BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G10740.1
Length=2478
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478409 jgi|Araly1|478409|fgenesh2_kg.3__1110__AT3G10740.1 3679 0.0
Ahg887324 jgi|Araly1|887324|Al_scaffold_0532_1 1136 0.0
> Ahg478409 jgi|Araly1|478409|fgenesh2_kg.3__1110__AT3G10740.1
Length=2317
Score = 3679 bits (1992), Expect = 0.0
Identities = 2236/2349 (95%), Gaps = 36/2349 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 62 TCAGTAGTCGTCGCTTCTAATCAACTTCCACTTCTTCCACGGAAACAAGCAATTCGATCA 121
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 TCAGTAGTCGTCGCTTCTAATCAACATCCACTTCTTCCACGAAAACAAGCAATTCGATCT 60
Query 122 AACGTGAAAGCAAT-ATT-TAAGATTTTTGTCTCATACTCTAAGCAAGCAATATCCAAAT 179
|||||||||||||| ||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AACGTGAAAGCAATCATTCCAAGA----T-TCTCTTACTCTAAGCAAGCAATATCCAAAC 115
Query 180 AAACATTCTTATACCTCCACTCCTCCTCTGTCTGATTCCTTCACCCAATTCTTGTCTCGT 239
||||||||||||||||||| |||| || || | ||||||| ||||||||||||
Sbjct 116 AAACATTCTTATACCTCCA------CTCT-TC---TT-C-TCACCCATTTCTTGTCTCGT 163
Query 240 TTCCATCAATCCATTGTCTTTGATTCCAGAGGTTCTTGGTTTATTTGGATGTGGTGATTA 299
|||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 164 TTCCATCAATCCTTTGTCTTTCATTCCACAGATTCTTGGTTTATTTGGATGTGGTGATTA 223
Query 300 TGGATATGGAGTCTTGGAAGTTGCTCAGAAGTGTTTGTGTGCTTTCTTTTCTCCTTGGCT 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 224 TGGATATGGAGTCTTGGAAGTTGCTCAGAAGTGTTTGCCTACTTTCTTTTCTCCTTGGCT 283
Query 360 CTTGTTTTGTGTATCAAAGCCTTCGTGTTGTTGATGCTCAAGAAGATCCAAAACCAGCCG 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 CTTGTTTTGTGTATCAAAGCCTTCGTGTTGTTGATGCTCAAGAAGATCCAAAACCAGCCG 343
Query 420 TGACTTTGCAAGTAGATGCTTCTAATGGAGGTGGACGACCCATTCCTGAAACGCTATTTG 479
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 344 TGACTTTGCAAGTAGATGCTTCTAATGGAGCTGGACGACCCATTCCTGAAACGCTATTTG 403
Query 480 GGATTTTCTTCGAGGAGATCAACCATGCTGGTGCCGGTGGATTATGGGCCGAACTTGTTA 539
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 GGATATTCTTCGAGGAGATCAACCATGCTGGTGCCGGTGGATTATGGGCCGAACTTGTTA 463
Query 540 GCAACAGAGGGTTTGAAGCTGGTGGGCAAAACACACCCTCTAATATTTGGCCATGGTCCA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 464 GCAACAGAGGGTTTGAAGCTGGTGGGCAAAACACACCCTCTAATATTTGGCCATGGTCCA 523
Query 600 TTGTTGGTGATCATTCATCCATATATGTAGCTACAGACCGTTCATCATGTTTTGAACGGA 659
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 524 TTGTTGGTGATCATTCATCAATATATGTAGCTACAGACCGTTCATCATGCTTTGAACGGA 583
Query 660 ATAAAATCGCACTGAGAATGGATGTGCTTTGTGATAGCAAAGGTTGTCCATCGGGAGGTG 719
||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 ATAAAATCGCATTGAGAATAGATGTACTTTGTGATAGCAAAGGTTGTCCATCGGGAGGTG 643
Query 720 TCGGAGTTTATAACCCTGGTTACTGGGGCATGAATATTGAAGAAGGAAAGAAGTACAAGG 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 644 TCGGAGTTTATAACCCTGGTTACTGGGGCATGAATATTGAAGAAGGAAAGAAGTACAAGG 703
Query 780 TGGCTCTTTATGTGCGTTCGACTGGTGATATCGATTTGTCTGTGTCGTTGACGAGCTCGA 839
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 TGGCTCTTTATGTGCGTTCAACTGGTGATATCGATGTGTCTGTGTCGTTGACGAGCTCGA 763
Query 840 ATGGATCACGGACTCTTGCTTCTGAAAAGATCATAGCTTCTGCTTCTGATGTTTCGAAAT 899
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 ATGGATCACTGACTCTTGCTTCTGAAAAGATCATAGCTTCTGCTTCTGATGTTTCGAAAT 823
Query 900 GGATTAAAAAAGAGGTTCTTTTGGAGGCAAAA-GCGACCGATCCTAGTGCAAGACTTCAG 958
|||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||
Sbjct 824 GGATTAAAAAAGAGGTTCTTTTGGAGGCAAAAAGT-ACAGATCCTAGTGCAAGACTCCAG 882
Query 959 TTAACAACAACCAAGAAAGGGTCAATATGGATTGACCAAGTCTCGGCCATGCCAGTGGAT 1018
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 883 TTAACAACAACCAAGAAAGGGTCAATATGGATTGACCAAGTCTCCGCCATGCCAGTGGAT 942
Query 1019 ACTCACAAGGGACATGGTTTTAGAAACGATCTTTTCCAAATGATGGCCGATATAAAACCC 1078
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 943 ACTTACAAGGGACATGGTTTTAGAAACGATCTTTTCCAAATGATGGTCGATATAAAACCC 1002
