BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G13330.1
Length=5608
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478716 jgi|Araly1|478716|fgenesh2_kg.3__1417__AT3G13330.1 4139 0.0
> Ahg478716 jgi|Araly1|478716|fgenesh2_kg.3__1417__AT3G13330.1
Length=5256
Score = 4139 bits (2241), Expect = 0.0
Identities = 2394/2469 (97%), Gaps = 6/2469 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 708 CTTTATCGACTGGGAGTCTTACTTGCCCATGCTTTTCAGTAGATTTTTGAATATGTTTGA 767
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 CTTTATCGACTGGGAGTCGTACTTTCCCATGCTTTTCAGTAGATTCTTGAATATGTTTGA 539
Query 768 GGTTCCTGTTGCAAATGGGAGTGGATCATATCCTTTCTCCGTTGATGTTCCCAGAAACAC 827
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GGTTCCTGTTGCAAATGGGAGTGGATCATATCCTTTTTCAGTTGATGTTCCCAGAAACAC 599
Query 828 AAGATTCTTGTTCTCCAACAGGACTACTACTCCATCTAAATCAATTGCACAATCTATTGT 887
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AAGATTCTTGTTCTCTAACAGGACTACTACTCCATCAAAATCAATTGCACAATCTATTGT 659
Query 888 ATACTTTCTGAAACCTGGAAGTTCGGCACATGAGCAGTTAGAGAAATTGGTCAATCTCTT 947
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 660 ATACTTTCTAAAACCTGGAAGTACGGCACATGAGCAGTTCGAGAAGTTGGTCAACCTCTT 719
Query 948 AGAACAGTATTATCATCCTTCTAATGGTGGCCGTTGGACTTATTCCTTGGAACGGTTTTT 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AGAACAGTATTATCATCCTTCTAATGGTGGCCGTTGGACTTATTCCTTGGAACGGTTTTT 779
Query 1008 GCTTCACCTGGTGATAGCTTTCCAAAAGCGTTTACAGCGTGAGCAGCAATCCTATTGCTA 1067
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 780 GCTTCACCTGGTGATAGCTTTCCAAAAGCGTTTACAGCGTGAGCAGCAATCCTATTCCTA 839
Query 1068 CAGAGATCCAGATAGTCTGCCAGCAACCTGTTTAGGAAAGCCGGAAAGGGTAGCTTTTGT 1127
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 840 CAGAGATCCAGATAGTCTGCCAGCAGTCTGTTTAGGAAAGCCGGAAAGGATAGCTTTTGT 899
Query 1128 TGGCGTGGTGTTGAAGTTGATTGATCGTGGTCAATATAGCAAGAACGAACATCTTTCCGA 1187
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 900 TGGCGTGGTGTTGAAGTTGATTGATCGTGGCCAATATAGCAAGAATGAACATCTTTCCGA 959
Query 1188 AACAGTTGCTGCAGCGACATCCATGTTGTCTTATGTGGAGCCTTCTTTGGTCCTTCCTTT 1247
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GACAGTTGCTGCAGCGACATCCATGTTATCTTATGTGGAGCCTTCTTTGGTCCTTCCTTT 1019
Query 1248 TGTGGCTTCTCGGTTCCATTTGGCTTTGGAAACGACAACTGCCACCCACCAGTTGAAAAC 1307
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1020 TGTGGCGTCTCGGTTCCATTTGGCTTTGGAAACGACAACTGCCACCCACCAGCTGAAAAC 1079
Query 1308 TGCTATGATGTCCGTAGCATTTGCTGGCCGGTCAATCCTGCAGTCTTCCATGTCAACTGC 1367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGCTATGATGTCCGTAGCATTTGCTGGCCGGTCAATCCTGCAGTCTTCCATGTCAACTGC 1139
Query 1368 TAAATCACAAGATCTTGGTGGTGATGTGGACGATAGGATGTTTCTTGATCTTATTGGGAT 1427
