BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G13060.2
Length=2300
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478675 jgi|Araly1|478675|fgenesh2_kg.3__1376__AT3G13060.2 3886 0.0
> Ahg478675 jgi|Araly1|478675|fgenesh2_kg.3__1376__AT3G13060.2
Length=2298
Score = 3886 bits (2104), Expect = 0.0
Identities = 2239/2303 (97%), Gaps = 14/2303 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 TTTGTTTTTGAATCAGATCCTTATTCTTGACCTTTCGATCAGATTCATGGCAACGACTCA 66
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGGTTTTGAATCAGATCCTTATTCTTGACCTTTCGATCAGATTCATGGCAACGACTCA 60
Query 67 ATCACACACCTCAGATCTTACTTCAGAGGAGCAACCTGCTAGTTTGGACATCATGAAGGA 126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATCACACACCTCAGATCTTACTTCAGAGGAGCAACCTGCTAGTTTGGACATCATGAAGGA 120
Query 127 GCAGACTGTCCCGGCAAACAACGAGACATCAGCCTCTTTTAAGTCCTCCCAGGAAGCTCC 186
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 121 GCAGACTGTTCCGGCAAACAACGAGACATCAGCCTCTTTTAAGTCCTCCCAGGAAGCTGC 180
Query 187 AGTTGTAGTTCATCCAGCAAAAGTTGCTCCACTTACTGGACCTTATGGTTTAGCCGGTGA 246
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 181 AGTTGTAGTTCATCCAGCAAAAGTTGCTCCACTAACTGGACCCTATGGTTTAGCTGGTGA 240
Query 247 TTTTGCCGGACACTTACCTAGCAGCATCCTCTCTCCTCAAGCACAAGGCTTTTACTATAG 306
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTTGCCGGACACTTACCTAGCAGCATCCTCTCTCCTCAAGCGCAAGGCTTTTACTATAG 300
Query 307 AGGTTATGAAAACCCCACAGGCGAATGGGACGAGTATTCCTCGTATGTCAATGTTGAAGG 366
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 301 AGGTTATGAAAACCCCACAGGCGAATGGGACGAATATTCCTCATATGTCAATGTTGAAGG 360
Query 367 ATTGGACATCACATCTCCTGTTGGCTTCAATGAGAATGCTTCTCTGGTCTACCAAACGGG 426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATTGGACATCACATCTCCTGTTGGCTTCAATGAGAATGCTTCTCTGGTCTACCAAACGGG 420
Query 427 ATATGGATACAACCCTCAAATGCCATATGGGCCATATTCCCCTGCAGCAAGTCCCTTGCC 486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATATGGATACAACCCTCAAATGCCATATGGGCCATATTCCCCTGCAGCAAGTCCCTTGCC 480
Query 487 TTCTGAGGGACAGTTGTATTCTCCACAACAGTTTCCGTTTTCAGGGGCATCACCGTATTA 546
||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 481 TTCTGAGGGGCAGTTGTATTCACCTCAGCAGTTTCCGTTTTCGGGGGCATCACCGTATTA 540
Query 547 CCAGCAGGTAGTTCCTCCTAGCATGCAATATATTACTTCTCCAACTCAGCCCGAGCTCAC 606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCAGCAGGTAGTTCCTCCTAGCATGCAATATATTACTTCTCCAACTCAGCCCGAGCTCAC 600
Query 607 CAGCCTTGTCGGTGTTGACCAACAAGGTGATAACATCGGACCACGCCAATCCTACCATCC 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 601 CAGCCTTGTCGGTGTTGACCAACAAGGTGATAACATCGGACCACGCCCGTCCTACCATCC 660
Query 667 TCATCCCATTGGACCGTTTAATGGAAACCAGCCAAACCTTGGTTTTCCTGAATGGCAGCA 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TCATCCCATTGGACCGTTTAATGGAAACCAGCCAAACCTTGGTTTTCCTGAATGGCAGCA 720
