BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G12280.1
Length=3561
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478590 jgi|Araly1|478590|fgenesh2_kg.3__1291__AT3G12280.1 5690 0.0
> Ahg478590 jgi|Araly1|478590|fgenesh2_kg.3__1291__AT3G12280.1
Length=3483
Score = 5690 bits (3081), Expect = 0.0
Identities = 3330/3449 (97%), Gaps = 22/3449 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 TTTTTAGGGTTTGCCGCATAATCAGACCCCATTCTagagagagaagagggaagtcaggtg 66
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||
Sbjct 1 TTTTTAGGGTTTGCCGCATAATCGGACCCCATTCT------AG-AGA--GAAGTCAGGTG 51
Query 67 aagatagagagagacactgagaggaggGAAAATTTGTAGGGTTTTCGGAGATCTCTGTGA 126
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 52 AAGATAGAGAGAGACACTTAGAGGAGGG-AAATTTGTAGGGTTTGCGGAGATCTCTGTGA 110
Query 127 TTCCTCTGAATTTGTCGAATTTTTTGGAGGAGGCGTTAGAAGTCGGGCTTCTTAAAAA-T 185
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |
Sbjct 111 TTCTTCTGAATTTGTCGAATTTTTTGGAGGAGGCGTTAGAAGTCGGACTTGTTAAAAATT 170
Query 186 CAGATCTTCTGCTCAGGCTTTAATCGGCGACGTCTGGTATTGGGATCTGTGACACAAAAA 245
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 171 TAGATCTTCTGCTCA-GCTTTAATCGGTGACGTTTGGTTTTGGGATCTGTGACACAAAAA 229
Query 246 GCTGCGTTGGAGACTATGGAAGAAGTTCAGCCTCCAGTGACCCCGCCCATTGAACCAAAT 305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 230 GCTGCGTTGGAGACTATGGAAGAAGTTCAGCCTCCAGTGACCCCGCCCATTGACCCTAAT 289
Query 306 GGGAAAAGAAGCGAAGCCTCTCTCTTGGACATATGCGAGAAAGTTCTGTCTCTTGATGGG 365
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 290 GGGAAAAGAAGCGAAGCGTCTCTCTTAGACATATGCGAGAAAGTTCTGTCTCTTGATGGG 349
Query 366 AGCACTTGCGATGAAGCTTTGAAGTTGTTTACAGAAACCAAACGAATTTTGTCAGCAAGC 425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 AGCACTTGCGATGAAGCTTTGAAGTTGTTTACAGAAACCAAACGAATTTTGTCAGCAAGC 409
Query 426 ATGTCTAACATTGGAAGTGGAACGCGGGAAGAAGTAGAGAGGTTCTGGTTTGCGTTTATT 485
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 ATGTCTAACATTGGAAGTGGAACGCGGGAGGAAGTAGAGAGGTTCTGGTTTGCGTTTATT 469
Query 486 CTCTATTCAGTGAAGAGGCTTAGTGTGAGAAAAGAAGCGGATGGTCTGTCAGTGTCTGGT 545
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 470 CTCTATTCAGTGAAGAGGCTTAGTGTGAGAAAAGAAGCGGATGGTCAGTCAGTGTCTGGT 529
Query 546 GATAATGAGTTTAATCTATGTCAGATACTGAGGGCTCTGAAGCTAAATATTGTGGAtttt 605
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 GATAATGGGTTTAATCTATGTCAGATACTGAGGGCTCTGAAGCTAAATATTGTGGATTTT 589
Query 606 tttAAAGAGTTACCTCAGTTTGTGGTCAAGGCTGGATCTGTACTGGGTGAACTTTACGGC 665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 590 TTTAAAGAGTTACCTCAGTTTGTGGTCAAGGCTGGATCTGTACTAGGTGAACTTTATGGC 649
Query 666 GCAGACTGGGAGAACAGACTTCAGGCAAAGGAGGTGCAGGCTAACTTTGTGCATCTTAGC 725
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 GCAGACTGGGAGAACAGACTTCAGGCAAAGGAGTTGCAGGCTAACTTTGTGCATCTTAGC 709
Query 726 CTTCTAAGCAAATACTACAAACGTGGGTTCCGGGAATTCTTTTTGACATATGATGCAAAC 785
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 710 CTTCTAAGCAAATACTACAAACGTGGGTTCCGCGAATTCTTCTTGACATATGATGCAAAC 769
Query 786 GCAGAAAAGAACTCAGCAAACTCTTCTACCTATTT-GCTGGATAGTTATCGTTTTGGATG 844
