BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G10690.1
Length=3170
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478403 jgi|Araly1|478403|fgenesh2_kg.3__1104__AT3G10690.1 5099 0.0
> Ahg478403 jgi|Araly1|478403|fgenesh2_kg.3__1104__AT3G10690.1
Length=3133
Score = 5099 bits (2761), Expect = 0.0
Identities = 3017/3141 (96%), Gaps = 16/3141 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGAAATTCGCGCCTGAGAAATTCTCCGGTGTGGCTCTCTAGGGTTTTA-GCACTTTAAT 59
|||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1 TTGAAATTCGCGCCTGGGAAATCCTCCGGCGTGG--CTCTAGGGTTTTAGGCTCTTTAAT 58
Query 60 CCATTTGTAC-TTGTAAAAATCCCTAAAACCCTCTGGGCATGACTCCAGTATTATGCCAT 118
|||||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 59 CCATTTTTACTTTCT-AAAATCCCTAAAACCCTCTGGGCATGACTCCATTATTATGCCAT 117
Query 119 TCCACTGCTTCAATCCCTAACCCTAActctctcatgtctctctcctccactctccgtctc 178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TCCACTGCTTCAATCCCTAACCCTAACTCTCTCATGTCTCTCTCCTCCACTCTCCGTCTA 177
Query 179 tcttcctccctt-cttcgccgctccttcttccgattccccctcACCGACCCATTATGCCG 237
||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 178 TCTTCCT-CCTTCCTCCGCCGCTCCTTCTTCCGATTTCCCCTCACCGACCCATTATGTCG 236
Query 238 TCTCCGCCGCACTGAACCCTCCGCCACGCGTTTCTTCTCCTCCCGTACTCCTCGGTCCGG 297
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 237 TCTCCGCCGCACTGAACCCTCCGCCTCGCGTTTCTTCTCCTCCCGTACTCCCCAGTCCGG 296
Query 298 CAAATTCGTTGTCGGTGCTGGTAAGCGCGGAGATGAGCAGGTCAAGGAAGAGTCCGGAGC 357
||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 297 CAAGTTCGTTGTCGGTGCTTCCAAACGCGCCGATGAGCAGTTCAAGGAAGAGTCCGGTGC 356
Query 358 TAACAATGGCGGTTTGGTTGTTTCTGGGGACGAATCTCGTATTGTGCCTTTTGAGCTACA 417
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 357 CAACAACGGCGGTTTGGTGGTTTCTGGGGACGAATCTCGTATTGTGCCTTTTGAGCTTCA 416
Query 418 TAAGGAAGCTACTGAGTCGTATATGTCGTATGCGCTCTCTGTTTTGCTTGGACGTGCTTT 477
|||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 417 TAAGGAGGCTACTGAGTCGTACATGGCGTATGCGCTCTCTGTTTTGCTTGGTCGCGCTTT 476
Query 478 GCCTGATGTTAGAGACGGACTAAAACCAGTACATCGGAGAATTCTCTTTGCAATGCATGA 537
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 GCCTGATGTTAGAGACGGACTGAAACCAGTACATCGGAGAATTCTCTTTGCAATGCATGA 536
Query 538 GTTGGGGATGTCATCTAAAAAACCATACAAGAAATGTGCAAGAGTTGTTGGAGAGGTTCT 597
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GTTGGGGATGTCATCTAAGAAACCATACAAGAAATGTGCAAGAGTTGTTGGAGAGGTTCT 596
Query 598 TGGTAAATTCCATCCGCATGGAGATACTGCTGTTTATGATTCTCTTGTTAGGATGGCTCA 657
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 597 TGGTAAGTTTCATCCGCATGGAGATACTGCTGTTTATGATTCGCTTGTTAGGATGGCTCA 656
Query 658 GAGTTTCTCCTTGAGATGTCCACTTATCCAAGGCCATGGAAATTTTGGCTCAATAGATGC 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GAGTTTCTCCTTGAGATGTCCACTTATCCAAGGCCATGGAAATTTTGGCTCAATAGATGC 716
