BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G11980.1
Length=2112
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478549 jgi|Araly1|478549|fgenesh2_kg.3__1250__AT3G11980.1 3369 0.0
> Ahg478549 jgi|Araly1|478549|fgenesh2_kg.3__1250__AT3G11980.1
Length=2113
Score = 3369 bits (1824), Expect = 0.0
Identities = 2022/2118 (95%), Gaps = 11/2118 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATTCTGTTCTTGGTTTACTTAATCTTCTTTCTAGTTAAGTATATTCTTGTTGCTCATCAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATTCTGTTCTTGGTTTACTTAATCTTCTTTCTAGTTAAGTATATTCTTGTTGCTCATCAC 60
Query 61 CAAAGCTTGTGATGGAGGCTCTCTTCTTGAG---TTCTTCTTCTTCCTCCATTGTAGCGT 117
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |
Sbjct 61 CAAAGCTTGTGATGGAGGCTCTCTTCTTGAGTTCTTCTTCTTCTTCCTCCATCGTTGCAT 120
Query 118 CAAACAAGCTTACTAGGTTACACAACCATTGTGTCTGGTCTACAGTGATTAGAGATAAGA 177
||||||| ||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 121 CAAACAAACTTGCTAGATTACACAACCGTTGTGACTGGTCTACATTGGTTAGAGATAAGA 180
Query 178 AAAGGTTCGGTCCCACTTGGTGCCGTGTAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGGAGAAACAGTA 237
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAAGGGTCGGTCCCACTTGGTGCCGTGTA---GGTGGTGGTGATGGTGGGAGAAACAGTA 237
Query 238 ACGCAGAGAGGCCTATTCGGGTTTCTTCGCTTTTGAAAGACAGAGGTCAGGTACTGATTA 297
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 ACGCAGAGAGACCTATTCGGGTTTCTTCGCTTTTGAAAGACAGAGGTCAGGTACTGATTA 297
Query 298 GGGAACAGAGTTCGCCGGCTATGGATGCTGAGACATTGGTTCTGTCTCCAAACGGGAATG 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GGGAACAGAGTTCGCCGGCTATGGATGCTGAGACATTGGTTCTGTCTCCAAACGGGAATG 357
Query 358 GGAGAACCATTGAGATCAATGGAGTAAAGACTTTGATGCCTTTTAGTGGCGCTTCTATGG 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 358 GGAGAACCATTGAGATCAATGGAGTAAAGACTTTGATGCCTTTTAGTGGTGCTGCTATGG 417
Query 418 TGGGGATGAAAGAAGGACTTGGCATAATCAGTTTCCTCCAAGGGAAGAAGTTTCTAATCA 477
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TTGGTATGAAAGAAGGACTTGGCATAATCAGTTTCCTCCAAGGGAAGAAGTTTCTAATCA 477
Query 478 CTGGCTCGACCGGTTTCTTAGCTAAAGTACTGATTGAGAAAGTCTTGAGAATGGCTCCTG 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CTGGCTCGACCGGTTTCTTAGCTAAAGTACTGATTGAGAAAGTCTTGAGAATGGCTCCTG 537
Query 538 ATGTCAGCAAGATATATCTCTTGATTAAAGCCAAAAGCAAAGAAGCTGCGATCGAGCGGC 597
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 538 ATGTTAGCAAGATATATCTCTTGATTAAAGCTAAAAACAAAGAAGCTGCCATCGAGCGGT 597
Query 598 TAAAGAACGAGGTGTTAGATGCAGAGCTTTTTAATACTCTAAAAGAGACTCATGGAGCAT 657
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TAAAGAACGAGGTGTTAGATGCAGAGCTTTTTAATAGTCTAAAAGAGACTCATGGAGCAT 657
Query 658 CTTACATGTCTTTCATGTTAACTAAACTCATCCCTGTGACCGGAAACATTTGCGATTCAA 717
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CGTACATGTCATTCATGTTAACTAAACTCATCCCTGTGACCGGAAACATTTGCGATTCAG 717
Query 718 ACATTGGGTTGCAAGCAGATTCAGCTGAAGAGATTGCGAAAGAAGTTGATGTTATAATCA 777
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 718 ACATTGGTTTGCAAGCAGATTCAGCTGAGGAGATTGCTAAAGAAGTTGATGTGATTATCA 777
Query 778 ATTCTGCTGCTAATACAACCTTCAATGAAAGATACGATGTTGCTCTGGACATCAACACAA 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 778 ATTCTGCTGCTAATACAACCTTCAATGAAAGATACGATGTTTCTCTGGACATAAACACAA 837
Query 838 GAGGGCCCGGTAATCTCATGGGATTCGCCAAGAAGTGCAAGAAACTCAAACTGTTCTTGC 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 838 GAGGGCCCGGTAATCTCATGGGATTCGCCAAGAAGTGCAAGAAGCTCAAGCTGTTCTTGC 897
Query 898 AAGTATCCACAGCTTATGTGAATGGACAAAGACAAGGAAGGATCATGGAGAAGCCATTTT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 898 AAGTATCCACAGCTTATGTGAATGGACAAAGACAAGGAAGGATCATGGAGATGCCATTCT 957
Query 958 CTATGGGAGATTGTATAGCAACAGAGAACTTCCTCGAAGGAAACAGAAAAGCATTAGATG 1017
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CGATGGGAGATTGTATAGCAACCGAGAACTTCCTCGAAGGAAACAGAAAAGCATTAGATG 1017