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TAAAGCACAAGATCTTGGTGGTGATGTGGACGATAGGATGTTTCTTGATCTTATTGGGAT 1199
Query 1428 TTCTCTATCAAATGCATTGCTTGGTATGGATGCCAATGACCCCCCTAAAACCTTGGCCAC 1487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1200 TTCTCTATCAAATGCATTGCTTGGTATGGATGCCAATGACCCCCCTAAAACCTTGGCAAC 1259
Query 1488 TATGCAACTAATTGGCTCCATATTTTCCAATATGGCTGTTTTGGACGATAGTTCTGATGA 1547
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TATGCAACTGATTGGCTCCATATTTTCCAATATGGCTGTTTTGGACGATAGTTCTGATGA 1319
Query 1548 CTTATCATTCATGACAATGGCTTCCTTCTCGGAGTGGCTGGATGAATTTTTGTGTCGTTT 1607
||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CTTATCATTCATGCCAATGGATTCCTTCTCTGAGTGGCTGGATGAATTTTTGTGTCGTTT 1379
Query 1608 GATTGCTTTGTTACAGCATTTGGAACCCAACAGTGTTATAAATGAAGGCCTAAGTTCATC 1667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GATTGCTTTGTTACAGCATTTGGAACCCAACAGTGTTATAAATGAAGGCCTAAGTTCATC 1439
Query 1668 TGCAACATCAGGAACGTTTTTGGTTGAGGATGGTCCATATTACTATTGCATGCTTGAAAT 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TGCAACATCAGGAACGTTTTTGGTTGAGGATGGTCCATATTACTATTGCATGCTTGAAAT 1499
Query 1728 CCTACTTGGAAGGCTATCTGGATCTCTATATAACCAGGCCTTGAAAAAGATATCAAAGTT 1787
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1500 CCTACTTGGAAGGCTATCTGGATCTCTATATAACCAGGCCTTGAGAAAGATATCAAAATT 1559
Query 1788 TGTTCAGACAAATATCCTTCCTGGTGCAATTGCCGAGGTTGGGTTGCTTTGTTGTGCATG 1847
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1560 TGTTCAGACAAATATCCTTCCTGGTGCAATTGCTGAGGTTGGGTTGCTTTGTTGTGCCTG 1619
Query 1848 TGTTCATTC-AACCCCCGAAGAAGCAGTTGCTCAAATTGTTGAACCAATGCTCCTTGCTG 1906
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TGTTCATTCCAACCCC-GAAGAAGCAGTTGCTCAAATTGTTGAACCAATGCTCCTTGCTG 1678
Query 1907 TTATATCTTCTCTGAAAGAAATCCCTGTCAATGGGTATGGAGGAAAAGGAAGTGCAGAGA 1966
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TTATATCTTCTCTGAAAGAAATCCCTGTCACTGGGTATGGAGGAAAAGGAAGTGCAGAGA 1738
Query 1967 CCCTTGTTTCCAATAAGCAAGACAAACAAACACTTTCTCCAGCGCTTGAGGCAGCTATAG 2026
||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 CCCGTGTTTCCAATAAGCAAGACAAACACTCACTTTCTCCAGCGCTTGAGGCAGCTATAG 1798
Query 2027 ATTATCAGCTGAAAGTATTGTCAGTTGCCATCACTTATGGAGGCAGCTCACTTCTTCCGT 2086
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1799 ATTATCAGCTGAAAGTATTGTCAGTTGCGATCACTTATGGAGGCATCTCACTTCTTCGGT 1858
Query 2087 ACAAAGGTCTTTTGATCGAAGCTATATCTTCCGCATTTAATTCCTCATCTTGGAAGGTTA 2146
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ACAAAGGTCATTTGATCGAAGCTATATCTTCCGCATTTAATTCCTCATCTTGGAAGGTTA 1918
Query 2147 ATGGAGCTGGGGATCATCTTCTTCGATCTCTCCTCGGAAGTCTGATTCTTTACTATCCTA 2206
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 ACGGAGCTGGGGATCATCTTCTTCGATCTCTCCTTGGAAGTCTGATTCTTTACTATCCTA 1978
