BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G09060.1
Length=2064
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928563 jgi|Araly1|928563|scaffold_301020.1 3291 0.0
Ahg478217 jgi|Araly1|478217|fgenesh2_kg.3__918__AT3G09070.1 1212 0.0
> Ahg928563 jgi|Araly1|928563|scaffold_301020.1
Length=2110
Score = 3291 bits (1782), Expect = 0.0
Identities = 1972/2065 (95%), Gaps = 8/2065 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTCGTGTTCCCAAAGTCGCTGTCACCCAAACACGTCCTTAAGCTCTTGAAATCGGAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGGTCGTGTTCCCAAAGTCGCTGTCACCCAAACACGTCCTTAAGCTCTTGAAATCGGAG 80
Query 61 AAGAACCCGCGTGCGGCTTTTGCTCTATTCGATTCGGCGACTCGCCATCCAGGCTATGCA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 AAGAACCCGCGTGCGGCTTTTGCTCTATTCGATTCAGCGACTCGCCATCCAGGCTATGCA 140
Query 121 CACTCCGCCGTCGTTTACCACCATATCCTCCGACGTCTCTCGG-AGACGCGGATGGTTA- 178
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 141 CACTCCGCCGTCGTCTACCACCACATCCTCCGACGTCTCTCGGAAG-CGCGGATGGTTAC 199
Query 179 ATCATGTAAGTCGAATCGTCGAGCTTATTAGGTCACAAGAATGTAAATGCGACGAAGATG 238
| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 200 A-CACGTGGGTCGAATCGTCGAGCTCATTAGGTCACAAGAATGCAAGTGCGACGAAGATG 258
Query 239 TCGCTTTATCGGTTATCAAAACCTACGGAAAGAACTCCATGCCTGATCAAGCTCTAGATG 298
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 259 TGGCTTTATCGGTTATCAAAACCTACGGAAAGAACTCCATGCCCGATCGAGCTCTAGATG 318
Query 299 TTTTCAAACGAATGCGAGAGATTTTCGGGTGCGAGCCTGCGATTCGATCTTATAACACTC 358
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 319 TTTTCAAACGAATGCGAGAGGTTTTCGGGTGCGAGCCTGGGATTCGATCTTATAATACTC 378
Query 359 TACTTAATGCGTTCGTGGAGGCGAAACAATGGGTTAAAGTCGAGTCCTTGTTCGCCTACT 418
|||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 379 TACTCAATGCGTTTGTGGAAGCGAAACAATGGGTTAAAGTCGAGTCCTTGTTCGCCTACT 438
Query 419 TCGAGACTGCTGGAGTGGCGCCAAATCTGCAGACGTATAATGTTTTGATTAAAATGTCTT 478
|||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 439 TCGAAACAGCGGGTGTGGCGCCAAATCTGCAGACGTATAATGTTTTGATTAAGATGTCTT 498
Query 479 GTAAGAAGAAGGAGTTCGAGAAAGCGAGAGGGTTTCTAGATTGGATGTGGAAAGAGGGGT 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 499 GTAAGAAGAAGGAGTTCGAGAAAGCGAGAGGGTTTCTTGATTGGATGTGGAAAGAGGGTT 558
Query 539 TTAAGCCTGATGTGTTTAGTTACAGCACTGTGATCAACGATCTTGCTAAAGCTGGGAAAT 598
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||
Sbjct 559 TTAAGCCGGATGTGTTTAGTTACAGCACTGTGATCAACGATCTTGCGAAAACTGGAAAAT 618
Query 599 TGGATGATGCACTGGAACTGTTCGATGAAATGTCTGAAAGAGGAGTGGCACCTGATGTCA 658
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 619 TGGATGATGCATTGGAACTGTTCGATGAAATGTCTGAGAGAGGAGTGGCACCTGATGTTA 678
Query 659 CGTGTTATAATATCTTAATTGATGGGTTTCTTAAGGAAAAAGATCACAAGACGGCTATGG 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 679 CGTGTTATAATATCTTAATTGATGGGTTTCTTAAGGAAAAAGATCACAAGATGGCTATGC 738
Query 719 AACTGTGGGACAGACTGTTGGAGGACTCTTCTGTTTATCCGAATGTTAAGACTCACAACA 778
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 739 AACTGTGGGACAAACTGTTGGAGGACTCTTCTGTTTATCCGAATGTTAAGACTCACAACA 798
Query 779 TCATGATTAGTGGTTTGAGCAAATGCGGAAGAGTAGATGATTGTTTAAAGATATGGGAGA 838
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 799 TCATGATTAGTGGTTTGAGCAAATGTGGAAGAGTAGATGATTGTTTGAAGATATGGGACA 858
Query 839 GAATGAAACAAAATGAGCGTGAAAAAGATTTATATACATATAGCAGTTTGATACATGGGC 898
|||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 859 GAATGAAACAGAATGAGCGAGAAAAAGATTTGTATACATATAGCAGTTTGATACATGGGC 918
