BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G11460.1
Length=1872
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg928861 jgi|Araly1|928861|scaffold_301318.1 2939 0.0
> Ahg928861 jgi|Araly1|928861|scaffold_301318.1
Length=1903
Score = 2939 bits (1591), Expect = 0.0
Identities = 1785/1877 (95%), Gaps = 19/1877 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATCGTCGTTACAAGCTTTGTACGGAACTCCGCCGTCGCTGCGGTGGCTTCGACGCCA 60
|||| ||||||| |||||||||||||||| | || | ||||||||||||||| ||
Sbjct 21 ATGACCGTCGTTCCAAGCTTTGTACGGAA------C-TC-C-GCGGTGGCTTCGACGTCA 71
Query 61 TGGAACGTACGTTTGAGAGAGCTCGCATATCAGTCATTGTTTTCTGAATCTATATCTCTT 120
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 72 TGGAACGTGCGTCTGAGAGAGCTCGCATATCAGTCATTGTTCACTGAATCTATCTCTCTT 131
Query 121 TACCGGTCAATGCTCCGTTCTGGTTCTTCTCCCGACGCGTTCTCTTTCCCTTTCATTCTC 180
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 132 TACCGGTCAATGCTCCGTTCAGGTTCTTCTCCCGACGCGTTCTCTTTCCCTTTCATTCTC 191
Query 181 AAGTCTTGTGCTTCCCTTTCGCTCCCTGTCTCCGGCCAACAGCTACATTGCCACGTGACC 240
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 192 AAGTCATGTGCTTCCCTTTCGCTCCCTGTCTCCGGCCAACAGCTCCATTGCCACGTGATC 251
Query 241 AAAGGCGGTTGCG-AGACTGAGCCGTTTGTACTAACGGCTCTGATCTCAATGTATTGTAA 299
| ||| ||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 252 AGAGGGGGTTGCGAAG-CTGAGCCCTTTGTGCTGACGGCTCTGATCTCTATGTACTGTAA 310
Query 300 ATGCGGTTTGGTTGCA-GATGCACGTAAAGTGTTCGAAGAAAATCCTCAGTCAAGTCAGC 358
|||||||||||| | | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 ATGCGGTTTGGTAG-AGGATGCACGCAAGGTGTTCGAAGAAAATCCTCAGTCAAGTCAGC 369
Query 359 TTAGTGTTTGTTACAATGCTTTGATATCTGGGTACACAGCAAACTCGAAGGTCACTGATG 418
|| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 370 TTGGTGTTTGTTACAACGCTTTAATATCTGGGTATACAGCAAACTCGAAGGTCTCTGATG 429
Query 419 CTGCGTATATGTTTCGTAGAATGAAGGAAACTGGTGTGTCTGTGGATTCAGTTACAATGC 478
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |
Sbjct 430 CTGCGTTTATGTTTCGTAGAATGAAGGAAACTGGCGTATCTGTGGATTCAGTTACAATAC 489
Query 479 TTGGGCTTGTCCCGCTATGCACGGTTCCTGAATACCTCTGGCTTGGGAGGTCTCTTCACG 538
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 TTGGGCTTGTCCCGCTTTGCACGGTTCCTGAATACCTCTGGCTTGGGAGGTCTCTTCACG 549
Query 539 GTCAATGTGTTAAAGGAGG-ACTGGATTCTGAAGTAGCTGTTTTGAATAGTTTCATCACA 597
|| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 GTGAATGTGTTAAAGGAGGAAC-ATATTCTGAAGTAGCTGTTTTGAATAGTTTCATCACG 608
Query 598 ATGTACATGAAATGCGGGTCGGTAGAAGCTGGTAGGAGGTTGTTTGATGAGATGCCTGTG 657
||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 609 ATGTACATGAAATGCGGGTCGGTAGAATCGGGTACGAGGTTGTTCGATGAGATGCCTGTG 668
Query 658 AAGGGTTTGATTACTTGGAATGCTGTGATTTCTGGATATTCACAGAACGGGCTAGCTTAC 717
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 AAGGGTTTGATTACCTGGAATGCTGTGATTTCTGGATATTCACAGAACGGGCTAGCTTAC 728
Query 718 GATGTTCTGGAACTTTATGAGCAGATGAAATCATCGGGTGTTTGTCCTGATCCTTTTACA 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 729 GATGTTCTGGAACTTTATGAGCAGATGAAATCATCGGGTGTTTGTCCTGATCCTTTTACA 788
Query 778 TTGGTTAGTGTTCTGTCTTCTTGTGCCCATCTTGGAGCTAAGAAGATTGGTCACGAAGTA 837
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 789 TTGGTTAGTGTTTTGTCTTCTTGTGCCCATCTTGGAGCCAAGAAGATTGGTCACGAAGTA 848
Query 838 GGGAAGTTAGTAGAATCCAATGGTTTTGTACCAAATGT-TTTTGTAAGCAATGCATCGAT 896
||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||
Sbjct 849 GGGGAGTTAGTAGAAGCCAATGGTTTTGCACCAAATGTGTTTT-TAAGCAATGCATTGAT 907