Query 727 AGGTTTTGACGGGGGAATATGGTCGGATTGGTCCAAGCCTTCTGATATGCACAGGCATTC 786
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 721 AGGTTTTGACGGGGGAATATGGTCAGATTGGTCCAAGCCTTCTGATATGCACAGACATTC 780
Query 787 TTCTTCTATTTCTCCGGCTTTATCTCCTCAGCCACTCGGCTCATATGGATCATATGGCCA 846
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 781 TTCTTCTATTTCTCCGGCTTTATCTCCTCAGCCACTCGGCTCATTTGGATCATATGGCCA 840
Query 847 GAACATACCCATGGGGTCACAGCGACAGAGATCATTTTACGGTTTTGGATCTGGTTCGAA 906
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GAACATTCCCATGGGGTCACAGCGACAGAGATCGTTTTACGGTTTTGGATCTGGTTCGAA 900
Query 907 CTCTTATAACAGAGGTTATATGCATAGTGGTGGTCGTGGCCAGGGTTCTAACTATGGAAG 966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTCTTATAACAGAGGTTATATGCATAGTGGTGGTCGTGGCCAGGGTTCTAACTATGGAAG 960
Query 967 TAGACTAATTTCTAATGTGGGTATGGGAAACCAAGGCTGGATTGGGGTTGACAACAGTCG 1026
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TAGACTAATTTCTAATGTGGGTATGGGAAACCACGGCTGGATTGGGGTTGACAACAGTCG 1020
Query 1027 AGGGCGTGGAAGGGTTAGTGATCCATCTTTGGGTGGTGCTTATAATGGTACTTTTGATAT 1086
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1021 AGGGCGTGGAAGGGTTAGTGATCCATCTTTGGGTGGTGGTTATAATGGTACATTTGATAT 1080
Query 1087 CCTCAATGAGCAAAATCGAGGACCAAGGGCTTCAAAGCCCAAGACTCAGGTCTTAGAGGA 1146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1081 CCTCAATGAGCAAAATCGAGGACCAAGGGCTTCAAAGCCTAAGACTCAGGTCTCAGAGGA 1140
Query 1147 GCTTGATTCTGCTGCTGATTCTAAGAAAAATAACAAAGGCAGTGCAAAGGAGCACGAGGA 1206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1141 GCTTGATTCTGCTGCTGATTCTAAGAAAAATAACAAAGGCAGTGCAAAGGAACACGAGGA 1200
Query 1207 ATCCAACAACGCAGACTTTGTCACCGACTACACTAACGCCAAGTTGTTCATCATCAAGTC 1266
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ATCCAACAACGCGGACTTTGTCACCGACTACAATAACGCCAAGTTGTTCATCATCAAGTC 1260
Query 1267 TTACAGTGAAGACAATGTTCACAAAAGCATCAAATACAATGTATGGGCTAGCACCCCTAA 1326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTACAGTGAAGACAATGTTCACAAAAGCATCAAATACAATGTATGGGCTAGCACCCCTAA 1320
Query 1327 TGGCAACAAAAAGCTTGACGCTGCTTATCGTGAGGCCAAGGATGAGAAAGAACCGTGTCC 1386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TGGCAACAAAAAGCTTGACGCTGCTTATCGTGAGGCCAAGGATGAGAAAGAACCGTGTCC 1380
Query 1387 ACTTTTTCTTCTGTTCTCGGTAAATGCGAGCTCTCAATTCTGTGGTGTAGCAGAGATGGT 1446
||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1381 ACTGTTTCTTCTGTTCTCGGTAAATGCGAGTTCCCAATTCTGTGGTGTAGCGGAGATGGT 1440
Query 1447 TGGACCTGTTGATTTTGAGAAGAGCGTTGATTACTGGCAACAAGATAAATGGAGTGGACA 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1441 TGGACCTGTTGATTTTGAGAAGAGCGTTGATTACTGGCAACAGGACAAATGGAGTGGACA 1500
Query 1507 GTTCCCAGTGAAGTGGCACATTATCAAAGATGTTCCAAACAGCCAGTTCCGCCACATTAT 1566
