BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G11460.1 Length=1872 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg928861 jgi|Araly1|928861|scaffold_301318.1 2939 0.0 > Ahg928861 jgi|Araly1|928861|scaffold_301318.1 Length=1903 Score = 2939 bits (1591), Expect = 0.0 Identities = 1785/1877 (95%), Gaps = 19/1877 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGATCGTCGTTACAAGCTTTGTACGGAACTCCGCCGTCGCTGCGGTGGCTTCGACGCCA 60 |||| ||||||| |||||||||||||||| | || | ||||||||||||||| || Sbjct 21 ATGACCGTCGTTCCAAGCTTTGTACGGAA------C-TC-C-GCGGTGGCTTCGACGTCA 71 Query 61 TGGAACGTACGTTTGAGAGAGCTCGCATATCAGTCATTGTTTTCTGAATCTATATCTCTT 120 |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| Sbjct 72 TGGAACGTGCGTCTGAGAGAGCTCGCATATCAGTCATTGTTCACTGAATCTATCTCTCTT 131 Query 121 TACCGGTCAATGCTCCGTTCTGGTTCTTCTCCCGACGCGTTCTCTTTCCCTTTCATTCTC 180 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 132 TACCGGTCAATGCTCCGTTCAGGTTCTTCTCCCGACGCGTTCTCTTTCCCTTTCATTCTC 191 Query 181 AAGTCTTGTGCTTCCCTTTCGCTCCCTGTCTCCGGCCAACAGCTACATTGCCACGTGACC 240 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | Sbjct 192 AAGTCATGTGCTTCCCTTTCGCTCCCTGTCTCCGGCCAACAGCTCCATTGCCACGTGATC 251 Query 241 AAAGGCGGTTGCG-AGACTGAGCCGTTTGTACTAACGGCTCTGATCTCAATGTATTGTAA 299 | ||| ||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 252 AGAGGGGGTTGCGAAG-CTGAGCCCTTTGTGCTGACGGCTCTGATCTCTATGTACTGTAA 310 Query 300 ATGCGGTTTGGTTGCA-GATGCACGTAAAGTGTTCGAAGAAAATCCTCAGTCAAGTCAGC 358 |||||||||||| | | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 311 ATGCGGTTTGGTAG-AGGATGCACGCAAGGTGTTCGAAGAAAATCCTCAGTCAAGTCAGC 369 Query 359 TTAGTGTTTGTTACAATGCTTTGATATCTGGGTACACAGCAAACTCGAAGGTCACTGATG 418 || ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| Sbjct 370 TTGGTGTTTGTTACAACGCTTTAATATCTGGGTATACAGCAAACTCGAAGGTCTCTGATG 429 Query 419 CTGCGTATATGTTTCGTAGAATGAAGGAAACTGGTGTGTCTGTGGATTCAGTTACAATGC 478 |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | Sbjct 430 CTGCGTTTATGTTTCGTAGAATGAAGGAAACTGGCGTATCTGTGGATTCAGTTACAATAC 489 Query 479 TTGGGCTTGTCCCGCTATGCACGGTTCCTGAATACCTCTGGCTTGGGAGGTCTCTTCACG 538 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 490 TTGGGCTTGTCCCGCTTTGCACGGTTCCTGAATACCTCTGGCTTGGGAGGTCTCTTCACG 549 Query 539 GTCAATGTGTTAAAGGAGG-ACTGGATTCTGAAGTAGCTGTTTTGAATAGTTTCATCACA 597 || |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 550 GTGAATGTGTTAAAGGAGGAAC-ATATTCTGAAGTAGCTGTTTTGAATAGTTTCATCACG 608 Query 598 ATGTACATGAAATGCGGGTCGGTAGAAGCTGGTAGGAGGTTGTTTGATGAGATGCCTGTG 657 ||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 609 ATGTACATGAAATGCGGGTCGGTAGAATCGGGTACGAGGTTGTTCGATGAGATGCCTGTG 668 Query 658 AAGGGTTTGATTACTTGGAATGCTGTGATTTCTGGATATTCACAGAACGGGCTAGCTTAC 717 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 669 AAGGGTTTGATTACCTGGAATGCTGTGATTTCTGGATATTCACAGAACGGGCTAGCTTAC 728 Query 718 GATGTTCTGGAACTTTATGAGCAGATGAAATCATCGGGTGTTTGTCCTGATCCTTTTACA 777 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 729 GATGTTCTGGAACTTTATGAGCAGATGAAATCATCGGGTGTTTGTCCTGATCCTTTTACA 788 Query 778 TTGGTTAGTGTTCTGTCTTCTTGTGCCCATCTTGGAGCTAAGAAGATTGGTCACGAAGTA 837 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 789 TTGGTTAGTGTTTTGTCTTCTTGTGCCCATCTTGGAGCCAAGAAGATTGGTCACGAAGTA 848 Query 838 GGGAAGTTAGTAGAATCCAATGGTTTTGTACCAAATGT-TTTTGTAAGCAATGCATCGAT 896 ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||| Sbjct 849 GGGGAGTTAGTAGAAGCCAATGGTTTTGCACCAAATGTGTTTT-TAAGCAATGCATTGAT 907 Query 897 