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 770 GCAGAAAAGAACTCAGCAAACTCTTCTACCTATTTGGC-GGATAGTTATCGTTTTGGATG 828
Query 845 GCTACTCTTTTTGGCACTCCGAAACCATGCGTTTAGTCGATTTAAGGACCTCGTGACATG 904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 829 GCTACTCTTTTTGGCACTCCGAAACCATGCGTTTAGTCGATTTAAGGACCTCGTGACTTG 888
Query 905 CTCAAATGGCGTAGTTTCTATATTGGCTATTTTGA-TCATACATGTTCCTTGTCGGTTTA 963
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CTCAAATGGCGTAGTTTCTATATTGGCTATTTT-ATTCATACATGTTCCTTGTCGGTTTA 947
Query 964 GAAATTTCAGCATCCAAGATTCTTCTCGCTTTGTTAAGAAAGGTGACAAAGGTGTAGACT 1023
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 GAAATTTCAGCATCCAAGATTCTTCTCGCTTTGTTAATAAAGGTGACAAAGGTGTAGACT 1007
Query 1024 TGGTTGCATCACTTTGCAAGATATATGACGCCTCAGAAGATGAGTTGAGGATAGTAATTG 1083
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 TGGTTGCATCACTTTGCAAGATATATGACTCCTCTGAAGATGAGTTGAGGATAGTAATTG 1067
Query 1084 ACAAGGCAAATAATTTGGTAGAAACCATACTGAAGAAAAAGCCATCTCCAGCATCTGAGT 1143
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1068 ACAAGGCAAATAATTTGGTAGAAACCATATTGAAGAAAAAGCCATCTCCAGCATCTGATT 1127
Query 1144 GCCAAACTGACAAGCTAGATAATATTGACCCAGATGGCTTGACCTACTTTGAGGATTTAC 1203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 GCCAAACTGACAAGCTAGATAATATTGACCCAGATGGCTTGACCTACTTTGAGGATTTAC 1187
Query 1204 TGGAAGAGACGTCCATCTCAACTAGCTTAATTACACTTGAAAAGGATTACTATGATGGTA 1263
|||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||| | |||||||
Sbjct 1188 TGGAGGAGACGTCCATCTCATCTAGCTTGATTACGCTAGAAAAGGATTACGACGATGGTA 1247
Query 1264 AAGGCGAACTTGATGAGAGGGTATTCATCAATGAAGAGGATAGCTTACTTGGATCTGGAA 1323
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 AAGGCGAACTCGATGAGAGGGTATTCATCAATGAAGAGGATAGCTTACTTGGATCTGGAA 1307
Query 1324 GCTTATCTGCAGGAGCTGTTAATATTACTGGTGTTAAGAGGAAAATTGATGCTTTGAGCT 1383
|||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1308 GCTTATCTGCTGGAGCTGTAAATATTACTGGTGTCAAGAGGAAAAGTGATGCTTTGAGCT 1367
Query 1384 CACCTGCAAGGACATTTATAAGCCCACTTTCTCCTCATAAGTCGCCTGCTGCTAAGACAA 1443
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1368 CACCTGCAAGGACATTGATAAGCCCACTCTCTCCTCATACGTCACCTGCTGCTAAGACAA 1427
Query 1444 ATGGTATTAGCGGTGCTACCAAGTTGGCAGCAACACCAGTGAGCACAGCAATGACAACTG 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 ATGGTATTAGCGGTGCTACCAAGTTGGCAGCAACACCAGTGAGCACAGCAATGACAACTG 1487
Query 1504 CCAAGTGGCTCAGGACTGTCATATCCCCGCTTCTGCCAAAACCTTCTCCTGGGTTGGAAC 1563
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1488 CCAAGTGGCTCAGGACTGTCATATGCCCGCTTCTGCCAAAACCTTCTCCTGGATTGGAAC 1547
Query 1564 ATTTCCTTAAATCATGTGATAGGGATATAACAAATGACGTCACACGAAGAGCACACATAA 1623
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1548 ATTTCCTTAAATCATGTGACAGAGATATAACAAATGACGTCACACGAAGAGCTCACATAA 1607
Query 1624 TATTGGAAGCTATTTTCCCAAATAGTTCCCTTGGTGCCCAATGTGGAGGTGGAAGTTTGC 1683
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 TATTGGAAGCTATTTTTCCAAATAGTTCCCTTGGTGCCCAATGTGGAGGTGGAAGTTTGC 1667
Query 1684 AAGCTGTTGACCTGATGGATGACATATGGGCAGAGCAGCGCAGATTAGAAGCTTGT-AAG 1742
