BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G11960.1
Length=4400
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg904083 jgi|Araly1|904083|Al_scaffold_0003_1211 6606 0.0
> Ahg904083 jgi|Araly1|904083|Al_scaffold_0003_1211
Length=4155
Score = 6606 bits (3577), Expect = 0.0
Identities = 3986/4176 (95%), Gaps = 57/4176 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 ATGGCGGCTCCGGAGGATGAATCTTCCGCTCAGTCTCAATCATCAC-CTGCCACGGCGGC 104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |||||
Sbjct 1 ATGGCGGCTCCGGAGGATGAATCTTCCGCTCAGTCTCAATCTTC-CTCTGCCACAGCGGC 59
Query 105 TCCTACGCCTCCTCCTTCCTCTTCCCCTTCCTCTGCTGGGGATCACTACCTAGCTAAGTG 164
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 60 TCCTACGCCTCCTCCGTCCTCTTCCCCTTCCTCTGCTGGGGATCATTACCTAGCTAAGTG 119
Query 165 CATCCTCCGCCCCAGCGTCGTTCTCCAGGTTGCTTATGGCTACTTCCGCTCCCCTTCCTC 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 120 CATCCTCCGCCCCAGCGTCGTTCTCCAGGTTGCTTATGGCTACTTCCGCTCCCTTTCCTC 179
Query 225 CCGCGACATAGTTTTCGGCAAGGAGACCTGCATAGAATTGGTGGTTATTGGTGAAGACGG 284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CCGCGACATAGTTTTCGGCAAGGAGACCTGCATAGAATTGGTGGTTATTGGTGAAGACGG 239
Query 285 GATTGTTGAATCGGTGTGTGAACAGTATGTATTTGGAACAATTAAGGATTTGGCTGTCAT 344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GATTGTTGAATCGGTGTGTGAACAGTATGTATTTGGAACAATTAAGGATTTGGCTGTCAT 299
Query 345 ACCTCAGAGTAGCAAGCTTTATTCGAATAGTTTGCAGATGGGAAAAGACCTTCTGGCTGT 404
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ACCTCAGAGTAGCAAGCTATATTCGAATAGTTTGCAGATGGGAAAAGACCTTCTGGCTGT 359
Query 405 TCTTTCTGATTCTGGAAAGCTCTCATTTCTCTCATTTAGCAATGAAATGCACAGGTTCTC 464
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCTTTCTGATTCTGGAAACCTCTCATTCCTCTCATTTAGCAATGAAATGCACAGGTTCTC 419
Query 465 GCCAATACAACATGTTCAACTTTCTACTCCAGGTAACTCAAGGATTCAACTCGGAAGAAT 524
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 420 GCCCATACAACATGTTCAACTTTCTACTCCAGGTAACTCACGGATTCAACTCGGAAGAAT 479
Query 525 GCTCACAATAGATTCCAGTGGTCTCTTTCTTGCTGTCAGTGCGTATCATGACCGTTTTGC 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 480 GCTCACAATAGATTCCAGTGGTCTCTTTCTTGCTGTCAGTGCGTATCATGATCGTTTTGC 539
Query 585 TCTGTTTTCCCTCTCAACATCGTCTATGGGTGATATTATTCATCAGAGGATTTCTTATCC 644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 540 TCTGTTTTCCCTCTCAACATCGTCTATGGGTGATATTATTCATGAGAGGATTTCTTATCC 599
Query 645 TTCTGAAGACGGAGGGAATGGTAGCTCTATTCAAGCAATATCTGGTACTATTTGGAGCAT 704
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTCTGAAGACGGAGGGAATGGTAGCTCTGTACAAGCAATATCTGGTACTATTTGGAGCAT 659
Query 705 GTGCTTCATTTCTAAAGATTTT-A--A-T--GAATCCAAGGAGTATGCTCCTATTCTTGC 758
||| |||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 660 GTGTTTCATTTCTAAAGATTTTAATGATTCCGAATCCAAGGAGTATGCTCCTGTTCTTGC 719
Query 759 CATTGTTATAAATAGGAAAGGGTCCCTCATGAATGAGCTGGCTTTGTTTAGATGGAATGT 818
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CATTGTTATAAATAGGATTGGGTCTCTCATGAATGAGCTGGCTTTGTTTAGATGGAATGT 779