TAGCATGTATGCTAGATGCGGTAACTTGGCAAAGGCACGTGCTGTTTTCGACATCATGCC 956 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 908 TAGTATGTATGCTAGATGCGGTAACTTGGCAAAGGCACGTGCTGTTTTCGACATCATGCC 967 Query 957 TGTAAAAAGCTTAGTTTCATGGACCGCCATGATTGGTTGCTATGGGATGCATGGAATGGG 1016 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 968 TGTAAAAAGCTTAGTTTCATGGACCGCCATGATAGGTTGTTATGGGATGCATGGAATGGG 1027 Query 1017 AGAGATTGGGCTTATGCTTTTTGATGATATGATAAAAAGAGGCATAAGACCAGATGGGGC 1076 ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 1028 AGAGACTGGTCTTACGCTTTTTGATGATATGATAAAAAGAGGCATAAGACCCGATGGAGC 1087 Query 1077 GGTGTTTGTAATGGTTTTATCTGCTTGCAGCCATTCAGGGCTAACGGATAAAGGTTTAGA 1136 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1088 GGTGTTTGTAATGGTTTTATCTGCTTGCGGCCATTCAGGGCTAACAGATAAAGGTTTAGA 1147 Query 1137 GTTATTTAGAGCGATGAAGAGAGAGTATAAGCTGGAGCCTGGTCCTGAACACTACTCTTG 1196 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1148 GTTATTTAGTGCGATGAAGAGAGAGTATAAGCTGGAGCCTGGTCCTGAACACTACTCTTG 1207 Query 1197 TTTAGTTGATCTACTCGGAAGAGCTGGTCGGCTAGATGAAGCCATGGAGTTTATAGAGTC 1256 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || Sbjct 1208 CTTAGTTGATCTACTCGGAAGAGCTGGTCGACTAGATGAAGCCATGGAGTTTATAAATTC 1267 Query 1257 AATGCCTGTTGAACCGGACGGTGCTGTTTGGGGTGCTCTATTGGGTGCTTGTAAAATCCA 1316 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 1268 AATGCCTGTTGAACCGGACGGTGCTGTTTGGGGTGCTCTCTTGGGTGCATGTAAAATCCA 1327 Query 1317 TAAGAATGTGGATATGGCAGAGTTAGCTTTTGCAAAGGTGATTGAGTTTGAACCCAAT-A 1375 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | Sbjct 1328 TAAGAATGTGGATATGGCAGAGTTAGCTTTTGCAAAGGTGATTGAGTTTGAACCCA-TGA 1386 Query 1376 ACATTGGCTACTATGTATTGATGTCAAATATATATTCAGACTCGAAAAACCAAGAAGGAA 1435 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1387 ACATTGGCTACTATGTATTGATGTCAAATATATATTTAGACTCGAAAAACCAAGAAGGAA 1446 Query 1436 TCTGGAGAATCCGGGTAATGATGAGAGAGAGAGCATTCAGGAAAAAGCCTGGGTATAGTT 1495 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1447 TCTGGAGAATCCGGGTAATGATGAGAGAGAGAGCATTCAGGAAAAAGCCTGGGTATAGTT 1506 Query 1496 ATGTGGAACACAAGGGAAGAGTTCACTTGTTTTTAGCTGGCGATAGAAGTCATGAGCAAA 1555 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1507 ATGTGGAACACAAGGGAAAAGTTCACTTGTTTTTAGCTGGCGATAGAAGTCATGAGCAAA 1566 Query 1556 CAGAGGAAGTCCATAGAATGTTGGATGAGTTAGAGACTTCTGTGATGGAGCTTGCGGGAA 1615 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1567 CAGAGGAAGTCCATAGAATGTTGGATGAGTTAGAGACTTCTGTGATGGAGCTTGCAGGAA 1626 Query 1616 ACATGGACTGTGATAGAGGCGAAGAGGTTTCGAGCACTACCCGTGAGCATAGCGAGAGGT 1675 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1627 ACATGGACTGTGATAGAGGCGAAGAGGTTTCGAGCACTACCCGTGAGCATAGCGAGAGGT 1686 Query 1676 TAGCAATAGCTTTTGGGATTCTCAACAGTATTCCAGGCACAGAAATTCTTGTGATAAAGA 1735 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1687 TAGCAATAGCTTTTGGGATTCTCAACAGTATTCCAGGCACAGAAATTCTCGTGATAAAGA 1746 Query 1736 ATTTGAGGGTTTGTGAAGATTGTCATGTGTTCCTCAAGCAGGTTAGCAAGATTGTAGATC 1795 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1747 ATTTGAGGGTTTGTGAAGATTGTCATGTGTTTATCAAGCTGGTTAGCAAGATTGTAGATC 1806 Query 1796 GCCAGTTTGTTGTAAGGGATGCATCTCGGTTCCACTATTTCAAAGACGGGGTCTGCTCGT 1855 ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1807 GCCGGTTTGTTGTAAGAGATGCATCTCGGTTCCACTATTTCAAAGACGGGGTCTGCTCGT 1866 Query 1856 GCAAAGATTACTGGTGA 1872 ||||||||||||||||| Sbjct 1867 GCAAAGATTACTGGTGA 1883 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 70314592270 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5