BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G12590.1
Length=4306
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg318028 jgi|Araly1|318028|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001044 5675 0.0
> Ahg318028 jgi|Araly1|318028|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001044
Length=3573
Score = 5675 bits (3073), Expect = 0.0
Identities = 3268/3364 (97%), Gaps = 6/3364 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 TAGCCCCGGTCAAAGCCCCGGAAGCTCCCGGTTGCTGCAGCTAGGCGCTGCCGGCTCTGC 74
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 72 TAGCCCCGGTCAAAGCCCCGGAAGCTCCCGGTTGCTGCAGCTGGGCGCTGCCGGCTCTGC 131
Query 75 CTCGCGTCTTAGATCTTCTTCCTCCAAGAAGCCGCCTGAGCCACTTCGTCGAGCCGTTGC 134
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 132 CTCTCGCCTTAGATCTTCTTCCTCCAAGAAGCCGCCTGAGCCACTACGTCGAGCCGTGGC 191
Query 135 GGACTGCCTCTCATCCTCTCCTCCTCCGGTTAATTCGCACCATGGCGCGATCCCTTCCAT 194
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 192 GGACTGCCTCTCATCGTCTCCTCCCCCGGTTAATTCGCACCATGGCTCGATCCCTTCCAT 251
Query 195 GGCTCCCTCTGAAGCTCTCAGGAATCTCCGGGATTATCTATCAGCCTCTGCCACGACTGA 254
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 252 GGCTCCGTCGGAAGCTCTCAGGAATCTCCGGGATTATCTATCAGCCTCCGCCACGACTGA 311
Query 255 CCTGGCCTACAACATGCTGTTAGAGCATACTATAGCAGAGAGAGATCGCAGCCCAGCTGT 314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 312 CCTGGCCTACAACATGCTGTTAGAGCATACTATAGCAGAGAGAGATCGCAGCCCAGCTGT 371
Query 315 GGTTACGAGGTGTGTGGCTCTACTGAAACGGTATATCTTAAGATATAAGCCTGGCGAGGA 374
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 GGTTACGAGGTGTGTGGCACTACTGAAACGGTATCTCTTAAGATATAAGCCTGGCGAGGA 431
Query 375 GACACTTCTGCAGGTCGATAAATTTTGCGTGAACCTGATTGCTGAGTGCGATGCTAGCTT 434
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 432 GACACTACTGCAGGTCGATAAATTTTGCGTGAACCTGATTGCTGAGTGCGATGCTAGCTT 491
Query 435 GAAGCAAAAATCATTGCCTGTTTTATCAGCACCAGCGGGTGCTTCTCCTTTACCAGTGTC 494
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 492 GAAGCAAAAAACATTGCCTGTTTTATCAGCATCAGCGGGTGCTTCTCCTTTACCAGTGTC 551
Query 495 CAGTTTTGCTTCTGCAGCTCTGGTGAAATCATTGCATTATGTGCGTTCCCTTGTGGCTTT 554
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 552 CAGTTTTGCTTCTGCAGCTCTGGTGAAGTCATTGCATTATGTGCGTTCCCTTGTGGCTTT 611
Query 555 ACATATCCCAAGGCGATCCTTTCAACCTGCAGCATTTGCAGGAGCTACTCTTGCGTCAAG 614
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 ACATGTCCCAAGGCGATCCTTCCAACCTGCAGCATTTGCAGGAGCTACTCTTGCGTCAAG 671
Query 615 ACAGTTATTGCCATCTCTATCTTCTTTGTTGAGCAAATCATTCAATTCTCAATTAAGTCC 674
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 672 ACAGTTATTGCCATCTCTATCTTCTTTGTTGAGCAAATCATTCAATTCCCAATTAAGTCC 731
Query 675 AGCAAATGCCGCAGAATCTCCACAGAAAAAGGATGCTGCAAATCTGTCTGTTTCAAACTT 734
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 732 TGCAAATGCCGCAGAATCTCCACAGAAAAAGGATGCTGCAAATCTGTCTGTTTCAAACTT 791
Query 735 GTCAAATATACAAGAAATTAATGCTATGGAAGACACTGAATACATATCGTCAGACTTGCT 794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 792 GTCAAATATACAAGAAATTAATGCTATGGAAGACACTGAATACATATCGTCAGACTTGCT 851
Query 795 GAATTGGCGTTGGGTTGGGGAGCTACAGTTATCATCAGCTTCTTCTGAAAGCGAACGCCC 854
