BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G13880.1 Length=2311 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg929155 jgi|Araly1|929155|scaffold_301612.1 3498 0.0 > Ahg929155 jgi|Araly1|929155|scaffold_301612.1 Length=2302 Score = 3498 bits (1894), Expect = 0.0 Identities = 2155/2283 (94%), Gaps = 10/2283 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTTGTTACAGTTCCGAGC--A-AAGACTTTTTTCAACAACATTGCTCAAGATTCTCTG 57 |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 21 ATGTTGTTACAGTTCCGAGCAAAGAAGACTTCGTTCAACAACATTGCTCAAGATTCTCT- 79 Query 58 GTTAC-TCTTATCACCAAACGAGTTGGATTGGGTTACAGGTTTTTGTCTTCGTTATGCCA 116 || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 80 TTTTCTTCTTATCACCAAACAAGTTGGATTGGGTTACAGGTTTTTGTCTTCGTTATGCCA 139 Query 117 ACCAAAGAACACGGCTTTAGATTCCGAAGGTTACAAGATACTTTTTCAGACAGCTGCAAA 176 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 140 ACCAAAGAACACGGCTTTAGATTCCGAAGCTTACAAGAAACTTTTTCAGACAGCTGCGAA 199 Query 177 ATCAGGCTCCGTGGTACTGGGAAAGCTCGCTCATGGACACATGATCAAGTCCTCCTTGAA 236 |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||| Sbjct 200 ATCAGGCTCCCTGGTACTGGGAAAGCTCGCCCATGGACACATGGTGAAGTCTTCCTTGAA 259 Query 237 CCCGTGTCTGTACTTGCTCAACAATCTTCTGAACATGTATTGCAAGTGCCGGGAATTGGG 296 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 260 CCCGTGTCTGTACTTGCTCAACAATCTTCTGAATATGTATTGCAAGTGCCGGGAATTGGG 319 Query 297 TTTTGCACGCCAGTTGTTCGACAGAATGCCTGAACGAAACATTATTTCTTTTAATTCTTT 356 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 320 TTTTGCACGCCAGTTGTTCGACAGAATGCCTGAACGAAACATTATTTCTTTTAATTCTTT 379 Query 357 GATTTCTGGGTACACTCAGATGGGATTTTATGAACAGGCCATGGAATTGTTTCTTGAAGC 416 ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 380 GATTTCTGGGTACACTCAGGTGGGGTTTTATGAGCAGGCCATGGAATTGTTTCTTGAAGC 439 Query 417 TAGAGAAGCTAATTTGAAGCTCGATAAGTTCACGTATGCCGGTGCATTGGGCTTTTGTGG 476 ||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 440 TAGGGATGATAATTTGAAGCTTGATAAGTTCACGTATGCCGGTGCATTAGGCTTTTGTGG 499 Query 477 AGAAAGGTGTGATCTTGATTTAGGGGAATTGTTGCACGGGTTGGTTGTTGTGAATGGTCT 536 |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 500 GGAAAGGTGTGATCTTGATTTTGGCAAATTGTTGCACGGGTTGGTTGTTGTTAATGGTCT 559 Query 537 ATCTCAGCAAGTGTTTTTGATCAATGTGTTGATTGACATGTATAGTAAGTGTGGAAAGCT 596 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 560 GTCTCAGCAAGTGTTTTTGATCAATGTGTTGATCGACATGTATAGTAAGTGTGGAAAGCT 619 Query 597 TGACCAAGCTATGTCTTTATTTGATAGATGCGATGAAAGGGATCAAGTTTCATGGAATTC 656 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 620 TGACCAAGCTATGTCTTTATTTGATAGATGCAATGAAAGGGATCAAGTTTCATGGAATTC 679 Query 657 TTTGATTTCCGGTTATGTTCGGGTTGGCGCAGCGGAAGAACCGCTAAATCTGTTGGCTAA 716 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 680 TTTGATTTCCGGTTATGTTCGGGTTGGTGCAGCGGAAGAACCGCTTAATCTGTTGGCTAA 739 Query 717 AATGCATAGAGACGGCCTAAATCTGACTACGTATGCTCTGGGGAGTGTGCTAAAGGCTTG 776 ||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 740 AATGCATAGAGCCGGCTTAAATTTGACTACTTATGCTCTGGGGAGTGTGCTAAAGGCTTG 799 Query 777 TTGTATTAACCTGAACGAAGGATTTATAGAAAAAGGTATGGCAATTCACTGTTATACAGC 836 ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 800 TTGCATAAACCTAAACGAAGGATTTATAGAAAAAGGTATGGCAATTCACTGTTACGCAGC 