BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G13670.1
Length=2637
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478759 jgi|Araly1|478759|fgenesh2_kg.3__1460__AT3G13670.1 4207 0.0
> Ahg478759 jgi|Araly1|478759|fgenesh2_kg.3__1460__AT3G13670.1
Length=2608
Score = 4207 bits (2278), Expect = 0.0
Identities = 2482/2578 (96%), Gaps = 23/2578 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 TTTTCTCATCGCAAACTTGAACCGTCGTAACCCTAAATCGCCATCTTCATCATCGGCAAA 91
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||
Sbjct 44 TTTTCTCATCGCAAACTTGAACCGTCGTAACCCTAAATCGCCATC-TC--CATCGGC-AA 99
Query 92 TCGAATCTCCGATTATATATCAAATAGCTTACCAAATCCGACATGACCCAGGCCCTCGTT 151
|||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 100 TCGAATCTCCGATTATATTTCAAATCGCTTACCAAATCCGACATGAGCCAGGCCCTCG-T 158
Query 152 TTC-GGAGGACTATAATGATCGGACTCTTCGTGTCCCGTCTCGATTGCATGGGGTTTGAG 210
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 159 TTCTGGAGGACTATAATGATCGGACTCTTCGTGTCCCGTCTCGATTGCATGGGGTTTGAG 218
Query 211 CTATGCCGGAGCTTCGCCGTGGAGTCCGCCGTGGCCGTGTTACTGATGCTGTAGCTCCCA 270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 219 CTATGCCGGAGCTTCGCCGTGGAGTCCGCCGTGGCCGTGTTACTGACGCTGTAGCTCCCA 278
Query 271 ATCAGCTTCCGCAAACACCTACAGAAAAGAAACCGAAGAAGAGTACCGTTAAAGCTCCA- 329
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || ||| |||
Sbjct 279 ATCAGCTTCCGCAAACACCTACAGAAAAGAAACAGAGGAAGACTAACGGCAAA--ACCAG 336
Query 330 -AAACCGGTTGCCGGCGGAGTTACAGGAGTTGCAGAGAGGCCGAGGACTAGATTAGCGGC 388
||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 GAAAGCGGTAGCCGGCGGAGTTACAGGAGTTGCGGAGAGGCCGAGGACTAGATTAGCGGC 396
Query 389 GAGGAAATTAAAGGAGGAAGATAAAGAGATACCTCAGGAGATTCCGGTTGTTGTGCCGTC 448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 397 GAGGAAATTAAAGGAGGAAGATAAAGAGATACCTCAGGAGATTCCGGTTATTGTACCGTC 456
Query 449 TAAGGATAGCGATATCGATAAAAACAAGGGTAAAGAGGTAGTCGTTGAAGAAGAGAAGAA 508
|||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 457 TAAGGATACCGATAACGATAAAAAGAAGGGTAAAGAGGTAGCCGTTGAAGAAGAGAAGAA 516
Query 509 AGATATGGCTATTGGTAATGATAGTGGTGGCTCTAACAAGGCGGCTGCTCAGGAAGAAGA 568
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 AGATATGGCGATTGGTAATGATAGTGGTGGCTCTAACAAGGCGGCTGCTCAGGAAGAAGA 576
Query 569 AGGAAATACTGCTCCTTTCCCTGAGAGGGTTCAAGTTGGAGGATCACCACTATATAAAGT 628
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 577 AGGAAATACTGCTCCTTTCCCTGAGAGGGTCCAAGTTGGAGGATCACCACTATATAAAGT 636
Query 629 TGAGAGAAAGCTGGGGAAGGGTGGTTTTGGACAAGTATTTGTCGGACGTCGTATTAGTGG 688
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 637 TGAGAGGAAGCTGGGGAAGGGTGGGTTTGGACAAGTATTTGTGGGACGTCGTATTAGTGG 696
Query 689 CGGTAATGATCGTAGTGCAGGAGCTAGCATCTTGGAGGTTGCTCTAAAGTTTGAGCATAG 748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 697 TGGTAATGATCGTAGTGCAGGAGCTAGCATCTTGGAGGTTGCGCTAAAGTTTGAGCATAG 756
Query 749 GAGCAGCAAGGGTTGCAACTATGGTCCTCCACATGAGTGGCAGGTTTACAACACCTTGGG 808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 GAGCAGCAAGGGTTGCAACTATGGTCCTCCACATGAGTGGCAGGTTTACAACACCTTGGG 816
Query 809 TGGTAGCCATGGAGTCCCTAGAGTACATTTCAAAGGCAGGCAAGGAGACTATTATGTCAT 868