Query 819 CAAAGAGGAATCCATATGTTTAATATCAGAGTATGTTGAAACTGGGGCTCTGGCACATAG 878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 780 CAAAGAGGAATCCATATGTTTAATATCAGAGTATGTTGAAGCTGGGGCTCTGGCACATAG 839
Query 879 TATTGTCGAAGTTCCTCACTCCTCTGGATTTGCCTTTCTGTTTAGGATTGGTGATGTTCT 938
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 TATTGTCGAAGTTCCTTACTCCTCTGGATTTGCCTTTCTGTTTAGGATTGGTGATGCACT 899
Query 939 CTTAATGGATCTAAGAGATCCTCAAAACCCTTGCTGTCTGTTTAGGACATCCTTAGATTT 998
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 900 CTTAATGGATCTTAGAGATCCTCAAAACCCTTGCTGTCTGTTTAGGACATCCTTAGATCT 959
Query 999 TGTTCCTGCTTCATTAATGGAAGAGCATTTTGTTGAAGAGTCGTGTAGAGTACAAGATGG 1058
||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGTTCCTGCTTCACTAGTGGAAGAGCATTTTGTCGAAGAGTCGTGTAGAGTACAAGATGG 1019
Query 1059 AGACGATGAGGGCTGTAATGTTGTTGTATGTGCTTTGTTAGAGCTCAGGGATCATGAGGT 1118
|||||||||||| | |||||||| || |||||||||||||||| | || | ||
Sbjct 1020 AGACGATGAGGGTTTTAATGTTGCTGCATGTGCTTTGTTAGAG--C-----TC---A-GT 1068
Query 1119 CAGGGATCATGATCCCATGTTCATAGATACTGAAAGTGACATTGGAAAGTTGAGTTCTAA 1178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 ----GATCATGATCCCATGTTCATAGATACTGAAAGTGACATTGGAAAGTTGAGTTCTAA 1124
Query 1179 GAACGTCTCTTCATGGACTTGGGAGCCGGAAAATAATCATAATCCTCGGATGATTATTTG 1238
| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1125 GCATGTCTCTTCATGGACTGGGGAGCCGGAAAATAATCATAATCCTCGGATGATTATATG 1184
Query 1239 CTTAGATAATGGTGATTTTTTCATGTTTGAACTCATATATGAAGATGATGGGGTTAAAGT 1298
||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 CTTAGATGATGGTGAATTTTACATGTTTGAACTCATATATGAAGATGATGGGGTTAAAGT 1244
Query 1299 AAATCTATCAGAGTGTTTATACAAAGGTTTACCATGCAAGGATATTTTATGGATCGAAGG 1358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1245 AAATCTATCAGAGTGTTTATACAAAGGTTTACCATGCAAGGAAATTTTATGGGTCGAAGG 1304
Query 1359 TGGATTCCTT-GCTACATTTGCAGAAATGGCAGATGGAACGGTTTTCAAATTGGGAACTG 1417
|||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TGGATT-CTTGGCTACTTTTGCGGAAATGGCAGATGGAACGGTTTTCAAATTGGGAACTG 1363
Query 1418 AGAAGCTACATTGGATGAGTTCCATACAAAATATTGCTCCGATCTTGGATTTTTCGGTTA 1477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1364 AGAAGCTACATTGGATGAGTTCCATACAAAATATTGCTCCAATCTTGGATTTTTCGGTTA 1423
Query 1478 TGGATGACCAGAATGAAAAACGAGACCAAATATTTGCTTGTTGTGGTGTAACCCCTGAAG 1537
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1424 TGGATGACCAGAATGAGAAACGAGACCAAATATTTGCTTGCTGTGGTGTAACCCGTGAAG 1483
Query 1538 GCTCTCTGAGAATTATTCGTAGTGGCATTAATGTAGAAAAACTTCTGAAAACCGCGCCTG 1597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 GCTCTCTGAGAATTATTCGTAGTGGCATTAATGTAGAAAAACTTCTGAAAACCGCGCCTG 1543
Query 1598 TTTATCAAGGAATAACTGGTACTTGGACTGTTAAAATGAAGCTTACTGATGTATACCATT 1657
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 TTTATCAAGGAATAACTGGTACTTGGACTCTTAAAATGAAGCTTACTGATGTATACCATT 1603
