BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G09920.1
Length=2807
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478317 jgi|Araly1|478317|fgenesh2_kg.3__1018__AT3G09920.1 4446 0.0
> Ahg478317 jgi|Araly1|478317|fgenesh2_kg.3__1018__AT3G09920.1
Length=2793
Score = 4446 bits (2407), Expect = 0.0
Identities = 2691/2822 (95%), Gaps = 44/2822 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAAGTTAGTTACTCTTTTTTATTCTTTCTGATTCTGATTCTAGATTCATACATCGTGAC 60
||||||||||||||| || | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAAGTTAGTTACTC--TTCT-TT-TTTCTGATTCTGATGCTAGATTCATACATCGTGAC 56
Query 61 TTGGAACCTGATTCTTGCATCTGCTTTCTTCGTTGA-A-TAGCTGAGCACATTCTGTTT- 117
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||
Sbjct 57 TTGGAGCCTGATTCTTGCATCTGCTTTCTTCGTTGACAGTAGCTGGGCACATTCTATTTC 116
Query 118 --CA-----CCAGTTTACTGGAGGTAGCTTCATGTTTTGTTGAAAGAATGTTCTCCTTAA 170
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 117 ACCAGTTTGCCAGTTTACTGGAGGTAGCTTCATGTTTTGTTGAAAGAGTGTTCTCCTTGA 176
Query 171 GGCTGTGA--AGCCTTTTGCTCTGCGGTTTGTCTGAGCGTTTCTGCTTTAGCTTCTTTGG 228
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 177 GGCTGTGACGCGCCTTTTTCTCTGCGGTTTGTCTGAGCGTTTGTGCTTTGGCTTCTTTGG 236
Query 229 AGATTTACATGTCTGGCCTTGACGTACGAGGAGCAGTTTCTTTTGCTGAAAGAACTAAAT 288
||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 AGATTTACATGTCTGGCCTTGACCTTCGAGAACCAGTTTCTTTTGCTGAAAGAACTAAAT 296
Query 289 CTGTTGATGCACTTACTAAGAAAGAGATCCTATCGGCGCTAAACAGTGGAGAAGTTTCCG 348
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CTGTTGATGCACTTACTAAGAAAGAGATCCTATTAGCGCTAAACAGTGGAGAAGTTTCCG 356
Query 349 AAACTTCTGAGGATGCTAGGTTCAGAGTTAGGGAGCTGGTT-CTCCCCGATGGCGAATCC 407
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 357 AAACTTCTGAGGATGCTAGGTTCAGAGTTAGAGAGCT-GTTGCTCCCTGATGGCGAATCC 415
Query 408 TACAGTGGTTCTTTGCTTGGAAATGTACCCGAGGGACCAGGGAAGTACATATGGTCAGAT 467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 TACAGTGGTTCTTTGCTTGGAAATGTACCCGAGGGACCAGGGAAGTACATATGGTCAGAT 475
Query 468 GGGTGTGTTTACGATGGAGAATGGAGGCGTGGGATGAGACATGGAATTGGAAATATGAGA 527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 476 GGGTGTGTTTACGATGGAGAATGGAGGCGTGGGATGAGACATGGAATTGGAAAGATGAGA 535
Query 528 TGGGCTTCCGGGGCATCTTATGATGGTGAATTTTCAGGCGGTTATATGCACGGTTCAGGG 587
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 TGGGCTTCCGGGGCATCGTATGAAGGTGAATTTTCAGGCGGTTATATGCACGGTTCAGGG 595
Query 588 ACCTATGTGGATGCTAACAAGTTAACGTATAAAGGAAGATGGCGGCTTAATTTGAAACAT 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 596 ACCTATGTGGATGCTAACAAGTTAACGTATAAAGGAAGATGGCGGCTTAATCTGAAACAT 655
Query 648 GGGCTCGGATATCAGGTTTACCCTAATGGAGATGTCTTTGAAGGTTCTTGGATTCAGGGA 707
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 GGGCTCGGATATCAGGTTTACCCTAATGGAGATGTCTTTGAAGGTTCTTGGATTCAGGGG 715
Query 708 TTGGGAGAAGGACCAGGGAAGTATACTTGGGCTAATAAAAATGTCTATCTCGGGGATATG 767
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 TTGGGAGAAGGGCCAGGGAAGTATACTTGGGCTAATAAAAATGTCTATCTCGGGGATATG 775
Query 768 AAAGGCGGGAAAATGTCAGGAAAGGGTACACTTACTTGGGTTACCGGAGATTCCTATGAA 827
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 776 AAAGGCGGGAAAATGTCAGGAAAGGGTACACTGACTTGGGTTACCGGGGACTCCTATGAA 835
Query 828 GGAAGTTGGTTGAATGGAATGATGCATGGTGTTGGTGTATATACGTGGAGCGATGGAGGT 887
