BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G11964.1
Length=5691
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478548 jgi|Araly1|478548|fgenesh2_kg.3__1249__AT3G11964.1 8058 0.0
Ahg918995 jgi|Araly1|918995|scaffold_100276.1 211 4e-53
Ahg894865 jgi|Araly1|894865|Al_scaffold_0006_2861 209 2e-52
Ahg351631 jgi|Araly1|351631|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002224 204 7e-51
> Ahg478548 jgi|Araly1|478548|fgenesh2_kg.3__1249__AT3G11964.1
Length=5532
Score = 8058 bits (4363), Expect = 0.0
Identities = 4824/5043 (96%), Gaps = 46/5043 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 681 GGTGTTCTCTGCAAACGTGAAAAGCATCGAAGACCATGGTTCTATCCTTCATTTTGGATT 740
|||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 504 GGTGTTCTCTGCTAACGTGAAAAGCGTTGAAGACCATGGTTATATCCTTCATTTTGGATT 563
Query 741 ACCTTCTATCACAGGATTTATCGAAATAAGCGACGATGGAAACCAGGAGTCAGGAATGAA 800
|||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 564 ACCTTCTATCTCAGGATTCATCGAAATAAGCAACGATGGAAACCAGGAGTCAGTAATGAA 623
Query 801 GACTGGGCAGCTTATTCAGGGTGTGGTTACAAAGATCGATAGAGACCGTAAAATTGTTCA 860
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 624 GACTGGGCAGCTTATTCAGGGCGTGGTTACAAAGATCGATAGAGATCGTAAAGTTGTTCA 683
Query 861 TCTTAGTTCTGACCCAGATTCAGTGGCAAAGTGTCTGACCAAGGATCTTAGTGGCATGTC 920
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 684 TCTTAGTTCTGACCCAGATTCAGTGGCTAAGTGTCTGACCAAGGATCTTAATGGCATGTC 743
Query 921 GTTTGATCTTCTCATCCCAGGAATGATGGTTAATGCTCGCGTGCAATCAGTCCTCGAGAA 980
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 744 GTTTGATCTTCTCATCCCAGGCATGATGGTTAATACTCGCGTGCAATCAGTCCTTGAGAA 803
Query 981 TGGGATACTGTTTGATTTTCTTACGTACTTTAATGGAACGGTTGATCTCTTCCACCTAAA 1040
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 804 TGGGATACTGTTTGATTTTCTTACATACTTTAATGGAACAGTTGATCTCTTCCACCTAAA 863
Query 1041 AAATCCATTATCTAACAAAAGCTGGAAAGATGAGTATAATCAGAATAAGACGGTTAATGC 1100
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 864 AAATCCATTGTCTAACAAAAGCTGGAAGGATGAGTATAATCAGAATAAGATGGTTAATGC 923
Query 1101 TAGAATATTGTTTATCGATCCATCATCTCGAGCTGTTGGTTTGACATTGAGCCCTCATGT 1160
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 924 TAGAATATTGTTTATCGATCCATCATCTAGAGCTGTTGGTTTGACATTGAACCCTCATCT 983
Query 1161 TGTTTGTAACAAGGCTCCTCCATTGCATGTCTTTAGCGGAGACATATTCGACGAAGCAAA 1220
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 984 TGTTTGTAACAAGGCTCCTCCGTTGCATGTCTTTAGTGGAGACATATTCGATGAAGCAAA 1043
Query 1221 AGTAGTTCGTATTGATAAATCAGGCCTTCTTCTGGAACTTCCCTCTAAGCCCACACCAAC 1280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1044 AGTAGTTCGTATTGATAAATCAGGCCTTCTTCTGGAACTTCCTTCTAAGCCCGTACCAAA 1103
Query 1281 TCCAGCATACGTTAGCTTTAAGGAAGGAAATCACATCCGTGTTCGAGTACTCGGCCTTAA 1340
