BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G13860.1
Length=2052
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478789 jgi|Araly1|478789|fgenesh2_kg.3__1490__AT3G13860.1 2887 0.0
> Ahg478789 jgi|Araly1|478789|fgenesh2_kg.3__1490__AT3G13860.1
Length=1719
Score = 2887 bits (1563), Expect = 0.0
Identities = 1667/1719 (97%), Gaps = 0/1719 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 147 ATGTATCGAGTGCTATCAAAGTTATCTTCTTCAATTGGCTCGTCTACTTCCAGGAAACTG 206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTATCGAGTGCTATCAAAGTTATCTTCTTCAATTGGCTCGTCTACTTCCAGGAAACTG 60
Query 207 GTTTCTGGGCGGATTATAAGTAGCAGAAACTATGCGGCCAAGGATATCAGTTTCGGGATC 266
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 GTTTCTGGACGGATTATAAGTAGCAGAAACTATGCGGCCAAGGATATCAGTTTCGGGGTC 120
Query 267 GGAGCTCGGGCAGCTATGTTGCAGGGTGTATCCGAGGTTGCAGAAGCTGTGAAAGTCACT 326
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGAGCTCGGGCAGCTATGTTGCAAGGTGTATCCGAGGTTGCAGAAGCTGTGAAAGTCACA 180
Query 327 ATGGGACCAAAGGGAAGAAATGTGATAATTGAGAGCAGTTATGGCGGACCAAAGATCACA 386
||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATGGGGCCAAAGGGAAGAAATGTGATAATTGAGAACAGTTATGGCGGACCAAAGATCACA 240
Query 387 AAGGATGGTGTCACCGTGGCAAAAAGCATATCATTTCAAGCTAAAGCTAAGAACATTGGT 446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAGGATGGTGTCACCGTGGCAAAAAGCATATCATTTCAAGCAAAAGCTAAGAACATTGGT 300
Query 447 GCCGAACTCGTCAAACAGGTTGCAAGTGCCACTAACAAGGTTGCTGGAGATGGTACCACT 506
|| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCGGAACTTGTGAAACAGGTTGCAAGTGCCACTAACAAGGTCGCTGGAGATGGTACCACT 360
Query 507 TGTGCCACTGTTTTGACTCAGGCGATACTCATCGAAGGCTGCAAGTCGGTGGCTGCAGGT 566
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 361 TGTGCCACTGTTTTGACTCAGGCGATACTCGTCGAAGGTTGCAAGTCAGTGGCTGCTGGT 420
Query 567 GTAAATGTGATGGATTTGCGTGTTGGAATTAATATGGCAATTGCTGCAGTTGTCTCTGAT 626
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTAAATGTGATGGATTTGCGTGTTGGCATTAATATGGCAATTGCTGCAGTTGTCTCTGAT 480
Query 627 TTGAAAAGCAGAGCTGTTATGATTAGCACCCCAGAAGAGATCACACAGGTTGCCACTATA 686
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 TTGAAAAGCAGAGCTGTTATGATTAGCACCCCAGAAGAGATCACACAGGTTGCCACGATA 540
Query 687 TCTGCAAATGGGGAGCGTGAAATAGGGGAACTAATTGCAAGAGCCATGGAGAAAGTTGGA 746
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCTGCAAATGGGGAGCGTGAGATAGGAGAACTAATTGCAAGAGCCATGGAGAAAGTTGGA 600
Query 747 AAGGAAGGGGTTATCACTGTTGCTGATGGTAACACTTTAGATAACGAGCTGGAAGTAGTG 806
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 601 AAGGAAGGGGTTATCACTGTTGCTGATGGTAACACTTTAGATAACGAGCTAGAAGTAGTG 660
Query 807 GAAGGAATGAAGCTAGCCAGAGGTTACATTTCTCCTTATTTTATCACGGATGAGAAGACC 866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 661 GAAGGAATGAAGCTAGCCAGAGGTTACATTTCTCCTTATTTTATCACAGACGAGAAGACC 720
Query 867 CAGAAATGCGAGCTTGAAAATCCCATCATCCTCATTCATGAGAAGAAGATTTCAGACATT 926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 721 CAGAAATGCGAGCTTGAAAATCCCATCATCCTCATTCATGAAAAGAAGATTTCAGACATT 780
Query 927 AACTCTTTGTTGAAAGTTTTAGAAGCGGCTGTGAAAAGTAGTAGACCACTTCTTATTGTA 986
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 781 AACTCTTTGTTGAAAGTTTTAGAAGCAGCTGTGCAAAGTAGCAGACCACTTCTTATTGTA 840