Query 899 TGTGCGATGCAGGTAATGTTGATAAGGCTGAAAGTGTGTTTAATGAGTTGGACGAAAGGA 958
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 919 TGTGCGATGAAGGGAATGTTGATAAGGCTGAAAGTGTGTTTAACGAGTTGGTCGAAAGGA 978
Query 959 AAGCCTCGATTGATGTGGTTACATACAATACTATGCTTGGTGGGTTTTGCCGTTGTGGGA 1018
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 AGGCCTTTATTGATGTGGTTACATACAATACTATGCTTGGTGGGTTTTGCCGTTGTGGGA 1038
Query 1019 AAATTAAGGAGAGTTTGGAGTTGTGGAGAATCATGGAGCACAAGAATTCAGTTAACATAG 1078
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1039 AAATTAAGGAGAGTTTGGAGTTATGGAGAATCATGGAGCAGAGGAATTCAGTTAACATAG 1098
Query 1079 TGAGTTATAACATTTTGATTAAAGGGTTGTTGGAGAATGGGAAGATCGATGAAGCAACAA 1138
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 TGAGTTATAACATTTTGATAAAAGGGTTGTTGGAGAATGGGAAGATCGATGAAGCAACAA 1158
Query 1139 TGATTTGGAGGCTTATGCCTGCCAAGGGCTATGCAGCTGACAAAACTACTTACGGTATTT 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 1159 TGATTTGGAGGCTTATGCCTGCCAAGGGCTATGCAGCTGACAACACAACTTATGGTATTT 1218
Query 1199 TTATTCACGGGTTATGTGTGAATGGTTATGTGAATAAAGCCTTGGGGGTGATGCAAGAGG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 TTATTCACGGGTTATGTGTGAATGGTTATGTAAATAAAGCCTTGGGGGTGATGCAAGAGG 1278
Query 1259 TGGAGAGCAGTGGTGGGCATCTGGATGTTTATGCATATGCGTCAATTATAGACTGTTTGT 1318
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 TGGAGAGCAAAGGTGGGCATCTGGATGTTTATGCATATGCGTCAATTATAGACTGTTTGT 1338
Query 1319 GCAAAAAGAAAAGATTAGAAGAAGCGTCAAATTTGGTAAAAGAGATGAGTAAGCATGGCG 1378
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 GCAAAAAGAGAAGATTAGAAGAAGCGTCAAATTTGGTAAAAGAGATGAGTAAGCATGGCG 1398
Query 1379 TGGAGCTAAATTCTCATGTCTGTAATGCATTAATAGGTGGTTTAATCCGAGACTCAAGAC 1438
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 TGGAGCTGAATTCTCATGTCTGTAATGCATTAATAGGTGGTTTAATCCGAGACTCAAGAC 1458
Query 1439 TTGGTGAGGCTTCCTTTTTTCTGAG-AGAGATGGGGAAGAACGGTTGTCGCCCGACTGTT 1497
||||||| |||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1459 TTGGTGATGCTTCCCTTTTGATGAGAAG-GATGGGGAAGAACGGTTGTCTCCCGACTGTT 1517
Query 1498 GTATCCTACAACATTCTTATTTGCGGTTTGTGTAAAGCAGGGAAATTTGGTGAAGCATCT 1557
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 GTATCCTACAACATTGTTATTTGCGGTTTGTGTGAAGCAGGGAAATTTGGTGAAGCATCT 1577
Query 1558 GCTTTTGTGAAAGAAATGCTTGAAAACGGA-TGGAAACCAGATCTGAAAACTTATAGTAT 1616
||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 GCTTTTGTGAAAGAAATGCTTGAAAACAGACT-GAAACCAGATCTGAAAACTTATAGTAT 1636
Query 1617 ACTCTTATGTGGTCTTTGCCGCGACAGGAAGATCGATTTGGCCCTTGAATTGTGGCACCA 1676
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637 ACTCTTGGGTGGTCTTTGCCGCGACAGGAAGATCGAATTGGCCCTTGAATTGTGGCACCA 1696
Query 1677 ATTTCTTCAATCGGGACTCGAAACCGATGTGATGATGCATAACATACTAATTCATGGTCT 1736
||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 ATTTCTTCAATCGGGTCTAGAACCCGATGTGATGATGCATAACATACTAATTCATGGTCT 1756
Query 1737 GTGCTCTGTTGGGAAACTTGATGATGCAATGACTGTCATGGCAAATATGGAGCATCGGAA 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1757 GTGCTCTGTTGGGAAACTTGATGATGCAATGACTGTCATGGCAAATATGGAGCATCGGAA 1816
Query 1797 TTGCACTGCAAATCTTGTAACCTACAACACCTTGATGGAAGGATTCTTCAAAGTTGGAGA 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1817 TTGCACTGCAAATCTTGTAACCTACAACACCTTGATGGAAGGATACTTCAAAGTTAGAGA 1876
Query 1857 TAGCAACAGAGCCACAGTGATTTGGGGTTACATGTACAAGATGGGGTTGCAACCTGATAT 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877 CAGCAACAGAGCCACAGTGATTTGGGGTTACATGTACAAGATGGGGTTGCAACCTGATAT 1936