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1104 TCCAGCATACATCAGCTTTAAGGAAGGAAATCACATCCGTGTTCGAATACTTGGCCTTAA 1163
Query 1341 GCAGATGGAGGGGTTGGCCGTAGGGACTTTAAAGGAAAGCGCCTTTGAAGGTCCAGTTTT 1400
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 GCAGATGGAAGGGTTGGCCATAGGGACTTTAAAGGAAAGCGCCTTTGAAGGTCCAGTTTT 1223
Query 1401 CACCCACTCTGATGTCAAG-CCTGGTATGGTGACAAAGGCAAAAGTCATATCTGTTGATA 1459
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 CACCCACTCTGATGTC-AGACCTGGTATGGTGACAAAGGCAAAAGTCATATCTGTTGATA 1282
Query 1460 CATTTGGTGCCATTGTCCAATTTTCGGGTGGTCTCAAAGCAATGTGCCCACTTCGGCATA 1519
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1283 CATTTGGTGCCATTGTCCAATTTGCGGGTGGTCTCAAAGCAATGTGCCCACTTCGGCATA 1342
Query 1520 TGTCTGAGTTTGAAGTTACGAAGCCTAGGAAAAAGTTCAAGGTTGGAGCTGAATTAGTAT 1579
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1343 TGTCTGAGTTTGAAGTTGCGAAGCCCAGGAAAAAGTTCAAGGTTGGAGCTGAGTTAGTAT 1402
Query 1580 TCCGTGTGCTTGGCTGCAAATCAAAGAGAATAACTGTTACCTACaaaaaaaCACTTGTGA 1639
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1403 TCCGTGTGCTTGGCTGCAAATCAAAGAGAATAACTGTTACCTACAAGAAAACACTTGTGA 1462
Query 1640 AGTCTAAACTTCCAATTTTGAGTTCTTACACTGATGCAACTGAAGGGCTAGTGACGCATG 1699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463 AGTCTAAACTTCCAATTTTGAGTTCTTACACTGATGCAACTGAAGGGCTAGTGACGCATG 1522
Query 1700 GCTGGATAACAAAGATCGAAAAGCATGGATGCTTTGTTCGCTTCTATAATGGAGTGCAAG 1759
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1523 GTTGGATAACAAAGATTGAAAAGCATGGATGCTTTGTTCGCTTCTATAATGGAGTGCAAG 1582
Query 1760 GATTTGTTCCCAGATTTGAACTTGGTTTAGAGCCTGGAAGTGATCCAGATTCAGTGTTTC 1819
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1583 GATTTGTTCCCAGATTTGAACTTGGTTTAGAGCCTGGAGGTGATCCAGATTCAGTGTTTC 1642
Query 1820 ATGTTGGGGAGGTTGTCAAATGTAGAGTAACTAGTGCAGTTCATGGTACCCAAAGGATCA 1879
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 1643 ATGTTGGGGAGGTTGTCAAATGTAGAGTAACCAGTGCAGTTCATGGTTCTCGAAGGATCA 1702
Query 1880 CCCTTAACGATTCGATCAAGTTAGGTAGCATTGTATCAGGGATAATTGATACTATAACTA 1939
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1703 CCCTTAACGATTCAATCAAGTTAGGTAGCATTGTATCAGGGATAATTGATAGTATAACTA 1762
Query 1940 GTCAGGCAGTCATTGTCCGTGTTAAATCCAAAAGTGTTGTCAAGGGTACAATTTCTGCTG 1999
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1763 GTCAGGCAGTCATTGTCCGTGTTAAATCTAAAGGTGTTCTCAAGGGTACAATTTCTGCTG 1822
Query 2000 AACATTTAGCTGATCATCATGAGCAAGCAAAATTAATAATGTCACTTTTAAGACCTGGAT 2059
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 AACATTTAGCTGATCATCATGAGCAAGCAAAAGTAATAATGTCACTTTTAAGACCTGGAT 1882
Query 2060 ATGAGCTTGATAAGCTGCTGGTACTAGACATTGAAGGCAACAA-TATGGCTCTCTCTTCA 2118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1883 ATGAGCTTGATAAGCTGCTGGTACTAGACATTGAAGGCAACAACT-TGGCTCTCTCTTCA 1941