Query 2207 TTGATCAATACAAATGTTTGTCTCGTCACCCTGCTGCTCCTGCTTTGGAGGAATGGATAA 2266
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1979 TTGATCAATACAAATGTTTGTCTCGTCACCCTGCTGCTCCTGCTTTGGAGGAATGGATCA 2038
Query 2267 GCACCAAAGCTTCTTCTAAGGATGAGCAGGTGGCGCATTCCAGGTGGCATGTTCCCACCC 2326
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 GCACCAAAGCTTCTTATAAGGATGAGCAGGTGGCGCATTCCAGGTGGCATGTTCCCACCA 2098
Query 2327 AAGAGGAAACTCAGTTTGCCAATGAGCTCTTAGATCTCCATCTTCAGTCAGCACTAGATG 2386
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2099 AAGAGGAAACTCAGTTTGCCAATGAGCTCTTAGATCTCCATCTTCAGTCAGCGTTAGATG 2158
Query 2387 ATCTTTTGAGTATTTGCCAATCGAACATCCACTCTGATGCAGGAGATGAGAAAACACACC 2446
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 ATCTTTTGAGTATTTGCCAATCAAACATCCACTCTGATGCAGGAGATGAGAAAACACACC 2218
Query 2447 TTAAAGTGACTCTATTGCGTATAGATTCTACATTGCAAGGTGTTTTGTCCTGCCTACCTG 2506
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 TTAAAGTGACTCTTTTGCGTATAGATTCTACATTGCAAGGTGTTTTGTCCTGCCTACCTG 2278
Query 2507 ATTTCAGGCCATCACCTAGACATGATATGGTTGAAGATCTACAGTTCTTTATAGCTGGAG 2566
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2279 ATTTCAGGCCATCACCTAGACATGATATGGTTGAAGATCTGCCGTTCTTTATAGCTGGAG 2338
Query 2567 CATCGGGTTCATGTGTTGGCAGCGCTGAGATACGAGAAAAAACTGCTATAACTATTCATG 2626
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2339 CATCGGGTTCATGTGTTGGCAGTGCTGAAATACGAGAAAAAACTGCTAAAACAATTCATG 2398
Query 2627 CAGCCTGCAAATACTTGTTAGAGAAAAAGTCAGATGACAGCATCTTGTTGATATTAATAA 2686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 CAGCCTGCAAATACTTGTTAGAGAAAAAGTCAGATGACAGCATCTTGTTGATATTAATAA 2458
Query 2687 TCCGCATAATGGATGCCCTGGGAAACTATGGCAGTTTGGAGTATGATGAATGGTCAAATC 2746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TCCGCATAATGGATGCCCTGGGAAACTATGGCAGTTTGGAGTATGATGAATGGTCAAATC 2518
Query 2747 ACAGGCAGGCTTGGAAACTGGAATCCGCTGCGATTGTAGAGCCCCCAGCAAACTTTATTA 2806
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2519 ACAGGCAGGCTTGGAAACTGGAATCTGCTGCGATTGTAGAGCCTCCAGCAAACTTTATTA 2578
Query 2807 CTGAGTTTAATTCTAAGGGCAAGAGAAGGCCTAGATGGGCACTCATTGATAAAGCGTACA 2866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CTGAGTTTAATTCTAAGGGCAAGAGAAGGCCTAGATGGGCACTCATTGATAAAGCGTACA 2638
Query 2867 TGCACAACACATGGAGATCATCACAATCGTCCTATCATCTGTTTCGTACAGATGGGAACT 2926
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 TGCACAACACTTGGAGATCATCACAATCGTCATATCATCTGTTTCGTACAGATGGGAACT 2698
Query 2927 TCTCTCCACCAGAACCCTTAACATTTTTGGTTGATGATCTTTTGACCCTCTGTCTGCACA 2986
|||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 TCTCTCCACCAGAAGCCTTGACACTTTTGGTTGATGACCTTTTGACCCTCTGTCTGCACA 2758
