BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G13750.1
Length=3313
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929130 jgi|Araly1|929130|scaffold_301587.1 4761 0.0
> Ahg929130 jgi|Araly1|929130|scaffold_301587.1
Length=2777
Score = 4761 bits (2578), Expect = 0.0
Identities = 2712/2778 (98%), Gaps = 3/2778 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 aaaCAAGTTTTCTTCTTTTTACACTCAAGAATATAAATTCCCTGTTCTCCAGATCTTTT- 77
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1 AAACAAGTTTTCTTCTTTTTACACTCAAGAATATAAATTTCCTCTTCTCCAGATCTTTTA 60
Query 78 CTCAAGAAAATTTAAAGCTTTAA-CTTAAGAAAGCTTGAACCTTTCTCTTCCAACCACAT 136
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTCAAGAAAATTTAAAGCTTTAAGC-TAAGAAAGCTTGAACCTTTCTCTTCCAACCACAT 119
Query 137 CTTCCTTCTTTTTATCCTCTAGCTCAACTTAGAAAGAATAGAATAAAGTGGCAAAACCGA 196
|||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CTTCCTTCTTTTTATCCTTTAGCTCAAATTAGGAAGAATAGAATAAAGTGGCAAAACCGA 179
Query 197 AAGTGAACCAACTTGTAGTAAATTAATAGTTATGGGTTCGAAACCTAATGCCATGAAGAA 256
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AAGTGAACCAACTTGTAGTAAATTAATAGGTATGGGTTTGAAACCTAATGCCATGAAGAA 239
Query 257 TGTGGTGGCTATGGCGGCAGTTTCTGCTCTGTTCCTTCTAGGGTTTCTTGTTTGCTCTGT 316
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGTGGTGGCTATGGCGGCAGTTTCTGCTCTGTTTCTTCTAGGGTTTCTTGTTTGCTCTGT 299
Query 317 TTCTGGTTCTGTCTCTTACGATAGCAGAGCCATTACCATCAATGGCAAAAGAAGAATCCT 376
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TTCTGGTTCTGTCTCTTACGATAGCAGAGCTATTACCATCAATGGCAAAAGAAGAATCCT 359
Query 377 TATCTCTGGATCTATTCACTACCCCAGAAGTACTCCTGAGATGTGGCCAGATCTAATTCG 436
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 360 TATCTCTGGATCTATTCATTACCCCAGAAGTACTCCTGAGATGTGGCCAGATCTAATCCG 419
Query 437 GAAAGCAAAGGAAGGAGGCTTAGATGTGATTCAGACTTATGTGTTCTGGAATGGGCATGA 496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 420 GAAAGCAAAGGAAGGAGGCTTAGATGTGATTCAGACTTATGTTTTCTGGAATGGGCATGA 479
Query 497 GCCATCTCCTGGAAAATATTATTTCGAGGGCAACTATGATTTGGTTAAGTTTGTCAAGTT 556
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GCCATCTCCTGGAAAATATTACTTCGAGGGCAACTATGATTTGGTTAAGTTTGTCAAGTT 539
Query 557 GGTCCAACAATCTGGACTCTATCTTCATCTAAGGATTGGTCCTTATGTCTGTGCTGAATG 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GGTCCAACAATCTGGACTCTATCTTCATCTAAGGATTGGTCCTTATGTCTGTGCTGAATG 599
Query 617 GAACTTCGGAGGATTTCCTGTTTGGCTTAAGTACATTCCAGGGATTAGCTTCAGAACAGA 676
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 600 GAACTTCGGTGGATTTCCTGTTTGGCTTAAGTACATTCCAGGGATTAGCTTCAGAACTGA 659
Query 677 TAACGGTCCTTTCAAGGCTCAAATGCAAAGATTCACCACGAAGATTGTTAACATGATGAA 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAACGGTCCTTTCAAGGCTCAAATGCAAAGATTCACCACGAAGATTGTTAACATGATGAA 719
Query 737 AGCTGAGAGGCTTTTTGAATCTCAAGGCGGTCCTATAATTCTCTCTCAGATTGAAAATGA 796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AGCTGAGAGGCTTTTTGAATCTCAAGGCGGTCCTATAATCCTCTCTCAGATTGAAAATGA 779
Query 797 ATATGGACCAATGGAGTATGAGCTTGGTGCACCGGGCCGGTCATACACCAACTGGGCAGC 856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 ATATGGACCAATGGAGTATGAGCTTGGTGCACCGGGACGGTCATACACCAACTGGGCAGC 839
Query 857 TAAGATGGCGGTGGGGCTAGGCACTGGTGTCCCTTGGGTCATGTGCAAACAAGACGATGC 916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TAAGATGGCGGTGGGGCTAGGCACTGGTGTCCCTTGGGTCATGTGCAAACAAGACGATGC 899