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 817 TGGTAGCCATGGAGTCCCTAGAGTACATTTCAAAGGGAGGCAAGGAGATTATTATGTCAT 876
Query 869 GGTTATGGACATGCTTGGGCCTAGCTTATGGGATTTATGGAATACTTCAGGGCAAGCAAT 928
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 877 GGTTATGGACATGCTCGGGCCTAGCTTATGGGATTTATGGAATACTTCAGGGCAAGCAAT 936
Query 929 GTCCTCGGAAATGGTAGCTTGCATTGCGGTTGAATCACTTTCCATCCTTGAAAAGATGCA 988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 GTCCTCGGAAATGGTAGCTTGCATTGCGGTTGAATCACTTTCCATCCTTGAAAAGATGCA 996
Query 989 TGCAAAAGGTTATGTGCATGGGGATGTTAAGCCAGAAAATTTCTTACTCGGCCAGCCTTC 1048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 997 TGCAAAAGGTTATGTGCATGGGGATGTTAAGCCAGAAAATTTCTTACTCGGCCAGCCTTC 1056
Query 1049 AACGTCTCAAGAGAAAAAACTGTTTCTTGTTGATTTGGGACTAGCTACAAAGTGGAGAGA 1108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1057 AACGTCTCAAGAGAAAAAACTGTTTCTTGTTGATTTGGGACTAGCAACAAAGTGGAGAGA 1116
Query 1109 AGGTGGTAGCGGACAACATGTTGAATATGATCAACGTCCTGATATGTTTAGAGGGACAGT 1168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 AGGTGGTAGCGGACAACATGTTGAATATGATCAACGTCCTGATATGTTTAGAGGGACAGT 1176
Query 1169 TAGATACGCAAGTGCACATGCTCATTTAGGGAGAACTGCTAGCAGAAGGGATGATCTGGA 1228
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1177 TAGATACGCAAGTGCGCATGCTCATTTGGGGAGAACTGCTAGCAGAAGGGATGATCTCGA 1236
Query 1229 ATCATTAGCATATACACTGATCTTTCTTCACCGAGGTAGATTGCCATGGCAAGGATATCA 1288
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 ATCATTGGCATATACGCTGATCTTTCTTCACCGAGGTAGATTGCCATGGCAAGGATATCA 1296
Query 1289 GGGAGATAACAAGTCATTCCTTGTTTGCAAAAAGAAGATGGCAACATCGCCGGATATGCT 1348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 GGGAGATAACAAGTCATTCCTTGTTTGCAAAAAGAAGATGGCAACATCGCCGGATATGCT 1356
Query 1349 TTGTTGTTTTTGTCCCCCTCCTTTCAAACAATTTCTTGAGATCGTGGTAAATATGAAATT 1408
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357 TTGTTGTTTTTGTCCCCCTCCTTTCAAGCAATTTCTTGAGATCGTGGTAAATATGAAATT 1416
Query 1409 TGATGAAGAACCCAACTATGGAAAGTTAGTATCTCTGTTTCAAGACCTCTTGGGCGAAAA 1468
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 TGATGAAGAACCCAACTATGGCAAGTTAGTATCTCTGTTTCAAGACCTCTTGGGCGAAAA 1476
Query 1469 TCCGGCAATTAGGCCTATAAACACAGAGGGTGCTCAAAAGATCATATTCCAAGTTGGCCA 1528
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1477 TCCGGCAATTAGGCCTATAAACACAGAGGGTGCTCAAAAGATCATTTTCCAAGTTGGACA 1536
Query 1529 GAAGCGAGGTAGGTTGAGCATTGGGGAGGAAGAAGAAGATGCCCCTAGGAAAAAGGTCCG 1588
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1537 GAAGCGAGGTAGGTTGAGCATTGGGGAAGAAGAAGAAGATGCACCTAGGAAAAAAGTCCG 1596
Query 1589 TCTAGGAGTCCCTGCAACGCAATGGATATCGATTTACAATGCCAGGCAACCAATGAAGCA 1648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1597 TCTAGGAGTCCCTGCAACGCAATGGATATCGATTTACAATGCCAGGCAACCAATGAAGCA 1656
Query 1649 GAGGTATCATTATAATGTGGCTGATATAAGACTGGCACAGCATATTGAGAGAGGTATTGC 1708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 GAGGTATCATTATAATGTGGCTGATATAAGACTGGCACAGCATATTGAGAGAGGTATTGC 1716
Query 1709 AGATGGTTTGTTGATAAGCTGTGTATCATCATGTTCGAATCTCTGGGCATTGATAATGGA 1768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1717 AGATGGTTTGTTGATAAGCTGTGTATCATCATGTTCGAATCTCTGGGCATTGATAATGGA 1776