Query 2119 AAATATTCTCTCATTAAGTTAGCTGAAGAGCTTCCTTCGGATTTTAATCAGCTCCAGCCA 2178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942 AAATATTCTCTCATTAAGTTAGCTGAAGAGCTTCCTTCGGATTTTAATCAGCTCCAGCCA 2001
Query 2179 AACTCAGTGGTTCATGGTTATGTTTGTAACTTGATTGAAAATGGCTGTTTTGTCCGTTTT 2238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2002 AACTCAGTGGTTCATGGTTATGTTTGTAACTTGATTGAAAATGGCTGCTTTGTCCGTTTT 2061
Query 2239 CTTGGTCGGTTGACTGGTTTCGCCCCAAGAAGCAAGGCAATTGACGACCCCAAGGCAGAT 2298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2062 CTTGGTCGGTTGACTGGTTTCGCCCCAAGAAGCAAGGCAATTGACGACCCCAGGGCAGAT 2121
Query 2299 GTGTCAGAATCCTTCTTTGTTGGACAATCAGTTCGGGCTAATATAGTTGATGTCAATCAA 2358
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 CTGTCAGAATCCTTCTTTATTGGACAATCGGTTCGGGCTAATATAGTTGATGTCAATCAA 2181
Query 2359 GAAAAAAGTAGGATAACTCTTTCATTGAAACAGTCATCTTGCGCATCTGTAGATGCTTCT 2418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2182 GAAAAAAGTAGGATAACTCTTTCATTGAAACAGTCATCTTGCGCATCTGTAGATGCTTCT 2241
Query 2419 TTTGTCCAAGAGTACTTCCTCATGGATGAGAAGATATCGGACCTGCAATCATCTGATATT 2478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2242 TTTGTCCAAGAGTACTTCCTCATGGATGAGAAGATATCGGACCTGCAATCATCTGATTTT 2301
Query 2479 ACTAAAAGTGACTGTAGCTGGGTTGAGAAATTCTCAATTGGGAGTTTGATCAAGGGAACC 2538
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2302 ACTAAAAGTGAGTGTAGCTGGATTGAGAAATTCTCAATTGGGAGTTTGATCAAGGGAACC 2361
Query 2539 ATACAGGAACAAAATGATCTTGGTGTGGTGGTGAATTTTGACAATATTAATAACGTCCTT 2598
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2362 ATACAGGAACAAAATGATCTGGGTGTGGTGGTGAATTTTGACAATATTAATAACGTCCTT 2421
Query 2599 GGTTTTATACCTCAGCATCATATGGGTGGAGCTACTTTGGTACCCGGTTCTGTTGTCAAT 2658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2422 GGTTTTATACCTCAGCATCATATGGGTGGAGCTACTTTGGTACCCGGTTCTGTTGTCAAT 2481
Query 2659 GCAGTTGTTCTTGATATATCTAGGGCAGAGAGACTAGTTGATTTGTCTTTGAGGCCTGAG 2718
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2482 GCAGTTGTTCTTGATATTTCTAGGGCAGAGAGACTAGTTGATTTGTCTTTGAGGCCTGAG 2541
Query 2719 CTCTTGAACAACTTAACCAAAGAGGTGTCCAACAGT---TCAAAAAAGAAACGTAAAAGA 2775
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2542 CTCATGAACAACTTAACCAAAGAGGTGTCCAACAGTCAGTCGAAAAAGAAACGTAAAAGA 2601
Query 2776 GGAATCTCCAAGGAACTTGAAGTCCACCAGAGGGTCAGTGCTGTTGTAGAGATTGTGAAG 2835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2602 GGAATCTCCAAGGAACTTGAAGTCCACCAGAGGGTCAGTGCTGTTGTAGAGATTGTGAAG 2661
Query 2836 GAGCAACACTTGGTTTTGTCGATTCCAGAGCATGGTTACACTATAGGATATGCATCAGTA 2895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2662 GAGCAACACTTGGTTTTGTCGATTCCAGAGCATGGTTACACTATAGGATATGCATCAATA 2721
Query 2896 TCAGACTATAACACTCAGAAGTTGCCAGTGAAACAATTTTCCACTGGACAAAGTGTTGTT 2955