Query 917 TCCCGACCCCATTATCAATGCTTGCAATGGCTTCTACTGTGATTACTTCTCCCCAAACAA 976
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TCCCGACCCCATTATCAATGCTTGCAATGGATTCTACTGTGATTACTTCTCCCCAAACAA 959
Query 977 GGCTTACAAGCCTAAAATGTGGACCGAAGCCTGGACTGGATGGTTTACAAAGTTTGGAGG 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GGCTTACAAGCCTAAAATGTGGACCGAAGCCTGGACTGGATGGTTTACAAAGTTTGGAGG 1019
Query 1037 CCCAGTTCCTTACCGCCCAGCTGAAGATATGGCCTTTTCCGTTGCAAGGTTTATCCAAAA 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CCCAGTTCCTTACCGCCCAGCTGAAGATATGGCCTTTTCTGTTGCAAGGTTTATCCAAAA 1079
Query 1097 GGGTGGATCTTTCATCAACTACTATATGTATCATGGTGGAACAAACTTTGGTCGAACTGC 1156
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 1080 GGGTGGATCTTTCATCAACTACTATATGTATCATGGTGGAACGAATTTTGGTCGGACTGC 1139
Query 1157 TGGTGGTCCGTTTATCGCAACTAGCTATGATTATGATGCTCCTCTTGACGAATATGGACT 1216
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGGTGGTCCGTTTATCGCAACCAGCTATGATTATGACGCTCCTCTTGACGAATATGGACT 1199
Query 1217 TGAAAGGCAGCCTAAGTGGGGGCACTTGAAAGATTTGCATAGAGCAATTAAGCTGTGTGA 1276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1200 CGAAAGGCAGCCTAAGTGGGGGCACTTGAAAGATTTGCATAGAGCAATAAAGCTCTGTGA 1259
Query 1277 ACCAGCTTTAGTATCAGGAGAGCCCACAAGAATGCCTCTCGGAAACTATCAAGAGGCTCA 1336
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ACCAGCATTAGTATCAGGAGAGCCCACAAGAATGCCTCTCGGAAACTATCAAGAGGCTCA 1319
Query 1337 TGTGTACAAATCAAAATCTGGAGCTTGTTCTGCATTCTTAGCAAATTATAATCCAAAATC 1396
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGTGTACAAAGCCAAATCTGGAGCTTGTTCTGCATTCTTAGCAAATTATAATCCAAAATC 1379
Query 1397 TTACGCCAAAGTTTCTTTCGGGAACAATCACTACAATCTCCCTCCGTGGTCTATAAGTAT 1456
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1380 TTACGCCAAAGTTTCTTTCGGGAGCAATCACTACAATCTACCTCCGTGGTCTATTAGTAT 1439
Query 1457 TCTCCCAGACTGCAAAAACACAGTTTACAACACAGCCAGGGTTGGTGCTCAAACTTCTAG 1516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TCTCCCAGACTGCAAAAACACAGTTTACAACACAGCCAGGGTTGGTGCTCAAACTTCTAG 1499
Query 1517 GATGAAAATGGTTCGGGTTCCTGTTCATGGTGGTTTATCTTGGCAAGCATACAATGAAGA 1576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1500 GATGAAAATGGTTCGGGTTCCTGTTCATGGTGGTTTATCTTGGCAAGCATACAACGAAGA 1559
Query 1577 CCCATCAACTTACATCGATGAGTCATTCACAATGGTCGGATTAGTGGAGCAGATAAACAC 1636
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1560 CCCATCAACTTACATTGATGAGTCTTTCACAATGGTCGGATTAGTGGAGCAGATCAACAC 1619
Query 1637 TACACGAGACACTTCGGATTACCTGTGGTACATGACTGATGTTAAAGTTGATGCCAATGA 1696
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1620 TACACGAGACACTTCGGATTACCTGTGGTACATGACTGATGTTAAAATTGATGCCAATGA 1679
Query 1697 AGGATTTTTGAGGAATGGAGATTTGCCGACTCTTACTGTTCTATCAGCTGGCCATGCTAT 1756
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 AGGATTTTTGAGGAATGGAGATTTGCCAACTCTTACTGTTCTATCAGCTGGCCATGCTAT 1739
Query 1757 GCATGTGTTTATCAATGGTCAATTATCTGGATCTGCATATGGTAGTTTAGACTCTCCTAA 1816
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GCATGTGTTTATCAATGGCCAATTATCTGGATCTGCGTATGGTAGTTTAGACTCTCCTAA 1799
Query 1817 GCTAACTTTTCGGAAAGGTGTGAATCTAAGAGCTGGTTTCAACAAAATTGCGATACTAAG 1876
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GCTAACTTTTCGGAAAGGTGTGAGTCTAAGAGCTGGTTTCAACAAAATTGCGATACTAAG 1859