Query 987 GCAGAAGATGTTGAGAGTGATGCATTAGCTATGCTTATTCTCAATAAGCATCATGGTGGG 1046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 841 GCAGAAGATGTTGAGAGTGATGCATTAGCTATGCTTATTCTCAATAAGCATCATGCTGGG 900
Query 1047 CTTAAGGTATGTGCTATCAAGGCTCCGGGGTTTGGTGACAACAGGAAAGCAAGCTTGGAT 1106
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTTAAGGTATGCGCTATCAAGGCTCCGGGGTTCGGTGACAACAGGAAAGCAAGCTTGGAT 960
Query 1107 GATCTTGCAGTTCTTACTGGTGCAGAGGTTATCTCTGAGGAGCGTGGGCTATCTCTAGAA 1166
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GACCTTGCGGTTCTTACTGGTGCAGAGGTTATCTCTGAGGAGCGTGGGCTATCTCTAGAA 1020
Query 1167 AAAATTCGCCCTGAATTGCTTGGAACTGCGAAGAAGGTTACCGTTACCCGTGATGACACT 1226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1021 AAAATTCGCCCTGAATTGCTTGGAACTGCGAAGAAGGTTACCATCACCCGTGATGACACT 1080
Query 1227 ATTATCCTACATGGTGGTGGTGATAAAAAGCTAATTGAAGAAAGATGTGAAGAGTTAAGA 1286
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATTATCCTACATGGTGGTGGTGATAAAAAGCTAATCGAAGAAAGATGTGAAGAGTTAAGG 1140
Query 1287 TCAGCCAATGAAAAGAGTACATCCACTTTTGATCAAGAGAAAACGCAAGAAAGACTCTCA 1346
||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TCAGCCAATGAAAAGAGCACTTCCACTTTTGATAAAGAAAAAACGCAAGAAAGACTCTCA 1200
Query 1347 AAGCTATCAGGTGGTGTTGCAGTCTTCAAGGTGGGAGGGGCAAGTGAATCTGAAGTTGGA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAGCTATCAGGTGGTGTTGCAGTCTTCAAGGTGGGAGGGGCAAGTGAATCTGAAGTTGGA 1260
Query 1407 GAGAGAAAAGACAGAGTCACTGATGCTTTAAACGCCACAAGAGCAGCTGTAGAAGAAGGC 1466
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GAGAGAAAAGACAGAGTCACTGATGCTTTAAACGCTACCAGAGCAGCTGTAGAAGAAGGC 1320
Query 1467 ATCATACCGGGTGGTGGTGTGGCTCTATTATATGCGACAAAGGCTTTAGACAACCTTCAA 1526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATCATACCGGGTGGTGGTGTGGCTCTATTATATGCGACAAAGGCTTTAGACAACCTTCAA 1380
Query 1527 ACTGAAAACGAGGATCAAAGAAGAGGTGTTCAGATTGTTCAGAATGCTCTCAAGGCTCCT 1586
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACTCAAAACGAGGATCAAAGAAGAGGTGTTCAGATTGTTCAGAATGCTCTCAAGGCTCCT 1440
Query 1587 GCATTTACAATAGCTGCAAATGCCGGTTACGATGGTTCTTTAGTGGTTGGCAAGTTATTA 1646
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GCATTTACAATAGCTGAAAATGCCGGTTACGATGGTTCTTTAGTGGTTGGCAAGTTATTA 1500
Query 1647 GAGCAAGACGATTGCAATTTTGGTTTCGATGCAGCCAAAGGTAAATATGTGGATATGGTG 1706
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1501 GAGCAAGATGATTGCAATTTTGGTTTCGATGCCGCCAAAGGTACATATGTGGATATGGTG 1560
Query 1707 AAAGCTGGAATCATAGACCCAGTCAAGGTGATCAGAACCGCCTTAACCGATGCTGCTAGC 1766
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1561 AAATCTGGAATCATAGACCCAGTCAAGGTGATCAGAACCGCATTAACCGATGCCGCTAGC 1620
Query 1767 GTTTCTTTGCTTTTGACAACAACAGAGGCCTCAGTGCTTGTGAAGGCAGACGAGAACACT 1826
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GTCTCTTTGCTTTTGACAACAACAGAAGCCTCAGTGCTTGTGAAGGCAGACGAGAACACT 1680
Query 1827 CCAAACCATGTCCCTGATATGGCCAGCATGGGCATGTGA 1865
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CCAAACCATGTCCCTGATATGGCCAGCATGGGCATGTGA 1719
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77170836370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5