTAGTATTTGAAAGGATGCGGGATGAAGGCCATCGGCCTG 778
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 739 GTTTGCCAGAGGAAGCCGTCATAGTATTTGAAAGGATGCGGGGTGAAGGCCATCGGCCTG 798
Query 779 ATCATTTAGCTTTTGTGACTGTTATAAATACGTACATCAGGTTGGGGAAGCTAAAGGATG 838
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 799 ACCATTTAGCTTTTGTGACTGTCATAAATACGTACATCAGTTTGGGGAAGCTAAAGGATG 858
Query 839 CACGTCTGTTGTTTGGGGAGATGTCAAGCCCAGATGTGGTAGCGTGGAATGTAATGATTT 898
|||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 859 CACGGCTATTGTTTGGGGAGATGCCAAGCCCAGATGTGGTAGCGTGGAATGTAATGATTT 918
Query 899 CAGGGCATGGGAAAAGAGGATGTGAGACTGTGGCTATTGAATATTTTTTCAATATGCGGA 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 919 CAGGGCATGGGAAAAGAGGATGTGAGACTGTGGCTATTGAATATTTTCTCAATATGCGGA 978
Query 959 AATCTAGTGTTAAATCCACCCGTTCTACCTTAGGAAGCGTTTTGAGTGCTATTGGGATTG 1018
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 AATCTAGTGTTAAATCCACCCGTTCTACCTTGGGAAGCGTTTTGAGTGCTATTGGGATTG 1038
Query 1019 TAGCTAATCTTGATTTAGGTTTGGTAGTTCATGCAGAGGCTATTAAACTAGGTCTCGCTT 1078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1039 TAGCTAATCTTGATTTAGGTTTGGTAGTTCATGCAGAGGCTATTAAACTAGGCCTCGCCT 1098
Query 1079 CCAATATTTATGTCGGCAGTTCTTTGGTTAGCATGTACTCGAAATGTGAGAAAATGGAGG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 CCAATATTTATGTCGGCAGTTCTTTGGTTAGCATGTACTCGAAATGTGAGAAAATGGAGG 1158
Query 1139 CTGCTGCAAAGGTATTTGAAGCTTTGGAGGaaaaaaaTGACGTCTTCTGGAACGCGATGA 1198
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1159 CTGCTGCAAAAGTATTTGAAGCTTTGGAGGAAAGAAATGATGTCTTGTGGAACGCGATGA 1218
Query 1199 TAAGGGGTTATGCACATAATGGTGAATCCCACAAGGTTATGGAACTGTTTATGGATATGA 1258
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 TAAGGGGTTATGCACACAACGGTGAATCCCACAAGGTTATGGAACTGTTTATGGATATGA 1278
Query 1259 AATCTTCTGGTTATAACATTGATGACTTTACCTTTACAAGCCTTTTAAGCACTTGTGCTG 1318
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 AATCTTCTGGTTATAACATTGATGATTTTACCTTTACAAGCCTTTTAAGCACTTGTGCTG 1338
Query 1319 CATCACATGATCTAGAAATGGGAAGCCAGTTTCACTCAATCATCATCAAGAAGAAGTTAG 1378
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1339 TATCGCATGATCTAGAAATGGGAAGCCAGTTTCACTCGATTATCATCAAGAAGAAGTTAA 1398
Query 1379 CAAAAAACTTATTCGTAGGAAATGCATTAGTAGATATGTATGCAAAATGCGGAGCTCTTG 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 CAAAAAACTTATTCGTAGGAAATGCATTAGTAGATATGTATGCAAAATGCGGAGCTCTTG 1458
Query 1439 AAGATGCAAGGCAAATTTTTGAGCGCATGTGTGATCGTGATAATGTAACTTGGAACACAA 1498
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| |
Sbjct 1459 AAGATGCAAGGCAAATTTTTGAGCACATGTGTGATCGGGATAATGTGTCTTGGAACACCA 1518
Query 1499 TAATTGGGAGTTATGTCCAAGATGAGAATGAGAGTGAAGCTTTTGACTTGTTCAAGAGGA 1558