Query 1018 TTGATAGAGAGATGAAGTTAGCTCTTGAAGCTGCTAGAAAAGGGACTCAAAATCAAGATG 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TTGATAGAGAGATGAAGTTAGCTCTTGAAGCTGCTAGAAAAGGGACTCAAAATCAAGATG 1077
Query 1078 AGGCACAGAAGATGAAGGATCTCGGTCTAGAGCGGGCAAGATCATATGGATGGCAAGACA 1137
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AGGCGCAGAAGATGAAGGATCTCGGTCTAGAGAGGGCAAGATCATATGGATGGCAAGACA 1137
Query 1138 CTTATGTTTTCACCAAAGCAATGGGTGAGATGATGATCAATAGCACTCGAGGAGACGTAC 1197
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1138 CTTATGTTTTCACGAAAGCAATGGGTGAAATGATGATCAATAGCACTAGAGGAGACGTAC 1197
Query 1198 CTGTTGTTATTATAAGGCCTAGCGTCATCGAAAGCACTTACAAAGATCCTTTCCCTGGAT 1257
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1198 CTGTTGTTATTATAAGGCCCAGCGTCATCGAAAGCACGTACAAAGACCCTTTCCCTGGAT 1257
Query 1258 GGATGGAAGGAAACAGGATGATGGATCCTATAGTTTTATGTTACGGGAAGGGGCAACTCA 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1258 GGATGGAAGGAAACAGGATGATGGATCCTATAGTTCTATGTTACGGGAAGGGACAGCTCA 1317
Query 1318 CGGGGTTTTTGGTTGATCCAAAAGGAGTTCTTGATGTAGTTCCTGCTGATATGGTTGTTA 1377
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CGGGGTTTCTGGTTGATCCAAAAGGAGTTCTTGATGTGGTTCCTGCTGATATGGTTGTTA 1377
Query 1378 ATGCAACGTTAGCTGCTATAGCAAAGCATGGAATGGCAATGTCAGATCCGGAACCTGAAA 1437
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 ATGCAACATTAGCTGCTATAGCAAAGCATGGAATGGCAATGTCAGATCCGGAACCTGAAA 1437
Query 1438 TAAACGTGTATCAGATCGCTTCTTCGGCGATAAACCCGCTGGTTTTCGAAGACTTAGCGG 1497
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TAAATGTGTATCAGATCGCTTCTTCGGCGATAAACCCGCTGGTTTTCGAAGACTTAGCGG 1497
Query 1498 AGCTTCTTTATAACCACTACAAAACATCCCCATGCATGGACTCTAAAGGTGATCCTATTA 1557
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1498 AGCTTCTTTATAACCACTACAAGTCATCCCCGTGCATGGACTCTAAAGGTGATCCAATTA 1557
Query 1558 TGGTGCGTTTGATGAAACTTTTCAATTCCGTTGATGATTTCTCGGATCATTTGTGGAGAG 1617
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TGGTGCGTTTGATGAAACTTTTCAATTCAGTTGACGATTTCTCGGATCATTTGTGGAGAG 1617
Query 1618 ATGCTCAAGAACGGAGTGGGTTGATGAGTGGTATGAGTTCAGTGGATAGTAAGATGATGC 1677
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1618 ATGCTCAAGAACGGAGCGGGTTGATGAGTGGTATGAGCTCAGTGGATAATAAGATGATGC 1677
Query 1678 AGAAGCTAAAGTTTATATGCAAGAAATCTGTTGAACAAGCCAAACACCTTGCTACTATTT 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AGAAGCTAAAGTTTATATGCAAGAAATCTGTTGAACAAGCCAAACACCTTGCTACTATTT 1737
Query 1738 ATGAGCCATACACTTTCTATGGTGGAAGATTTGATAACAGCAATACACAGAGATTAATGG 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ATGAGCCATACACTTTCTATGGTGGAAGATTTGACAACAGCAATACACAGAGATTAATGG 1797
Query 1798 AGAATATGTCAGAGGACGAGAAGAGAGAATTTGGATTTGATGTTGGAAGCATTAACTGGA 1857
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AGAAGATGTCAGAGGACGAGAAGAGAGAGTTTGGGTTTGATGTTGGAAGCATTAACTGGA 1857
Query 1858 CGGACTACATTACAAACGTTCACATTCCCGGTTTAAGAAGGCATGTCTTGAAAGGAAGAG 1917
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 CGGACTACATTACAAATGTTCACATTCCCGGTTTAAGAAGGCATGTCTTGAAAGGAAGAG 1917
Query 1918 CTTAACTTTGAA-TCTCACTAAACCAGACCAAACAGAATCGATCCcttcttttatctttt 1976
||||| || || ||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||
Sbjct 1918 CTTAAAATTCAAATCTCACTTAACCAGACCAAACAAAATCAATCCTTTCTTTCATCTTTT 1977
Query 1977 tatctttttcttttttCATTACGTGTAATCGTGTTGTGTCTAATATATCAGTTTGATTTG 2036
| | ||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TTTTTTTTTTTTTTTTCATTCCATGTAATCGTGTTGTGTCTAATATATCAGTTTGATTTG 2037
Query 2037 TAATAATTTGaa-a-aaaaCCGGAAATGTTGTTATCTTTAAGTTTGCCCAAAATCTATAG 2094
|||||||||||| | |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2038 TAATAATTTGAAGAGAAAAG-GGAG-TGTTGTTATCTTCAAGTTTGCCCAAAATCTTTAG 2095
Query 2095 TCATGTTCGATTCAAGAC 2112
||||||||||| ||||||
Sbjct 2096 TCATGTTCGATCCAAGAC 2113
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79456251070
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5