Query 1658 CATTTCTTGTTTTGTCATTTGTTGAGGAGACCAGGGTTTTATCAGTTGGATTAAGTTTTA 1717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 CATTTCTTGTTTTGTCATTTGTTGAGGAGACCAGGGTTTTATCAGTTGGATTAAGTTTTA 1663
Query 1718 AAGATGTCACTGATTCAGTTGGTTTCCAGTCTGATGTTTGCACCTTCGCATGTGGGCTTG 1777
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1664 AAGATGTCACTGATTCAGTAGGTTTCCAGTCTGATGTTTGCACCTTGGCATGTGGGCTTG 1723
Query 1778 TTGCTGATGGTTTGTTGGTTCAGATTCATCAAGATGCAATTAGGCTGTGCATGCCTACAA 1837
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 1724 TTGCTGATGGTTTGTTGGTTCAGATTCACCAAGATGCAATAAGGCTGTGCATGCCCACCA 1783
Query 1838 TGGATGCTCATTCTGATGGTATTCCTGTTTCTTCACCATTTTTCTCATCGTGGTTTCCAG 1897
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1784 TGGATGCTCATTCTGATGGTATTCCTGGTTCTTCACCATTTTTCTCGTCGTGGTTTCCAG 1843
Query 1898 AAAATGTCAGTATCAGCTTGGGGGCAGTTGGTCAAAATTTGATAGTTGTCTCTACGTCTA 1957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 AAAATGTCAGTATCAGCTTGGGGGCAGTTGGTCAAAATTTGATAGTTGTCTCTACGTCTA 1903
Query 1958 ACCCTTGTTTCTTGTCTATTCTTGGGGTCAAATCAGTATCATCTCAATGCTGTGAAATCT 2017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 ACCCTTGTTTCTTGTCTATTCTTGGGGTCAAATCAGTATCATCTCAATGCTGTGAAATCT 1963
Query 2018 ATGAAATTCAACGAGTAACATTGCAGTATGAAGTTTCCTGCATCTCAGTTCCTCAAAAAC 2077
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 ATGAAATCCAACGAGTAACATTGCAGTATGAAGTTTCCTGCATCTCAGTTCCTCAAAAAC 2023
Query 2078 ATATTGGAAAAAAGAGATCCCGTGATTCTTCCCCGGATAATT-TTTGCAAAGCTGCGATT 2136
|||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2024 ATATTGGAAAAAAGCGATCCTGTGCTTCTTCGCCGGATAATAGTTT-CAAAGCTGCGATT 2082
Query 2137 CCTTCTGCTATGGAGCAAGGCTATACATTTTTGATTGGCACACATAAGCCTTCTGTTGAG 2196
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 CCTTCTGGTATGGAGCAAGGCTATTCATTTTTGATTGGCACACATAAGCCTTCTGTTGAA 2142
Query 2197 GTCCTTTCCTTCACAGAAGATGGTGTTGGTGTTCGAGTCCTTGCTTCTGGGTTGGTATCG 2256
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 GTCCTGTCCTTCTCAGAAGATGGTGTTGGTGTTCGAGTCCTTGCTTCTGGGTTGGTATCG 2202
Query 2257 CTAACAAATACAATGGGAACTGTTATTAGTGGGTGCATTCCTCAAGATGTAAGACTCGTG 2316
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 CTAACAAATACAATGGGAGCTGTTATTAGTGGGTGCATTCCTCAAGATGTAAGACTCGTG 2262
Query 2317 TTAGTTGATCAACTTTATGTCCTTTCTGGGTTGAGAAATGGGATGCTTCTCCGTTTTGAG 2376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 TTAGTTGATCAACTTTATGTCCTTTCTGGGTTGAGAAATGGGATGCTTCTCCGTTTTGAG 2322
Query 2377 TGGGCCCCTTTTT-CAAATTCATCCGGGTTGAATTGTCCAGATTATTTTAGTCACTGTAA 2435
||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2323 TGG-CCCCTTTTTTCAAATGCATCCGGGTTGAATTGTCCAGATTATTTTAGTTACTGTAA 2381
Query 2436 AGAGGAGATGGACACTGTTGTGGGCAAAAAAGACAATTTACC-AGTCAACCTTCTGTTAA 2494
||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||
Sbjct 2382 AGAAGAGATGGACATTGTTGTGGGCAAAAAAGACAATTTACCCA-TCAACCTTCTATTAA 2440
Query 2495 TTGCTACCCGACGCATTGGCATCACACCTGTTTTCTTGGTTCCGTTCAGTGATTCACTGG 2554
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2441 TTGCTACTCGACGCATTGGCATCACACCTGTTTTCTTGGTTCCGTTCAGTGATTCACTGG 2500