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | |||
Sbjct 1668 AAGCTGTTGACCTGATGGATGACATATGGGCAGAGCAGCGGAGATTAGAAGC-TCTCAAG 1726
Query 1743 TTATACTACAGAGTTCTTGAGGCAATGTGTAAAGCAGAAGCTCAGATTTTGCATGCAAAT 1802
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1727 TTATACTACAGAGTTCTTGAGGCAATGTGTAAAGCAGAAGCTCAGATTTTGCATGCAAGT 1786
Query 1803 AATCTGAACTCTTTATTGACAAATGAGAGGTTCCATAGATGCATGCTTGCTTGCTCAGCT 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 AATCTGAACTCTTTATTGACAAATGAGAGGTTCCATAGATGCATGCTTGCTTGCTCAGCT 1846
Query 1863 GAATTGGTACTGGCTACCCACAAAACAATTACAATGTTGTTCCCAGCTGTTCTGGAGAGG 1922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 GAATTGGTACTGGCTACCCACAAAACAATTACAATGTTGTTCCCAGCTGTTCTGGAGAGG 1906
Query 1923 ACTGGGATCACAGCCTTTGATCTCAGCAAGGTAATTGAGAGTTTCATACGACATGAAGAT 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1907 ACTGGGATCACAGCCTTTGATCTCAGCAAGGTAATAGAGAGTTTCATCCGACATGAGGAC 1966
Query 1983 TCTCTGCCTAGAGAGTTGAGACGACATCTGAATTCACTGGAGGAACGGCTTCTAGAGAGT 2042
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 TCTCTACCTAGAGAGTTGAGACGACATCTGAATTCACTGGAGGAACGGCTTCTAGAGAGT 2026
Query 2043 ATGGTATGGGAGAAAGGCTCTTCAATGTACAATTCTCTGATTGTTGCCAGGCCATCGCTT 2102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 ATGGTATGGGAGAAAGGCTCTTCAATGTACAATTCTCTGATTGTTGCCAGGCCATCGCTT 2086
Query 2103 GCATTGGAGATAAATCAGCTCGGTTTACTAGCTGAACCAATGCCATCTCTGGATGCAATC 2162
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 GCATTGGAGATAAATCAGCTCGGATTACTAGCTGAACCGATGCCATCTCTGGATGCAATT 2146
Query 2163 GCAGCACTTATTAATTTCTCTGACGGAGCAAATCATGCATCATCTGTACAAAAGCATGAA 2222
|||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2147 GCAGCACTTATTAACTTCTCTGAAGGAGTAAATCATGCATCATCTATTCAAAAGCATGAA 2206
Query 2223 ACTTGTCCAGGACAAAATGGGGGGATTAGATCGCCCAAAAGATTATGTACTGATTACCGC 2282
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2207 ACTTGTTCAGGACAAAATGGGGGGATTAGATCGCCCAAAAGGTTATGTACTGATTACCGC 2266
Query 2283 AGCATTCTAGTTGAACGCAATTCCTTTACATCACCAGTAAAGGATCGTCTGTTGGCCTTA 2342
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2267 AGTATTCTAGTTGAACGCAATTCCTTTACATCACCAGTAAAGGATCGTCTCTTGGCCTTA 2326
Query 2343 GGCAACGTTAAATCCAAGATGCTGCCACCTCCGTTGCAGTCTGCATTTGCCAGCCCAACA 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 GGCAACGTTAAATCCAAGATGCTGCCACCTCCGTTGCAGTCTGCATTTGCCAGCCCAACA 2386
Query 2403 CGGCCCAACCCAGGAGGTGGAGGAGAAACTTGTGCAGAAACTGGAATCAATATTTTCTTC 2462
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 CGGCCCAACCCAGGAGGCGGAGGAGAAACTTGTGCAGAAACTGGAATCAATATTTTCTTC 2446
Query 2463 ACAAAGATTAATAAATTGGCTGCTGTAAGAATCAATGGAATGGTGGAAAGACTACAACTT 2522
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2447 ACCAAGATTAATAAATTGGCTGCTGTCAGAATCAATGGAATGGTGGAAAGGCTACAACTT 2506
Query 2523 TCACAGCAAATAAGGGAGAGTGTGTATTGTTTCTTCCAACATGTACTTGCTCAGCGGACT 2582
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507 TCGCAGCAAATAAGGGAGAGTGTATATTGTTTCTTCCAACATGTACTTGCTCAGCGGACT 2566
Query 2583 TCTCTTTTATTCAGTCGACACATTGACCAGATCATTCTCTGTTGCTTCTACGGAGTGGCC 2642