Query 2987 ACTATGAAACTGTTCGAGTGCTTGCTGGAAAATCTTTGATAAAACTGTTAAAGAGATGGC 3046
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||
Sbjct 2759 ACTATGAAACTGTTCGAGTGCTTGCTGGAAAATCTTTGCTGAAACTGTTAAAAAGATGGC 2818
Query 3047 CG-CAGTTGCTTTCAAAGTGTGTTCTGTCCCTTACTGAGAACTTGCGAAAGCCGGATGTA 3105
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 CGACA-TTGCTTTCAAAGTGTGTTCTGTCCCTTACTGAGAACTTGCGAAAGCCGGATGTA 2877
Query 3106 CAAGA-ATATGTAGTCCTTGGTTCTTGTGCCATTCTCTCTTCACACAGTGTTCTCAAGCA 3164
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2878 GAAGAGA-ATGTAGTCCTTGGTTCTTGTGCCATTCTCTCTTCACAGAGTGTTCTCAAGCA 2936
Query 3165 TTTAACTAC 3173
||| |||||
Sbjct 2937 TTTGACTAC 2945
Score = 3725 bits (2017), Expect = 0.0
Identities = 2209/2302 (96%), Gaps = 11/2302 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3262 CTTTTTGTCAAATATAATATTCACTTTGCGGGACTGTCGAGAAACATACTTCGCTCATTG 3321
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2947 CTTTTTGTCAAATATAACATTCACTTTGCGGGGCTGTCGAGAAACATACTTCGCTCATTG 3006
Query 3322 GAAAGCCATGTTGAGGGCTCTACTTCTGGAGATCTTGTTTCTCAGATTGGCTCCATGAGT 3381
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3007 GAAAGCCATGTTGAGGGGTCTACTTCTGGAGATCTTGTTTCTCAGATTGGCTCCATGAGT 3066
Query 3382 TTTGATTCTTCCAGCTTGCATTGGCGGTACAACTTGATGGCTAACAGAGTGCTCCTTCTG 3441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3067 TTTGATTCTTCCAGCTTGCATTGGCGGTACAACTTGATGGCTAACAGAGTGCTCCTTCTG 3126
Query 3442 TTAGTTATGTCCTCTAGGATTGACCCAAGCTTCTCTCTCAAAATCCTTGATGAAACCGCT 3501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3127 TTAGTTATGTCCTCTAGGATTGACCCAAGCTTCTCTTTCAAAATCCTTGATGAAACTGCT 3186
Query 3502 GGCCACTTCTTGAAAAACTTGAAAAGTCAACTTCCTCAGACCAGAATACTTGCCATTTCA 3561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 3187 GGCCACTTCTTGAAAAACTTGAAAAGTCAACTTCCTCAGACGAGAATACTGGCGATTTCA 3246
Query 3562 GC-TCTAAACATTCTACTTAAAGAGTCGCCTCATAAGATGCAAGGCAAGGATCAGCCTTC 3620
|| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3247 GCGT-TAAACACCCTACTTAAAGAGTCACCTCATAAGATGCAAGGCAAGGATCAGCCTTC 3305
Query 3621 TGTGTCTTCACAAGAAACTGAAAATGCCAACTCATCCCTTGATTTAGCATTGAGCCAAAT 3680
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3306 TGTGTCTTCACAAGAAATTGAAAATGCGAACTCATCCCTTGATTTAGCATTAAGCCAAAT 3365
Query 3681 TTTTAGAGAAGAAGGATTCTTCAAGGAGACTTTTGAAAGTCTTTCTCATATTCATATCAC 3740
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3366 TTTTAGAGAGGAAGGATTCTTCAAGGAGACTTTTGAAAGTCTTTCTCATATTCATGTCAC 3425
Query 3741 TGACACAGATAGTTCCTCTAGAGGGAATCACGGAAGTTCATCTTTCCAGAGCATGGCGGA 3800
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3426 TGACACAGATAGTTCCTCTAGAGGTAATCACGGAAGTTCATCCTTCCAGAGCATGGCGGA 3485
