BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G12770.1
Length=2121
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg904167 jgi|Araly1|904167|Al_scaffold_0003_1295 3336 0.0
> Ahg904167 jgi|Araly1|904167|Al_scaffold_0003_1295
Length=2085
Score = 3336 bits (1806), Expect = 0.0
Identities = 1994/2087 (96%), Gaps = 4/2087 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 ATGTCGGAAGCATCTTGTCTTGCTTCTCCTTTGCTCTACACCAATTCTGGAATCCATTCT 81
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCGGAAGCATCTTGTCTTGCTTCTCCTTTTCTCTACACCAATTGTGGAATCCATTCT 60
Query 82 GATTCTTTCTACGCTTCGCTTATTGATAGTGCCACTCATAAAGCTCAGCTGAAGCAAATC 141
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||
Sbjct 61 GATTCTTTCTACGCTTCGCTTATTGATAGTTCCACTCATAAATCTCAGTTGAGGCAAATC 120
Query 142 CACGCACGTTTACTT-GTTTTAGGTTTGCAGTTCAGTGGTTTCTTGATCACCAAGCTCAT 200
|||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CACGCACGTTTA-TTGGTTCTGGGTTTGCAGTTCAGTGGTTTCTTGATCACCAAGCTCAT 179
Query 201 TCACGCTAGCTCTTCCTTTGGTGACATTACTTTTGCACGCCAAGTGTTCGACGATTTACC 260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 180 TCACGCTAGCTCTTCCTTTGGTGACATTACTTTTGCACGCCAGGTGTTCGACGATTTACC 239
Query 261 TCGTCCTCAAATATTCCCTTGGAATGCTATAATCAGGGGTTATTCAAGGAACAATCACTT 320
|||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 240 TCGTCCTCAAGTATTCCCCTGGAATGCTATTATCAGGGGTTATTCGAGAAACAATCACTT 299
Query 321 CCAAGATGCTCTTCTCATGTATTCCAATATGCAACTCGCTCGTGTTTCTCCTGATTCTTT 380
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CCAAGATGCTCTCCTCATGTATTCCAAGATGCAACTCGCTCGTGTTTCTCCTGATTCTTT 359
Query 381 CACTTTCCCTCATCTTCTTAAAGCTTGCAGCGGTTTGTCTCATCTTCAGATGGGTAGATT 440
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 360 CACTTTCCCTCATCTTCTTAAAGCTTGCGGCGGTTTGTCTCACCTTCAGATGGGTAGATT 419
Query 441 CGTTCATGCTCAGGTGTTCAGGCTTGGATTTGATGCGGATGTGTTTGTTCAGAACGGTCT 500
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 420 TGTTCATGCTCAGGTGTTCAGGCTTGGATTTGAAGCGGATGTGTTTGTTCAGAATGGTCT 479
Query 501 CATTGCCTTGTATGCGAAATGTAGGCGTTTGGGATCTGCGAGAACTGTGTTTGAAGGACT 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CATTGCCTTGTATGCGAAATGTAGGCGTTTGGGATGTGCGAGAACTGTGTTTGAAGGACT 539
Query 561 GCCATTGCCAGAGAGGACGATAGTCTCATGGACTGCTATCGTTTCAGCTTATGCTCAGAA 620
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 540 GCCATTGCCAGAGAGGACGATTGTCTCATGGACGGCTATCGTTTCAGCCTATGCGCAGAA 599
Query 621 CGGTGAGCCTATGGAGGCTCTTGAGATTTTTAGTCAGATGAGGAAGATGGATGTGAAGCC 680
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CGGTGAGCCTGTGGAGGCTCTTGAGATTTTCAGTCAGATGAGGAAGATGGATGTGAAGCC 659
Query 681 TGACTGGGTAGCTCTTGTCAGCGTTCTCAATGCTTTCACTTGCTTGCAGGATTTGAAGCA 740
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 660 TGACTGGGTAGCTCTCGTCAGCGTTCTCAATGCTTTCACTTGCTTGCAGGATTTGGAGCA 719
Query 741 AGGGAGATCTATTCATGCTTCTGTTGTGAAGATGGGTCTTGAAATAGAGCCTGACTTACT 800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 720 AGGGAGATCTATTCATGCTTCTGTTGTGAAGATGGGTCTTGAAACAGAGCCTGACTTGCT 779
Query 801 CATCTCTCTCAACACCATGTATGCAAAATGTGGCCAAGTTGCAACTGCCAAGATTCTGTT 860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 780 CATCTCTCTCAACACCATGTATGCAAAATGTGGCCAAGTAGCAACCGCCAAGATTCTGTT 839
Query 861 TGATAAGATGAAGTCACCTAACCTGATTTTGTGGAACGCCATGATCTCTGGCTATGCGAA 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGATAAGATGAAGTCACCTAACCTGATTTTGTGGAACGCCATGATCTCTGGCTATGCGAA 899
Query 921 GAACGGTTATGCCAGGGAAGCTATTGATATGTTTCATGAGATGATCAATAAAGATGTTAG 980
|||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 900 GAACGGTTTTGCCAAGGATGCTATTGATTTGTTTCATGAGATGATCAATAAAGATGTCAG 959
Query 981 ACCCGACACCATCTCTATAACATCTGCCATTTCGGCTTGCGCTCAAGTAGGTTCTCTTGA 1040
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 ACCTGACACCATCTCTATAACATCTGCCATTTCAGCTTGCGCTCAAGTAGGTTCTCTTGA 1019
