BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G09090.1
Length=3157
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928570 jgi|Araly1|928570|scaffold_301027.1 4527 0.0
> Ahg928570 jgi|Araly1|928570|scaffold_301027.1
Length=2735
Score = 4527 bits (2451), Expect = 0.0
Identities = 2644/2738 (97%), Gaps = 9/2738 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 232 GTATTCGCAGAGTGTGATCATATGAAATCTCGAGCGAGGCAGTGTCTGCTGGTTTGTTTG 291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 1 GTATTCGCAGAGTGTGATCATATGAAATCTCGAGCGCCGCTGTGTCTGCTGATTTGTTTG 60
Query 292 CTCTGTCTTTCCTTAACGAATCTCTCCTATGGAGAAAATAAGTTCAGAGAGCGTAAAGCC 351
||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCTGTCTTACCTTAACAAAACTCTCCTATGGGGAAAATAAGTTCAGAGAGCGTAAAGCC 120
Query 352 ACCGATGACGAGCTGGGCTACCCCGATATTGATGAAGATGCTTTATTGAATACTCAGTGC 411
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACCGATGACGAGCTGGGCTACCCTGAAATTGATGAAGATGCTTTATTGAATACTCAGTGC 180
Query 412 CCGAAAAAATTGGAGCTGCGATGGCAAACTGAAGTCACTTCTAGCGTTTATGCTACACCC 471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCGAAAAAATTGGAGCTGCGATGGCAAACTGAAGTCACTTCTAGCGTTTATGCTACACCC 240
Query 472 TTGATTGCTGATATTAACAGTGATGGAAAGCTTGACATTGTTGTTCCATCTTTTGTTCAT 531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTGATTGCTGATATTAACAGTGATGGAAAGCTTGACATCGTCGTTCCATCTTTTGTTCAT 300
Query 532 TACCTCGAAGTTCTTGAAGGAGCTGATGGAGACAAGATGCCAGGTTGGCCTGCTTTTCAC 591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TACCTCGAAGTTCTTGAAGGAGCTGATGGAGACAAGATGCCAGGTTGGCCTGCTTTTCAC 360
Query 592 CAGTCAAATGTGCACTCGAGTCCTCTTCTATTTGATATCGACAAAGATGGTGTTAGAGAA 651
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAGTCAAATGTGCATTCCAGTCCTCTTCTATTTGATATCGACAAAGATGGTGTTAGAGAA 420
Query 652 ATTGCTCTGGCTACCTACAATGCCGAAGTGCTCTTTTTCAGGGTATCAGGCTTTTTGATG 711
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTGCTCTGGCTACCTACAATGGCGAAGTTCTCTTTTTCAGGGTATCAGGCTTTTTGATG 480
Query 712 TCAGATAAGCTAGAAGTGCCACGTAGAAAAGTGCACAAGAACTGGCATGTGGGACTTAAT 771
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCAGATAAGCTAGAAGTGCCACGCAGAAAAGTGCACAAGAACTGGCATGTGGGACTTAAT 540
Query 772 CCTGATCCTGTTGACCGTTCACATCCTGATGTTCATGATGATGTGCTTGAGGAGGAAGCT 831
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCTGACCCTGTTGACCGTTCACATCCTGATGTCCATGATGATGTGCTTGAGGAGGAAGCT 600
Query 832 ATGGCAATGAAGTCATCGACCACTC---AAA-CGAATGCAACTACCACAACACCAAATGT 887
|||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 601 ATGGCAATGAAGTCATCGGCCACTCGTAAAAGCGAATGCAGCAACCACAACACCAAATGT 660
Query 888 TACAGTCTCGATGACCAAAGAAGTTCATGGCGCTAATTCATATGTGTCAACTCAAGAGGA 947
||||||||||||| |||||| ||| ||||||| | ||||| | |||||| |||||||| |
Sbjct 661 TACAGTCTCGATGTCCAAAG-AGTCCATGGCGGTGATTCAAACGTGTCATCTCAAGAGAA 719
Query 948 TCAAAAGAGAC-CAGAGAATAATCAAACAGAAGCTATTGTAAAGCCTACTCCAGAGCTAC 1006
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 720 TCAAAAGAGACTC-GAGAATAATCAAACAGAAGCTATCGTAAAGCCTACACCCGAGCTAC 778
Query 1007 ATAATTCCTCCATGGATGCTGGAGCAAATAATTTGGCAGCAAATGCTACTACAGCTGGCT 1066
||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 779 ATAATTCCTCCATGGGTGCTGGAGCAAATAATTCGTCAGCAAATGTTACTACAGCTGGCT 838
Query 1067 CAAGAGAAAACCTCAATAGAAATGTAACCACCAATGAGGTGGATCAAAGCAAAATTAGTG 1126