Query 1877 CATTGCTGTTGGTCTCCCGAATGTGGGTCCACATTTTGAGACATGGAATGCTGGAGTTTT 1936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 CATTGCTGTTGGTCTCCCGAATGTGGGTCCACATTTTGAGACATGGAATGCTGGAGTTTT 1919
Query 1937 GGGTCCAGTTTCATTGAACGGTCTCAATGGGGGACGGAGAGATCTATCATGGCAGAAATG 1996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GGGTCCAGTTTCATTGAACGGTCTCAATGGGGGACGGAGAGATCTATCATGGCAGAAATG 1979
Query 1997 GACTTATAAGGTTGGTCTTAAAGGAGAGTCTCTGAGTCTTCATTCACTTAGTGGTAGCTC 2056
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1980 GACTTATAAGGTTGGTCTTAAAGGAGAGTCTCTGAGTCTTCATTCACTCAGTGGGAGCTC 2039
Query 2057 ATCGGTTGAGTGGGCAGAAGGTGCATTTGTTGCACAGAAGCAACCACTTACTTGGTACAA 2116
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 ATCGGTTGAGTGGGCAGAAGGTGCTTTTGTTGCACAGAAGCAACCACTTACTTGGTACAA 2099
Query 2117 GACGACTTTCTCTGCTCCAGCTGGAGATTCGCCATTGGCTGTAGACATGGGAAGCATGGG 2176
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 GACGACTTTCTCTGCTCCAGCTGGAGATTCACCGTTGGCTGTAGACATGGGAAGCATGGG 2159
Query 2177 AAAAGGTCAAATATGGATAAATGGGCAGAGCCTGGGACGTCACTGGCCTGCATATAAAGC 2236
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 AAAAGGTCAAATATGGATAAATGGGCAGAGCTTGGGACGTCACTGGCCTGCATATAAAGC 2219
Query 2237 AGTTGGTTCTTGCAGCGAGTGTTCTTATACCGGAACATTCAGAGAGGACAAGTGCTTAAG 2296
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 AGTTGGTTCTTGCAGCGAGTGTTCTTATACTGGAACATTCAGAGAGGACAAGTGCTTAAG 2279
Query 2297 AAACTGTGGAGAGGCTTCTCAAAGATGGTACCATGTCCCAAGGTCGTGGCTAAAACCAAG 2356
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2280 AAACTGCGGAGAGGCTTCTCAAAGATGGTACCATGTCCCACGGTCGTGGCTAAAACCAAC 2339
Query 2357 TGGCAATCTATTGGTTGTCTTTGAGGAATGGGGAGGAGACCCGAACGGAATCACGTTGGT 2416
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2340 TGGCAATCTATTGGTTGTCTTTGAGGAATGGGGAGGAGACCCGAACGGAATCTCGTTGGT 2399
Query 2417 CAGAAGAGAAGTGGACAGTGTATGTGCAGATATCTATGAATGGCAATCAACGCTGGTGAA 2476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 CAGAAGAGAAGTGGACAGTGTATGTGCAGATATCTATGAATGGCAATCAACGCTGGTGAA 2459
Query 2477 CTACCAATTGCATGCTTCTGGAAAAGTTAATAAACCATTGCATCCCAAAGCACATTTACA 2536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2460 CTACCAATTGCATGCTTCTGGAAAAGTTAATAAACCATTGCATCCTAAAGTGCATTTACA 2519
Query 2537 ATGCGGGCCCGGACAAAAGATCACCACCGTGAAGTTTGCTAGTTTCGGGACACCTGAAGG 2596
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2520 ATGCGGGCCTGGACAAAAGATCACCACCGTGAAGTTTGCTAGCTTCGGGACACCTGAAGG 2579
Query 2597 GACTTGTGGTAGTTACCGTCAAGGAAGCTGTCACGCCCATCACTCCTATGACGCTTTCAA 2656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2580 GACTTGTGGTAGTTACCGTCAAGGAAGCTGTCACGCCCATCACTCCTATGATGCTTTCAA 2639
Query 2657 CAAACTTTGTGTTGGGCAGAACTGGTGTTCTGTAACTGTAGCACCGGAGATGTTTGGTGG 2716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 CAAACTTTGTGTTGGGCAGAACTGGTGTTCTGTAACTGTAGCACCGGAGATGTTTGGTGG 2699
Query 2717 AGATCCGTGTCCAAATGTGATGAAGAAACTCGCGGTGGAAGCCGTTTGTGCTTAAATGAA 2776
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2700 AGATCCATGTCCAAATGTGATGAAGAAACTCGCGGTGGAAGCCATTTGTGCTTAAATGAA 2759
Query 2777 AGCAGACGCAACAGCAAT 2794
|||||||||| |||||||
Sbjct 2760 AGCAGACGCAGCAGCAAT 2777
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125057184878
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5