Query 1041 GCAGGCTCGCAGTATGTATGAATATGTAGGCAGAAGTGACTACAGGGATGACGTTTTCAT 1100
|||||| ||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1020 GCAGGCCCGCTGGATGGATGAATATGTAAGCAGGAGTGACTACAAGGATGACGTTTTCAT 1079
Query 1101 AAGCAGCGCATTAATCGATATGTTTGCTAAATGTGGAAGTGTAGAAG-GCGCAAGGTTGG 1159
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| | |
Sbjct 1080 AAGCAGCGCTTTAATCGATATGTTTGCTAAATGCGGAAGTGTAG-AGTGCGCAAGATCAG 1138
Query 1160 TTTTTGACCGAACACTTGACAGGGATGTTGTGGTGTGGAGTGCTATGATTGTTGGGTATG 1219
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1139 TTTTTGACCGAACACTTGACAGGGATGTTGTGGTGTGGAGTGCTATGATTGTCGGGTATG 1198
Query 1220 GATTGCACGGGCGGGCAAGAGAAGCAATCAGTCTGTACCGTGCAATGGAGCGTGGTGGAG 1279
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1199 GATTGCACGGGCAGGCAAGAGAAGCAATCAGTCTGTACCGTGCAATGGAGTGTGGTGGAG 1258
Query 1280 TACATCCCAATGACGTCACTTTTCTGGGGCTTCTCATGGCCTGTAACCATTCAGGCATGG 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TACATCCCAATGACGTCACTTTTCTGGGGCTTCTCATGGCCTGTAACCATTCAGGCATGG 1318
Query 1340 TAAGAGAAGGCTGGTGGTTTTTCAACCGGATGGCGGATCACAAAATAAATCCACAACAGC 1399
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1319 TAAGAGAAGGCTGGTGGTTTTTCAACCGGATGGCGGATCACAAAATAAATCCGCAACAGC 1378
Query 1400 AACATTATGCATGTGTCATTGATCTTCTCGGGCGTGCTGGTCATCTGGATCAAGCTTATG 1459
|||| |||||||| |||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1379 AACACTATGCATGCATCATTGATCTACTTGGTCGTGCTGGTCATCTAGATCAAGCTTATG 1438
Query 1460 AAGTGATCAAATGCATGCCGGTCCAGCCCGGTGTAACGGTTTGGGGAGCACTCCTAAGCG 1519
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AAGTGATCAAATGCATGCCAGTCCAGCCCGGTGTAACGGTTTGGGGAGCACTCCTAAGCG 1498
Query 1520 CTTGCAAGAAGCATCGCCACGTTGAACTGGGAGAATATGCAGCTCAACAGCTTTTCTCAA 1579
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1499 CTTGCAAAAAGCATCGCCACGTTGAACTGGGAAAATACGCAGCTCAGCAGCTATTCTCAA 1558
Query 1580 TAGACCCATCCAACACAGGCCACTATGTACAGCTCTCTAATCTGTATGCTGCAGCACGTT 1639
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1559 TAGACCCATCCAACACAGGCCACTATGTGCAGCTCTCTAATCTGTATGCTGCAGCGCGTT 1618
Query 1640 TGTGGGACCGTGTTGCAGAGGTGCGAGTGAGAATGAAGGAGAAAGGATTGAACAAAGACG 1699
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGTGGGACTGTGTTGCAGAGGTGCGAGTGAGGATGAGGGAGAAAGGATTGAACAAAGACG 1678
Query 1700 TTGGATGTAGCTGGGTTGAAGTAAGGGGAAGGTTGGAGGCTTTCCGAGTGGGTGATAAGT 1759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1679 TTGGATGTAGCTGGGTTGAAGTAAGGGGAAGGTTGGAGGCTTTCAGAGTGGGTGATAAGT 1738
Query 1760 CACATCCGAGATATGAAGAGATAGAGAGACAAGTAGAGTGGATAGAGAGTAGATTGAAGG 1819
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1739 CACATCCGAGATACGAAGAGATAGAGAGACAAGTAGAGTGGATAGAGAGTAGACTGAAGG 1798
Query 1820 AAGGTGGATTTGTGGCTAACAAGGATGCTTCATTGCACGATCTCAACGATGAAGAAGCTG 1879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AAGGTGGATTTGTGGCTAACAAGGATGCTTCATTGCACGATCTCAACGATGAAGAAGCTG 1858
Query 1880 AAGAGACTTTGTGCAGCCACAGCGAGAGGATCGCGATTGCGTATGGGCTTATAAGTACAC 1939
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1859 AAGAGACTCTGTGCAGCCACAGCGAGAGGATCGCAATTGCATATGGGCTTATAAGTACAC 1918
Query 1940 CCCAAGGCACACCACTGCGGATCACAAAGAATCTGAGAGCATGCGTAAACTGTCATGCTG 1999
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1919 CCCAAGGGACAACACTGCGGATCACAAAGAATCTGAGAGCATGCGTGAACTGTCATGCCG 1978
Query 2000 CTACAAAGCTTATCTCGAAGCTAGTGGACAGAGAGATTGTTGTGAGAGATACAAATAGGT 2059
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1979 CTACAAAGCTTATCTCGAAGCTTGTGGGCAGAGAGATTGTTGTGAGAGACACAAATAGGT 2038
Query 2060 TCCACCATTTTAAGGATGGAGTTTGTTCCTGTGGTGATTATTGGTAA 2106
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TCCACCATTTTAAGGATGGAGTTTGTTCGTGTGGTGATTATTGGTAA 2085
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79799063275
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5