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 GAATTGGCGTTGGGTTGGGGAGCTCCAGTTATCATCAGCTTCTTCTGAAAGCGAACGCCC 911
Query 855 TGTTAATCTCCAAGACATGAACAATTGTAATCTTCTGGAAGTTGGTGCTGCTGGCCTGCT 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 912 TGTTAATCTCCAAGACATGAACAATTGTAATCTTCTGGAAGTTGGTGCTGCCGGCCTGCT 971
Query 915 TGTAGGAGATATGGAAGCCAAAATGAAGGGTCAGCACTGGAAATATTTTGGTACCGCAGA 974
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 972 TGTTGGAGATATGGAAGCTAAAATGAAGGGTCAGCACTGGAAATATTTTGGTACCACAGA 1031
Query 975 GATGCCTTATTTAGAACAACTGCTGCAGCCAGCTTCAGTCACGATGATAACAAACTCAGC 1034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1032 GATGCCTTATTTAGAACAACTGCTGCAGCCAGCTTCAGTCACGATGATAACAAACTCTGC 1091
Query 1035 CTCAGCTCGCTCCCACTTGAGAGCAATTACAGCTTCCAAACGCACCAGGGCTGGCCCTCA 1094
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1092 CTCAGCTCGCTCCCACTTGAGAGCAATAACAGCTTCCAAACGCACCAGAGCTGGCCCTCA 1151
Query 1095 GCAGATCTGGGATGATTCCACTGTAAATACATTTCGTCCACGTGCCAGACCGCTTTTTCA 1154
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 GCAGATCTGGGATGATTCCACTGTAAACACATTTCGTCCACGTGCCAGACCGCTTTTTCA 1211
Query 1155 GTATCGTCATTACAGTGAACAACAACCACTGCGCCTAAACCCTGCCGAGGTAGGTGAAGT 1214
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1212 GTACCGTCATTACAGTGAACAACAACCACTGCGCCTAAACCCTGCCGAGGTAGGTGAGGT 1271
Query 1215 GATCGCTGCTGTTTGTTCTGAGGCATCATCCACCCCTTCAAATCAAATGACTGTATCACC 1274
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 GATCGCTGCTGTTTGTTCTGAGGCATCATCAACCCCTTCAAATCAAATGACTGTATCACC 1331
Query 1275 CCAATTAACGAGCAAGACTGGAAAGCCGTCGATGGATGTGGCTGTGAGCGTCCTAATTAA 1334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 CCAATTAACGAGCAAGACTGGAAAGCCGTCGATGGATGTGGCTGTGAGCGTCCTAATTAA 1391
Query 1335 GCTTGTTATCGACATGTATGTATTGGACGCTAGAATTGCTGCTCCTCTTACTTTATCCAT 1394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1392 GCTTGTTATCGACATGTATGTATTGGACGCTAGAATTGCTGCTCCTCTTACTCTATCCAT 1451
Query 1395 GCTCGAGGAAATGCTATGCTCCACAAAAGCACCTTGTAGGATTCGTGTATTTGATTTAAT 1454
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 GCTTGAGGAAATGCTATGCTCCACAAAAGCAGGTTGTAGGATTCGTGTATTTGATTTAAT 1511
Query 1455 TCTTAATTTAGGAGTTCATGCACAATTGTTAGAGCCAATGATAAGTGATAATGCGACTAC 1514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1512 TCTTAATTTAGGAGTTCATGCACAATTGTTAGAGCCAATGATAAGTGATAATGCGACAAC 1571
Query 1515 CATTGAAGAAGATTATGCCCAAGAAACATATATCGACAATGAAAATAGGCTTCTGCTACA 1574
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 CATTGAAGAAGAATATGCCCAAGAAACATATATCGACAATGAAAATAGGCTTCTGCTACA 1631
Query 1575 AGGGACAAGAACAAAAGACTTGCCTAAGATGTCAAGCACTTCTTCGGCTATTGAGAACTT 1634
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 AGGGACAAGAACGAAAGACTTGCCGAAGATGTCAAGCACTTCTTCGGCTATTGAGAACTT 1691
Query 1635 TGAGTCTTGGATATTAAAAATCTTATTTGAAATACTTCTTCTCCTAGTTCAGGTTGAGGA 1694
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1692 TGAGTCTTGGATATTGAAAATCTTATTTGAAATACTTCTTCTCCTAGTTCAGGTTGAGGA 1751
Query 1695 AAAGGAAGAATGTGTTTGGGCCTCTGCCCTCAGCTGCTTGCTCTATTTTATCTGTGATAG 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 AAAGGAAGAATGTGTTTGGGCCTCTGCCCTCAGCTGCTTGCTCTATTTTATCTGTGATAG 1811