||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CAACAGAAAAGTTCAATGGAAATGTAACCACCAATGAGGTGGATCAAAGCAAAATTAGTG 898
Query 1127 GAGATAAGAATGAAACTGTTATTAAATTAAATACTAGTACGGGTAATTCCTCAGAAACTC 1186
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 899 AAGATAAGAATGAAACTGTTATTAAACTAAACACTAGTACGGGTAATTCCTCAGAATCTC 958
Query 1187 TGGGGACATCTGGAAACAGTAGTACGGCAGAGACAGTAACCAAAAGTGGGAGGCGACTTC 1246
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 959 TGGGGACAACTGGAAACAGTAGTACGACAGAGACAGTAACCAAGAGTGGGAGGCGACTTC 1018
Query 1247 TGGAAGAGGATGGTTCGAAAGAATCTGTGGACAGCCATTCGGACAGTAAAGACAACAGTG 1306
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1019 TGGAAGAGGATGGTTCGAAAGAATCTGTGGACGGCCATTCGGACAATAAAGACAACAAAG 1078
Query 1307 AGGGTGTCCGCATGGCGA-CAGTAGAAAATGATGGAGGCTTAGAAGCTGACGCAGATTCA 1365
||||||| |||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AGGGTGTTCGCATGGCGATC-GTTGAAAACGATGGAGGCTTAGAAGCTGACGCAGATTCA 1137
Query 1366 TCGTTTGAGTTGTTGCGTGAGAATGATGAGTTAGCTGATGAATACAGTTATGATTATGAC 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TCGTTTGAGTTGTTGCGTGAGAATGATGAGTTAGCTGATGAATACAGTTATGATTATGAC 1197
Query 1426 GATTATGTTGATGAGAAAATGTGGGGTGATGAGGAATGGGTTGAGGGGCAGCACGAGAAC 1485
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GATTATGTTGATGAGAAAATGTGGGGTGATGAGGAATGGGTCGAGGGGCAGCACGAGAAC 1257
Query 1486 TCAGAAGATTATGTGAATATTGACGCCCATATACTATGCACTCCTGTAATTGCTGACATA 1545
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TCAGAGGATTATGTGAATATTGACGCCCATATACTATGCACTCCTGTAATTGCTGACATA 1317
Query 1546 GACAAAGATGGAGTACAGGAGATGATTGTTGCTGTTTCCTATTTCTTCGACCCCGAGTAC 1605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GACAAAGATGGAGTACAGGAGATGATTGTTGCTGTTTCCTATTTCTTCGACCCCGAGTAC 1377
Query 1606 TATGATAATCCAGAACATCTGAAAGAGCTTGGTGGTATCGACATTAAAAATTATATTGCT 1665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1378 TATGATAATCCAGAACATCTGAAAGAGCTTGGTGGTATCGACATAAAAAATTATATTGCT 1437
Query 1666 AGTTCAATTGTGGTTTTCAATCTTGATACTAAACAAGTCAAGTGGATCAAAGAGCTAGAT 1725
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 AGTTCAATTGTGGTTTTCAATCTTGAAACTAAACAAGTCAAGTGGATCAAAGAGCTAGAT 1497
Query 1726 TTGAGTACGGATAAAGCAAACTTCCGTGCTTATATTTATTCTTCACCAACGGTTGTTGAT 1785
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1498 TTGAGTACGGATAAAGCAAACTTCCGTGCTTATATTTATTCTTCCCCAACGGTTGTTGAT 1557
Query 1786 TTGGATGGCGATGGTTATTTGGATATCCTTGTCGGAACTTCCTTTGGCTTATTCTACGCC 1845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TTGGATGGCGATGGTTATTTGGATATCCTTGTCGGAACTTCCTTTGGCTTATTCTACGCC 1617
Query 1846 ATGGATCATCGTGGAAACATCAGAGAAAAATTCCCACTGGAAATGGCTGAAATTCAAGGA 1905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 ATGGATCATCGTGGAAACATCAGAGAAAAATTCCCACTGGAAATGGCTGAAATTCAAGGG 1677
Query 1906 GCAGTGGTTGCGGCCGACATAAATGATGATGGAAAGATTGAACTTGTAACTACTGATTCA 1965
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 GCAGTGGTTGCAGCCGACATAAATGATGATGGAAAGATTGAACTTGTAACTACTGATTCA 1737
Query 1966 CACGGAAATATAGCAGCATGGACCACCCAAGGAGTGGAAATTTGGGAAGCACATCTTAAG 2025
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 CACGGAAATATAGCAGCATGGACTACCCAAGGAGTGGAAATTTGGGAAGCACATCTTAAG 1797
Query 2026 AGCCTTGTTCCCCAGGGTCCTTCTATAGGCGATGTTGATGGTGACGGACACACGGAGGTT 2085
