BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G10050.1
Length=2238
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928694 jgi|Araly1|928694|scaffold_301151.1 3005 0.0
> Ahg928694 jgi|Araly1|928694|scaffold_301151.1
Length=1816
Score = 3005 bits (1627), Expect = 0.0
Identities = 1758/1821 (97%), Gaps = 9/1821 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TTTAACTCTCTCTAAACCCATGAATTCCGTTCAGCTTCCGACGGCGCAATCCTCTCTCCG 61
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||
Sbjct 2 TTTAACTCTCTCTAAACCCATGGATTCCGTTCGGCTTCCAACGGCGCCATCCACTCTCCG 61
Query 62 TAGCCACATTCACCGT-CCATCAAAACCAGTGGTCGGATTCACTCACTTCTCCTCCCGTT 120
||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| | | ||||||||
Sbjct 62 TAGTCACATTCACC-TGCCATCAAAACCAGTGATCGGAATCACTCAC-T-T-CTCCCGTT 117
Query 121 CTCGGATCGCAGTGGCGGTTCTGTCCCGAGATGAAACATCTATGACTCCACCGCCTCC-A 179
|||||||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||| |
Sbjct 118 CTCGGATCCCAGTGGCCGTTATGTCTCGAGACGAAACATCTATGGCTCCGCCGCCTCCGA 177
Query 180 AAGCTTCCTTTACCACGTCTTAAGGTCTCTCCGAATTCGTTGCAATACCCTGCCGGTTAC 239
| || |||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 178 AGGC-TCCTTTACCACGGCTCAAAGTCTCTCCTAATTCGTTGCAATACCCAGCCGGTTAC 236
Query 240 CTCGGTGCTGTACCAGAACGTACGAACGAGGCTGAGAACGGAAGCATCG-CGGAAGCTAT 298
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 237 CTCGGTGCGGTACCAGAACGTACGAACGAGCCTGAGAACGGAAGCATCGTC-GAAGCTAT 295
Query 299 GGAGTATTTGACGAATATACTGTCCACTAAGGTTTACGACATCGCCATTGAGTCACCACT 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 GGAGTATTTGACGAATATACTGTCCACTAAGGTTTACGACATCGCCATTGAGTCACCACT 355
Query 359 CCAATTGGCTAAGAAGCTATCTAAGAGATTAGGTGTTCGTATGTATCTTAAAAGAGAAGA 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 CCAATTGGCTAAGAAGCTATCTAAGAGATTAGGTGTTCGTATGTATCTTAAAAGAGAAGA 415
Query 419 CTTGCAACCTGTATTCTCGTTTAAGCTTCGTGGAGCTTACAATATGATGGTGAAACTTCC 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 CTTGCAACCTGTATTCTCGTTTAAGCTTCGTGGAGCTTACAATATGATGGTGAAACTTCC 475
Query 479 AGCAGATCAATTGGCAAAAGGAGTTATCTGCTCTTCAGCTGGAAACCATGCTCAAGGAGT 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 AGCAGATCAATTGGCAAAAGGAGTTATCTGCTCTTCAGCTGGAAACCATGCTCAAGGAGT 535
Query 539 TGCTTTATCTGCTAGTAAACTCGGCTGCACTGCTGTGATTGTTATGCCTGTTACGACTCC 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 536 TGCTTTATCTGCTAGTAAACTCGGCTGCACTGCTGTGATTGTTATGCCTATTACAACTCC 595
Query 599 TGAGATAAAGTGGCAAGCTGTAGAGAATTTGGGTGCAACGGTTGTTCTTTTCGGAGATTC 658
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 596 TGAGATCAAGTGGCAAGCTGTAGAGAATTTGGGTGCAAAGGTTGTTCTTTTCGGGGATTC 655
Query 659 GTATGATCAAGCACAAGCACATGCTAAGATACGAGCTGAAGAAGAGGGTCTGACGTTTAT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 GTATGATCAAGCACAAGCACATGCTAAGATACGAGCTGAAGAAGAGGGTCTGACGTTTAT 715
Query 719 ACCTCCTTTTGATCACCCTGATGTTATTGCTGGACAAGGGACTGTTGGGATGGAGATCAC 778
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 716 ACCTCCTTTTGATCACCCGGATGTTATTGCTGGACAAGGGACTGTCGGGATGGAGATCAC 775
Query 779 TCGTCAGGCTAAGGGTCCATTGCATGCTATATTTGTGCCAGTTGGTGGTGGTGGTTTAAT 838
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TCGTCAGGCTAAGGGTCCTTTGCATGCTATATTTGTGCCAGTTGGTGGTGGTGGTTTAAT 835
Query 839 AGCTGGTATTGCTGCTTATGTGAAGAGGGTTTCTCCCGAGGTGAAGATCATTGGTGTAGA 898
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 AGCTGGTATTGCTGCTTATGTGAAGAGGGTTGCTCCCGAGGTGAAGATCATTGGTGTAGA 895
