BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G11540.1
Length=3788
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478494 jgi|Araly1|478494|fgenesh2_kg.3__1195__AT3G11540.1 4940 0.0
> Ahg478494 jgi|Araly1|478494|fgenesh2_kg.3__1195__AT3G11540.1
Length=3576
Score = 4940 bits (2675), Expect = 0.0
Identities = 2893/2996 (97%), Gaps = 23/2996 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 770 TACACTTTCTTATGCCAATATTCTTCGGGCAAGAAACAAGTTTGCTGATGCGCTTGCTCT 829
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 TACACTTTCTTATGCCAATATCCTTCGGGCAAGAAACAAGTTTGCTGATGCGCTTGCTCT 661
Query 830 CTATGAGGCTATGCTGGAGAAAGATAGCAAGAATGTTGAAGCTCACATTGGAAAAGGGAT 889
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 CTATGAGGCTATGCTGGAGAAAGATAGCAAGAATGTGGAAGCTCACATTGGAAAAGGGAT 721
Query 890 ATGCTTGCAGACGCAGAACAAAGGGAATCTAGCTTTCGATTGTTTTTCTGAAGCGATCAG 949
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 ATGCTTGCAGACACAGAACAAAGGGAATCTAGCTTTCGATTGTTTTTCTGAAGCGATCAG 781
Query 950 GTTGGATCCGCATAATGCTTGTGCCCTTACACACTGTGGTATACTTCATAAAGAAGAAGG 1009
||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 782 GTTGGATCCTCACAATGCTTGTGCCCTCACGCACTGTGGTATACTCCATAAAGAAGAAGG 841
Query 1010 ACGCCTCGTAGAAGCTGCTGAGTCCTACCAGAAAGCATTGATGGCAGATGCATCATACAA 1069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 ACGCCTCGTAGAAGCTGCTGAGTCCTACCAGAAAGCACTGATGGCAGATGCATCATACAA 901
Query 1070 GCCAGCAGCAGAGTGTTTAGCCATTGTTTTGACCGACCTTGGAACTAGCCTGAAGCTGGC 1129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 GCCAGCAGCAGAGTGTTTAGCCATTGTTTTGACCGACCTTGGAACTAGCCTGAAGCTGGC 961
Query 1130 TGGGAATACTCAGGAAGGAATTCAAAAGTATTACGAAGCCCTTAAGATTGACCCACACTA 1189
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 TGGGAATACTCAGGAGGGAATTCAAAAGTATTACGAAGCCCTTAAGATTGACCCACACTA 1021
Query 1190 TGCTCCTGCATATTACAACTTAGGTGTTGTATACTCCGAAATGATGCAATATGACAATGC 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TGCTCCTGCATATTACAACTTAGGTGTTGTATACTCCGAAATGATGCAATATGACAATGC 1081
Query 1250 CTTGAGCTGCTACGAGAAGGCTGCACTTGAGAGGCCTATGTATGCTGAAGCATATTGTAA 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 CTTGAGCTGCTACGAGAAGGCTGCACTTGAGAGGCCTATGTATGCTGAAGCATATTGTAA 1141
Query 1310 CATGGGTGTCATTTATAAGAACCGTGGTGACTTGGAGATGGCAATCACTTGTTATGAGAG 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 CATGGGTGTCATTTATAAGAACCGTGGTGACTTGGAGATGGCAATCACTTGTTATGAGAG 1201
Query 1370 ATGTCTAGCTGTGTCTCCAAACTTTGAGATTGCGAAGAACAATATGGCCATAGCTCTGAC 1429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 ATGTCTAGCTGTGTCTCCAAACTTTGAGATTGCGAAGAACAATATGGCCATAGCTCTGAC 1261