Query 2555 ATTCAGACATCATAGCTCTTAGTGACAGGCCATGGTTGTTACAAACAGCTCGACAAAGCC 2614
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2501 ATTCAGACATCATAGCTCTTAGTGATAGGCCATGGTTGTTACAAACAGCTCGACAAAGCC 2560
Query 2615 TTTCCTATACTTCCATCTCATTCCAACCTTCTACTCATGCAACTCCTGTATGCTCGTTTG 2674
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2561 TTTCTTATACTTCCATCTCATTCCAACCTTCTACTCATGCAACTCCTGTATGCTCGTCTG 2620
Query 2675 AATGCCCCCAAGGAATTCTTTTTGTTTCAGAGAACTGTTTACATCTGGTGGAGATGGTGC 2734
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2621 AATGCCCTCAAGGAATTCTTTTTGTTTCAGAGAACTGTTTACATCTGGTGGAGATGGTGC 2680
Query 2735 ACAGCAAACGGCGTAATGCGCAAAAGTTTCAGCTTGGAGGCACCCCGCGAAAGGTTATCT 2794
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2681 ACAGCAAACGGCGTAATGCGCAAAAATTTCACCTTGGAGGCACCCCACGAAAGGTTATCT 2740
Query 2795 ACCACAGTGAAAGCAAATTATTGATTGTGATGAGAACTGATCTGTATGATACATGTACGT 2854
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2741 ACCATAGTGAAAGCAAACTATTGATTGTGATGAGAACTGATCTGTATGATACGTGTACGT 2800
Query 2855 CTGATATATGCTGTGTAGACCCGCTCAGTGGGTCAGTGTTATCATCCTACAAGCTCAAAC 2914
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2801 CTGATATATGCTGTGTGGACCCGCTCGGTGGGTCAGTGTTATCATCCTACAAGCTCAAAC 2860
Query 2915 CTGGAGAGACTGGAAAGTCAATGGAGCTTGTACGTGTGGGAAATGAACATGTCCTTGTGG 2974
||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2861 CTGGAGAAATTGGGAAGTCAATGGAGCTTGTACGTGTGGGAAATGAGCATGTCCTTGTGG 2920
Query 2975 TTGGGACGAGTTTGTCTTCTGGTCCTGCTATACTACCCAGTGGTGAAGCTGAAAGTACAA 3034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2921 TTGGGACGAGTTTGTCTTCTGGTCCTGCTATACTACCCAGTGGTGAAGCTGAAAGTACAA 2980
Query 3035 AAGGACGAGTAATCATCCTCTGCTTAGAACACACTCAAAACTCGGATAGTGGTTCAATGA 3094
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2981 AAGGACGATTAATCATCCTCTGCCTAGAACACACTCAAAACTCGGATAGTGGCTCAATGA 3040
Query 3095 CAATTTGTTCAAAGGCTTGTTCGTCTTCCCAACGTACATCACCTTTCCATGATGTTGTGG 3154
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 3041 CAATTTGCTCAAAGGCTGGTTCGTCTTCCCAACGTACATCACCTTTTCGTGATGTTGTGG 3100
Query 3155 GATACACAACAGAA-AACCTATCAAGCAGTAGCCTCTGCAGCAGTCCAGATGATTACAGC 3213
|||||||||||||| ||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 3101 GATACACAACAGAACAAC-TGTCAAGCAGTAGTCACTGCAGCAGTCCAGATGATAATAGC 3159
Query 3214 TATGATGGAATCAAACTTGATGAAGCTGAAACATGGCAGTTAAGATTGGCCTCTTCAACC 3273
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3160 TATGATGGAATCAAATTTGATGAAGCTGAAACATGGCAGTTAAGATTGGCCTCTGCAACC 3219
Query 3274 ACTTGGCCGGGTATGGTACTTGCAATCTGTCCATACCTTGATCATTACTTCCTGGCATCT 3333
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3220 ACTTGGCCGGGGATGGTACTTGCAATCTGTCCATACCTTGATCATTACTTCCTGGCGTCT 3279
Query 3334 GCCGGCAATGCTTTCTATGTCTGTGGTTTTCCGAACGATAGTCCTGAGAGAATGAAGAGG 3393
|| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3280 GCTGGCAATGCTTTCTATGTATGTAGTTTTCCGAACGATAGTCCTGAGAGAATGAAGAGG 3339