Query 3801 CAAGTCAATCACTCGTTTCTATTTTGAATTTTCGGCTTCATGGCCTAGAACTCCTAGTTG 3860
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3486 CAAGTCGATCACTCGTTTCTATTTTGAATTCTCGGCTTCATGGCCAAGAACTCCTAGTTG 3545
Query 3861 GATATCTTTGTTAGGCAGTGATATATTTTACCCAAGTTTTGCTCGCATCTTCAAGCGATT 3920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3546 GATATCTTTGTTAGGCAGTGATATATTTTACCCAAGTTTTGCTCGCATCTTCAAGCGATT 3605
Query 3921 AGCACAAGAATGTGGAGTGCCTGTGTTACTGGCACTAAAAAGCCCCTTAGAGGAGTTTTG 3980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3606 AGCACAAGAATGTGGAGTGCCTGTGTTACTGGCACTAAAAAGCCCCTTAGAGGAGTTTTG 3665
Query 3981 TAACGCCAAGGAGAGACCAAAACAGTGTGTTGCTGCTGAAGCATTAGCAGGTGTACTGCA 4040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3666 TAACGCCAAGGAGAGACCAAAACAGTGTGTTGCTGCTGAAGCATTAGCAGGTGTACTGCA 3725
Query 4041 CTCTGATGTTAATGGTCTTTTTAATGAGTGGGATAGCTGGATAATGGTTCAGTTGCAGAA 4100
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3726 CTCTGATGTTAATGGTCTTCTTGGTGAGTGGGATAGCTGGATAATGGTTCAGTTGCAGAA 3785
Query 4101 TGTTATTCTTGGCCAATCAGTAGAATCCATACCGGAGTGGGCTGCTTGCATACGTTATGC 4160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3786 TGTTATTCTTGGCCAATCAGTAGAATCCATACCGGAATGGGCTGCTTGCATACGTTATGC 3845
Query 4161 TGTCACAGGGAAAGGGAAGCAAGGAACCAAAATTCCTGTCATGAGACAACAAATTTTGGA 4220
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3846 TGTCACGGGGAAAGGGAAGCAAGGAACCAAAATTCCTGTCATTAGACAACAAATTTTGGA 3905
Query 4221 CTGTATAGTGGCACCATTACCACCAACTGCGACCACAACTGTTGTTGCAAAGCGGTATGC 4280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3906 CTGTATAGTGGCACCATTACCACCAACTGCGACCACCACTGTTGTTGCAAAGCGGTATGC 3965
Query 4281 TTTTCTTTCGGCTGCTCTAATAGAACTATCTCCACCAAAGATGCCCGTAACAGAAGTGAA 4340
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 3966 TTTTCTTTCGGCTGCTCTGATAGAACTATCTCCACCAAAGATGCCTGTATCAGAAGTGAA 4025
Query 4341 GCTGCATATCGTGCTTCTTGATGAGTTGATCTGTAATATGTCCCACTCCTCGGCACAAAT 4400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4026 GCTGCATATCGTGCTTCTTGATGAGTTGATCTGTAATATGTCCCATTCCTCGGCACAAAT 4085
Query 4401 AAGGGAAGCTATCGGTGTAATTCTTTCAGTATTATGTTCTAACATTCGGCTGCGGATGTC 4460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4086 AAGGGAAGCTATCGGTGTAATTCTTTCAGTATTATGTTCTAACATTCGGCTGCGGATGTC 4145
Query 4461 ATATCAACAAGAATATCCAACTGAAGAAGGGAAAACGGATGTTGATAGCCAACTTAAGGA 4520
||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4146 ATATCAACAAGAACATCCATCTGAAGAAGGGAGAACAGATGTTGATAGCCAACTTAAGGA 4205
Query 4521 GGAAAATTGGTTCAAATTGATTAGTGCAAAAGCATCTGAAGCTGTAAAAAACATTCAACA 4580
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4206 GGAAAATTGGTTCAAGTTGATTGGTGCAAAAGCATCTGAAGCTGTAAAAAACATTCAACA 4265
Query 4581 AGCTAGCATATCAGATAGCTTGGACACTTCAACAGATGTAGATATGGGAAATGCTCAATC 4640
