BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G13770.1
Length=1887
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929131 jgi|Araly1|929131|scaffold_301588.1 2955 0.0
Ahg329616 jgi|Araly1|329616|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001843 54.7 2e-06
> Ahg929131 jgi|Araly1|929131|scaffold_301588.1
Length=1924
Score = 2955 bits (1600), Expect = 0.0
Identities = 1797/1892 (95%), Gaps = 13/1892 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTTAACTTGATGAGACTAATTCATCGATCTTTCTCGTCGTCTCCAACAAACTATGTT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||| ||||
Sbjct 21 ATGTTTAACTTGATGAGACTAATTCATCGATCCTTCTCGTCGTCT-C--CTAACTCTGTT 77
Query 61 CTTCAAACCATT-CTTCCAATCTCTCAATTATGCTCCAACGGTCGTCTTCAAGAAGCTTT 119
||||||||| || | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 78 CTTCAAACC-TTCCGTCCAATCTCTCAACTATGTTCCAACGGTCGTCTTCAAGAAGCTTT 136
Query 120 ACTGGAGATGGCGATGTTAGGTCCCGAGATGGGGTTCCATGGTTACGATGCTTTGTTGAA 179
||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 137 ACTAGAGATGGTGATGTTAGGTCCGGAGATTGGGTTCCATTGTTACGATGCTTTGTTGAA 196
Query 180 TGCGTGTTTGGACAAAAGGGCTCTTAGAGATGGTCAAAGAGTTCATGCCCACATGATCAA 239
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 TGCGTGTTTAGACAAAAGGGCTCTTAGAGAAGGTCAGAGAGTTCATGCCCACATGATCAA 256
Query 240 AACCCGTTAT-TTACCCGCCACTTACCTCCGAACTCGTCTGCTTATCTTCTATGGTAAAT 298
|||||||||| || || || ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 257 AACCCGTTATCTT-CCAGCTACTTATCTTCGAACTCGTCTGCTTGTCTTCTATGGTAAAT 315
Query 299 GTGATTGTTTAGAGGATGCACGGAAAGTGCTCGACGAAATGCCTGAGAAGAATGTCGTTT 358
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 GTGATTGTTTGGAGGATGCACAGAAAGTGCTCGACGAAATGCCTGAGAAGAATGTCGTTT 375
Query 359 CCTGGACTGCTATGATCTCGCGTTATTCTCAAACTGGGCATTCTTCTGAGGCTCTCACTG 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 376 CCTGGACTGCTATGATCTCGCGTTATTCTCAAACTGGGCATTCTTCTGAGGCTCTCTCTG 435
Query 419 TTTTTGCAGAGATGATGAGATCAGATGGGAAACCGAATGAGTTCACTTTCGCTACTGTTC 478
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 436 TTTTTGCAGAGATGATGAGATCAGATGGGAAACCAAATGAGTTCACTTTCGCTACTGTTC 495
Query 479 TTACTTCTTGTATACGTGCTTCTGGGTTAGGTCTTGGTAAGCAAATCCATGGACTCATAG 538
||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 496 TTACTTCTTGTATACGTGCTTCTGGATTAGCTCTTGGTAAACAAATCCATGGACTCATAG 555
Query 539 TTAAGTGGAATTACGATTCTCATATTTTTGTTGGAAGCTCTCTTCTTGACATGTATGCTA 598
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 556 TTAAGTGGAATTACGATTCTCACATTTTTGTTGGGAGCTCTCTTCTTGACATGTATGCCA 615
Query 599 AAGCTGGTCAAATTAAAGAAGCTCGTGAGATTTTCGAGTGTTTGCCTGAGAGAGATGTTG 658
|||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 616 AAGCTGGTCAAATTGAAGAAGCTCGCGAGATTTTCGAGTGCTTGCCTGAGAGAGATGTTG 675
Query 659 TCTCATGTACTGCTATTATTGCTGGTTATGCCCAACTAGGTCTTGATGAAGAGGCGTTAG 718
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||
Sbjct 676 TTTCATGTACTGCTATTATTGCTGGATATGCCCAGTTAGGTCTTGATGAAGAAGCATTAG 735
Query 719 AGATGTTTCATAGACTGCATAGTGAAGGAATGAGTCCCAATTATGTTACCTATGCTAGTC 778
|||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 736 AGATGTTTCAGAGACTGCAGAGTGAAGGAATGCGTCCCAATTATGTTACCTACGCTAGTC 795
Query 779 TTTTGACAGCATTATCTGGACTTGCTTTGCTAGATCATGGCAAGCAAGCTCATTGCCATG 838
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 796 TTTTAACAGCATTATCTGGACTTGCTTTGTTAGATCATGGCAAGCAAGCTCATTGCCATG 855
Query 839 TCTTGAGACGTGAACTTCCGTTTTACGCGGTCCTTCAGAATTCTCTTATTGATATGTACT 898
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 856 TCTTGAGACGTGAACTTCCGTTCTATGCGGTCCTTCAGAATTCTCTTATTGATATGTACT 915
Query 899 CAAAATGTGGGAATCTTTCTTACGCT-AGAAGGCTTTTTGATAACATGCCTGAGAGGACA 957
|||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 916 CAAAATGTGGGAATCTCTCTTACGCTCA-AAGGCTTTTTGATAACATGCCTGAAAGGACA 974