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 836 GGAAGTTGGTTGAATGGAATGATGCATGGTGTTGGTGTATATACATGGAGCGATGGCGGT 895
Query 888 TGCTATGTTGGGACATGGACACGGGGTTTGAAAGACGGTAAAGGCTCGTTTTATTCAGCG 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TGCTATGTTGGGACATGGACACGGGGTTTGAAAGACGGTAAAGGCTCGTTTTATTCAGCG 955
Query 948 GGAACCAGAGTTCCGGTAGTGCAAGAGTTTTATTTAAATGCTCTTAGAAAGAGAGGTGTT 1007
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 956 GGAACCAGAGTTCCGGCAGTGCAAGAGTTTTATTTAAATGCTCTTAGAAAAAGAGGTGTT 1015
Query 1008 TTGCCAGA-TATGAGAAGACAGAACCAAGTTGCTTCCTCGGTTAATATGGAAAACCTTAG 1066
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 TTGCCAGACT-TGAGAAGACAGAACCAAGTTGCTTCTTCGGTTAATATGGAAAACCTTAG 1074
Query 1067 AGTTGGTGTGAACCGTAATAAGCTCTCAAAAGGGAGCTTAATAAACTTAGAACAGTCCCG 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 AGTTGGTGTGAACCGTAATAAGCTCTCAAAAGGGAGCTTAATAAACTTAGAACAGTCCCG 1134
Query 1127 CAATGGAAGGGTTTCTTTAGAAAGACGTTGGAGTCTTGAAGTATCTATTGAGAAAGTGAT 1186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 CAATGGAAGGGTTTCTTTAGAAAGACGTTGGAGTCTTGAAGTATCTATTGAGAAAGTGAT 1194
Query 1187 TGGACATGGTTACTCGGATTTATCTACGGCAGTTTTAGATAGCGGAAGTAGTGTGCAGTA 1246
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 TGGACATGGTTACTCGGATTTATCTACAGCAGTTTTAGATAGCGGAAGTAGTGTGCAGTA 1254
Query 1247 TAAAGCTAACATACCAATCTTGGAGAGGGAATATATGCAAGGTGTTCTGATCAGTGAGCT 1306
|||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TAAAGCAAACGTACCGATCTTGGAGCGGGAATATATGCAAGGTGTTCTGATCAGTGAGCT 1314
Query 1307 TGTGGTAAACAACGGGTTTTCGCGCACATCCAGAAGAGCAAAAAGGAAACACAAAAGACT 1366
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 TGTGGTAAACAACGGTTTTTCGCGCACATCCAGAAGAGCAAAAAGGAAACACAAAAGACT 1374
Query 1367 TGTTAAAGAAGCTAAGAAGCCTGGAGAAGTTGTTATTAAAGGTCACCGGAGTTATGATCT 1426
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TGTTAAAGAAGCTAAGAAGCCCGGAGAAGTTGTTATTAAAGGTCACCGGAGTTATGATCT 1434
Query 1427 GATGCTCAGTTTGCAGCTTGGAATCAGATACACAGTGGGGAAAATTACGCCAATACAAAG 1486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 GATGCTCAGTTTGCAGCTTGGAATCAGATACACAGTGGGGAAAATTACGCCAATACAAAG 1494
Query 1487 ACGACAAGTTCGGACAGCAGACTTTGGACCTCGGGCTAGTTTTTGGATGACTTTTCCTCG 1546
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1495 ACGACAAGTACGGACAGCAGACTTTGGACCTCGGGCTAGTTTTTGGATGAATTTTCCTCG 1554
Query 1547 AGCTGGCTCCACGATGACTCCTCCGCACCACTCGGAGGATTTTAAATGGAAGGACTATTG 1606
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AGCTGGCTCCACGATGACTCCTCCACACCACTCGGAAGATTTTAAATGGAAGGACTATTG 1614
Query 1607 CCCAATGGTATTCAGAAACCTGAGGGAGATGTTCAAGATCGATGCAGCTGATTATATGAT 1666
||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 CCCAATGGTATTCAGGAACCTAAGGGAGATGTTTAAGATCGATGCAGCTGATTATATGAT 1674
Query 1667 GTCCATTTGTGGAAATGATACTTTAAGAGAACTTTCTTCTCCAGGGAAGAGCGGCAGCGT 1726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 GTCCATTTGTGGAAATGATACTTTAAGAGAACTTTCTTCTCCAGGGAAGAGCGGCAGCGT 1734
Query 1727 CTTCTTCCTGTCGCAGGATGATCGGTTCATGATCAAAACACTCAGGAAATCTGAAGTCAA 1786
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 CTTCTTCCTGTCTCAGGATGATCGGTTCATGATCAAAACACTCAGGAAATCTGAAGTCAA 1794
Query 1787 GGTTCTTCTGAGGATGCTTCCAGATTACCATCATCATGTGAAGACATATGAGAACACCCT 1846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1795 GGTTCTTCTGAGGATGCTTCCAGATTACCATCATCATGTCAAGACGTATGAGAACACCCT 1854