Query 1430 AGATTTAGGAACAAAGGTTAAACTTGAAGGCGATGTAACCCAAGGAGTGGCATATTACAA 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 AGATTTAGGAACAAAGGTTAAACTTGAAGGCGATGTAACCCAAGGAGTGGCATATTACAA 1321
Query 1490 GAAGGCTCTCTATTATAACTGGCACTATGCAGATGCTATGTACAATCTTGGGGTGGCTTA 1549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 GAAGGCTCTCTATTATAACTGGCACTATGCAGATGCTATGTACAATCTTGGGGTGGCTTA 1381
Query 1550 TGGAGAAATGCTAAAGTTCGACATGGCGATTGTCTTCTATGAGCTTGCTTTCCACTTTAA 1609
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1382 TGGTGAAATGCTAAAGTTCGACATGGCGATTGTCTTCTATGAGCTTGCTTTCCACTTCAA 1441
Query 1610 TCCACATTGTGCTGAGGCTTGCAACAATTTGGGAGTACTTTACAAAGACCGTGACAACCT 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 TCCACATTGTGCTGAGGCTTGCAACAATTTGGGAGTACTTTACAAAGACCGTGACAACCT 1501
Query 1670 TGATAAAGCTGTGGAGTGTTATCAGATGGCTCTATCAATCAAACCAAATTTTGCACAGTC 1729
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1502 TGATAAAGCTGTAGAGTGTTATCAGATGGCTCTATCAATCAAACCAAATTTCGCACAGTC 1561
Query 1730 GCTTAATAACCTTGGTGTCGTCTATACAGTCCAGGGGAAAATGGATGCTGCTGCCAGCAT 1789
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 GCTTAATAACCTTGGTGTCGTCTACACAGTCCAGGGAAAAATGGATGCTGCTGCCAGCAT 1621
Query 1790 GATTGAGAAGGCTATACTTGCTAATCCCACATATGCAGAAGCTTTTAACAACCTAGGTGT 1849
||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 GATCGAGAAGGCCATACTTGCAAATCCCACCTATGCAGAAGCTTTTAACAACCTAGGTGT 1681
Query 1850 TCTTTACAGAGATGCTGGAAATATAACTATGGCTATCGATGCTTATGAGGAATGCCTTAA 1909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 TCTTTACAGAGATGCTGGAAATATAACTATGGCTATCGATGCTTATGAGGAATGCCTTAA 1741
Query 1910 GATAGATCCAGATTCTCGCAATGCTGGCCAGAACCGATTGCTTGCCATGAATTACATAAA 1969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1742 GATAGATCCAGATTCTCGCAATGCTGGCCAGAACCGATTGCTTGCCATGAACTACATAAA 1801
Query 1970 TGAAGGACTCGATGACAAACTATTTGAGGCTCACAGAGACTGGGGTTGGCGCTTCACAAG 2029
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 TGAAGGACTCGATGACAAACTATATGAGGCTCACAGAGACTGGGGTTGGCGCTTCACAAG 1861
Query 2030 ATTACACCCTCAATACACTTCATGGGATAATCTGAAAGATCCAGAGCGACCTATCACCAT 2089
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 ATTACACCCTCAGTACACTTCATGGGACAATCTGAAAGATCCAGAGCGACCTATCACCAT 1921
Query 2090 TGGATATATCTCACCAGATTTCTTCACTCATTCAGTATCTTATTTCATTGAAGCTCCCCT 2149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 TGGATATATCTCACCAGATTTCTTCACTCATTCAGTATCTTATTTCATTGAAGCTCCCCT 1981
Query 2150 TACGCATCATGATTATACAAAGTACAAAGTGGTGGTTTATTCAGCGGTAGTTAAGGCAGA 2209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 TACGCATCATGATTATACAAAGTACAAAGTGGTGGTTTATTCAGCGGTAGTTAAGGCAGA 2041