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2722 TCAGACTATAACACACAGAAGTTGCCAGTGAAACAATTTTCCACTGGCCAAAGTGTTGTT 2781
Query 2956 GCTTCTGTTAAGGCTGTGCAAAACCCTTTAACGTCTGGGAGGTTGCTTTTACTTCTTGAC 3015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2782 GCTTCTGTTAAGGCTGTGCAAAACCCTTTAACGTCTGGGAGGTTGCTTTTACTTCTTGAC 2841
Query 3016 TCTGTTTCCGGCACTTCTGAGACTTCCCGTTCTAAGAGGGCAAAGAAGAAATCCAGCTGT 3075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2842 TCTGTTTCCGGCACTTCTGAGACTTCCCGTTCTAAGAGGGCAAAGAAGAAATCCAGCTGT 2901
Query 3076 GAAGTTGGTTCTGTTGTCCACGCCGAGATTACTGAAATAAAGCCTTTTGAACTTAGAGTA 3135
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2902 GAAGTTGGTTCTGTCGTCCACGCAGAGATTACTGAAATAAAGCCTTTTGAACTTAGAGTA 2961
Query 3136 AACTTTGGCAACAGTTTCCGAGGGAGAATCCACATAACTGAGGTTCTTGTAAATGATGCG 3195
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2962 AACTTTGGCAACAGTTTCCGAGGAAGAATCCACATAACTGAGGT------AAATGATGCA 3015
Query 3196 AGTACAAGTGATGAACCTTTTGCCAAATTCAGAGTTGGGCAATCAATTTCTGCAAGGGTT 3255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3016 AGTACAAGTGATGAACCTTTTGCCAAATTCAGAGTTGGGCAATCAATGTCTGCAAGGGTT 3075
Query 3256 GTTGCAAAGCCGTGTCATACTGATATTAAAAAGACTCAACTTTGGGAGCTTTCTGTAAAG 3315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3076 GTTGCAAAGCCGTGTCATACTGATATTAAAAAGACTCAACTTTGGGAGCTTTCTGTAAAG 3135
Query 3316 CCTGCAATGCTTAAAGATTCCAGTGAGTTTAATGACACACAAGAGAGTGAACAACTTGAG 3375
|| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 3136 CCGGCAATGCTTAGAGATTCCAGTGAGTTGAATGACATAAAAGAGAGTGAACAACTTGAG 3195
Query 3376 TTTGCTGCTGGACAATGTGTCATTGGATATGTCTACAAAGTGGATAAGGAATGGGTTTGG 3435
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3196 TTTGTTGCTGGACAATGTGTCAATGGATATGTCTACAAAGTGGATAAGGAATGGGTTTGG 3255
Query 3436 TTAGCAGTATCTCGCAACGTGACAGCACGCATATTCATATTAGACACAT-CATGCAAAGC 3494
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||
Sbjct 3256 TTAGCAATATCTCGCAACGTGACGGCACGCATATTCATTTTAGACAC-TGCATGCGAAGC 3314
Query 3495 TCATGAACTTGAAGAGTTTGAAAGGCGTTTTCCCATCGGTAAAGCTGTTTCAGGCTATGT 3554
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3315 TCATGAACTTGAGGAGTTCGAAAGGCGTTTTCCCATTGGTAAAGCTGTTTCAGGCTATGT 3374
Query 3555 TTTGACGTACAATAAAGAGaaaaaaaCATTACGGTTGGTTCAGCGTCCACTACT-GTTTA 3613
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 3375 TTTGACATACAATAAAGAGAAAAGAACATTACGGTTGGTTCAGCGTCCACTACTTGAT-A 3433
Query 3614 TCCACAAAAGCATTGCCAATGGTGGAGGCAGCAAAACGGATAAACCAGACAGTAGCATTC 3673
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3434 TCCACAAAAGCATTGCCAACGGTGGAGGCAGCAAAACAGATAAACTAGACAGTAGCATTC 3493
Query 3674 CTGGTGATGATGATACTCTATTTATTCATGAAGGAGACATTCTGGGTGGAAGAATTTCTA 3733
