BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G09650.1
Length=2621
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478286 jgi|Araly1|478286|fgenesh2_kg.3__987__AT3G09650.1 3675 0.0
> Ahg478286 jgi|Araly1|478286|fgenesh2_kg.3__987__AT3G09650.1
Length=2344
Score = 3675 bits (1990), Expect = 0.0
Identities = 2252/2373 (95%), Gaps = 40/2373 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACACTCTCTCTCCAATGGACCTAAAATGAACATTCTCCGACCTCCGACGTCATCATCATC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |
Sbjct 1 ACACTCTCTCTCCAATGGACCTAAAATGAACATTCTCCGACCGCCGACG---TCATCA-C 56
Query 61 TTCGTCGTTTCCTCCATACCCAAAGC-CCGTTTCATTAACCCCTCCGGTATCTTTCACTC 119
|||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 57 --CGTCGTTTCCTCCATACCCAAA-CTCCGTTTCTTTAACCCCTCCGGTGTCTTTCACAC 113
Query 120 TCATCCACAACCCCATAAACCTCTGCTCTATAAACCCAC-CAT--TC-ACCAACGCTGGT 175
|| || ||| | | || | | | || ||| || | | || || |||| ||
Sbjct 114 TC--CC-CAA---C----A-CT-T-C-C-AT-CACCAACGC-TGGTCGTCCCACGC--GT 154
Query 176 CGACCAATTTTCCAACGGTCCGCCTCCGGCACTGCTAATAGCTCCGCCGAAGACCTCTCG 235
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 155 CGCCCAATTTTCCAACGGTCCGCCTCCGGCACTGCTAATAGCTCCGCCGGAGACCTCTCG 214
Query 236 TCTTTCTTGGGCTCTCCCTCAGAGGCGTATTCAACACACAACGACCAAGAGCTTTTGTTT 295
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 215 TCGTTCTTGGGCTCTCCTTCAGAGGCGTATTCAACACACAACGACCAAGAGCTTTTGTTT 274
Query 296 CTCCTCCGCAATAGAAAAACCGATGAAGCTTGGGCTAAGTATGTTCAATCCACTCATCTC 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 275 CTCCTCCGCAATAGAAAAACCGATGAAGCTTGGGCTAAGTATGTTCAATCCACTCATCTC 334
Query 356 CCTGGACCAACTTGTCTTAGCCGTTTAGTTTCTCAATTATCTTATCAATCCAAACCCGAG 415
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 335 CCTGGACCAACTTGTCTTAGCCGTTTAGTTTCTCAGTTATCTTATCAATCTAAACCCGAG 394
Query 416 AGTCTCACGCGCGCACAATCTATCCTCACGCGCCTCCGCAATGAACGCCAGCTGCATCGC 475
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 395 AGCCTCACGCGCGCACAGTCTATCCTCACGCGCCTCCGCAATGAACGCCAGCTTCATCG- 453
Query 476 CTT-GACGCTAATTCCCTCGGTCTCCTCGCCATGGCTGCAGCGAAGTCTGGCCAAACACT 534
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 454 CTTGGACGCTAATTCTCTCGGTCTCCTCGCCATGGCTGCAGCGAAGTCTGGCCAAACACT 513
Query 535 TTACGCCGTCTCCGTCATCAAGTCCATGATTCGTTCTGGGTATTTACCTCATGTTAAAGC 594
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 514 TTACGCTGTCTCCGTCATCAAATCCATGATTCGTTCTGGGTATTTACCTCACGTTAAAGC 573
Query 595 GTGGACAGCTGCAGTAGCTAGTCTCTCTGCTTCCGGAGATGATGGTCCGGAAGAATCTAT 654
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 574 TTGGACAGCTGCAGTAGCTAGTCTCTCTGCTGCCGGAGATGATGGACCGGAAGAATCTAT 633
Query 655 CAAACTCTTCATCGCTATTACGCGACGAGTCAAACGATTT-GGTGACCAGTCTTTGGTTG 713
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 634 CAAACTCTTCACCGCTATTACGCGACGAGTCAAACG-TTTCGGTGACCAGTCTTTGGTTG 692
Query 714 GTCAATCTAGGCCTGATACGGCGGCATTTAATGCGGTGCTTAACGCTTGTGCTAACCTTG 773
