BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G10050.1 Length=2238 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg928694 jgi|Araly1|928694|scaffold_301151.1 3005 0.0 > Ahg928694 jgi|Araly1|928694|scaffold_301151.1 Length=1816 Score = 3005 bits (1627), Expect = 0.0 Identities = 1758/1821 (97%), Gaps = 9/1821 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2 TTTAACTCTCTCTAAACCCATGAATTCCGTTCAGCTTCCGACGGCGCAATCCTCTCTCCG 61 |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||| Sbjct 2 TTTAACTCTCTCTAAACCCATGGATTCCGTTCGGCTTCCAACGGCGCCATCCACTCTCCG 61 Query 62 TAGCCACATTCACCGT-CCATCAAAACCAGTGGTCGGATTCACTCACTTCTCCTCCCGTT 120 ||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| | | |||||||| Sbjct 62 TAGTCACATTCACC-TGCCATCAAAACCAGTGATCGGAATCACTCAC-T-T-CTCCCGTT 117 Query 121 CTCGGATCGCAGTGGCGGTTCTGTCCCGAGATGAAACATCTATGACTCCACCGCCTCC-A 179 |||||||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||| | Sbjct 118 CTCGGATCCCAGTGGCCGTTATGTCTCGAGACGAAACATCTATGGCTCCGCCGCCTCCGA 177 Query 180 AAGCTTCCTTTACCACGTCTTAAGGTCTCTCCGAATTCGTTGCAATACCCTGCCGGTTAC 239 | || |||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 178 AGGC-TCCTTTACCACGGCTCAAAGTCTCTCCTAATTCGTTGCAATACCCAGCCGGTTAC 236 Query 240 CTCGGTGCTGTACCAGAACGTACGAACGAGGCTGAGAACGGAAGCATCG-CGGAAGCTAT 298 |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| Sbjct 237 CTCGGTGCGGTACCAGAACGTACGAACGAGCCTGAGAACGGAAGCATCGTC-GAAGCTAT 295 Query 299 GGAGTATTTGACGAATATACTGTCCACTAAGGTTTACGACATCGCCATTGAGTCACCACT 358 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 296 GGAGTATTTGACGAATATACTGTCCACTAAGGTTTACGACATCGCCATTGAGTCACCACT 355 Query 359 CCAATTGGCTAAGAAGCTATCTAAGAGATTAGGTGTTCGTATGTATCTTAAAAGAGAAGA 418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 356 CCAATTGGCTAAGAAGCTATCTAAGAGATTAGGTGTTCGTATGTATCTTAAAAGAGAAGA 415 Query 419 CTTGCAACCTGTATTCTCGTTTAAGCTTCGTGGAGCTTACAATATGATGGTGAAACTTCC 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 416 CTTGCAACCTGTATTCTCGTTTAAGCTTCGTGGAGCTTACAATATGATGGTGAAACTTCC 475 Query 479 AGCAGATCAATTGGCAAAAGGAGTTATCTGCTCTTCAGCTGGAAACCATGCTCAAGGAGT 538 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 476 AGCAGATCAATTGGCAAAAGGAGTTATCTGCTCTTCAGCTGGAAACCATGCTCAAGGAGT 535 Query 539 TGCTTTATCTGCTAGTAAACTCGGCTGCACTGCTGTGATTGTTATGCCTGTTACGACTCC 598 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| Sbjct 536 TGCTTTATCTGCTAGTAAACTCGGCTGCACTGCTGTGATTGTTATGCCTATTACAACTCC 595 Query 599 TGAGATAAAGTGGCAAGCTGTAGAGAATTTGGGTGCAACGGTTGTTCTTTTCGGAGATTC 658 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| Sbjct 596 TGAGATCAAGTGGCAAGCTGTAGAGAATTTGGGTGCAAAGGTTGTTCTTTTCGGGGATTC 655 Query 659 GTATGATCAAGCACAAGCACATGCTAAGATACGAGCTGAAGAAGAGGGTCTGACGTTTAT 718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 656 GTATGATCAAGCACAAGCACATGCTAAGATACGAGCTGAAGAAGAGGGTCTGACGTTTAT 715 Query 719 ACCTCCTTTTGATCACCCTGATGTTATTGCTGGACAAGGGACTGTTGGGATGGAGATCAC 778 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 716 ACCTCCTTTTGATCACCCGGATGTTATTGCTGGACAAGGGACTGTCGGGATGGAGATCAC 775 Query 779 TCGTCAGGCTAAGGGTCCATTGCATGCTATATTTGTGCCAGTTGGTGGTGGTGGTTTAAT 838 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 776 TCGTCAGGCTAAGGGTCCTTTGCATGCTATATTTGTGCCAGTTGGTGGTGGTGGTTTAAT 835 Query 839 AGCTGGTATTGCTGCTTATGTGAAGAGGGTTTCTCCCGAGGTGAAGATCATTGGTGTAGA 898 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 836 AGCTGGTATTGCTGCTTATGTGAAGAGGGTTGCTCCCGAGGTGAAGATCATTGGTGTAGA 895 Query 