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3494 CTGTTGATGATGGTACTCTATTTATTCATGAAGGAGACATTCTGGGTGGAAGAATTTCTA 3553
Query 3734 AGATACTTCCTGGTGTTGGTGGACTTCGTGTGCAATTAGGTCCTTATGTATTCGGGAGAG 3793
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3554 AGATACTTCCTGGTGTTGGTGGATTTCGTGTGCAAATAGGTCCTTATGTATTCGGGAGAG 3613
Query 3794 TTCATTTTACTGAAATCAATGATTCATGGGT-CCCTGATCCATTAGATGGTTTTCGTGAA 3852
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3614 TTCATTTTACTGAAATCAATGATTTATGGGTACCCA-ATCCATTAGATGGTTTTCGTGAA 3672
Query 3853 GGCCAGTTTGTCAAATGTAAGGTCTTAGAAATCAGCAGTTCTAGTAAAGGGACTTGGCAA 3912
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3673 GGCCAGTTTGTCAAATGCAAGGTCTTAGAAATCAGCAGTTCTAGTAAAGGGACTTGGCAA 3732
Query 3913 ATTGAACTGTCATTACGGACCTCACTAGATGGCATGAGTTCTGCTGACCATCTCTCAGAA 3972
|||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3733 ATTGAACTGTCATTGCGGACATCACTAGTTGGCATGAGTTCTGCTGACCATCTCTCAGAA 3792
Query 3973 GATTTGAAGAATAATGATAATGTTTGTAAGCGTTTTGAGAGGATTGAAGATCTTTCGCCT 4032
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 3793 GATTTGAATAATAATGACAATGTTTGTAAGCGTTTTGAGAGAATTGAAGATCTTTCTCCT 3852
Query 4033 GATATGGGCGTCCAGGGTTATGTCAAAAATACGATGTCGAAAGGTTGTTTTATTATACTT 4092
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3853 GATATGGGCGTCCAGGGTTATGTAAAAAATACGATGTCGAAAGGTTGTTTTATTATACTT 3912
Query 4093 TCAAGGACAGTGGAGGCAAAAGTTCGACTGTCAAATTTATGTGATACGTTTGTTAAGGAA 4152
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3913 TCAAGGACAGTAGAGGCAAAAGTTAAACTGTCAAATTTATGTGATACTTTTGTTAAGGAA 3972
Query 4153 CCCGAAAAGGAATTTCCAGTAGGAAAACTTGTGACTGGCAGGGTTTTAAATGTGGAGCCT 4212
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3973 CCCGAAAAGGAATTTCCAGTAGGAAAACTTGTAACTGGCAGGGTTTTAAATGTGGAGCCT 4032
Query 4213 TTATCCAAGCGGATAGAAGTCACTTTGAAGACAGTAAATGCTGGTGGGCGGCCAAAATCT 4272
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4033 TTATCCAAGCGGATAGAAGTCACTTTGAAGACAGCAAATGCTGGTGGGCAGCCAAAATCT 4092
Query 4273 GAATCTTATGACTTGAAGAAACTCCATGTTGGAGATATGATTTCTGGGAGAATCAGACGT 4332
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4093 GAATCTTATGACATGAAGAAATTCCATGTTGGAGATATGATTTCTGGGAGAATCAAACGT 4152
Query 4333 GTGGAGCCCTTTGGCTTATTCATTGACATTGATCAAACTGGCATGGTTGGATTATGTCAC 4392
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4153 GTGGAGCCCTATGGCTTATTCATTGACATTGATCAAACTGGCATGGTTGGATTATGTCAC 4212
Query 4393 ATATCACAGCTTTCTGATGATCGTATGGAGAATGTACAAGCCAGATATAAGGCTGGGGAG 4452
||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 4213 ATAACACAGCTTTCGGATGATCGTATCGAGAATGTACAAGCCAGGTATAAAGCTGGGGAG 4272
Query 4453 AGCGTCCGCGCAAAGATTTTGAAGCTGGACGAGGAAAAGA-AGCGTATATCACTCGGAAT 4511
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||
Sbjct 4273 AGCGTCAGCGCAAAGATTTTGAAGCTGGACGAGAAAAAGCGA-CGTATATCGCTCGGAAT 4331