Query 1917 TATATCCTACAATACTATAATGAAAGGGTTGTGTATGTGCCGCGGAGTGTCGTATGCTAT 1976
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||
Sbjct 1937 TATATCCTACAATACTATACTGAAAGGGTTGTGTCTGTGCCACAGAGTGTCGTATGCAAT 1996
Query 1977 GGAATTCTTTGATGATGCTAGAAACCATGGCATTTTTCCAACTGTTTACACCTGGAACAT 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1997 TGAATTCTTTGATGATGCTAGAAACCATGGCATTTTCCCAACTGTTTACACGTGGAACAT 2056
Query 2037 ACTTGTTCGAGCTGTCGTGAATCGC 2061
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057 ACTTGTTCGAGCTGTCGTGAATCGC 2081
> Ahg478217 jgi|Araly1|478217|fgenesh2_kg.3__918__AT3G09070.1
Length=3230
Score = 1212 bits (656), Expect = 0.0
Identities = 727/762 (95%), Gaps = 2/762 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 507 AGGGTTTC-TAGATTGGATGTGGAAAGAGGGGTTTAAGCCTGATGTGTTTAGTTACAGCA 565
|||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 808 AGGGTTTCTTA-ATTGGATGTGGAAAGAGGGTTTTAAGCCGGATGTGTTTAGTTACAGCA 866
Query 566 CTGTGATCAACGATCTTGCTAAAGCTGGGAAATTGGATGATGCACTGGAACTGTTCGATG 625
||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 867 CTGTGATCAACGATCTTGCGAAAACTGGAAAATTGGATGATGCATTGGAACTGTTCGATG 926
Query 626 AAATGTCTGAAAGAGGAGTGGCACCTGATGTCACGTGTTATAATATCTTAATTGATGGGT 685
| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 ATATGTCTGAAAGAAGAGTGGCACCTGATGTTACGTGTTATAATATCTTAATTGATGGGT 986
Query 686 TTCTTAAGGAAAAAGATCACAAGACGGCTATGGAACTGTGGGACAGACTGTTGGAGGACT 745
|||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 987 TTCTTAAGGAAAAAGATCACAAGATGGCTATGCAACTGTGGGACAAACTGTTGGAGGACT 1046
Query 746 CTTCTGTTTATCCGAATGTTAAGACTCACAACATCATGATTAGTGGTTTGAGCAAATGCG 805
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1047 CTTCTGTTTATCCGAATGTTAAGACTCACAACATCATGATTAGTGGTTTGAGCAAATGTG 1106
Query 806 GAAGAGTAGATGATTGTTTAAAGATATGGGAGAGAATGAAACAAAATGAGCGTGAAAAAG 865
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1107 GAAGAGTAGATGATTGTTTGAAGATATGGGACAGAATGAAACAGAATGAGCGAGAAAAAG 1166
Query 866 ATTTATATACATATAGCAGTTTGATACATGGGCTGTGCGATGCAGGTAATGTTGATAAGG 925
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1167 ATTTGTATACATATAGCAGTTTGATACATGGGCTGTGCGATGAAGGGAATGTTGATAAGG 1226
Query 926 CTGAAAGTGTGTTTAATGAGTTGGACGAAAGGAAAGCCTCGATTGATGTGGTTACATACA 985
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1227 CTGAAAGTGTGTTTAACGAGTTGGTCGAAAGGAAGGCCTTTATTGATGTGGTTACATACA 1286
Query 986 ATACTATGCTTGGTGGGTTTTGCCGTTGTGGGAAAATTAAGGAGAGTTTGGAGTTGTGGA 1045
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1287 ATACTATGCTTGGTGGGTTTTGCCGTTGTGGGAAAATTAAGGAGAGTTTGGAGTTATGGA 1346
Query 1046 GAATCATGGAGCACAAGAATTCAGTTAACATAGTGAGTTATAACATTTTGATTAAAGGGT 1105
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1347 GAATCATGGAGCAGAGGAATTCAGTTAACATAGTGAGTTATAACATTTTGATAAAAGGGT 1406
Query 1106 TGTTGGAGAATGGGAAGATCGATGAAGCAACAATGATTTGGAGGCTTATGCCTGCCAAGG 1165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 TGTTGGAGAATGGGAAGATCGATGAAGCAACAATGATTTGGAGGCTTATGCCTGCCAAGG 1466
Query 1166 GCTATGCAGCTGACAAAACTACTTACGGTATTTTTATTCACGGGTTATGTGTGAATGGTT 1225
|||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467 GCTATGCAGCTGACAACACAACTTATGGTATTTTTATTCACGGGTTATGTGTGAATGGTT 1526
Query 1226 ATGTGAATAAAGCCTTGGGGGTGATGCAAGAGGTGGAGAGCA 1267
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 ATGTAAATAAAGCCTTGGGGGTGATGCAAGAGGTGGAGAGCA 1568
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77627919310
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5