Query 2210 TGCAAAAACATACAGGTTTAGGGATAAAGTGTTGAAGAAAGGTGGAGTTTGGAAGGATAT 2269
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 TGCAAAAACATACAGGTTTAGGGATAAAGTGTTAAAGAAAGGTGGAGTTTGGAAGGATAT 2101
Query 2270 ATACGGGATAGATGAGAAAAAGATAGCAAGTATGGTCAGAGAGGACAAAATCGACATTTT 2329
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2102 ATACGGAATAGATGAGAAAAAGATAGCAAGTATGGTCAGAGAAGACAAAATCGACATTTT 2161
Query 2330 GGTAGAACTCACTGGTCATACGGCAAACAACAAGTTGGGAACAATGGCCTGCAGACCAGC 2389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 GGTAGAACTCACTGGTCATACGGCAAACAACAAGTTGGGAACAATGGCCTGCAGACCAGC 2221
Query 2390 ACCGGTTCAGGTTACTTGGATCGGCTATCCAAATACTACGGGTTTGCCCACTGTTGATTA 2449
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2222 ACCTATTCAGGTTACTTGGATCGGCTATCCAAATACTACGGGTTTGCCCACGGTTGATTA 2281
Query 2450 CAGAATTACAGATTCGTTGGCTGATCCACCAGATACCAAACAAAAGCAGGTCGAGGAGCT 2509
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2282 CAGAATTACAGATTCGTTGGCTGATCCACCAGATACCAAACAGAAGCAGGTCGAGGAGCT 2341
Query 2510 GGTTAGGCTTCCGGACTGTTTTCTTTGTTATACACCTTCCCCAGAGGCTGGTCCTGTTTG 2569
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2342 GGTTAGGCTTCCCGAGTGTTTTCTTTGTTATACACCTTCCCCAGAGGCTGGTCCTGTTTG 2401
Query 2570 TCCAACACCTGCGCTTTCTAATGGCTTTGTCACATTTGGTAGTTTCAACAACCTCGCAAA 2629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2402 TCCAACACCTGCGCTTTCTAATGGCTTTGTCACATTTGGTAGTTTCAACAATCTCGCAAA 2461
Query 2630 GATAACTCCTAAGGTGCTGCAAGTGTGGGCTAGGATACTGTGTGCAGTTCCCAATTCTCG 2689
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2462 GATCACTCCTAAGGTGCTGCAAGTGTGGGCTAGGATACTTTGTGCAGTTCCCAATTCTCG 2521
Query 2690 TCTAGTGGTAAAATGCAAACCTTTCTGCTGCGATAGCATTAGGCAGAGGTTTCTCACCAC 2749
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2522 TCTGGTGGTAAAATGCAAACCTTTCTGCTGCGATAGCATTAGGCAGAGGTTTCTCACAAC 2581
Query 2750 GCTGGAGCAGCTTGGGTTAGAATCAAAGCGTGTTGATCTCTTGCCTTTGATTCTTTTCAA 2809
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2582 GCTGGAGCAGCTTGGGCTAGAATCAAAGCGTGTTGATCTCTTGCCGTTGATTCTTTTCAA 2641
Query 2810 TCACGACCATATGCAAGCCTATTCCTTGATGGATATTAGTTTGGACACATTCCCTTATGC 2869
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2642 CCACGACCATATGCAAGCTTATTCCTTAATGGATATTAGTTTGGACACATTCCCTTATGC 2701
Query 2870 TGGAACTACCACTACCTGTGAGTCTCTCTACATGGGAGTTCCATGTGTTACAATGGCTGG 2929
|||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2702 TGGAACGACGACTACTTGTGAATCTCTCTACATGGGAGTTCCATGTGTTACAATGGCTGG 2761
Query 2930 CTCAGTACATGCTCATAATGTTGGTGTCAGTCTTCTCACTAAAGTTGGATTAGGACACCT 2989