Query 4512 GAAGAGTTCCTATCTTATGAATGGTGATGATGACAAGGCACAACCACTTTCCGAAGACAA 4571
||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 4332 GAAAAGTTCTTATCTTATGAATGGTGATGATGTCAAGGCACAACCACCTTCCCAAGACAA 4391
Query 4572 C----A-----CAAGCATGGAATGTGATCCAATCAATGATCCGAAGTCGGAAGTTCTTGC 4622
| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 4392 CGCTGATGAAACAAGCATGGAATGTGATCCAATCAATAATCCGAAGACGGAAGTTCTTGC 4451
Query 4623 AGCAGTCGATGATTTTGGGTTCCAGGAAACAAGCGGTGGAA--C-T--T----CT-CT-- 4670
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || ||
Sbjct 4452 AGCAGTCGGTGATTTTGGGTTCCAGGAAACAAGCGGTGGAAGACATAGTGGAACTTCTCT 4511
Query 4671 GGTTCTTGCCCAAGTAGAATCAAGGGCTTCTATCCCTCCGCTTGAGGTTGACCTTGATGA 4730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4512 GGTTCTTGCCCAAGTAGAATCAAGGGCTTCTATCCCTCCGCTTGAGGTTGACCTTGATGA 4571
Query 4731 CATTGAGGAGACGGACTTTGACAGCAGCCAGAATCAGGAGAAACTACTGGGAGCCAATaa 4790
||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4572 CATTGAGGAGACGGACTTTGACAACAACCAAAATCAGGAGAAACTACTGGGAGCCGATAA 4631
Query 4791 agatgaaaagagcaagagaagggaaaagcaaaaagacaaagaggaaagagagaagaaaat 4850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 4632 AGATGAAAAGAGCAAGAGAAGGGAAAAGCAAAAAGACAAGGAGGAAAGAGAGAAAAAAAT 4691
Query 4851 acaagctgctgaaggaagaTTGCTGGAGCATCATGCACCTGAGAATGCTGATGAATTTGA 4910
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 4692 ACAAGCTGCTGAAGGAAGATTGCTGGAGCATCATGCACCTGAGAGTGCTGATGAGTTTGA 4751
Query 4911 GAAATTGGTTAGAAGCTCTCCAAACAGCAGCTTTGTCTGGATAAAATATATGGCGTTCAT 4970
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4752 GAAATTGGTTAGAAGCTCTCCAAACAGCAGCTTTGTCTGGATAAAATATATGGCATTCAT 4811
Query 4971 GCTCAGCTTGGCTGATATTGAGAAAGCCAGGTCTATTGCTGAGAGGGCCTTGAGGACTAT 5030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4812 GCTCAGCTTGGCTGATATTGAGAAAGCCAGGTCTATTGCTGAGAGGGCCTTGAGGACTAT 4871
Query 5031 AAATATTCGTGAGGAAGAAGAGAAGCTAAACATATGGGTTGCTTACTTCAATTTGGAAAA 5090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4872 AAATATTCGTGAGGAAGAAGAGAAGCTAAACATATGGGTTGCTTACTTCAATTTGGAAAA 4931
Query 5091 TGAACATGGAAATCCACCAGAGGAATCTGTTAAGAAAGTGTTTGAAAGGGCCCGTCAATA 5150
||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4932 TGAACATGGAAGTCCACCAGAGGAAGCGGTTAAGAAAGTGTTTGAAAGGGCCCGTCAATA 4991
Query 5151 CTGTGACCCAAAGAAAGTTTACCTCGCACTCTTGGGCGTGTACGAGAGAACAGAGCAATA 5210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4992 CTGTGACCCAAAGAAAGTTTACCTCGCACTCTTGGGCGTGTACGAGAGAACAGAGCAATA 5051
Query 5211 TAAATTGGCTGATAAGCTGCTTGATGAGATGATTAAAAAGTTCAAGCAATCTTGCAAGAT 5270
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5052 TAAATTGGTTGATAAGCTGCTTGATGAGATGGTTAAAAAGTTCAAGCAATCTTGCAAGAT 5111
Query 5271 TTGGTTAAGGAAAATACAAAGTTCTCTGA-AACAAAACGAGGAAGCCATACAATCCGTTG 5329