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1798 AGTCTTGTTCCCCAGGGTCCTTCTATAGGCGATGTTGATGGTGACGGACACACGGATGTT 1857
Query 2086 GTGGTTCCTACATCATCAGGAAACATATACGTTCTTAGTGGCAAGGATGGTTCTATTGTC 2145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GTGGTTCCTACATCATCAGGAAACATATACGTTCTTAGTGGCAAGGATGGTTCTATTGTC 1917
Query 2146 CGTCCTTACCCATACAGGACTCATGGAAGAGTGATGAACCAACTTCTTCTTGTTGATCTG 2205
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 CGTCCTTACCCATATAGAACTCATGGAAGAGTGATGAACCAACTTCTTCTTGTTGATCTG 1977
Query 2206 AACAAGCGAGGTGAGAAAAAGAAGGGTCTCACCATCGTTACTACATCCTTTGACGGTTAC 2265
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1978 AACAAGCGAGGTGAGAAAAAGAAGGGTCTCACTATCGTTACTACATCTTTTGACGGTTAC 2037
Query 2266 CTGTATCTCATAGATGGACCCACCTCGTGCACTGACGTTGTTGACATTGGCGAAACTTCA 2325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2038 CTGTATCTCATAGATGGACCCACCTCGTGCACTGACGTTGTTGATATTGGTGAAACTTCA 2097
Query 2326 TACAGCATGGTCTTGGCTGATAATGTTGACGGTGGAGATGATCTCGATCTTATTGTCTCA 2385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TACAGCATGGTCTTGGCTGATAATGTTGACGGTGGAGATGATCTCGATCTTATTGTCTCA 2157
Query 2386 ACTATGAATGGAAACGTCTTTTGCTTCTCAACGCCTTCTCCTCACCATCCCCTTAAGGCT 2445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 ACTATGAATGGAAACGTCTTTTGCTTCTCAACGCCTTCTCCTCACCATCCCCTTAAGGCT 2217
Query 2446 TGGAGATCTAGTGATCAAGGCAGGAACAATAAGGCCAATCGTTATGATCGTGAAGGCGTT 2505
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 TGGAGATCTACTGATCAAGGCAGGAACAATAAGGCCAATCGTTATGATCGTGAAGGCGTT 2277
Query 2506 TTTGTCACGCATTCGACCAGAGGTTTCCGTGATGAGGAAGGCAAAAACTTCTGGGCTGAG 2565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 TTTGTCACGCATTCGACCAGAGGTTTCCGTGATGAGGAAGGCAAAAACTTCTGGGCTGAG 2337
Query 2566 ATCGAGATCGTTGATAAATATAGATATCCATCTGGTTCACAAGCACCCTACAACGTTACT 2625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 ATCGAGATCGTTGATAAATATAGATATCCATCTGGTTCACAAGCACCCTACAACGTTACT 2397
Query 2626 ACGACGCTGTTGGTTCCAGGCAATTACCAGGGAGAGAGGAGGATAACGCAGAGCCAGATC 2685
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 ACGACGCTGTTGGTTCCAGGCAATTACCAGGGAGATAGAAGGATAACGCAGAGCCAGATC 2457
Query 2686 TATGACCGCCCTGGAAAATACCGGATAAAACTACCAACTGTGGGAGTGAGAACAACAGGA 2745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2458 TATGACCGCCCTGGAAAATACCGGATAAAACTACCAACTGTCGGAGTGAGAACAACAGGA 2517
Query 2746 ACTGTAATGGTGGAGATGGCAGATAAGAATGGACTCCATTTCTCAGACGAATTCTCACTA 2805
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 ACTGTAATGGTGGAGATGGTAGATAAGAATGGACTCCATTTCTCAGACGAATTCTCACTA 2577
Query 2806 ACTTTCCATATGTATTACTACAAGCTTCTGAAATGGCTTCTTGTTCTCCCGATGCTCGGG 2865
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2578 ACTTTCCATATGTATTACTACAAGCTTTTGAAATGGCTTCTTGTCCTCCCGATGCTCGGG 2637
Query 2866 ATGTTCGGTCTGCTCGTGATACTACGGCCTCAAGAAGCCGTGCCTCTCCCGTCTTTTTCC 2925
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||
Sbjct 2638 ATGTTCGGTCTGCTCGTGATTCTACGGCCTCAAGAAGCCGTGCCCCTACCATCCTTTTCC 2697
Query 2926 CGCAACACAGATTTATGATACTAGGTACCATCTGTAAA 2963
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2698 CGCAACACAGACTTATGATATTAGGTACCATCTGTAAA 2735
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119260557095
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5