Query 1755 AGGCAAAATACGGAGAAACCAGCTAAATGGTCTTGACATAAGGGTTATAAAAGCTCTTCT 1814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1812 AGGCAAAATACGGAGAAACCAGCTAAATGGTCTTGACATAAGGGTTATTAAAGCTCTTCT 1871
Query 1815 GGGAACTAGCAAAAGGAATTCTTGGTCAGAAGTTGTTCATTCCAAGCTTATTTGTATCAT 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 GGGAACTAGCAAAAGGAATTCTTGGTCAGAAGTTGTTCACTCCAAGCTTATTTGTATCAT 1931
Query 1875 GACGAATATGTTTTATCAATCTCCAGAACCAGAAGGCTCTAACAAAGCAATTTCAAGTGC 1934
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1932 GACGAATATGTTTTATCGATCTCCAGAACCAGAGGGCTCTACCAAAGCAATTTCAAGTGC 1991
Query 1935 CTCAAATTTTCTTATCGACCAGGTCGATCTGATTGGTGGTGTAGAATACATTTTCTTTGA 1994
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1992 CTCAAATTTTCTTATCGACCAGGTCGATCTGATTGGTGGTGTTGAATACATTTTCTTTGA 2051
Query 1995 GTACTCTTTGGCAACCACTAGAGAGGAAAGAAGAAATCTCTACTCGGTTTTATTTGACTA 2054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052 GTACTCTTTGGCAACCACTAGAGAGGAAAGAAGAAATCTCTACTCGGTTTTATTTGACTA 2111
Query 2055 TGTGCTGCATCAAATTAATGAGGCATGCTCATCTGCTGGTCTTTCTGAGTACACTGATGA 2114
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 TGTCCTGCATCAAATTAATGAGGCATGCTCAGCTGCTGGTCTTTCTGAGTACACTGATGA 2171
Query 2115 TGAGATTCAACCTTTGGCTGTTCGGCTTGCTCTTGCTGATGCACCTGAAGCTTTCTACAT 2174
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2172 TGAGATTCAACCTTTGGCTGTTCGGCTTGCTCTTGCGGATGCACCTGAAGCTTTCTACAT 2231
Query 2175 TTCTGTTAAGCTTGGTGTTGAAGGCATAGGAGAAATCCTGCGAAGATCAATTGCTGCAGC 2234
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2232 TTCTGTTAAGCTTGGTGTTGAAGGCATAGGGGAAATCCTGCGAAGATCAATTGCTGCAGC 2291
Query 2235 ATTGTCTGGGTTCAGCAACAGCGAACGACTTAACCAGCTTTTGGCAAATATAACAGAAAA 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 ATTGTCTGGGTTCAGCAACAGCGAACGACTTAACCAGCTTTTGGCAAATATAACAGAAAA 2351
Query 2295 GTTTGACACAATAATAGGTTCGTTTACTCACCTGGACAAAGAGTTCCTGCATCTCAAACA 2354
|||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 GTTTGACATGATAATAGGTTCGTTTACTCACTTGGACAAAGAGTTCCTGCATCTCAAACA 2411
Query 2355 GATTACCAAATCTTCCAAGTTCATGGAAAGCATTTTAGATTTAAGAAACGATATAAGCAT 2414
||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2412 GATAACCAAATCTTCCAAGTACATGGAAAGCATTAGAGATTTAAGAAACGATATAAGCAT 2471
Query 2415 GTCCGTGAATCTAGCTTGGGCTACTTTGCACTCTCTTCTTCATTCAGAAAGGACCACATA 2474
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2472 GTCAGTGAATCTAGCTTGGGCTACTTTGCACTCCCTTCTTCATTCAGAAAGGACCACATA 2531
Query 2475 CCGTCAAAATGGGTATATCTGGTTGGGGGATCTTCTGATTGCAGAAATTAGTGAAGAGAG 2534
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 CCGTCAAAATGGATATATCTGGTTGGGGGATCTTCTGATTGCAGAAATTAGTGAAGAGAG 2591
Query 2535 CGGTGGAAGTATATGGCTGAGCATAAAAGATCTGCAACAAAAGATTGCCCATTGTGGTAC 2594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2592 CGGTGGAAGTATATGGCTGAGCATAAAAGATCTGCAACAAAAGATTGCCCATTGTGGTAC 2651
Query 2595 CTCAGACTCTCTGGTTACTTCTGATGTACCTATTTCCATACATCTCCTATGTGGACTCTT 2654
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2652 CTCAGACTCTTTGGTTACTTCTGATGTACCTGTTTCCATACATCTTCTATGTGGACTTTT 2711
Query 2655 GAAGTCAAGGAACAGTGTTATCAGATGGGGTTTCCTATTTATTCTGGAGAGGCTACTTAT 2714
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2712 GAAGTCAAGAAACAGTGTTATCAGATGGGGTTTCCTATTCATTCTGGAGAGGCTTCTTAT 2771