|||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 693 TTCAATCGAGGCCTGATACGGCGGCGTTTAACGCAGTGCTTAACGCTTGTGCAAATCTTG 752
Query 774 GTGATACTGACAAGTATTGGAAGTTGTTCGAGGAAATGTCTGAGTGGGATTGTGAGCCTG 833
|||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 753 GTGATACTGAGAAGTACTGGAAGTTGTTCGACGAAATGTCTGAGTGGGATTGTGAGCCTG 812
Query 834 ATGTCTTGACTTACAATGTTATGATTAAGCTTTGTGCGAGGGTTGGTCGGAAGGAATTGA 893
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 813 ATGTCTTGACTTACAATGTTATGATCAAGCTGTGTGCGAGGGTTGATCGGAAGGAATTGA 872
Query 894 TTGTGTTTGTGTTGGAAAGGATTATTGACAAGGGGATTAAGGTTTGTATGACTACAATGC 953
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 873 TTGTGTTTGTGTTGGAGAGGATTATTGACAAGGGGATTAAGGTTTGCATGACTACAATGC 932
Query 954 ATTCTCTTGTTGCAGCTTATGTTGGGTTTGGAGATTTGAGAACTGCTGAGAGGATTGTTC 1013
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||| |||||||
Sbjct 933 ATTCCCTTGTTGCAGCTTATGTTGGGTTTGGTGATTTGCGTACTGCGGAGAGAATTGTTC 992
Query 1014 AAGCGATGAGGGAGAAAAGGAGAGATCTTTGTAAGGTTCTACGAGAATGCAACGCTGAGG 1073
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 993 AAGCGATGAGGGAGAAAAGGAGAGATCTTTGTAAGGTTCTACGAGAATGCAATGCTGAGG 1052
Query 1074 ATTtgaaggagaaagaagaggaag-a--agcagaagatgatgaagatgcgtttgaggatg 1130
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1053 ATTTGAAGGAGAAAGAAGAGGAAGAAGCAGCAGAAGATGATGGAGATGCGTTTGAGGATG 1112
Query 1131 atgaagaCTCGGGTTATTCGGCTCGGGATGAGGTAAGTGAAGAGGGGGTTGTA-GATGTG 1189
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1113 ATGAAGATTCGGGTTATTTGGCTCGGGATGAGGTAAGTGAAGAGGGGGTTG-AGGATGTG 1171
Query 1190 TTCAAGAAATTGCTACCTAACTCGGTTGATCCGAGTGGTGAGCCACCATTGTTGCCTAAA 1249
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||
Sbjct 1172 TTCAAGAAATTGCTGCCTAATTCGGTTGATCCGAGCAGTGACCCGCCATTGTTGCCTAAA 1231
Query 1250 GTCTTTGCACCAGACTCAAGGATCTACACGACGTTGATGAAAGGTTATATGAAGAATGGG 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 GTCTTTGCACCAGACTCAAGGATCTACACGACGTTGATGAAAGGTTATATGAAGAATGGG 1291
Query 1310 CGTGTGGCAGACACAGCTAGAATGCTTGAGGCAATGAGGCGTCAAGATGATAGAAACAGT 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 CGTGTGGCAGACACAGCTAGAATGCTTGAGGCAATGAGGCGTCAAGATGATAGAAACAGT 1351
Query 1370 CACCCAGATGAAGTTACATACACTACGGTTGTGTCAGCTTTTGTAAATGCAGGGTTGATG 1429
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1352 CACCCAGATGAAGTTACATACACCACGGTTGTGTCAGCTTTTGTAAAAGCGGGGTTGATG 1411
Query 1430 GATAGAGCAAGACAAGTGTTAGCCGAGATGGCTCGGATGGGTGTTCCTGCAAATAGGATT 1489
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412 GATAGAGCACGACAAGTGTTAGCCGAGATGGCTCGGATGGGTGTTCCTGCAAATAGGATT 1471
Query 1490 ACTTATAATGTTCTGCTCAAAGGATATTGTAAGCAGTTGCAGATAGATAGGGCAGAGGAT 1549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1472 ACTTATAATGTTCTGCTCAAAGGATATTGTAAGCAGTTGCAGATAGATAGGGCAGAGGAT 1531
Query 1550 TTACTAAGAGAGATGACTGAAGATGCGGGGATCGAGCCAGACGTGGTTTCCTATAACATT 1609