Query 718 AGATCCTCCTGCTGCTATGCGTTACACTGAATGCAGACTCGATCCACTGGCAGAGGCAGT 777
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 AGATCCTCCTGCTGCTATGCGTTACACCGAATGCAGACTCGATCCACTGGCAGAGGCAGT 776
Query 778 ACTATTGTCTGATCTGGATCAAGATACGGTGGATTTTGTGGCCAATTTTGATAACTCACA 837
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 ACTATTGTCTGATCTGGACCAAGATACGGTTGATTTTGTGGCCAATTTTGATAACTCACA 836
Query 838 AAAAGAACCAGCAGTGTTGCCTGCTCGTCTTCCTGCTTTGTTGTTGAATGGAGCTTCTGG 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 AAAAGAACCAGCAGTGTTGCCTGCTCGTCTTCCTGCTTTGTTGTTGAATGGAGCTTCTGG 896
Query 898 GATTGCGGTTGGCATGGCAACAAATATTCCCCCTCATAATCTTGGGGAGTTGGTAGACGT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 897 GATTGCGGTTGGCATGGCAACAAATATTCCCCCTCATAATCTTGGGGAGTTGGTAGATGT 956
Query 958 GCTTTGCGCTTTAATCCATAATCCAGAAGCAACGCTGCAAGAACTGCTGGAATACATGCC 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GCTTTGCGCTTTAATCCATAATCCAGAAGCAACGCTGCAAGAACTGCTGGAATACATGCC 1016
Query 1018 TGCACCGGATTTTCCAACTGGAGGAATAATAATGGGAAACCTTGGGGTTTTGGATGCTTA 1077
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TGCACCTGACTTTCCAACTGGAGGAATAATAATGGGAAATCTTGGGGTTTTGGATGCTTA 1076
Query 1078 CCGAACTGGCCGAGGGCGAGTTGTAGTTAGAGGAAAAGCTGAAGTTGAATTGTTGGATCC 1137
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CCGAACTGGCCGAGGGCGTGTTGTAGTTAGAGGAAAAGCTGAAGTTGAATTGTTGGATCC 1136
Query 1138 AAAGACAAAGCGGAATGCAGTTATTATCACAGAGATTCCTTACCAGACAAACAAAGCTAC 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 AAAGACAAAGCGGAATGCAGTTATTATCACAGAGATTCCTTACCAGACAAACAAAGCTAC 1196
Query 1198 ACTTGTCCAGAAGATTGCCGAACTTGTTGAAAATAAGACGCTAGAGGGCATAAGTGACAT 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GCTTGTCCAGAAGATTGCCGAACTTGTTGAAAATAAGACGCTAGAGGGCATAAGTGACAT 1256
Query 1258 ACGTGACGAGAGTGATCGTAATGGGATGCGTGTGGTTATTGAGCTCAAAAGAGGAGGGGA 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1257 ACGTGACGAGAGTGATCGTAATGGGATGCGTGTGGTTATTGAGCTCAAACGAGGAGGGGA 1316
Query 1318 TCCTGCACTTGTGCTTAATAATCTTTACCGGCATACTGCCCTTCAATCAAGCTTCAGCTG 1377
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TCCTGCACTTGTGCTAAATAATCTTTACCGGCATACTGCCCTTCAATCAAGCTTCAGCTG 1376
Query 1378 CAACATGGTGGGTATCTGCGATGGAGAACCCAAGCTAATGGGATTAAAAGAACTACTTCA 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1377 CAACATGGTGGGTATCTGCGATGGAGAACCCAAGCTAATGGGTTTAAAAGAACTACTTCA 1436
Query 1438 GGCATTTATAGATTTCAGGTGTTCTGTCGTCGAAAGGCGTGCAAGATTCAAGCTTTCACA 1497
|||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1437 GGCATTTATAGATTTCAGATGTTCTGTTGCCGAAAGGCGTGCAAGGTTCAAGCTTTCACA 1496
Query 1498 TGCACAACAACGAAAGCATATTATTGAGGGTATTGTGGTTGGGCTTGACAATGTGGACGA 1557
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 TGCACAACAACGAAAACATAATATTGAGGGTATTGTGGTTGGGCTTGACAATGTGGACGA 1556