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2762 CTCAGTACACGCTCATAATGTTGGTGTCAGTCTTCTCACTAAAGTTGGATTAGGACACCT 2821
Query 2990 GGTTGCCAAAAATGAGGATGAGTATGTTCAGCTATCTGTTGATCTAGCCTCTGATGTCAC 3049
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2822 GGTTGCCAAAAATGAGGATGAGTATGTTCAGTTATCTGTTGATCTAGCCTCTGATGTCAC 2881
Query 3050 AGCTCTTTCTAAATTGAGAATGAGTCTCCGGGATCTAATGGCTGGATCTCCTGTTTGTAA 3109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2882 AGCTCTTTCTAAATTGAGAATGAGTCTCCGGGATCTAATGGCTGGATCTCCTGTTTGTAA 2941
Query 3110 TGGTCCTTCCTTTGCTGTTGGTCTTGAATCCGCATATCGGAATATGTGGAAAAAGTACTG 3169
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2942 TGGTCCTTCCTTTGCTGTTGCTCTTGAATCCGCATATCGGAATATGTGGAAAAAGTACTG 3001
Query 3170 CAAAGGTGAAGTGCCGTCCTTAAGGCGAATGGAAATGCTGCAAAAAGAGGTCCATGATGA 3229
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3002 CAAAGGTGAAGTACCGTCCTTAAGGCGAATGGAAATGCTGCAAAAAGAGGTCCAAGATGA 3061
Query 3230 TCCCTTAATCTCAAAAGACTTGGGACCATCAAGAGTCAGCGTTACTGGAGAAGCCACTCC 3289
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3062 TCCCTTAATCTCGAAAGACTCGGGACCATCAAGACTCAGCGTTACTGGAGAAGCCACTCC 3121
Query 3290 GTCTCTCAAGGCCAATGGTTCTGCTCCTGTACCTTCCTCTTTACCAACCCAATCCCCGCA 3349
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3122 GTCTATCAAGGCCAATGGTTCTGCTCCTGTACCTTCTTCTTTACCAACCCAATCCCCGCA 3181
Query 3350 GCTCTCAAAGAGAATGGACTCCACTAGCTAGATAACCAGCAAATCGAGCTGCTGCGAAAT 3409
| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 3182 GATCTCAAAGAGAATGGACTCCACTAGTTAGATACCCGGCAAATCAAGCTGCTGCAAAAT 3241
Query 3410 GCCGGCAGAGAGTCTTGACCCATCTGGAAAAGGTGTGAAAGAAAGAGTCGATGAGCTTTT 3469
||||| || || | | | |||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 3242 GCCGG--GA-AG-C--G--------G-------TGTGAAAGAAAGAGTCCATGAGCTCTT 3280
Query 3470 CCTGCTATTTACTTCCAAGACAATAGGAACTAGACTTTAGATTACTGCTTGTGTAGTAAA 3529
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3281 CCTGCTTTTTACTTCCAAGACTATAGGAACTAGACTTTAGATTACTGCTTGTGTAGTAAA 3340
Query 3530 AAGAATAGTAAAACCAGCTCTTTCTTTTGTTGTATCTCTTTCTACTCTTAGTTTAGCTTT 3589
||||| || ||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 3341 AAGAACAGAAAAACCACCTCTTTCTTTTGTTCCGTCTCCTTCCACTCTTAGTTTAGCTTT 3400
Query 3590 ACATGATTCTTGGGAAGTCGTTAGGTGGTAGTGGATTTGGAGTTTTTCTTCTCATTTGAG 3649
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3401 ACATGATTCTTGGGAAGTCGTTAGGTGGAAGTGGATTTGGAGTTTTTCTTCTCATTTGAG 3460
Query 3650 AGATCAAGTTGTTGTGTATCGATTAGGGTTTTAAGGCTTTTTAGGATGTTTTCATGTGTT 3709
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3461 AGATCAAGTTGTTGTGTATCAATTAGGGTTTCAAGGCTTTTTAGGATGTTTTCATGTGTT 3520