Query 958 GCGATTTCATGGAATGCGATGCTTGTGGGATATAGTAAACATGGGTTAGGAAGAGAAGTT 1017
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 975 GCGATTTCATGGAACGCGATGCTTGTGGGATATAGTAAACATGGTTTAGGAAGAGAAGTT 1034
Query 1018 CTTGAACTTTTTAGATTGATGAGAGATGAGAAGAGAGTAAAGCCTGATGCAGTTACCCTT 1077
||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1035 CTTGAGCTGTTCAGATTGATGAGAGATGAGAAGAGAGTAAAGCCTGATGCAGTAACCCTT 1094
Query 1078 TTGGCTGTTTTGTCTGGTTGCAGCCATGGGAGAATGGAAGACACAGGGTTGAA-TATATT 1136
|||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || ||||||
Sbjct 1095 TTGGCTGTCTTGTCTGGTTGCAGCCATGGAAGGATGGAAGACACAGGGCT-AAGTATATT 1153
Query 1137 TGATGGCATGGTAGCGGGAGAATACGGGACT-AAGCCTGGCACTGAGCATTATGGTTGCA 1195
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 TGATGGCATGGTAGCGGGAGAATACGGGA-TAAAGCCTGACACTGAGCATTATGGTTGCA 1212
Query 1196 TCGTTGATATGCTTGGCCGTGCGGGTAGGATTGATGAGGCATTTGAATTCATCAAAAGAA 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 TCGTTGATATGCTTGGCCGTGCGGGTAGGATTGATGAGGCATTTGAATTCATCAAAAGAA 1272
Query 1256 TGCCATCTAAACCAACTGCTGGTGTCTTGGGTTCCCTTTTAGGAGCATGTAGGGTTCACT 1315
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1273 TGCCATCTAAACCAACTGCTGGTGTCTTGGGTTCCCTTTTAGGAGCTTGTAGGGTTCACT 1332
Query 1316 TATCTGTGGATATTGGCGAATCTGTAGGTCGCAGACTCATTGAGATTGAACCAGAGAATG 1375
||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 TATCTGTAGATATTGGCGAATATGTAGGGCATAGACTCATTGAGATTGAACCAGAGAATG 1392
Query 1376 CAGGGAACTATGTCATCCTCTCTAATTTGTATGCTTCGGCTGGAAGATGGGCAGATGTAA 1435
|||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 1393 CAGGGAACTACGTCGTTCTCTCTAATTTGTATGCTTCTGCAGGAAGATGGGAAGATGTAA 1452
Query 1436 ACAATGTAAGAGCTATGATGATGCAGAAAGCTGTTACAAAAGAACCAGGAAGAAGCTGGA 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453 ACAATGTAAGAGCTATGATGATGCAGAAAGCTGTTACAAAAGAACCAGGAAGAAGCTGGA 1512
Query 1496 TTCAACACGAGCAAACCTTACATTACTTCCACGCCAATGATCGTACCCATCCAAGAAGGG 1555
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513 TTCAACACGAGCAAACCTTGCATTACTTCCACGCCAATGATCGTACCCATCCAAGAAGGG 1572
Query 1556 AAGAAGTGTTAGCTAAAATGAAAGAAATATCGATAAAAATGAAGCAAGCTGGTTATGTTC 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1573 AAGAAGTGTTAGCTAAAATGAAAGAAATATCGATAAAAATGAAGCAAGCTGGTTATGTTC 1632
Query 1616 CTGATCTTAGCTGTGTGCTATATGATGTGGATGAAGAGCAGAAGGAGAAAATGCTACTTG 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1633 CTGATCTTAGCTGTGTGCTATATGATGTGGATGAAGAGCAGAAGGAGAAGATGCTACTTG 1692
Query 1676 GCCACAGTGAGAAACTAGCCTTGACTTTTGGTTTGATTGCTACTGGTGAAGGGATTCCAA 1735
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1693 GCCACAGTGAGAAACTAGCCTTGACTTTTGGGTTGATTACTACTGGTGAAGGGATTCCAA 1752
Query 1736 TTAGAGTTTTCAAGAATCTACGTATATGCGTTGATTGTCATAACTTCGCCAAGATCTTCT 1795
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1753 TTAGAGTTTTCAAGAATCTACGTATATGTGTTGATTGTCATAACTTTGCCAAGATCTTCT 1812
Query 1796 CAAAGGTTTTTGAAAGAGAAGTGTCATTAAGGGATAAAAACAGGTTTCATCAAATTGTCG 1855
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1813 CAAAGGTTTTTGAAAGGGAAGTGTCATTAAGGGATAAAAACAGGTTCCATCAAATTGTCA 1872
Query 1856 ATGGAATATGTTCATGCGGAGATTACTGGTGA 1887
| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1873 AAGGAATATGTTCGTGCGGAGATTACTGGTGA 1904
> Ahg329616 jgi|Araly1|329616|fgenesh1_pm.C_scaffold_7001843
Length=3756
Score = 54.7 bits (29), Expect = 2e-06
Identities = 31/32 (97%), Gaps = 0/32 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 877 AATTCTCTTATTGATATGTACTCAAAATGTGG 908
||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2977 AATGCTCTTATTGATATGTACTCAAAATGTGG 3008
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70885945945
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5