||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1532 TTACTAAGAGAGATGGCTGAAGATGCAGGGATTGAGCCAGATGTGGTTTCCTATAACATC 1591
Query 1610 ATAATAGATGGATGCATTCTTATAGATGATAGCGCAGGAGCTCTAGCGTTTTTCAATGAA 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1592 ATAATAGATGGATGCATTCTTATAGATGATAGCGCAGGAGCTCTAGCGTTTTTCAATGAA 1651
Query 1670 ATGAGAACGAGAGGGATTGCACCAACTAAGATTAGTTACACAACTTTGATGAAGGCTTTT 1729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1652 ATGAGAACGAGAGGGATTGCACCAACTAAGATTAGTTACACAACTTTGATGAAGGCTTTT 1711
Query 1730 GCAATGTCGGGGCAACCCAAGTTGGCGAATAGGGTGTTTGATGAGATGATGAATGATCCA 1789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1712 GCAATGTCGGGGCAACCCAAGTTGGCGAATAGGGTGTTTGATGAGATGATGAATGATCCA 1771
Query 1790 AGGGTCAAAGTTGATTTGATCGCGTGGAACATGTTGGTTGAAGGGTACTGCAGGCTAGGT 1849
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1772 AGGGTCAAAGTTGATTTGATCGCTTGGAACATGTTGGTTGAAGGGTATTGCAGGCTAGGT 1831
Query 1850 TTGATTGAGGATGCTCAGAGAGTAGTGTCAAGAATGAAAGAAAACGGGTTTTACCCAAAT 1909
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 TTGATTGAAGATGCTCAGAGAGTAGTTTCAAGAATGAAAGAAAACGGGTTTTACCCAAAT 1891
Query 1910 GTGGCAACCTATGGGAGTCTAGCCAATGGGGTTTCGCAGGCGAGGAAACCTGGTGATGCT 1969
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1892 GTGGCAACCTATGGGAGTCTAGCCAATGGGGTTTCTCTGGCGAGGAAACCTGGTGAGGCG 1951
Query 1970 CTCTTGCTTTGGAAGGAGATAAAGGAAAGGTGTGCGGTGAAAAAGAAAGAAGCACCTTCA 2029
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1952 CTCTTGCTTTGGAAGGAAATAAAGGAAAGGTGTGAGGTGAAAAAGAAAGAAGCACCTTCA 2011
Query 2030 GATTCTTCTTCAGATCCTGCTCCTCCGATGCTGAAACCAGATGAAGGGTTGTTAGATACA 2089
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012 GATTCTTCTTCAGATCCTTCTCCTCCGATGCTGAAACCAGATGAAGGGTTGTTAGATACG 2071
Query 2090 CTAGCGGATATATGTGTCAGGGCTGCTTTTTTCAAGAAGGCATTGGAGATAATCGCATGT 2149
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2072 CTAGCGGATATATGTGTCAGGGCTGCGTTTTTCAAGAAGGCATTGGAGATAATCGCATGT 2131
Query 2150 ATGGAGGAGAATGGGATACCTCCGAATAAGACTAAGTACAAGAAGATCTATGTGGAGATG 2209
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2132 ATGGAAGAGAATGGGATACCTCCGAATAAGACTAAGTACAAGAAGATCTATGTGGAGATG 2191
Query 2210 CACTCGAGGATGTTCACTAGCAAACATGCTTCACAAGCCAGAATAGATAGGCGGGTAGAA 2269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2192 CACTCGAGGATGTTCACTAGCAAACATGCTTCACAAGCCAGAATAGATAGGCGGGTAGAA 2251
Query 2270 CGAAAGAGAGCGGCTGAAGCTTTCAAGTTTTGGCTCGGTTTGCCTAATTCTTATTATGGA 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2252 CGAAAGAGAGCGGCTGAAGCTTTCAAGTTTTGGCTCGGTTTACCTAATTCTTACTATGGA 2311
Query 2330 AGTGAATGGAAGTTAGGTCCAAGAGAAGACTAG 2362
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2312 AGTGAATGGAAGTTAGGTCCAAGAGAAGACTAG 2344
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98844185775
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5