Query 3710 GGATTTTGACTCATATGATAGTAAATATAGTTATAG--AAAGCTTTTCGGTGCCTT 3763
||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3521 GGATTTTGAATCATATTATAGTAAATATAGTTATAGCCAAAGCTTTTCGGTGCCTT 3576
Score = 510 bits (276), Expect = 2e-143
Identities = 508/608 (84%), Gaps = 64/608 (11%)
Strand=Plus/Plus
Query 119 ATTTTCTTGCATATCTGGA-GAT-TTTTGTTTCTTTATTACAATGACTAATT--AATTTA 174
|||||||||||||||| || | | || | |||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 46 ATTTTCTTGCATATCTAGAGGGTATTAT-TTTCTTTATTAC-ATGACTAATTCCCTTTTT 103
Query 175 CCTTGTTCCTTTTTATTTTTGCAAAATGATTACTGTTATCTATTTTGTCCGTTTCTAATA 234
|||| || ||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |
Sbjct 104 CCTTTTTTATTTTT-TTTTAGCAAAATTATTACTGTTGTCTATTTTGTCCGTTT-T--T- 158
Query 235 AAATAAAATAACAATCTGAGCTGTGGAAAGaaaaaaaaaGGAA--AAGCGAGGAGAGCTA 292
|||| |||||| || | ||| ||| |||||| || || |||| ||||||||||
Sbjct 159 CAATACAATAAC-AT-T--TTTGT-TAAA-AAAAAATAA-CAATGAAGCCAGGAGAGCTA 211
Query 293 ATCTGAGTCGTTGCCTCTGTCCACTGGCTCGGACCGACCTCGTACCTCTTTCATTTGTCC 352
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 212 ATCTGAGTCGTTGCCTCTGTCCACTGGCTCGGACCGACCTCGTACCTCTT-CGTTTGTCC 270
Query 353 TCG--AGCTTATAATAGAGGCTACGCCGTCGCCGCCACCTCCGCTCCATCCATTCACGGC 410
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 -CGTGAGCATATAATAGAGGCTACGCCGTCGCCGCCACCTCCGCTCCATCCATTCACGGC 329
Query 411 CAAGCGAC-GACTCCACCGCTTAGGCTTGGCGTCTGAGGTATACTGATCAACGCTTTCTG 469
|||||||| | ||||||||||| || | | | | | | ||||||
Sbjct 330 CAAGCGACAG-CTCCACCGCTT-GG---G---T-T----T-----G------G-TTTCTG 364
Query 470 TTTTCGGAGGAGCGAGGCGGAGATCAGCTTCTCTTATGTCTA-CTCAAACATATCATTCT 528
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | || ||||||||||
Sbjct 365 TTTTCGGAGGAGCGAGGCGGAGATCAGCTTCTCCTATGTC-AGCCCACGGATATCATTCT 423
Query 529 TCTTTAGCCACTCGATTTCTTCTCTAGCGGCTCCAGAGGTTTCGTCGCTACAGAGTCAAG 588
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | || ||
Sbjct 424 TCTTTAGCCACTCGATTTCGTCTCTAGCGGCTCCAGAAGTTTCGTC---A-AGT-TC--- 475
Query 589 TTCCTCTTTTCAGGTTTTGTGGTGAACAAGATTTTAGTTACaaaaaaaTGGTGGGACTGG 648
||| | ||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 476 TTC-T-TTT-CTGGTTCTGTGGTGAACAAGATTTTAGGTACAAAAAA-TGGTGGGACTGG 531
Query 649 AAGATGATACTGAGAGAGAGAGGTCACCAGTCGTAGAGAATGGTTTTTCCAATGGGTCTC 708
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 532 AAGATGATACTGAGAGAGAGAGGTCACCAATCGTAGAGAACGGTTTTTCCAATGGATCTC 591
Query 709 GGTCTTCT 716
||||||||
Sbjct 592 GGTCTTCT 599
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 143134532053
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5