Query 1079 CGTTTCATCCGGTTCCCAGGTGGTTGTTTTGTCGAGGGTGAATGGTTAAGTAATGCCTTC 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 CGTTTCATCCGGTTCCCAGGTGGTTGTTTTGTCGAGGGTGAATGGTTAAGTAATGCCTTC 1062
Query 1139 CGCTGGAAAGAAACCGTAGGACCTTGGGAAGAGAGACCGGGCCATTTTGGTGATGTTTGG 1198
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 CGATGGAAAGAAACTGTAGGACCTTGGGAAGAGAGACCGGGCCATTTTGGTGATGTTTGG 1122
Query 1199 AAGTATTGGACCGATGATGGCCTTGGCCACTTTGAGTTCTTTCAAATGGCAGAAGACATC 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 AAGTATTGGACCGATGATGGCCTTGGCCACTTTGAGTTCTTTCAAATGGCAGAAGACATT 1182
Query 1259 GGTGCAGCCCCGATATGGGTGTTTAACAACGGGATAAGTCACAATGATGAAGTTGAAACT 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 GGTGCAGCCCCGATATGGGTGTTTAACAACGGGATAAGTCACAATGATGAAGTTGAAACT 1242
Query 1319 GCCAGTATCATGCCCTTTGTTCAAGAAGCACTCGACGGTATCGAGTTTGCCCGAGGAGAT 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 GCCAGTATCATGCCCTTTGTTCAAGAAGCACTCGACGGTATCGAGTTTGCCCGAGGAGAT 1302
Query 1379 GCCAATTCTACTTGGGGATCTGTTCGAGCTAAAATGGGACGCCAAGAACCTTTTGAACTT 1438
|| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1303 GCTAATTCTACATGGGGATCAGTTCGAGCTAAAATGGGACGCCAAGAACCGTTTGAACTG 1362
Query 1439 AAATACGTTGCTATTGGAAATGAAGATTGTGGGAAAACTTACTACAGAGGAAACTACATT 1498
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1363 AAATACGTTGCTATTGGGAATGAAGATTGTGGAAAAACTTACTATAGAGGAAACTATATT 1422
Query 1499 GTGTTCTATGATGCTATCAAGAAAGCCTATCCAGATATCAAAATCATCTCCAACTGCGAT 1558
|||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 ATGTTCTATAATGCTATCAAAAAAGCCTATCCAGATATCAAAATCATCTCCAACTGCGAT 1482
Query 1559 GGATCCTCTCATCCACTCGACCACCCAGCTGATTACTATGACTATCACATTTACACTTCT 1618
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 GGATCCTCTCATCCGCTCGACCACCCAGCTGATTACTATGACTATCACATTTACACTTCT 1542
Query 1619 GCTAGCAATTTGTTTTCCATGTATCATCAATTTGATCGCACTTCACGCAAAGGTCCAAAG 1678
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1543 GCTAGCAATTTGTTTTCTATGTATCATCAATTTGACCGCACTTCACGCAGTGGTCCAAAG 1602
Query 1679 GCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTTACTGGAAAAGATGCTGGTACAGGAAGCCTTCTTGCC 1738
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1603 GCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTGACTGGAAAAGATGCTGGTACGGGAAGCCTTCTCGCC 1662
Query 1739 TCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTTGAAATG 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1663 TCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTGGAAATG 1722
Query 1799 GCAAGTTATGCTCCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGATGCAATA 1858
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 GCAAGTTATGCACCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGATGCAATA 1782
Query 1859 GTCTTCAACTCCTCTCATCTATATGGAACACCTAGCTATTGGGTTCAACGGTTTTTTGCA 1918
|||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 1783 GTCTTCAATTCCTCTCATCTATATGGAACTCCAAGCTATTGGGTGCAACGGTTCTTCGCA 1842
Query 1919 GAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCTACTTCTCTTGTT 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1843 GAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCAACTTCTCTTGTC 1902
Query 1979 GCATCTGCTATCTCTTGGAAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCATAAAGGCTGTAAAC 2038
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1903 GCATCTGCAATCTCTTGGGAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCATTAAGGCTGTAAAC 1962
Query 2039 TTCGGAGCTAACTCAGAAAATATGCAAGTGTTGGTAACTGGATTGGACCCGAACGTGATG 2098
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1963 TTCGGAGCTAACTCAGTAAATATGAAAGTGTTGGTAACTGGATTAGACCCGAACGTGATG 2022
Query 2099 AGAGTTTCGGGATCAAAGAAGACAGTACTTACCTCTACCAATGTGATGGATGAAAATTCC 2158
|||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 AGAGTTACAGGATCAAAGAAGACAGTACTTACATCTACCAATGTGATGGATGAAAATTCC 2082
Query 2159 TTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTACCACATGAAAGCTTGCTAGAGTTGGCAGAGGAGGAT 2218