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 5112 TTGGTTAAGGAAAATACAAAGTTCTCT-ACAACAAAACGAGGAAGGCATTCAATCCGTTG 5170
Query 5330 TGAATCGTGCCTTGCTATGTCTTCCCCGCCATAAGCACATAAAGTTCATATCACAGACTG 5389
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5171 TGAATCGCGCCTTGCTATGTCTTCCACGCCATAAGCACATTAAGTTCATATCACAGACTG 5230
Query 5390 CCATCCTTGAGTTCAAATGTGGAGTTGCGGATAGAGGGAGATCACTGTTTGAAGGTGTTC 5449
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5231 CTATCCTTGAGTTCAAATGTGGAGTTGCCGATAGAGGGAGATCACTGTTTGAAGGCGTTC 5290
Query 5450 TTAGGGAATACCCAAAAAGAACAGACTTGTGGAGCGTTTATCTTGACCAAGAGATCCGGC 5509
||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5291 TTAGGGAATACCCGAAAAGAACAGATTTGTGGAGTGTTTATCTTGACCAAGAGATCCGGC 5350
Query 5510 TTGGAGAAGATG-ATGTAATTAGATCTTTATTCGAGAGAGCCATTAGCTTGAGCTTGCCC 5568
| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5351 TGGGAGAAG-TGGATGTAATTAGATCTTTATTCGAGAGAGCCATTAGCTTGAGCTTGCCT 5409
Query 5569 CCCAAGAAGATGAAGTTTTTGTTCAAGAAGTTCTTGGAATATGAGAAATCTGTTGGTGAC 5628
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5410 CCCAAGAAGATGAAGTTCTTGTTCAAGAAGTTCTTGGAATATGAGAAATCTGTTGGTGAA 5469
Query 5629 GAGGAGAGAGTCGAATACGTGAAACAGAGGGCGATGGAGTATGCAAACAGTACCTTGGCC 5688
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 5470 AAGGAGAGAGCCGAATACGTGAAACAGAGGGCGCTGGAGTACGCAAAAAGTACTTTGGCC 5529
Query 5689 TGA 5691
|||
Sbjct 5530 TGA 5532
Score = 791 bits (428), Expect = 0.0
Identities = 482/508 (95%), Gaps = 3/508 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTGTACCGCAGAAGAAATTTGCTAATGGAAAACGTAATGATTCTACAAAGTCCTTT 60
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTAGTACCGCAGAAGAAATTTGCTAATGGAAAACGTCATGATTCTACAAAGTCCTTT 60
Query 61 AAACCAATGAAGAAACCGTTTAAGAAGACCAAGGACGATGTAGCTGCTAGGTCTGAAGCC 120
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAACCAACGAAGAAACCGTTTAAGAAGACCAAGGACGATGTAGCTGCTAGGTCTGAAGCC 120
Query 121 ATGGCTCTTCAGCTCGAAGATGTTCCCGACTTTCCTCGAGGTGGAGGTACTTCTCTGAGT 180
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 ATGGCTCTTCAGCTCGACGATGTTCTTGACTTTCCTCGAGGTGGAGGGACTTCTCTGAGT 180
Query 181 AAAAAAGAGCGTGAGAAACTTTATGAAGAAGTCGATGCTGAGTTTGACGCTGATGAGCGT 240
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAAAAAGAGCGTGAGAAAATTTATGAAGAAGTCGATGCTGAGTTTGACGCTGATGAGCGT 240
Query 241 GTTTCTAAGAAGAGTAAAGGGGGTAAGTCTAAAAAGAGAATCCCTAGCGATTTAGACGAC 300
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 GTTTCTAAGAAGAGTAAAGGAGGAAAGTCTAAAAAGAGAATCCCTAGCGATGTAGACGAA 300
Query 301 TTGGGTTTGCTTTTTGGCGGCGGCCTTCATGGAAAACGGCCAAGATATGCCAATAAGATT 360
||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGGGATTGCTTTTTGGCGGC--C-TTAATGGAAAACGGCCAAGATATGCCAATAAGATT 357