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1519 TAATTGGGGGTTATGTCCAAGATGAGAATGAGAGTGAAGCTTTTGACTTGTTCAGGAGGA 1578
Query 1559 TGAATTTGTGTGGTATAGTGTCTGATGGAGCATGTTTGGCTAGCACACTTAAGGCATGTA 1618
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 TGAATTCCTGTGGTATAGTGTCTGATGGAGCATGTTTGGCTAGCACACTTAAGGCATGTA 1638
Query 1619 CACATGTTCATGGTCTTTATCAAGGAAAACAAGTTCACTGCCTCTCTGTCAAATGTGGCC 1678
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 CAAATGTTCATGGTCTTTATCAAGGAAAACAAGTTCACTGCCTCTCTGTCAAATGTGGCC 1698
Query 1679 TAGACAGAGATCTTCATACTGGTAGCTCGCTCATTGACATGTATTCCAAGTGTGGAATCA 1738
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 TAGACAGAGTTCTTCATACTGGTAGCTCGCTCATTGACATGTATTCCAAGTGTGGAATCA 1758
Query 1739 TCAAAGATGCACGTAAAGTTTTCTCTTCTCTGCCTGAGTGGAGCGTTGTGTCAATGAATG 1798
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1759 TCGAAGATGCACGTAAAGTTTTCTCTTCTATGCCTGAGTGGAGCGTTGTGTCCATGAATG 1818
Query 1799 CTCTAATTGCAGGTTATTCTCAGAACAACTTAGAAGAAGCTGTAGTTCTCTTTCAAGAAA 1858
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 CTCTAATTGCAGGTTATTCTCAGAACAACCTAGAAGAAGCTGTAGTTCTCTTTCAAGAAA 1878
Query 1859 TGCTGACCAGAGGTGTTAACCCATCTGAAATCACTTTTGCCACCATTGTTGAAGCTTGTC 1918
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1879 TGCTGACCAAAGGTGTTAACCCATCTGAAATCACTTTTGCCACCATAGTTGAAGCTTGTC 1938
Query 1919 ATAAACCAGAAAGTTTAACTCTAGGAACGCAATTTCATGGTCAGATAACAAAGA-GGGGC 1977
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||
Sbjct 1939 ATAAACCAGAAAGTTTAACTTTAGGAACGCAATTTCATGGTCAGATAATAAA-ATGGGGG 1997
Query 1978 TTCTCATCTGAAGGTGAATATCTAGGGATTTCCCTTTTGGGCATGTACATGAATTCACGT 2037
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1998 TTCTCATCTGAAGGTGAATATCTAGGGATTTCCCTTTTGGGCTTGTACATGAATTCGCGC 2057
Query 2038 GGAATGACAGAGGCTTGTGCACTCTTCTCAGAGTTATCAAGCCCTAAGAGTATTGTTCTT 2097
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 AGAATGGCAGAGGCTTGTGCCCTCTTCTCAGAGTTATCAAGCCCTAAGAGTATTGTTCTT 2117
Query 2098 TGGACGGGAATGATGTCAGGTCACAGTCAGAATGGATTTTATGAGGAGGCCTTGAAGTTT 2157
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 TGGACGGGAATGATGTCAGGTCATAGTCAGAATGGATTCTATGAGGAGGCCTTGAAGTTC 2177
Query 2158 TACAAAGAAATGCGTCATGATGGTGTTC-TACCTGACCAGGCAACATTTGTCACTGTTCT 2216
||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 TACAAAGAAATGCGTCACGATGGTG-CCTTACCTGACCAGGCAACATTTGTCACTGTTCT 2236
Query 2217 TCGAGTGTGTTCTGTCCTTTCCTCTTTAAGAGAAGGTAGAGCTATCCATTCTCTTATTTT 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2237 TCGAGTGTGTTCTGTCCTTTCCTCTTTAAGAGAAGGTAGAGCTATCCATTCTCTTATTTT 2296
Query 2277 TCACTTGGCCCATGACTTGGACGAGTTGACCTCTAACACCCTAATAGACATGTATGCTAA 2336
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2297 TCACTTGGCCCATGACTCGGATGAGTTGACCTCTAACACCCTAATAGACATGTATGCTAA 2356
