BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G10380.1
Length=3814
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928727 jgi|Araly1|928727|scaffold_301184.1 5698 0.0
Ahg918703 jgi|Araly1|918703|Al_scaffold_0491_1 532 5e-150
> Ahg928727 jgi|Araly1|928727|scaffold_301184.1
Length=3330
Score = 5698 bits (3085), Expect = 0.0
Identities = 3242/3319 (98%), Gaps = 5/3319 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 105 tcgagatttagcttttctcttcGTGATCGGGAACGTGTTGATCAGATTCTAGCGTGGATT 164
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 TCGAGATTTAGCTTTTCTCTTCGTGATCGGCAACGTATTGATCAGATTCTAGCGAGGATT 60
Query 165 CGTAT-CCCAGCTACAGAGAGCTTTGATTGGAATGTGCTGAGGAACATTCATTTCGGCTC 223
||| | |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 61 CGT-TCCCCATCTACAGACAGC-TTGATTGGAATGTGCTGAGGAACACTCATTTGGGCTC 118
Query 224 TAATAAGCCAATCGGAGTGAGTTCGCCAGCATGGGGATTTTCAATGGTTTGCCTGTACCC 283
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 TAATAAGCCAAGCGGAGTGAGTTCGCCAGCATGGGGATTTTCAATGGTTTGCCTGTACCC 178
Query 284 TCGGATAAAACTTACCTTAGGGAGGAGCTGGCAAGAATAGATGAGAGCTGGGCTGCTGCA 343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TCGGATAAAACTTACCTTAGGGAGGAGCTGGCAAGAATAGATGAGAGCTGGGCTGCTGCA 238
Query 344 CGATTTGACTCTTTACCACATGTTGTTCATATTTTGACATCAAAAGACCGTGAAGCTGAC 403
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CGATTTGACTCTTTGCCACATGTTGTGCATATTTTGACATCAAAAGACCGTGAAGCTGAC 298
Query 404 ATTCATATATTAAAGGAACAAAGTGATGTTGTCGAGGAGGTTGTTGATGAAGTTGTCCAT 463
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 299 ATTCATATATTAAAGGAACAAAGTGATGTTGTCGAGGAGGTTGTGGATGAAGTTGTCCAC 358
Query 464 GCTTATCATGGTGGTTTCAACAAGGCCATTCAAAACTATTCACAGATCTTGCGATTATTC 523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 359 GCTTATCATGGTGGTTTCAACAAGGCCATTCAAAACTATTCCCAGATCTTGCGATTATTC 418
Query 524 AGTGAGTCCACTGAAAAGATAGGCGACTTGAAGCACGATTTAGCAGAAGCGAAACAGAGC 583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 419 AGTGAGTCCACTGAAAAGATAGGCGACTTGAAGCACGATTTAGCAGAAGCGAAGCAGAGC 478
Query 584 TTGGGTGCACGCAATAAACAATTACATCAGTTGTGGTACCGTTCTGTTACATTGCGGCAC 643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TTGGGTGCACGCAATAAACAATTACATCAGTTGTGGTACCGTTCTGTTACATTGCGGCAC 538
Query 644 ATCATCTCACTTTTGGATCAAATCGAGGGCATTGCCAAGGTTCCATCTCGTATTGAGAAG 703
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ATCATCTCACTTTTGGATCAAATCGAGGGCATTGCTAAGGTTCCATCTCGTATTGAGAAG 598
Query 704 CTCATTGCTGATAAGCAGTTTTACGCTGCTATTCAAGTGTATCTCCAGTCGTCTCTAATG 763
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 599 CTCATTGCTGATAAGCAGTTTTACGCTGCTATTCAAGTGTATCTCCAGTCGTCTCTGATG 658
Query 764 CTGGAGCGTGAGGGGCTTCAAACGGTTGGTGCTCTTCAAGATGTCAGATCTGAGCTAACT 823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 CTGGAGCGTGAGGGGCTTCAAACGGTTGGTGCTCTTCAAGATGTCAGATCTGAGCTAACT 718
Query 824 AAGTTGCGGGGAGCCCTTTTCTTCAAAATTCTAGATGATTTGCATGCACACCTATACAAT 883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AAGTTGCGGGGAGCCCTTTTCTTCAAAATTCTAGATGATTTGCATGCACACCTATACAAT 778
Query 884 AGAGGTGAATACAGTTCAGTTGCGTCAAGCATATATGAAAGAGATGATGAAGTACCAACG 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AGAGGTGAATACAGTTCAGTTGCGTCAAGCATATATGAAAGAGATGATGAAGTACCAACG 838
Query 944 ACAACAGCTGTTGCAGCTAGTCGAATGAGCTCACAACCACTGTCACGTAGAACACGGACA 1003
