BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G09660.1
Length=2415
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg317768 jgi|Araly1|317768|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000784 3856 0.0
> Ahg317768 jgi|Araly1|317768|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000784
Length=2346
Score = 3856 bits (2088), Expect = 0.0
Identities = 2243/2320 (97%), Gaps = 2/2320 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 GGTGGAAGCATGGCATCGGGTCGCCCTGAATCAACAGGAATTGATTCTCTCGGCATCGGG 75
|||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 28 GGTGGAAGCATGACATCGGGTCGCCGTGAATTAACCGGAATTGATTCTTTCGGCATCGGG 87
Query 76 AAAATATTAGCTGTATACATCAAGGACAACGAGAATTTGGCCATCGACGAGGATAAGTTG 135
||| ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 88 AAAGTATTAGCTGTATATTTTAAGGACAACGAGAACTTGGCCATTGATGAGGATAAGTTG 147
Query 136 CAGCTCACGGCGGAGCTCATCCGCGTATTCTCCGCATCACCTGGTAGAGACATAGTTTCT 195
| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 148 CTGCTCACGGCGGAGCTTATCCGCGTATTCTCCACCTCACCTGGTAGAGACCTAGTTTCT 207
Query 196 CAGGTGAATGAAGACGGTGGTGGTTCCTTCTCTTTGTCTCTTGATCTCCAACAATTCAAG 255
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 208 CAGGTGAATGACGAAGGTGGTGGTTCCTTCTCTTTGTCGCTTGATCTCCAACAATTCAAG 267
Query 256 AAAATATCTGATATCGAGAACTTTTTCATAAATCTAGAGGATAATCCTAAAGGAGTTATC 315
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 268 AAAATATCCGATATCGAGAACTTTTTCATAAATCTCGAGGATAATCCCAAAGGAGTTATC 327
Query 316 CCATGTATGAATGCTGCTGTTCACAAGGTTCTTTTTGATCAATGGGAGACTAATGAGTTT 375
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 CCATGTATGAATGCTGCTGTTCACAAGCTTCTTTTAGGTCAATGGGAGACTAATGAGTTT 387
Query 376 GAGAATGTTATGAAGATCAATGTTCGTCTGCATAATTATCCTGAATCTTCTATCTCCCTG 435
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 388 GAGAATGGCATGAAGATCAGTGTTCGTCTGCATAATTATCCTGAATCTTCTATCTCCCTG 447
Query 436 AAAAACCTGAGAGCAGCTTATATTGGAAAGCTTGTAACCGTTCATGGGACTGTTGTTAAA 495
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 448 AAAAACCTCAGAGCGGCTTATATTGGAAAGCTTGTAACAGTTCATGGCACTGTTGTTAAA 507
Query 496 GTTAGTACTGTGAAACCCCTTGTCACACAGATGGCTTTTGACTGTGGAAAGTGCAAAACT 555
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 GTTAGTACTGTGAAGCCCCTTGTCACACAGATGGCTTTTGACTGTGGAAAGTGCAAAACT 567
Query 556 GGCATAACCCGGGAATTTACTGATGGAAAGTTTTCTCCTCCACTAAAATGTGATTCCCAT 615
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 568 AGCATAACCCGGGAATTTTCTGATGGAAAGTTTTCACCTCCACTAAAATGTGACGCCCAT 627
Query 616 GGATGCAAGTCCAAAACGTTTACTCCAATCCGGTCCTCTGCTCAGACAATTGATTTTCAG 675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 628 GGATGCAAGTCCAAAACGTTTACTCCAATCCGGTCCTCTGCTCAGACAATTGACTTTCAG 687
Query 676 AAAATCAGGGTACAGGAATTGCAAAAGCCTGAAGACCACGAAGAAGGACGGGTACCCAGA 735