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2083 TTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTGCCACATGAAAGCTTGCTAGAGATGGCAGAGGAGGAT 2142
Query 2219 ATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGTTGAAGGAATCTGCA 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2143 ATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGCTGAAGGAATCTGCA 2202
Query 2279 AAGAT-AAGAATGCCAATCTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTACCACTGTGTGAAG 2337
||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 AAGATTAA-AATGCCAATTTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTACCACTGTGTGAAG 2261
Query 2338 AGAAACAATGACAAGGAAGTATCAACTTTCATGTCAAAAGTCTCTTTGTGGTTCAAATCT 2397
|||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2262 AGAAACAATGACAA-----T-TCA--T-----GTCAAAAGTCTCTTTGTGGTTAAAATCT 2308
Query 2398 AATTACATT 2406
|||||||||
Sbjct 2309 AATTACATT 2317
> Ahg887324 jgi|Araly1|887324|Al_scaffold_0532_1
Length=729
Score = 1136 bits (615), Expect = 0.0
Identities = 693/730 (95%), Gaps = 8/730 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1613 ACTTCTGCTAGCAATTTGTTTTCCATGTATCATCAATTTGATCGCACTTCACGCAAAGGT 1672
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1 ACTTCTGCTAGCAATTTGTTTTCTATGTATCATCAATTTGACCGCACTTCACGCAGTGGT 60
Query 1673 CCAAAGGCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTTACTGGAAAAGATGCTGGTACAGGAAGCCTT 1732
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 CCAAAGGCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTGACTGGAAAAGATGCTGGTACGGGAAGCCTT 120
Query 1733 CTTGCCTCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTT 1792
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCGCCTCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTG 180
Query 1793 GAAATGGCAAGTTATGCTCCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGAT 1852
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GAAATGGCAAGTTATGCACCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGAT 240
Query 1853 GCAATAGTCTTCAACTCCTCTCATCTATATGGAACACCTAGCTATTGGGTTCAACGGTTT 1912
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 GCAATAGTCTTCAATTCCTCTCATCTATATGGAACTCCAAGCTATTGGGTGCAACGGTTC 300
Query 1913 TTTGCAGAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCTACTTCT 1972
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 TTCGCAGAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCAACTTCT 360
Query 1973 CTTGTTGCATCTGCTATCTCTTGGAAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCAT-AA---- 2027
||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 361 CTTGTCGCATCTGCAATCTCTTGGGAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCATCAAGTTG 420
Query 2028 -AGGCTGTAAACTTCGGAGCTAACTCAGAAAATATGCAAGTGTTGGTAACTGGATTGGAC 2086
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 CAGGCTGTAAACTTCGGAGCTAACTCAGTAAATATGAAAGTGTTGGTAACTGGATTAGAC 480
Query 2087 CCGAACGTGATGAGAGTTTCGGGATCAAAGAAGACAGTACTTACCTCTACCAATGTGATG 2146
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 481 CCGAACGTGATGAGAGTTACAGGATCAAAGAAGACAGTACTTACATCTACCAATGTGATG 540
Query 2147 GATGAAAATTCCTTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTACCACATGAAAGCTTGCTAGAGTTG 2206
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 541 GATGAAAATTCCTTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTGCCACATGAAAGCTTGCTAGAGATG 600
Query 2207 GCAGAGGAGGATATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGTTG 2266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 601 GCAGAGGAGGATATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGCTG 660
Query 2267 AAGGAATCTGCAAAGAT-AAGAATGCCAATCTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTAC 2325
||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAGGAATCTGCAAAGATTAA-AATGCCAATTTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTAC 719
Query 2326 CACTGTGTGA 2335
||||||||||
Sbjct 720 CACTGTGTGA 729
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93397280740
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5