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 839 ACAACAGCTGTTGCAGCTAGTCGAATGAGCTCACAACCACTGTCTCGTAGAACACGGACG 898
Query 1004 CTGAAAGGTGATAGTCAGTTTGGTGTTAGAGGGCTCACAAATGGTTCATATAGAACCGCT 1063
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 899 CTGAAAGGTGATAGTCAGTTTGGTGTTAGAGGGCTCACAAATGGTTCATATAGAACCGGT 958
Query 1064 TCTAATGATGAAAGTTCATCATTTGATGGACATGATGAAGAAGACTCCGTAGAACATGAT 1123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 959 TCTAATGATGAAAGTTCATCATTTGATGGACATGATGAAGAGGACTCCGTAGAACATGAT 1018
Query 1124 GAATCCACCGCAGATACTGCCAGGAATGGCACTGATAGTAAATTGCTTTCTCACCAACTT 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1019 GAATCCACCGCAGATACTGCCAGGAATGGCACTGATAGTAAATTGCTTTCTTACCAACTT 1078
Query 1184 CCTCCATGGCTTTCTGATTCCACTCCTGATGAGTTTATTGAAGCAGTAAGAAAGAGTGAT 1243
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1079 CCGCCATGGCTTTCTGATTCCACTCCTGACGAGTTTATTGAAGCAATAAGAAAGAGTGAT 1138
Query 1244 GATCCACTGCATGTGAAGTATCTACAGACCCTTGTTCAGTGTCTCTGCATGCTTGGCAAA 1303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GATCCACTGCATGTGAAGTATCTACAGACCCTTGTTCAGTGTCTCTGCATGCTTGGCAAA 1198
Query 1304 GTTGCAGCTGCTGGTGCTATCATATGCCAAAAACTTCGACCCACAATTCATGAAATCATA 1363
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1199 GTTGCAGCTGCTGGTGCTATCATATGCCAAAAACTTCGACCCACTATTCATGAGATCATA 1258
Query 1364 ATATCCAAGATTAAAGCCCATCTGGAGACTACAAATTTGTCAAAGTCCGCGTGTAGTCAG 1423
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||
Sbjct 1259 ATATCCAAGATTAAAGCCCATATGGAGACTACAAATTTTTCAAAGTCCTCTTGTAGTCAG 1318
Query 1424 GGTGATCGAAGTGTAGCTGCTGGATTGCATTTAATCAAAGGACAGTCAGAGGCCTACCGG 1483
|||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1319 GGTGATCGAAATGTAGCTGCCGGATTGCATTTTATCAAAGGACAGTCGGAGGCCTACAGG 1378
Query 1484 TTATCAAAAGAGAAACCTCAAAATGGGATATCAAATTCAGGAACTCACCTAGCTGTGAGC 1543
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1379 TTATCAAAAGAGAAACCTCAAAATGGGATATCAAATTCAGGAACTCACTTGGCTGTGAGC 1438
Query 1544 CCTGTTTCGCCTCTTATGGCTCCTGGAGGCAAAGCGCAGGCTGCAGCGAAGGAACTTCTT 1603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||
Sbjct 1439 CCTGTTTCGCCTCTTATGGCTCCTGGAGGCAAAGCGCAGACTGCAGCAAAAGAACTTCTT 1498
Query 1604 GACTCAATTTTAGATACTATTGTCAAGATATTTGAAAATCATGTTGTTATTGGAGAGCTT 1663
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GACTCGATTTTAGATACTATTGTCAAGATATTTGAAAATCATGTTGTTATTGGAGAGCTT 1558
Query 1664 TTGGAGATGAAGGCTTCACAACATGACATTAACACACCAAGGTCATTGCCTACTGATGTG 1723
|||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1559 TTGGAGTTGAAGGCTTTGCAACATGACATTAACACACCAAGGTCATTACCTACTGATGTG 1618
Query 1724 AATTGGAACACCGAGTCTGAAGCATCCCAAGCTACTGGAGGCTACACTATCAGTTTTCCC 1783
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AACTGGAACACCGAGTCTGAAGCATCCCAAGCTACTGGAGGCTACACTATCAGTTTTCCC 1678
Query 1784 TTGACAGTCTTACAGAGTGAATGCCAACAACTCATATGTGAGATTCTACGAGCAACTCCA 1843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TTGACAGTCTTACAGAGTGAATGCCAACAACTCATATGTGAGATTCTACGAGCAACTCCA 1738
Query 1844 GAAGCTGCTTCAGCAGATGCTGCTGCACAAACTGCTAAGCTTGCAAAGAAGGCTCCGAAG 1903
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GAAGCTGCTTCAGCAGATGCTGCCGCACAAACTGCTAAGCTTGCAAAGAAGGCTCCGAAG 1798
Query 1904 AAAGACAAAAGGGATGCACCTGAGGATGGCCTAACATTCACCTTTCGGTTTACAGATGCA 1963
|||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AAAGACAAAACGGATGCACCTGAAGATGGGCTAACATTCACCTTTCGGTTTACAGATGCA 1858