Query 2715 GCGCTCCAAGTTCTTACTAGACGAGAATGAGACCCAACGATCAACTGGTGGAGTTGCTAC 2774
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2772 GCGCTCCAAGTTCTTACTAGATGAGAATGAGACCCAACGATCAACGGGTGGAGTTGCTAC 2831
Query 2775 TCAGGACCATAAAGACAAACGACTAGAGAAAGCAAATGCTGTTATAGACATAATGAGCAG 2834
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2832 TCAGGATCATAAAGACAAACGACTAGAGAAAGCAAATGCTGTCATAGACATAATGAGCAG 2891
Query 2835 TGCTTTGTCTTTGATGGCACAAATAAATGAAACTGACCGGATTAACATCTTAAAGATGTG 2894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2892 TGCTTTGTCTTTGATGGCACAAATAAATGAAACTGACCGGATTAATATCTTAAAGATGTG 2951
Query 2895 TGACATTCTTTTCTCGCAATTGTGCTTGAAAGTTTTGTCTACTGACGAGGATGCAGTCCC 2954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2952 TGACATTCTTTTCTCGCAATTGTGCTTGAAAGTTTTGTCTACTGACGAGGATGCAGTCCC 3011
Query 2955 CAATTCTGCGGATAGGAATAGCAAATTTGATACTTCTCATCGTAACAGCTATAAAGAAAG 3014
||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3012 CAATTCTGCAGATAGGAA-A-----TTTGATTCTTCTCATCGTAACAGCTATAAAGAAAG 3065
Query 3015 TGTGGATGAAGGTGACACCAAGCCTCGGTACAATAACGTCTCTGTTTCAACGTGTGAGAC 3074
||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3066 TGTGGATGAAGCTGACACCAGGCCTCGGTACAACAATGTCTCTGTTTCAACGTGCGAGAC 3125
Query 3075 AGCGTCAATGGCAGCGATGCTTCTTCGTGGACAGGCCATTGTTCCTATGCAGCTGGTTGC 3134
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3126 AGCATCAATGGCAGCAATGCTTCTTCGTGGACAGGCCATTGTTCCTATGCAGCTGGTTGC 3185
Query 3135 GCGTGTGCCAGCAGCTTTGTTTTATTGGCCACTGATTCAACTAGCAGGTGCAGCAACTGA 3194
|||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3186 GCGTGTGCCAGCGGCTTTGTTTTACTGGCCATTGATTCAACTAGCAGGTGCAGCAACTGA 3245
Query 3195 CAACATTGCACTTGGTGTCGCCGTTGGAAGCAAAGGTAGAGGAAATATTCCAGGGGCAAC 3254
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3246 CAACATTGCACTTGGTGTCGCTGTTGGAAGCAAAGGTAGAGGAAATATTCCAGGTGCAAC 3305
Query 3255 CTCTGATATTCGAGCCACCCTGCTATTACTTCTGATTGGTAAATGCACCGCCGATACAGT 3314
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 3306 CTCTGATATTCGAGCCACCCTGCTATTACTTCTGATTGGTAAATGCACTGCCGATACAAT 3365
Query 3315 TGCTTTTCAAGAAGTTGGCGGAGAGGAGTTCTTTAGGGAACTCCTGGATGATACTGATTC 3374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3366 TGCTTTTCAAGAAGTTGGCGGAGAGGAGTTCTTTAGGGAACTCCTGGATGATACTGATTC 3425
Query 3375 AAGG 3378
||||
Sbjct 3426 AAGG 3429
Score = 252 bits (136), Expect = 2e-65
Identities = 142/145 (98%), Gaps = 0/145 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3411 GAGGATGATGACGGAGGAACCAGAGAAATACCAAAACATGCTTCAGAAGCTTGTCTTTAA 3470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3429 GAGGATGATGACGGAGGAACCAGAGAAATACCAAAACATGCTTCAGAAGCTTGTCTTTAA 3488
Query 3471 GGCTCAGCAGAGCAATAATGAGAAACTGCTAGAGAATCCATATCTGCAGATGTGTGGTAT 3530
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3489 GGCTCAACAGAGCAATAATGAGAAACTGCTGGAGAATCCATATCTGCAGATGTGTGGTAT 3548
Query 3531 ACTTCAGCTATCAAACGAGCTCTGA 3555
||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3549 ACTTCAGCTATCAAACGAGCTATGA 3573
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 162848354867
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5