Query 2337 ATGTGGGGACATGAAAGGTTCGTCACAAGTTTTCGATGAAATGAGGCGTAGAAGCAACGT 2396
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2357 ATGCGGGGACATGAAAAGTTCGTCACAAGTTTTCGATGAAATGAGGCGTAGAAGCAACGT 2416
Query 2397 TGTCTCATGGAACTCCTTGATCAATGGATATGCGAAAAATGGTTACGCTGAAGATGCCCT 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2417 TGTCTCATGGAACTCCTTGATCAATGGATATGCGAAAAACGGTTACGCTGAAGATGCCCT 2476
Query 2457 GAAAATCTTTGATTCTATGAGACAATCCCATATCATGCCAGATGAAATCACTTTCCTAGG 2516
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2477 GAAAATCTTTGATTCCATGAGACAATCCCATATCATGCCAGATGAAATCACTTTCCTAGG 2536
Query 2517 TGTTCTTACAGCTTGTAGCCATGCAGGGAAAGTGTCAGATGGACGAAAGATTTTTGAGAT 2576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2537 TGTTCTTACAGCTTGTAGCCATGCAGGGAAAGTGTCAGATGGGCGAAAGATTTTTGAGAT 2596
Query 2577 GATGATTGGTCAATATGGTATTGAAGCGCGTGTAGATCATGTAGCTTGTATGGTTGATCT 2636
||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2597 GATGATTGGTCAATACGGTATTGAAGCGCGTGTTGACCATGTGGCATGTATGGTTGATCT 2656
Query 2637 TCTTGGGAGATGGGGATATCTTCAAGAAGCTGATGACTTCATAGAAGCACAAAACCTGAA 2696
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2657 TCTTGGGAGATGGGGCTATCTTCAAGAAGCTGATGACTTCATAGAAGCACAAAACCTGAA 2716
Query 2697 ACCAGATGCAAGACTTTGGTCATCTCTTCTTGGTGCATGTAGGATTCATGGAGATGACAT 2756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2717 ACCAGATGCAAGACTTTGGTCATCTCTTCTTGGTGCATGTAGGATTCATGGAGATGACAT 2776
Query 2757 TAGGGGAGAAATTTCTGCCGAGAAGCTCATTGAATTAGAACCACAAAACTCGTCAGCTTA 2816
|||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2777 GAGGGGAGAAATTGCTGCTGAGAGGCTCATTGAATTAGAACCACAAAACTCTTCAGCTTA 2836
Query 2817 TGTTCTTCTTTCGAACATATATGCCTCACAGGGATGTTGGGAAAAGGCCAATGCTTTGAG 2876
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2837 TGTTCTTCTTTCGAATATATATGCCTCACAGGGACGTTGGGAAGAGGCCAATGCTTTGAG 2896
Query 2877 GAAAGTCATGAGAGACAGAGGAGTCAAGAAGGTACCTGGATATAGCTGGATTGATGTGGA 2936
||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2897 GAAAGCCATGAGAGATAGAGGAGTCAAGAAGGTACCTGGATATAGCTGGATTGATGTGGG 2956
Query 2937 ACAGAGAACACACATTTTTGCTGCAGGAGACAAATCTCATTCTGAAATAGGAAAAATCGA 2996
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2957 ACAGAGAAGACACATTTTTGCTGCAGGAGACCAATCTCATTCTGATATAGGAAAAATCGA 3016
Query 2997 GATGTTCCTCGAGGATCTTTATGATTTGATGAAAGATGATGCCGTTGTCAATCCTGATAT 3056
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3017 GATGTTCCTCGAGGATCTTTATGATTTGATGAAAGATGATGCCGTTGTTAATCCTGATAT 3076
Query 3057 CGTGGAACAAGGTTCTCTTGATTGTGTGTAA 3087
||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3077 CGTGGAACAAGCCTCTCTTGATTGTGTGTAA 3107
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116594239945
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5