Query 1964 ACTGTATCAATATCTAATCAGGGAGCCGATCTCATTCGTCAAGGCTGGGGAAAGAGGGCT 2023
|||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ACTGTATCGATTTCTAATCAGGGAGCTGATCTCATTCGTCAAGGCTGGGGAAAGAGGGCT 1918
Query 2024 CCAAATGCATCACTGGAAGGTTATGGATCTGCAGCTGTTTTGCCTGAACAAGGAATATAT 2083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CCAAATGCATCACTGGAAGGTTATGGATCTGCAGCTGTTTTGCCTGAACAAGGAATATAT 1978
Query 2084 CTAGCTGCATCTATTTACCGGCCTGTTCTTCAGTTTACAGATAAAATCACTTCAATGTTG 2143
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CTAGCTGCATCTATTTACCGGCCTGTCCTTCAGTTTACAGATAAAATCACTTCAATGTTG 2038
Query 2144 CCCAAAAAGCATTCCCAGCTTGTGAATGATGGATTGCTTACATTCACTGAAAACTTTGTG 2203
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2039 CCCAAAAAGCATTCCCAGCTTGTGAATGATGGATTGCTTACATTCACTGAGAACTTTGTG 2098
Query 2204 AAGGACCATCTGTTACCGACAATGTTTGTGGACTATAGGAAAGGCGTACAGCAAGCTATA 2263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AAGGACCATCTGTTACCGACAATGTTTGTGGACTATAGGAAAGGCGTACAGCAAGCTATA 2158
Query 2264 TCAAGCGCTGCTGCATTTCGGCCGCGTGCACATACAACTACTTACACCGCAACCGTAGAA 2323
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TCAAGCGCTGCCGCATTTCGGCCCCGTGCACATACAACTACTTACACCGCAACCGTAGAA 2218
Query 2324 AAGGGACGACCTATCTTACAAGGTCTTCTAGCAATAGATCTCCTTGCAAAAGAGGTTCTT 2383
||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AAGGGTCGACCTATCTTACAAGGTCTTTTGGCAATAGATCTCCTTGCAAAAGAGGTTCTT 2278
Query 2384 GGCTGGGCTCAAGCCATGCCTAAATTTGCTACTGATCTTGTGAAGTATGTTCAGACATTT 2443
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 GGCTGGGCTCAAGCCATGCCTAAATTTGCTACTGACCTTGTGAAGTATGTTCAGACATTT 2338
Query 2444 CTTGAGAGGACATTTGAGAGATGTCGAACATCATACATGGAGGCTGTTCTAGAGAAGCTC 2503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 CTTGAGAGGACATTTGAGAGATGTCGAACATCATACATGGAGGCTGTTCTAGAGAAGCTC 2398
Query 2504 AGTTACATGCTCATTGGGAGGCATGATATTGAGAAATTGATGCGGCTTGATGCGGCGAGT 2563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 AGTTACATGCTCATTGGGAGGCATGATATTGAGAAATTGATGCGGCTTGATGCGGCGAGT 2458
Query 2564 GCTTGTTTACCATCTACGCTTGGCCATGCCGTTTCTCACTCTGAGGCTGTTGGCACTGAA 2623
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 GCTTGTTTGCCATCTACGCTTGGCCATGCCGTTTCTCACTCTGAGGCTGTTGGCACTGAA 2518
Query 2624 GTAGAACTCAGTGACCTATTCTTGAGTTTGCGACCTATCAAGCAGGATAATCTAATTCGT 2683
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GTAGAACTCAGTGAACTATTCTTGAGTTTGCGACCTATCAAGCAGGATAATCTAATTCGT 2578
Query 2684 GATGACAACAAACTGATTTTGTTAGCTTCTCTCAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGAC 2743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 GATGACAACAAACTGATTTTGTTAGCTTCTCTCAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGAC 2638
Query 2744 TCTATTGAGAGGCTTGGACAAGCAGTTCCTCGTGTGGCGAGTCAAGCTGAAGGTAATAGC 2803
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 TCTATTGAGAGGCTTGGACAAGCAGTTCCTCGTGTGGCAAGTCAAGCTGAAGGTAATAGC 2698
Query 2804 AGAAATCAAGCAGCTTCTCCTAGGAATCTGGCATCATTTGCAGATGAGTACAGAAAACTT 2863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2699 AGAAATCAAGCAGCTTCTCCTAGGAATCTGGCATCATTTGCTGATGAGTACAGAAAACTT 2758
Query 2864 GCGACTGATTGCCTAAAGGTTCTTCGTGTTGAGATGCAATTGGAAACAGTCTTTCATCTT 2923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 GCGACTGATTGCCTAAAGGTTCTTCGTGTTGAGATGCAATTGGAAACAGTCTTTCATCTT 2818