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 TCTCTTTTATTCAGTCGTCACATTGACCAGATCATTCTCTGTTGCTTCTACGGAGTGGCC 2626
Query 2643 AAGATATCCCAAATGAGCCTGACTTTCAGGGAAATCATATACAACTACCGGAAGCAACCA 2702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 AAGATATCCCAAATGAGCCTGACTTTCAGGGAAATCATATACAACTACCGGAAGCAACCA 2686
Query 2703 CAGTGTAAACCATTAGTTTTCCGCAGCGTTTATGTGGATGCGTTACAATGTCGCCGTCAA 2762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 CAGTGTAAACCATTAGTTTTCCGCAGCGTTTATGTGGATTCGTTACAATGTCGCCGTCAA 2746
Query 2763 GGGAGAATAGGGCCAGATCATGTTGACATCATCACATTCTACAATGAAATATTTATTCCT 2822
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2747 GGGAGGATAGGGCCAGATCATGTTGACATAATCACATTCTACAATGAGATATTTATTCCT 2806
Query 2823 GCCGTAAAGCCGCTGCTGGTGGAGCTAGGTCCTGTAAGAAACGACCGGGCTGTGGAAGCC 2882
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 GCCGTAAAGCCGTTGCTGGTAGAGCTAGGTCCTGTGAGAAACGACCGGGCTGTGGAAGCC 2866
Query 2883 AATAATAAGCCTGAAGGTCAATGTCCCGGATCGCCAAAGGTGTCTGTGTTTCCAAGTGTT 2942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 AATAATAAGCCTGAAGGTCAATGTCCCGGATCGCCAAAGGTGTCTGTGTTTCCAAGTGTT 2926
Query 2943 CCAGACATGTCCCCTAAAAAAGTATCTGCAGTGCACAATGTTTATGTTTCTCCTCTTCGG 3002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2927 CCAGACATGTCCCCTAAAAAAGTATCTGCAGTGCACAATGTTTATGTTTCTCCTCTTCGG 2986
Query 3003 GGATCAAAGATGGATGCTCTTATTTCACACAGTACAAAGAGTTACTATGCTTGTGTTGGA 3062
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2987 GGATCAAAGATGGATGCTCTTATTTCACACAGTACGAAGAGTTACTATGCTTGTGTTGGA 3046
Query 3063 GAGAGTACACATGCTTACCAGAGCCCTTCAAAGGACCTATCTGCCATCAACAACCGCTTG 3122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 GAGAGTACACATGCTTACCAGAGCCCTTCAAAGGACCTATCTGCCATCAACAACCGCTTG 3106
Query 3123 AACAACAGCAGCAGCAACCGCAAGAGGACGCTAAACTTTGACGCAGAAGCAGGGATGGTC 3182
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||||
Sbjct 3107 AACAACAGCAGCAGCAACCGCAAGAGGACGCTGAACTTTGATGTAGAAGCAGGGCTGGTC 3166
Query 3183 AGCGATTCCATGGTAGCAAATAGCCTTAACCTCCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATGGA 3242
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3167 AGCGATTCCATGGTAGCAAATAGCCTTAACCTCCAAAACCAAAACCAAAACCAAAATGGA 3226
Query 3243 AGCGATGCATCGTCCTCAGGTGGTGCCGCACCCCTTAAAACCGAGCCAACAGATTCATAG 3302
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3227 AGCGATGGATCGTCCTCAGGTG---CCGCACCCCTTAAAACCGAGCCAACAGATTCATAG 3283
Query 3303 ATATCTCTCTCTACTTGCTACACCAACTTCTCTTCAGTTATAGCATCTGTAAATCCTTAT 3362
|| |||||||||| |||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3284 AT-TCTCTCTCTATTTGCAACGCCAACTTCTTTTCAACTATAGCATCTGTAAATCCTTAT 3342
Query 3363 GTTGCAGAGTTTGCTTTTATGTTTAGCTTTCTAGTTTATAGTGATCACCTCAGGCTATGA 3422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3343 GTTGCAGAGTTTGCTTTTATGTTTAGCTTTCTAGTTTATAGTGATCACCTCAGGCTATGA 3402
Query 3423 GCGGATGGATCCCTTTATTGtttcttttt 3451
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3403 GCGGATGGATCCCTTTATTGTTTCTTTTT 3431
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134495462982
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5