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1501 GTTCCCAGTGAAGTGGCACATTATCAAAGATGTTCCAAACAGTCAGTTCCGCCACATTAT 1560
Query 1567 ATTGGAAAACAATGACAATAAGCCTGTGACTAATAGTCGAGACACCCAAGAAGTAAAACT 1626
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1561 ATTGGAAAACAATGACAATAAGCCTGTGACTAATAGTCGAGATACCCAAGAAGTAAAACT 1620
Query 1627 GGAACAGGGCATCGAGATGCTGAAGATCTTCAAGAACTACGACGCTGACACGTCAATCTT 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1621 GGAACAGGGCATCGAGATGCTGAAGATCTTCAAGAACTATGATGCTGACACGTCAATCTT 1680
Query 1687 GGATGATTTCGGGTTTTATGAAGAGCGGGAGAAAATTATACAAGACCGGAAGGCAAGAAG 1746
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1681 GGATGATTTCGGGTTTTATGAAGAGCGGGAGAAAATTATACAGGACCGGAAGGCAAGAAG 1740
Query 1747 ACAGCCAAGCTTGCCATCTGCAGGAGTAGTAGCAGGAGAAAATGAACATAAACCTGCTTC 1806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ACAGCCAAGCTTGCCATCTGCAGGAGTAGTAGCAGGAGAAAATGAACATAAACCTGCTTC 1800
Query 1807 TGCTGCATTACCCACAGACTTCATGAAGAACATGTCCAAGAGTTTTGCGCAAGTTGTCCG 1866
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TGCTGCATTGCCCACGGACTTCATGAAGAACATGTCCAAGAGTTTTGCGCAAGTTGTCCG 1860
Query 1867 CTTGGACGAAGGCAGCAAAGAAGCAGTCAAGGCCAGTTCATCTCCAGATGCAATTACAAC 1926
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1861 CTTGGACGAAGGCAGCAAAGAAGCAGGCAAGGCCAGTTCACCTCCAGATGCAATTACAAC 1920
Query 1927 A---GCAGCAGTCTCTTCTGGTCAATCCAACTAGTAAGTAAAAGACATCAATTAGCAAAG 1983
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AACAGCAGCAGTCTCTTCTGGTCAATCCAACTAGTAAGTAAAAGACATCAATTAGCAAAG 1980
Query 1984 ACTATGTTTTCAAATTCCATAATATGATCTTTTGTTTGTTCTAAGAAGGTATTTCAAATG 2043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1981 ACTATGTTTTCAAATTCCATAATATGATCTTTTGTTTGTTCTAAGAAGGTATT-CAAATG 2039
Query 2044 AAATTTTACGTCTGACCGGGTCTGGTTTTTGTGTAAAGTAAGCCTCTTTCCTCCGCCCTT 2103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2040 AAATTTTACGTCTGACCGGGTCTGGTTTTTGTGTAAAGTAAGCCTCTTTT-T--GCCCTT 2096
Query 2104 TTCTGCTTCAGGGGTATTTAGCCAAAATTTGATTCATTTCCCTCTTTTCAATGTTCTATA 2163
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TTCTGCTTCAGGGGTATTTAGCCAAA-TTTGATTCATTTTCCTCTTTTCAATGTTCTATA 2155
Query 2164 ATACCCTCACTCTTCTGAGTTGATAGAAGAAGAAGATGAAGAAGATAATGTATGAAAGAC 2223
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2156 ATACCCTCACTCTTCTGGGTTGATAGAAAAAGAAGATGAAGAAGATAATGTATGAAATAC 2215
Query 2224 AATATAATGTTTCTCTTGTAAAGTTGGCCTCATTTATCTTTGCAGGCAGTTTTTC----- 2278
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 AATATAATGTTGCTCTTGTAAAGTTGGCCTCATTTATCTTTGCAGGCAGTTTTTCTTTTC 2275
Query 2279 -AAAATAAAAATGCAGATTACAC 2300
||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TAAAATAAAAATGCAGATTACAC 2298
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86617217130
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5