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 4266 AGCTAGCATATCAGATAGCTTGGACACTTCAGCAGATGTGGATATGGAAAATGCTCAATC 4325
Query 4641 AAATGGCGATTCTCTTGATGATGTTAAATGGATGGAGACGCTCTTCCATTTCATTATCTC 4700
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4326 AAATGGCGACTCTCTTGATGATGTTAAATGGATGGAGACGCTCTTCCATTTCATTATCTC 4385
Query 4701 CTCTTTCAAATCTGGAAGAGCTTCGTATCTGCTAGACGTAATTGCTGGATTCCTCTATCC 4760
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4386 ATCTTTCAAATCTGGAAGGGCTTCGTATCTGCTAGACGTAATTGCGGGATTCCTCTATCC 4445
Query 4761 AGTGATGTCCTTACAGGAAACATCACATAAAGATCTGTCAATATTGGCCAAGGCAGCCTT 4820
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4446 AGTGATATCCTTACAGGAAACATCACATAAAGATCTATCAATATTGGCTAAGGCAGCCTT 4505
Query 4821 TGAGCTGCTGAAGTGGCGAGTTTTCCCAGAGTCTCATCTACAGAAAGTTATTGGAGTCAT 4880
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4506 TGAGCTGCTGAAATGGCGAGTTTTCCCAGAATCTCATCTACAGAAAGTTATTGGAGTCAT 4565
Query 4881 TCTTTCTTCTGCTGATGACTCTAACTGGCGGATAAGATCTTCAACCCTGACATATCTGCG 4940
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4566 TCTTTCTTCTGCTGATGACTGTAACTGGCGGATAAGATCTTCAACCCTGACATATCTGCG 4625
Query 4941 AACTTTTATGTATAGGCATACTTTCATCCTCACTCATGAAGATAAACAAAAAATCTGGAA 5000
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4626 AACTTTTATGTATAGGCATACTTTCATCCTCACTCATGAAGATAAACAGAAAATCTGGAA 4685
Query 5001 AACAGTGGAAAAGCTCCTTGTTGACAGCCAAGTAGAGGTACGAGAGCATGCAGCAGCAGT 5060
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4686 AACGGTGGAAAAGCTCCTTGTTGACAGCCAAGTAGAGGTACGAGAACATGCAGCAGCAGT 4745
Query 5061 TCTAGCAGGCCTAATGAAAGGAGGAGATGAAGATTTTGCTGCAGATTTTCGTGATAGATC 5120
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4746 TCTAGCAGGCCTAATGAAAGGAGGAGATGAAGAATTTGCTGCAGATTTTCGTGATAGATC 4805
Query 5121 CTATGCAGAGGCAAACTCAATCCAAAAGAGAAGAAATCGGAGGAAATCAAGTTCAACTCA 5180
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4806 CTACACAGAGGCAAACTCAATCCAGAAGAGAAGAAATCGGAGGAAAGCAAGTTCAACTCA 4865
Query 5181 GTCCATTGCGGGGGTGCATGGAGCCGTTCTTGGTTTGGTAGCTTCAGTTTTGTCTGTTCC 5240
||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4866 GTCCATTGCAGAGGTGCATGGAGCCGTTCTTGGTTTAGTAGCTTCAGTTTTGTCTGTTCC 4925
Query 5241 TTATGACATGCCCAGCTGGCTGCCGGAGCATGTGACCTTACTGGCTCGGTTCGCGGGTGA 5300
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4926 TTATGACATGCCCAGCTGGCTGCCGGATCATGTGACCTTACTGGCTCGTTTCGCGGGTGA 4985
Query 5301 ACCTACACCTATAAAATCGACTGTGACTAAAGCAGTGGCTGAGTTCCGGCGAACCCATGC 5360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4986 ACCTACACCTATAAAATCGACTGTGACTAAAGCAGTGGCTGAGTTCCGGCGAACCCATGC 5045
Query 5361 GGATACATGGAACATCCAGAAAGACTCATTCACCGAAGATCAGCTTGAGATCTTGGCCGA 5420