Query 3394 TTTGCGGTAGGAAGGACCCGTTTCATGATAACATCTCTGCGCACATACTTCACTAGAATT 3453
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3340 TTTGCGGTGGGAAGGACTCGTTTCATGATAACATCTCTGCGCACATACTTCACTAGAATT 3399
Query 3454 GTTGTTGGGGATTGCCGTGATGGTGTTCTATTTTATTCTTATCACGAGGAATCAAAGAAA 3513
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||
Sbjct 3400 GTAGTTGGGGATTGCCGTGATGGTGTTCTATTTTATTCTTATGACGAGGACTCGAAGAAA 3459
Query 3514 CTTCACCAAATATATTGTGATCCAGCGCAGAGGTTAGTTGCTGACTGTTTTCTAATGGAT 3573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3460 CTTCACCAAATATATTGTGATCCAGCGCAGAGGTTAGTTGCTGACTGCTTTCTAATGGAT 3519
Query 3574 GCTAATTCCGTTGCTGTATCTGATCGCAAGGGGAGTATAGCAATCCTGTCTTGCAAAGAT 3633
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3520 GCCAATTCTGTTGCTGTATCTGATCGCAAGGGGAGTATAGCAATCCTGTCTTGCCAAGAT 3579
Query 3634 CATTCAGACTTTGGTATGAAGCAC----C-TT--------G--A--AT--A---T-T-CA 3669
|||||||| ||||||| ||||||| | || | | || | | | ||
Sbjct 3580 CATTCAGAATTTGGTACGAAGCACTTAGCCTTTTCTCCTCGTGATGATCCAGAATATTCA 3639
Query 3670 AGTCCGGAGTCCAACCTGAATCTAAACTGTGCTTATTACATGGGAGAGATTGCCATGTCT 3729
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||
Sbjct 3640 AGTCCGGAGTCCAACCTGAATCTAAACTGTGCTTATTACATGGGTGAGATTGCAATGGCT 3699
Query 3730 ATAAAAAAGGGTTGCAACATCTACAAACTTCCAGCTGATGATGTACTGCGAAGTTATGGT 3789
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3700 ATCAAAAAGGGTTGCAACATCTACAAACTTCCAGCTGATGATGTACTGCAAAGTTATGGT 3759
Query 3790 CTTAGTAAAAGTATTGACACAGCTGATGACACTATCATAGCAGGCACGCTATTGGGAAGT 3849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3760 CTTAGTAAAAGTATTGACACAGCTGATGACACTATCATAGCAGGCACGCTATTGGGAAGT 3819
Query 3850 ATATTTGTGTTTGCTCCTATTTCAAGCGAGGAATATGAGCTCTTAGAAGGTGTCCAAGCA 3909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3820 ATATTTGTGTTTGCTCCTATTTCAAGCGAGGAATATGAGCTCTTAGAAGCTGTCCAAGCA 3879
Query 3910 AAGCTTGGGATCCATCCCCTGACTGCTCCTGTACTTGGTAATGATCATAATGAGTTCCGA 3969
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3880 AAGCTCGGGATCCATCCCCTGACTGCTCCTGTACTTGGTAATGATCATAATGAGTTCCGA 3939
Query 3970 GGTCGAGAGAATCCGTCCCAAGCGAGAAAGATATTGGATGGTGACATGCTTGCTCAGTTC 4029
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3940 GGTCGAGAGAATCCGTCCCAAGCGACAAAGATATTGGATGGTGACATGCTTGCTCAGTTC 3999
Query 4030 TTGGAGCTTACAAATAGACAGCAGGAGTCAGTTTTATCGACACCTCAGCCATCACCAAGC 4089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4000 TTGGAGCTTACAAATAGACAGCAGGAGTCAGTTTTATCGACACCTCAGCCATCACCAAGC 4059
Query 4090 ACATCAAAAGCAAGTTCAAAGCAACGTTCTTTCCCGCCTCTCATGCTACACCAAGTTGTA 4149
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4060 ACATCAAAAGCAAGTTCAAAACAACGTTCTTCCCCGCCTCTCATGCTACATCAAGTTGTA 4119
Query 4150 CAGTTGCTTGAGCGTGTCCATTACGCTTTGCACTAG 4185
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4120 CAGTTGCTCGAGCGTGTCCATTACGCTTTGCACTAG 4155
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 166425766729
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5