Query 1558 AGTAATCGAACTCATCACGAAGGCCTCAAGTCATTCCTCTGCTACTGCTGCTTTACAAAG 1617
||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1557 AGTAATCAAACTCATCAAGAACGCCTCAAGTCATTCCTCTGCTAGTGCTGCTTTACAAAG 1616
Query 1618 TGAATATGGTCTTTCTGAGAAACAAGCTGAGGCTATACTGGAGATAACTCTTCGAAGGCT 1677
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TGGGTATGGTCTTTCTGAGAAACAAGCTGAGGCTATACTGGAGATAACTCTTCGAAGGCT 1676
Query 1678 AACTGCTCTTGAGCGGAAAAAGTTTACTGATGAAAGTAGTTCACTAACAGAGCAAATTAC 1737
|||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1677 AACTACTCTTGAGCGGAAAAAGGTTACTGATGAGAGTAGTTCACTGACAGAGCAAATTAC 1736
Query 1738 AAAGTTGGAGCAGCTATTATCAACCCGAACAAACATCCTAAAGTTAATCGAACAAGAAGC 1797
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 AAAGTTGGAGCAGCTATTATCAACCCGAGCAAATATCCTAAAGTTAATCGAACAAGAAGC 1796
Query 1798 AATAGAGCTGAAGGACAGATTCTCAAGTCCCAGGCGTTCAATGTTGGAGGATTCTGACAG 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AATAGAGCTGAAGGACAGATTCTCAAGTCCCAGGCGTTCAATGTTGGAGGATTCTGACAG 1856
Query 1858 TGGTGATCTAGAAGATATAGATGTTATTCCAAATGAAGAGATGCTGATGGCAGTCAGCGA 1917
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1857 TGGTGATCTAGAAGATATAGATGTTATTCCAAATGAAGAGATGCTGATGGCAATCAGCGA 1916
Query 1918 AAAGGGCTATGTGAAGAGAATGAAGGCCGATACATTCAATCTTCAGCATCGTGGAACAAT 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AAAGGGCTATGTGAAGAGAATGAAGGCCGATACATTCAATCTTCAGCATCGTGGAACAAT 1976
Query 1978 TGGCAAATCTGTTGGGAAACTAAGAGTTGATGATGCAATGTCTGACTTTCTTGTTTGTCA 2037
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TGGCAAATCTGTTGGGAAACTGAGAGTTGATGATGCAATGTCTGACTTTCTTGTTTGTCA 2036
Query 2038 TGCACATGACCATGTCCTCTTTTTCAGTGACCGGGGTATAGTTTACTCAACCCGTGCATA 2097
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2037 TGCACATGACCATGTCCTCTTCTTCAGCGACCGGGGTATAGTTTACTCAACCCGTGCGTA 2096
Query 2098 TAAAATTCCAGAATGCTCTCGCAATGCAGCTGGTACACCTTTGGTTCAGATATTATCCAT 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TAAAATTCCAGAATGCTCTCGCAATGCAGCTGGCACTCCTTTGGTTCAGATATTATCCAT 2156
Query 2158 GTCGGAAGGTGAAAGAGTAACCTCCATTGTTCCTGTTAGCGAGTTTGCTGAAGATCGCTA 2217
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GTCAGAAGGTGAAAGAGTAACCTCCATTGTTCCTGTTAGCGAGTTTGCTGAAGATCGCTA 2216
Query 2218 CCTCCTGATGCTTACAGTGAATGGCTGCATCAAGAAAGTATCTTTGAAATTATTTTCAGG 2277
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2217 CCTCCTGATGCTTACTGTGAATGGCTGCATCAAGAAAGTATCGTTGAAATTATTCTCAGG 2276
Query 2278 AATACGCTCAACTGGAATCATAGCAATTCAGTTGAATTCTGGTGATGAACTGAAATGGGT 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 AATACGCTCAACTGGAATCATAGCAATTCAGTTGAATTCTGGTGATGAACTGAAATGGGT 2336
Query 2338 TCGTTGTTGCTCAAGCGACGATCTTGTAGCCATGGCATCCCAAAATGGAATGGTCGCCTT 2397
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||| |||