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 688 AAAATCAGGGTACAGGAGTTGCAAAAGCCTGAAGACCACGAAGAAGGACGGGTACCCCGA 747
Query 736 ACTGTAGAATGTGAGCTGATGGAAGACCTTGTGGACATATGTATCCCTGGTGATGTGGTG 795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 ACTGTAGAATGTGAGCTGATGGAAGACCTTGTGGACACATGTATCCCTGGTGATGTGGTG 807
Query 796 ACAGTTACAGGGATTATAGGAGTAATTAATAATTACATGGACATTGGGGGAGGGAAATCG 855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 808 ACAGTTACAGGGATTATAGGAGTAATTAATAATTACATGGATATTGGGGGAGGGAAATCG 867
Query 856 AAGACCAAGAATCAAGGATTTTACTATTTGTTTATAGAGGCAGTTTCAGTGAAAAACACC 915
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 AAGACCAAGAATCAAGGATTTTACTTTTTGTTTATCGAGGCAGTTTCAGTGAAAAACACC 927
Query 916 AAGCGGCAGTCTGCATTTGAGAACTCAGAAGACTCTAGTAGCAGTGCCCAGACTGCAGAT 975
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 928 AAGCGACAATCTGCATTTGAGAACTCAGAAGACTCTAGTAGCAGTGCCCAGTCTGCAGAT 987
Query 976 GTTGGTGACTTATATTCATTCTCTCAGAGAGACTTGGAATTTATTGTGAAGTTCAAAGAA 1035
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 988 GTTGGTGACTTATATTCATTCTCACAGAGAGACTTGGAATTTATTGTGAAGTTCAAAGAA 1047
Query 1036 GAATATGGTTCTGATACATTCCGTCGCATACTTCATTCAGTCTGCCCGTCTATTTATGGC 1095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1048 GAATATGGTTCTGATACATTCCGTCGCATACTTCATTCAGTCTGCCCGTCTATTTATGGC 1107
Query 1096 CATGAAATTGTCAAAGCTGGGATAACACTATCTCTTTTTGGAGGTGTAAGGAAGCACTCG 1155
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 CATGAAATTGTCAAAGCTGGGATAACACTATCTCTTTTTGGAGGTGTAAGGAAGCACTCC 1167
Query 1156 ATGGATCGGAACAAAGTTCCAGTCAGAGGAGACATTCATGTCATTATTGTTGGTGACCCA 1215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168 ATGGATCGGAACAAAGTTCCAGTCAGAGGAGACATTCATGTCATTATTGTTGGTGACCCT 1227
Query 1216 GGATTGGGCAAAAGTCAGCTCTTGCAAGCAGCAGCTGCCATTTCCCCTCGTGGCATTTAT 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1228 GGATTGGGCAAAAGTCAGCTCTTGCAAGCAGCAGCTGCCATTTCCCCGCGTGGCATTTAT 1287
Query 1276 GTATGTGGTAATGCGACGACTAGAGCAGGGCTCACCGTTGCTGTAGTGAAAGATTCCATG 1335
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1288 GTATGTGGTAATGCGACGACTAAAGCAGGGCTCACCGTTGCTGTAGTGAAAGATTCCATG 1347
Query 1336 ACAAATGACTATGCGTTTGAGGCTGGTGCCATGGTACTCGCAGATGGCGGGTTGTGCTGT 1395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1348 ACAAATGACTATGCGTTTGAGGCTGGTGCCATGGTACTCGCAGATGGTGGGTTGTGCTGT 1407
Query 1396 ATTGATGAGTTCGATAAAATGACCACCGAGCATCAGGCGTTGCTAGAAGCAATGGAACAA 1455
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 ATTGATGAGTTTGATAAAATGACCACCGAGCATCAGGCGTTGCTAGAAGCAATGGAACAA 1467
Query 1456 CAATGTGTCTCTGTTGCAAAGGCTGGGCTTGTAGCTAGTCTATCAGCTCGAACTTCTGTT 1515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468 CAATGTGTCTCTGTTGCAAAGGCTGGGCTTGTAGCTAGTCTATCAGCTCGAACTTCTGTT 1527
Query 1516 ATAGCAGCAGCAAATCCTGTTGGTGGCCACTACAACCGTGCAAAAACTGTAAATGAGAAC 1575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 1528 ATAGCAGCAGCAAATCCTGTTGGTGGCCACTACAACCGTGCCAAAACTGTAAACGAAAAC 1587