899 ACCAGCTGACGCAAATGCAATGGCTTTGTCGCTGCATCACGGTGAGAGGGTGATATTGGA 958 ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 896 ACCAGCTGATGCAAATGCAATGGCGTTGTCGCTGCATCACGGTGAGAGGGTGATATTGGA 955 Query 959 CCAGGTTGGGGGATTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTTGGTGAAGAGACTTTTCG 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 956 CCAGGTTGGGGGATTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTTGGTGAAGAGACTTTTCG 1015 Query 1019 TATAAGCAGAAATCTAATGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTATTTGTGCATC 1078 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 TATAAGCAGAAATCTAATGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTATTTGTGCATC 1075 Query 1079 AATAAAGGATATGTTTGAGGAGAAACGGAACATATTGGAACCAGCAGGGGCTCTTGCACT 1138 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1076 AATAAAGGATATGTTTGAGGAGAAACGGAACATATTGGAACCAGCAGGGGCTCTTGCGCT 1135 Query 1139 CGCTGGAGCTGAGGCATACTGTAAATATTATGGCCTAAAGGACGTGAATGTCGTAGCCAT 1198 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1136 CGCTGGAGCTGAGGCATACTGTAAATATTATGGCCTAAAGGACGTGAATGTCGTAGCCAT 1195 Query 1199 AACCAGTGGCGCTAACATGAACTTTGACAAGCTAAGGATTGTGACAGAACTCGCCAATGT 1258 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1196 AACCAGTGGTGCTAACATGAACTTTGACAAGCTAAGGATTGTGACAGAACTCGCCAATGT 1255 Query 1259 CGGTAGGCAACAGGAAGCTGTTCTTGCTACTCTCATGCCGGAAAAACCTGGAAGCTTTAA 1318 |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1256 CGGTAGACAACAGGAGGCTGTTCTTGCTACTCTCATGCCGGAAAAACCTGGAAGTTTTAA 1315 Query 1319 GCAATTTTGTGAGCTGGTTGGACCAATGAACATAAGCGAGTTCAAATATAGATGTAGCTC 1378 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 GCAATTTTGTGAGCTGGTTGGACCAATGAACATAACCGAGTTCAAATATAGATGTAGCTC 1375 Query 1379 GGAAAAGGAGGCTGTTGTACTATACAGTGTCGGAGTTCACACAGCTGGAGAGCTCAAAGC 1438 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1376 GGAAAAGGAGGCTGTTGTACTATACAGTGTCGGAGTTCATACAGCCGGAGAGCTCAAAGC 1435 Query 1439 ACTACAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAAAACTGTCAATCTCACTACCAGTGACTT 1498 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1436 ACTACAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAGAACTGTCAATCTCACAACCAGTGACTT 1495 Query 1499 AGTGAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGAGGAAGATCTACTGTTGGAGACGAGGTTCT 1558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1496 AGTGAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGAGGAAGATCTACTGTTGGAGACGAGGTTCT 1555 Query 1559 ATGCCGATTCACCTTTCCCGAGAGACCTGGTGCTCTAATGAACTTCTTGGACTCTTTCAG 1618 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 ATGCCGATTTACCTTCCCCGAGAGACCTGGTGCTCTAATGAACTTCTTGGACTCTTTCAG 1615 Query 1619 TCCACGGTGGAACATCACCCTTTTCCATTACCGTGGACAGGGTGAGACGGGCGCGAATGT 1678 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 TCCACGTTGGAACATCACCCTTTTCCATTACCGTGGACAGGGTGAGACGGGCGCGAATGT 1675 Query 1679 GCTGGTCGGGATCCAAGTCCCCGAGCAAGAAATGGAGGAATTTAAAAACCGAGCTAAAGC 1738 |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 GCTGGTCGGGGTCCAAGTCCCTGAGCAAGAAATGGAGGAATTTAAAAACCGAGCTAAAGC 1735 Query 1739 TCTTGGATACGACTACTTCTTAGTAAGTGATGACGACTATTTTAAGCTTCTGATGCACTG 1798 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 TCTTGGATACGACTACTTCTTGGTAAGTGATGACGACAATTTTAAGCTTCTGATGCACTG 1795 Query 1799 AGTTTGAAGCTGTGGTGGATA 1819 |||||||| ||||| | |||| Sbjct 1796 AGTTTGAATCTGTGATTGATA 1816 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 84255621940 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5