Query 1847 CATTACTAAATTCTTTGGCCTTCACAGAATCAAACCATCAAGTGGTCAAAAGTTCCGTTT 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1855 CATTACTAAATTCTTTGGCCTTCACAGAATCAAACCATCAAGTGGTCAAAAGTTCCGCTT 1914
Query 1907 TGTGGTGATGGGTAACATGTTCTTTACAGATCTAAGAATCCATCGGAGATTTGACCTTAA 1966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 TGTGGTGATGGGTAACATGTTCTTTACAGATCTAAGAATTCATCGGAGATTTGACCTTAA 1974
Query 1967 AGGTTCGTCCTTGGGACGCTCTGCAGACAAAGTCGAGATAGACGAGAACACGATACTTAA 2026
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1975 AGGTTCATCCTTGGGACGCTCTGCAGACAAAGTCGAGATAGATGAGAACACGATACTTAA 2034
Query 2027 AGATTTAGATCTGAACTACAGCTTCTTCTTGGAGACTTCTTGGCGGGAAGGTTTACTGAG 2086
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2035 AGATTTAGATCTGAACTACAACTTCTTCTTGGAGCCTTCTTGGCGGGAAGATTTACTGAG 2094
Query 2087 GCAACTAGAGATCGATAGCAAGTTCTTGGAAGCACAGAACATAATGGATTACAGTCTTTT 2146
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 ACAACTAGAGATCGATAGTAAGTTCTTGGAAGCACAGAACATAATGGATTACAGTCTTTT 2154
Query 2147 GCTCGGTGTGCATCATCGAGCTCCACAGCACTTAAGATCCCAATTGGTCCGTTCTCAAAG 2206
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 ACTCGGTGTGCATCATCGAGCTCCACAACACTTAAGGTCCCAATTGGTCCGTTCTCAAAG 2214
Query 2207 TATAACAACTGATGCTCT-GGAAAGTGTAGCTGAAGATGATACAATCGAGGACGACATGC 2265
|||||||||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2215 TATAACAACTGATG-TGTTGGAAAGTGTAGCTGAAGACGATACAATCGAAGACGACATGT 2273
Query 2266 TGTCTTACCACGAAGGATTGGTTCTCGTTCCTCGGGGAAGTGAAAATACTGTAACTGGCC 2325
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2274 TGTCTTACCACGAAGGATTGGTTCTTGTCCCTCGGGGAAGTGAAAATATTGTAACTGGCC 2333
Query 2326 CTCACATCAGAGGCAGCAGATTACGAGCATCCGCTGTTGGTGATGAAGAAGTAGATCTCC 2385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2334 CTCACATCAGAGGCAGCAGATTACGAGCATCCGCTGCTGGTGATGAAGAAGTCGATCTCC 2393
Query 2386 TTCTTCCTGGAACAGCCAGGCTGCAGATACAGCAAGGAGTGAACATGCCGGCAAGAGCAG 2445
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2394 TTCTTCCTGGAACAGCCAGGCTGCAGATACAGCAAGGAGTGAACATGCCGGCGAGAGCAG 2453
Query 2446 AGCTGATACCGGGAAGAGAAGATAAAGAGAAGCAGATTTTACATGACTGCTGCGACGTCG 2505
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2454 AACTGATACCGGGAAGAGAAGATAAAGAGAAGCAGATTTTACATGATTGCTGCGACGTCG 2513
Query 2506 TACTCTACCTTGGCATTATAGACATCTTACAAGAGTACAACATGACCAAGAAGATTGAAC 2565
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2514 TGCTCTACCTTGGGATTATAGACATCTTACAAGAGTACAACATGACCAAGAAGATTGAGC 2573
Query 2566 ATGCTTATAAATCTCTTCACTTTGATTCTCTTTCGATCTCAGCCGTTGATCCAACATTCT 2625
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2574 ATGCTTATAAATCTCTTCACTTTGATTCTCTTTCGATCTCAGCCGTTGATCCTACATTTT 2633
Query 2626 ACTCCCAACGTTTTCTTGAGTTCATCAAGAAAGTATTTCCACAGAACAACAAATCATAGA 2685
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2634 ACTCCCAACGTTTTCTTGAGTTCATCAAGAAAGTATTTCCACAGAACAACAACTCATAGA 2693
Query 2686 CAGAGAATTGAGTACAGAGTTTTATGtttttttttGTAGAGATAAAAAAGAATTCTATGT 2745
| |||||||||||||||||| | | | | || |||||||||||
Sbjct 2694 GAAAGAATTGAGTACAGAGTT--A-------------A-A-A-AA----GAATTCTATGT 2731
Query 2746 TGTAAGTATGTTGTATACAGATCTTGAGAGCTTCAATAAATAAGTAAAAAACTAATTCTC 2805
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||
Sbjct 2732 TGTAAGTATCTTCTATACAGATCTTGAGAGCTTCAATAAATAAATAAAAAACTATTTTTC 2791
Query 2806 CT 2807
||
Sbjct 2792 CT 2793
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105928971345
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5