Query 897 TAGCATGTATGCTAGATGCGGTAACTTGGCAAAGGCACGTGCTGTTTTCGACATCATGCC 956
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 TAGTATGTATGCTAGATGCGGTAACTTGGCAAAGGCACGTGCTGTTTTCGACATCATGCC 967
Query 957 TGTAAAAAGCTTAGTTTCATGGACCGCCATGATTGGTTGCTATGGGATGCATGGAATGGG 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 968 TGTAAAAAGCTTAGTTTCATGGACCGCCATGATAGGTTGTTATGGGATGCATGGAATGGG 1027
Query 1017 AGAGATTGGGCTTATGCTTTTTGATGATATGATAAAAAGAGGCATAAGACCAGATGGGGC 1076
||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1028 AGAGACTGGTCTTACGCTTTTTGATGATATGATAAAAAGAGGCATAAGACCCGATGGAGC 1087
Query 1077 GGTGTTTGTAATGGTTTTATCTGCTTGCAGCCATTCAGGGCTAACGGATAAAGGTTTAGA 1136
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1088 GGTGTTTGTAATGGTTTTATCTGCTTGCGGCCATTCAGGGCTAACAGATAAAGGTTTAGA 1147
Query 1137 GTTATTTAGAGCGATGAAGAGAGAGTATAAGCTGGAGCCTGGTCCTGAACACTACTCTTG 1196
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 GTTATTTAGTGCGATGAAGAGAGAGTATAAGCTGGAGCCTGGTCCTGAACACTACTCTTG 1207
Query 1197 TTTAGTTGATCTACTCGGAAGAGCTGGTCGGCTAGATGAAGCCATGGAGTTTATAGAGTC 1256
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1208 CTTAGTTGATCTACTCGGAAGAGCTGGTCGACTAGATGAAGCCATGGAGTTTATAAATTC 1267
Query 1257 AATGCCTGTTGAACCGGACGGTGCTGTTTGGGGTGCTCTATTGGGTGCTTGTAAAATCCA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1268 AATGCCTGTTGAACCGGACGGTGCTGTTTGGGGTGCTCTCTTGGGTGCATGTAAAATCCA 1327
Query 1317 TAAGAATGTGGATATGGCAGAGTTAGCTTTTGCAAAGGTGATTGAGTTTGAACCCAAT-A 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1328 TAAGAATGTGGATATGGCAGAGTTAGCTTTTGCAAAGGTGATTGAGTTTGAACCCA-TGA 1386
Query 1376 ACATTGGCTACTATGTATTGATGTCAAATATATATTCAGACTCGAAAAACCAAGAAGGAA 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 ACATTGGCTACTATGTATTGATGTCAAATATATATTTAGACTCGAAAAACCAAGAAGGAA 1446
Query 1436 TCTGGAGAATCCGGGTAATGATGAGAGAGAGAGCATTCAGGAAAAAGCCTGGGTATAGTT 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 TCTGGAGAATCCGGGTAATGATGAGAGAGAGAGCATTCAGGAAAAAGCCTGGGTATAGTT 1506
Query 1496 ATGTGGAACACAAGGGAAGAGTTCACTTGTTTTTAGCTGGCGATAGAAGTCATGAGCAAA 1555
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 ATGTGGAACACAAGGGAAAAGTTCACTTGTTTTTAGCTGGCGATAGAAGTCATGAGCAAA 1566
Query 1556 CAGAGGAAGTCCATAGAATGTTGGATGAGTTAGAGACTTCTGTGATGGAGCTTGCGGGAA 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1567 CAGAGGAAGTCCATAGAATGTTGGATGAGTTAGAGACTTCTGTGATGGAGCTTGCAGGAA 1626
Query 1616 ACATGGACTGTGATAGAGGCGAAGAGGTTTCGAGCACTACCCGTGAGCATAGCGAGAGGT 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 ACATGGACTGTGATAGAGGCGAAGAGGTTTCGAGCACTACCCGTGAGCATAGCGAGAGGT 1686
Query 1676 TAGCAATAGCTTTTGGGATTCTCAACAGTATTCCAGGCACAGAAATTCTTGTGATAAAGA 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1687 TAGCAATAGCTTTTGGGATTCTCAACAGTATTCCAGGCACAGAAATTCTCGTGATAAAGA 1746
Query 1736 ATTTGAGGGTTTGTGAAGATTGTCATGTGTTCCTCAAGCAGGTTAGCAAGATTGTAGATC 1795
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 ATTTGAGGGTTTGTGAAGATTGTCATGTGTTTATCAAGCTGGTTAGCAAGATTGTAGATC 1806
Query 1796 GCCAGTTTGTTGTAAGGGATGCATCTCGGTTCCACTATTTCAAAGACGGGGTCTGCTCGT 1855
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 GCCGGTTTGTTGTAAGAGATGCATCTCGGTTCCACTATTTCAAAGACGGGGTCTGCTCGT 1866
Query 1856 GCAAAGATTACTGGTGA 1872
|||||||||||||||||
Sbjct 1867 GCAAAGATTACTGGTGA 1883
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70314592270
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5