Query 2924 CAGGAAATGACGAATAGGGAATATTTGGAGGATGAGGATGCTGAAGAGCCGGACGACTTT 2983
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 CAGGAAATGACGAATAGGGAATACTTGGAGGATGAGGATGCTGAAGAGCCGGACGACTTT 2878
Query 2984 GTGATATCTCTTACTTCACAGATAACACGTAGGGAGGAGGGAATGGCGCCTTTCATCTCT 3043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 GTGATATCTCTTACTTCACAGATAACACGTAGGGAGGAGGGAATGGCGCCTTTCATCTCT 2938
Query 3044 GGTGAGAAGCGGAATTACGTTTTTGGTGGCAT-TAGTGGAATTGCAGCAAATGCGTCCAT 3102
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 GGTGAGAAGCGGAATTACGTTTTTGGTGGCATAT-GTGGAATTGCAGCAAATGCGTCCAT 2997
Query 3103 TAAGGCTTTGGCTGACATGAGATCAATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAA 3162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 TAAGGCTTTGGCTGACATGAGATCAATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAA 3057
Query 3163 CACTATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATGGTGAAACCGTACA 3222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 CACTATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATGGTGAAACCGTACA 3117
Query 3223 ACAGAACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAGCTATTAAACATGCCATTCGAAGCATT 3282
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 ACAGAACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAACTGTTAAACATGCCATTCGAAGCATT 3177
Query 3283 GCTCGCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCT 3342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 GCTCGCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCT 3237
Query 3343 GAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACTCCTTCAGATGCTCAATCCCGCCTTTTGGAAAT 3402
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 3238 GAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACCCCTTCAGATGCTCAGTCACGCCTTTTGGAAAT 3297
Query 3403 TCTTTCTCATTAATGTCAA 3421
||||||||| |||||||||
Sbjct 3298 TCTTTCTCACTAATGTCAA 3316
> Ahg918703 jgi|Araly1|918703|Al_scaffold_0491_1
Length=309
Score = 532 bits (288), Expect = 5e-150
Identities = 302/309 (98%), Gaps = 0/309 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3107 GCTTTGGCTGACATGAGATCAATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAACACT 3166
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GCTTTGGCTGACATGAGATCTATCAACCTTTTCGGGGTTCAACAAATATGTCGGAACACT 60
Query 3167 ATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATGGTGAAACCGTACAACAG 3226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTGCAGTGGAACAGGCCATGGCAGCTATTCCATATATCGATAGTGAAACCGTACAACAG 120
Query 3227 AACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAGCTATTAAACATGCCATTCGAAGCATTGCTC 3286
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AACCTAGATCGTGTCCGTACTTACTTTGAACTGTTAAACATGCCATTCGAAGCATTGCTC 180
Query 3287 GCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCTGAAG 3346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GCTTTCATAGCAGAACACGACCAAATGTTTACACCCACAGAGTATTCCAATCTTCTGAAG 240
Query 3347 GTCAATGTTCCTGGAAGAGATACTCCTTCAGATGCTCAATCCCGCCTTTTGGAAATTCTT 3406
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTCAATGTTCCTGGAAGAGATACCCCTTCAGATGCTCAATCACGCCTTTTGGAAATTCTT 300
Query 3407 TCTCATTAA 3415
||||| |||
Sbjct 301 TCTCACTAA 309
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144124028951
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5