Query 899 ACCAGCTGACGCAAATGCAATGGCTTTGTCGCTGCATCACGGTGAGAGGGTGATATTGGA 958
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 ACCAGCTGATGCAAATGCAATGGCGTTGTCGCTGCATCACGGTGAGAGGGTGATATTGGA 955
Query 959 CCAGGTTGGGGGATTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTTGGTGAAGAGACTTTTCG 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 CCAGGTTGGGGGATTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTTGGTGAAGAGACTTTTCG 1015
Query 1019 TATAAGCAGAAATCTAATGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTATTTGTGCATC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 TATAAGCAGAAATCTAATGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTATTTGTGCATC 1075
Query 1079 AATAAAGGATATGTTTGAGGAGAAACGGAACATATTGGAACCAGCAGGGGCTCTTGCACT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1076 AATAAAGGATATGTTTGAGGAGAAACGGAACATATTGGAACCAGCAGGGGCTCTTGCGCT 1135
Query 1139 CGCTGGAGCTGAGGCATACTGTAAATATTATGGCCTAAAGGACGTGAATGTCGTAGCCAT 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 CGCTGGAGCTGAGGCATACTGTAAATATTATGGCCTAAAGGACGTGAATGTCGTAGCCAT 1195
Query 1199 AACCAGTGGCGCTAACATGAACTTTGACAAGCTAAGGATTGTGACAGAACTCGCCAATGT 1258
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 AACCAGTGGTGCTAACATGAACTTTGACAAGCTAAGGATTGTGACAGAACTCGCCAATGT 1255
Query 1259 CGGTAGGCAACAGGAAGCTGTTCTTGCTACTCTCATGCCGGAAAAACCTGGAAGCTTTAA 1318
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1256 CGGTAGACAACAGGAGGCTGTTCTTGCTACTCTCATGCCGGAAAAACCTGGAAGTTTTAA 1315
Query 1319 GCAATTTTGTGAGCTGGTTGGACCAATGAACATAAGCGAGTTCAAATATAGATGTAGCTC 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GCAATTTTGTGAGCTGGTTGGACCAATGAACATAACCGAGTTCAAATATAGATGTAGCTC 1375
Query 1379 GGAAAAGGAGGCTGTTGTACTATACAGTGTCGGAGTTCACACAGCTGGAGAGCTCAAAGC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1376 GGAAAAGGAGGCTGTTGTACTATACAGTGTCGGAGTTCATACAGCCGGAGAGCTCAAAGC 1435
Query 1439 ACTACAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAAAACTGTCAATCTCACTACCAGTGACTT 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1436 ACTACAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAGAACTGTCAATCTCACAACCAGTGACTT 1495
Query 1499 AGTGAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGAGGAAGATCTACTGTTGGAGACGAGGTTCT 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AGTGAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGAGGAAGATCTACTGTTGGAGACGAGGTTCT 1555
Query 1559 ATGCCGATTCACCTTTCCCGAGAGACCTGGTGCTCTAATGAACTTCTTGGACTCTTTCAG 1618
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 ATGCCGATTTACCTTCCCCGAGAGACCTGGTGCTCTAATGAACTTCTTGGACTCTTTCAG 1615
Query 1619 TCCACGGTGGAACATCACCCTTTTCCATTACCGTGGACAGGGTGAGACGGGCGCGAATGT 1678
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TCCACGTTGGAACATCACCCTTTTCCATTACCGTGGACAGGGTGAGACGGGCGCGAATGT 1675
Query 1679 GCTGGTCGGGATCCAAGTCCCCGAGCAAGAAATGGAGGAATTTAAAAACCGAGCTAAAGC 1738
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 GCTGGTCGGGGTCCAAGTCCCTGAGCAAGAAATGGAGGAATTTAAAAACCGAGCTAAAGC 1735
Query 1739 TCTTGGATACGACTACTTCTTAGTAAGTGATGACGACTATTTTAAGCTTCTGATGCACTG 1798
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TCTTGGATACGACTACTTCTTGGTAAGTGATGACGACAATTTTAAGCTTCTGATGCACTG 1795
Query 1799 AGTTTGAAGCTGTGGTGGATA 1819
|||||||| ||||| | ||||
Sbjct 1796 AGTTTGAATCTGTGATTGATA 1816
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84255621940
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5