|||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||
Sbjct 5046 GGATACATGGAACATCCAGAAAGATTCGTTCACTGAAGATCAGCTCGAGATCTTGACGGA 5105
Query 5421 TACATCTTCCTCTTCCTCGTACTTTGCTTGATTAATGTCGAGGAACTGAGTCTCGTCAAA 5480
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| |||
Sbjct 5106 TACATCTTCCTCTTCCTCATACTTTGCTTGATTTATGTCGGGGAATTGAGTTTCGTGAAA 5165
Query 5481 A--GA-CGATAATACTAAAGTAACTCCACCTTTTATTGATTTTTAATTTTGTGCCAAAAT 5537
| || | | | | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 5166 AAAGAACCACA-T-CTTT-GTAACTCCACCTTTTATTGATTTTTAATTTTGC-CCAATAT 5221
Query 5538 AGATGTAATAATAATAAC-ATG 5558
|||||||||||||| ||| |||
Sbjct 5222 AGATGTAATAATAA-AACCATG 5242
Score = 649 bits (351), Expect = 0.0
Identities = 369/378 (98%), Gaps = 0/378 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCATCTGTACAATGAATGGTTACCGCCGCCTGTAGCGGAGGAGACGAAGAAGGAGAAA 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCATCTGTACAATGAATGGCTACCGCCGCCTGTAGCGGAGGAGACGAAGAAGGAGAAA 60
Query 61 GAGTCCTTCGCGCGTGTCGTGAGATGCGTCAAAGAGTTGCACCGACCCGATGATCCAGAG 120
||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAGTCCTTCGCTCGTGTCGTGCGATGCGTCAAAGAGTTACACCGACCCGATGATCCAGAG 120
Query 121 TCTGTTTACGCCACTCTTAAATGGATCTCCGTTATCGAACTCTTTGTTAGAGCGAAAAGT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTGTTTACGCCACTCTTAAATGGATCTCCGTTATCGAACTCTTTGTTAGAGCGAAAAGT 180
Query 181 GAATTGTCCGTGGAAGATGTTAGTGAACTCGTGGAAATTGGCTTACAAATTTTTCATTCA 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GAATTGTCTGTGGAAGATGTTAGTGAACTCGTGGAAATTGGCTTACAAATTTTTCATTCA 240
Query 241 TCTGAGAATAAGTTGTATGCACAGGTTAGATGGGGTAATGTTTTAGTCAGACTGATCAAC 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTGAGAATAAGTTGTATGCACAGGTTAGATGGGGTAATGTTTTAGTCAGACTGATCAAC 300
Query 301 AAGTTTCGTAAGAAGCTGTCTTTGAAAGTTCAGTGGAGGCCCTTGTATGATACCTTGATT 360
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGTATCGTAAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTCAGTGGAGACCCTTGTATGATACCTTGATT 360
Query 361 CATGCTCATTTCAGCAGG 378
||||| ||||||||||||
Sbjct 361 CATGCACATTTCAGCAGG 378
Score = 172 bits (93), Expect = 2e-41
Identities = 99/102 (97%), Gaps = 0/102 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 501 GTCTCTTTTGGAGAATCCTTGGCATAATTCCTCGTTTGAGGGCTCTGGCTTTGTGAGATT 560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 378 GTCTCTTTTGGAGAATCCTTGGCATAATTCCTCGTTTGAGGGCTCTGGTTTTGTGAGATT 437
Query 561 GTTCCTTCCTACGAACCCCGAAAATCAGGATTTCTTCTCCGA 602
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 438 GTTCCTTCCTACGAACCCTGGAAATCAGGATTTCTTCTCCGA 479
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 212399314913
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5