Query 1576 TTAAAAATGAGTGCTGCCCTTCTCTCACGGTTTGATTTAGTTTTCATATTACTTGACAAA 1635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1588 TTAAAAATGAGTGCTGCCCTTCTCTCACGGTTTGATTTAGTTTTCATATTACTTGACAAA 1647
Query 1636 CCTGATGAGCTACTCGACAAGCAAGTCTCAGAGCATATTATGTCGCATCACAGAATGCTG 1695
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648 CCTGATGAGCTACTCGACAAGCAAGTCTCAGAACATATTATGTCGCATCACAGAATGCTG 1707
Query 1696 GGTATGCAAACATGCATGCAGAAGGGAATTCTCTACTTTCAAGACTGCGGTTGGACTCTG 1755
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1708 GATATGCAAACATGCATGCAAAAGGGAATTCTCTACTTTCAAGACTGCAGTTGGACTCTA 1767
Query 1756 AGAAAGATGACGACTTTTCTCCGGTTCCTGGCCAATTGCTTAGGAAATATATTTCCTATG 1815
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1768 AGAAAGATGACGACTTTTCTCCAGTTCCTGGCCAATTGCTTAGGAAATATATTTCTTATG 1827
Query 1816 CACGGAATTTTGATGTCAAAGGATGCTGGAGAGATCATACAGAAGTTTTACTTGAAGCTG 1875
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828 CACGGACTTTTGATGTCAAAGGAAGCTGGAGAGATCATACAGAAGTTTTACTTGAAGCTG 1887
Query 1876 AGAGACCATAACACATCTGCTGATTCCACACCAATAACAGCAAGACAACTGGAAAGTTTG 1935
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1888 AGAGACCATAACACATCTGCTGATTCCACACCAATAACAGCAAGACAACTGGAAAGTTTG 1947
Query 1936 GTTAGGCTTGCTCAAGCTAGAGCTCGGGTTGATTTAAGGGAAGAAATAACAGTCCAAGAC 1995
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1948 GTTAGGCTTGCGCAAGCTAGAGCTCGGGTTGATTTAAGGGAAGAAATAACAGTCCAAGAC 2007
Query 1996 GCTATGGATGTGGTTGAAATAATGAAAGAATCGTTGTATGATAAGCTTATAGATGAACAT 2055
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2008 GCCATGGATGTGGTTGAAATAATGAAAGAATCGTTGTATGATAAGCTTATAGATGAACAT 2067
Query 2056 GGTG-TTGTGGATTTTGGTCGGAGTGGAGGAATGAGTCAACAAAAGGAGGCCAAACGCTT 2114
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2068 GG-GATTGTGGATTTTGGTCGGAGTGGAGGAATGAGTCAACAAAAGGAGGCCAAACGTTT 2126
Query 2115 CTTAAGTGCTCTTGATAAGCAATCAGAGCTGCAGCAGAAAGATTGTTTCTCTGTTTCTGA 2174
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2127 CTTAAGTGCTCTTGATAAGCAATCAGAGCTGCAGCAGAAAGATTGTTTTTCTGTTTCTGA 2186
Query 2175 GATGTATAGTTTAGCTGATAGAATCGGCCTACGAGTTCCAGACATTGATACTTTCCTAGA 2234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2187 GATGTATAGTTTAGCTGATAGAATCGGCCTACGAGTTCCAGACATCGATACTTTCCTAGA 2246
Query 2235 GAACCTGAATATTGCCGGATATTTACTCAAGAAGGGACCAAAGACTTACCAGGTCCTTTC 2294
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2247 GAATCTGAATATTGCCGGATATTTACTCAAGAAGGGACCAAAGACTTACCAGGTCCTCTC 2306
Query 2295 CTCATCTTATTCCCGGAGTCAGTCATCCAGGTCAAGATGA 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2307 CTCATCTTATTCCCGGAGTCAGTCATCCAGGTCAAGATGA 2346
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90997595305
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5