Sbjct 2337 TCGTTGTTGCTCAAGCGATGATCTTGTGGCCATGGCGTCCCAAAACGGATTGGTCGTCTT 2396
Query 2398 GAGTACATGTGATGGTGTTCGCACACTGAGCAGAAATACAAAGGGAGTGACTGCCATGAG 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 GAGTACATGTGATGGTGTTCGCACACTGAGCAGAAATACAAAGGGAGTGACTGCCATGAG 2456
Query 2458 ACTCAAGAATGAGGATAAGATAGCGAGCATGGACATCATACCTGCATCTCTGCGGAAAGA 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 ACTCAAGAATGAGGATAAGATAGCGAGCATGGACATCATACCTGCATCTCTGCGGAAAGA 2516
Query 2518 TATGGAAGAGAAGTCGGAAGATGCTTCACTTGTGAAACAATCCACGGGTCCATGGCTATT 2577
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2517 TATGGAAGAGAAGTCGGAAGATGCTTCAATTGTAAAACAATCCACCGGTCCATGGCTATT 2576
Query 2578 ATTCGTGTGTGAGAATGGCTATGGAAAGCGTGTTCCTCTGAGTAGCTTCCGGCGTTCGCG 2637
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 ATTCGTGTGTGAGAATGGTTATGGAAAGCGTGTTCCTCTGAGTAGCTTCCGGCGTTCGCG 2636
Query 2638 TCTGAACAGAGTTGGTTTATCTGGATACAAGTTTGCTGAGGATGATCGTTTGGCTGCTGT 2697
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 TTTGAACAGAGTTGGTTTATCTGGATACAAGTTTGCGGAGGATGATCGTTTGGCTGCTGT 2696
Query 2698 TTTCGTTGTTGGTTACTCCTTGGCTGAGGATGGGGAGAGTGATGAGCAAGTAGTTCTGGT 2757
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 TTTCGTGGTTGGTTACTCCTTGGCTGAGGATGGGGAAAGCGATGAGCAAGTAGTTCTGGT 2756
Query 2758 GAGCCAAAGCGGAACTGTGAACCGGATCAAAGTCAGGGATATCTCAATCCAATCTCGCAG 2817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2757 GAGCCAAAGCGGAACTGTGAACCGGATCAAAGTCAGGGATATCTCAATCCAATCCCGCAG 2816
Query 2818 AGCACGGGGAGTGATTCTTATGCGGCTAGATCATGCCGGCAAAATCCAATCTGCATCTCT 2877
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2817 AGCACGGGGAGTGATTCTTATGCGGCTAGATCATGCCGGCAAAATCCAATCTGCTTCTCT 2876
Query 2878 GATCTCTGCAGCAGATGAAGAAGAAACAGAAGGAACTCTAAGTAATGAAGCCGTAGAAGC 2937
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||
Sbjct 2877 GATCTCTGCAGCAGATGAAGAAGAAACAGAAGGAACTCCAACTAATGAAACCTTAGAAGC 2936
Query 2938 CGTTAGCCTGTAAATTTTACAATCCCAATTCCACCAGTTTTTGAGACAATTGTCAAGTTC 2997
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2937 CGTTAGCCTGTAAAGTTTACAATCCCAATTCAACCAGTTTTTGTGACAATTATCAAGTTC 2996
Query 2998 AGTACATAGAGTCTATGTGCT-AACTCTCTTC---ATTTTGtttttttG-TGATGTTACT 3052
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | | || |||||||
Sbjct 2997 AGTACATAGAGTCTATGTGCTTAACTCTCTTCCTCATTTTGTTTTCT-GATG-TGTTACT 3054
Query 3053 ACGAGAAGAGAAAACCATGATCGAAGTTAGTTATTAACATTAATCTGCTTCACATTTTGT 3112
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 3055 ACGA-A-GAGAAAACCATGATCGAAGTTAGTTATTAACATTAATCTACTTTACATTTTGT 3112
Query 3113 TGGGTTTAACTATATACATAT 3133
||||||||| |||||| ||||
Sbjct 3113 TGGGTTTAATTATATAAATAT 3133
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119755730280
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5