Query 361 ACCACTAAGAATATTTCCCCAGGAATGAAACTTTTGGGAGTTGTTACTGAAGTAAACCAG 420
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 358 ACCACTAAGAATATCTCCCCAGGAATGAAGCTTTTGGGAGTTGTTATTGAAGTAAACCAG 417
Query 421 AAGGATATTGTAATTAGTCTTCCAGGGGGCTTACGCGGATTAGTTCGTGCAAGCGAGGTA 480
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 418 AAGGATATTGTAATTAGTCTTCCAGGGGGATTACGTGGATTAGTTCGCGCAAGCGAGGCA 477
Query 481 TCAGATTTTACAGATCGTGGGATTGAGG 508
||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 478 TCAGATTTTACTGATCTTGGGATTGAGG 505
> Ahg918995 jgi|Araly1|918995|scaffold_100276.1
Length=491
Score = 211 bits (114), Expect = 4e-53
Identities = 131/139 (94%), Gaps = 2/139 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4242 GACAGTAAATGCTGGTGGGCGGCCAAAATCTGAATCTTATGACTTGAAGAAACTCCATGT 4301
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||
Sbjct 72 GACAGTAAATGCTGGTGGGCAGCCAAAATCTGAATCATATGACTTAAAGAAATTCCATGT 131
Query 4302 TGGAGATATGATT-TCTGGGAGAATCAGACGTGTGGAGCCCTTTGGCTTATTCATTGACA 4360
||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 132 TGGAGATATGATTAT-TGGGAGAATCAAACGTGTGGAGCCCTATGGCTTATTCATTGACA 190
Query 4361 TTGATCAAACTGGCATGGT 4379
|||||||||||||||||||
Sbjct 191 TTGATCAAACTGGCATGGT 209
> Ahg894865 jgi|Araly1|894865|Al_scaffold_0006_2861
Length=282
Score = 209 bits (113), Expect = 2e-52
Identities = 130/138 (94%), Gaps = 2/138 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4243 ACAGTAAATGCTGGTGGGCGGCCAAAATCTGAATCTTATGACTTGAAGAAACTCCATGTT 4302
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 ACAGTAAATGCTGGTGGGCAGCCAAAATCTGAATCATATGACTTGAAGAAATTCCATGTT 60
Query 4303 GGAGATATGATT-TCTGGGAGAATCAGACGTGTGGAGCCCTTTGGCTTATTCATTGACAT 4361
|||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 GGAGATATGATTAT-TGGAAGAATCAAACGTGTGGAGCCCTATGGCTTATTCATTGACAT 119
Query 4362 TGATCAAACTGGCATGGT 4379
||||||||||||||||||
Sbjct 120 TGATCAAACTGGCATGGT 137
> Ahg351631 jgi|Araly1|351631|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002224
Length=348
Score = 204 bits (110), Expect = 7e-51
Identities = 127/135 (94%), Gaps = 2/135 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4246 GTAAATGCTGGTGGGCGGCCAAAATCTGAATCTTATGACTTGAAGAAACTCCATGTTGGA 4305
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 70 GTAAATGCTGGTGGGCAGCCAAAATCTGAATCATATGACTTAAAGAAATTCCATGTTGGA 129
Query 4306 GATATGATT-TCTGGGAGAATCAGACGTGTGGAGCCCTTTGGCTTATTCATTGACATTGA 4364
||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 130 GATATGATTAT-TGGGAGAATCAAACGTGTGGAGCCCTATGGCTTATTCATTGACATTGA 188
Query 4365 TCAAACTGGCATGGT 4379
|||||||||||||||
Sbjct 189 TCAAACTGGCATGGT 203
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 215558093472
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5