Query 1769 TGCTGGAACTGGCTTCACGCACCAAGTCTATGAACTCTCTCCTGTATTCTTGCACAAGGA 1828
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TGCTGGAACTGGCTTCACTAACCAAGTCTATGAACTCTCTCCTGTATTCTTGCACAAGGA 1836
Query 1829 ATGGATTATGGAGCAGTGGGAGAAGAACTACTACATTAGTTCTATTGCTGGTGCAAGCAA 1888
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1837 ATGGATTATGGAACAGTGGGAGAAGAACTACTACATTAGTTCCATTGCTGGTGCAAACAA 1896
Query 1889 TGGAAGCTCCTTAGTTGTCATGTCAAAAGGTACGCAGTATACACAGCAGTCTTACAAAGT 1948
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1897 TGGAAGCTCCTTAGTTGTCATGTCAAAAGGTACACAGTATACACAGCAGTCTTACAAAGT 1956
Query 1949 AAGCGATTCATTCCCGTTCAAGTGGATAAACAAGAAATGGAGAGAAGGCTTCCATGTAAC 2008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957 AAGCGATTCATTCCCGTTCAAGTGGATAAACAAGAAATGGAGAGAAGGCTTCCATGTAAC 2016
Query 2009 CTCAATGGCAACAGCTGGAAATCGATGGGGTGTTGTTATGTCCCGCAATTCTGGCTACAG 2068
|||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2017 CTCAATGGCAACAGCTGGAAGCCGGTGGGGTGTCGTTATGTCTCGCAATTCTGGCTACAG 2076
Query 2069 TGAACAGGTTGTGGAACTTGATTTTCTGTATCCAAGTGAAGGCATCCACAGGCGTTGGGA 2128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2077 TGAACAGGTTGTGGAACTTGATTTTCTGTATCCAAGTGAAGGCATCCACAGGCGTTGGGA 2136
Query 2129 TGGTGGATTCAGAATCACATCAACAGCAGCCACAACCGATCAAGCTGCTCTCATCCTAAG 2188
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2137 TGGTGGATTCAGAATCACATCAACAGCAGCAACAACCGATCAAGCTGCCCTCATCTTAAG 2196
Query 2189 CATCCCACGTCGTAGACTTGTTGATGAGACACAAGAGACGTTACGTACCTCTCAATTCCC 2248
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2197 CATCCCACGTCGTAGACTGGTTGATGAGACGCAAGAGACATTGCGTACCTCTCAATTCCC 2256
Query 2249 CAGCACACACGTCAAGGAAAAATGGGGAAAGAATCTCTACCTTGCATCGTTAAGCTATGG 2308
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 CAGCACACATGTCAAGGAAAAATGGGGAAAGAATCTCTACCTTGCATCGTTAAGCTATGG 2316
Query 2309 CCGAACTGTATCTTGAGACTTATTAGTAAAAACTGTTGAAGGACGAGAGAAATATGTTTC 2368
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2317 CCGAACTGTATCTTGAGACTTATTAGTAAAAAATGTTGAAGGACGAGAGAAAGATGTTTC 2376
Query 2369 TAAGTCTCGGCTCCTATTCCTTATCCAACCCTATGGCCTCTCAG-G-CTCTGTTGTGCTT 2426
||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2377 CAAGTCTCTGCTCCTATTCCATATCCAACCCTCTGGCCTCTCAGAGGCTCTGTTGTGCTT 2436
Query 2427 CTTCttttttttCAGTTGAATTGTGAAGCAAAAATGTGGTGATTGTGTTGTTTATTC-C- 2484
||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2437 CTT-TTTTTTT-CAGTTGAATTGTGAAGCAAAAAAGTGGTGATTGTGTTGTTTATTCTCT 2494
Query 2485 CCCCTTGTGAAGGGGATTGAGCCA--TAATCACCAGTTTACCTACACATTTCCCTCGAAA 2542
||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 2495 CCCCTTGTGAAGG--ATTGAGCCACATAATCACCAGATTAGCTACACATTTCCCTCTAAA 2552
Query 2543 TTGCTATATTTAATTTTT-AAATCAAGAAAAGATATTTTTGTCACCAAATATTCTATA 2599
||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2553 TTGCTAT-TT-AATTTTTTAAATCAAGAAAAGATATTTTTGTTACCAAATATTCTATA 2608
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99453629695
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5