859 Query 837 AAAACTAGGAATGGAGTTTGATATAGTTGTCCGTACTGCATTGCTTGACATGTATGCCAA 896 ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 860 AAAACTAGGAATGGAATTTGATATAGTTTTCCGTACTGCGTTGCTTGACATGTATGCCAA 919 Query 897 AAACGGAAGTTTGAAAGAGGCGATAAAGCTTTTCAGTTTGATGCCTTCGAAGAATGTGGT 956 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 920 AAACGGAAGTTTGAAGGAGGCGATAAAGCTTTTCAGTTTGATGCCTGCCAAGAATGTGGT 979 Query 957 TACGTATAACGCAATGATATCTGGGTTTCTCCAAATGGATGAAATAACCGATGAAGCTTC 1016 || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 980 TATGTATAACGCGATGATTTCTGGGTTTCTCCAAATGGATGAAATAACCGATGAAGCTTC 1039 Query 1017 TAGTGAAGCCTTTAAGCTCTTCATGGATATGCAAAGACGGGGTTTGGAACCCTCGCCATC 1076 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1040 GAGTGAAGCCTTTAAGCTCTTCATGGAAATGCAAAGACGGGGTTTGGAACCCTCGCCATC 1099 Query 1077 GACATTTTCAGTTGTGCTCAAAGCTTGTAGTGCAGCGAAAACCTTGGAATATGGAAGGCA 1136 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1100 GACATTTTCAGTTGTGCTCAAAGCTTGTAGTGCGGCGAAAACCTTGGAATATGGAAGGCA 1159 Query 1137 GATTCACGCTCTCATCTGTAAGAACAATTTTCAGTCTGATGAGTTTATTGGGAGCGCTCT 1196 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 1160 GATTCACGCTCTCATCTGTAAGAACAATTTCCAGTCTGATGAGTTTATTGGAAGTGCTCT 1219 Query 1197 AATCGAGCTGTATGCGTTAATGGGTTCAACTGAAGATGGAATGCAATGCTTTGCTTCAAC 1256 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1220 AATCGAGCTGTATGCATTAATGGGTTCAACTGAAGATGGAATGCAATGCTTTGCTTCAAC 1279 Query 1257 ATCAAAGCAAGATATCGCCTCATGGACATCGATGATAGATTGCCATGTCCAAAACGAGCA 1316 |||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1280 ATCAAAACAAGATATCGCCTCATGGACATCGATAATTGATTGTCATGTCCAAAACGAGCA 1339 Query 1317 GCTTGAAAGCGCATTTGATCTGTTCCGACAACTTTTTTCATCCCATATAAGACCAGAAGA 1376 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct 1340 GCTTGAAAGCGCATTTGACCTGTTCCGACAACTTTTTTCATCCCCTATAAGACCGGAAGA 1399 Query 1377 GTATACAGTTTCCCTTATGATGAGTGCTTGTGCTGATTTTGCTGCATTAAGCTCAGGAGA 1436 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1400 GTATACAGTTTCCCTTATGATGAGTGCTTGTGCTGATTTTGCTGCATTAAGCTCAGGAGA 1459 Query 1437 GCAGATTCAGGGTTATGCCATAAAGAGTGGAATTGATGCTTTCACCAGTGTTAAGACGTC 1496 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 1460 GCAGATTCAGGGTTATGCCATAAAGAGTGGAATTGATGCTTACACCAGTGTTAAGACCTC 1519 Query 1497 AAGCATTTCTATGTATGCAAAGTCAGGTAACATGCCGCTTGCTAATCAAGTATTTATCGA 1556 |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1520 CAGCATTTCTATGTACGCAAAGTCAGGTAACATGCCTCTTGCTAATAAAGTATTTATCGA 1579 Query 1557 GGTCCAAAACCCAGACGTTGCAACATACTCGGCTATGATCTCAAGCCTTGCTCAACACGG 1616 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1580 GGTCCAAAACCCAGACGTTGCAACATACTCAGCTATGATCTCAAGCCTTGCGCAACACGG 1639 Query 1617 TTCTGCTAACGAAGCCTTAAACATCTTTGAATCGATGAAAACCCACGGAATTAAACCGAA 1676 ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1640 TTCTGCTCACGATGCCTTAAACATCTTTGAGTCGATGAAAACCCGCGGAATTAAACCGAA 1699 Query 1677 CCAGCAAGCCTTTCTCGGTGTTCTAATAGCTTGTTGCCACGGAGGATTAGTCACACAAGG 1736 ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1700 CCAGCAAGCATTTCTCGGCGTTCTTATAGCTTGTTGCCACGGAGGATTAGTCACACAAGG 1759 Query 1737 ACTAAAGTATTTCCAATGCATGAAGAACGATTACAGGATTAACCCAAACGAGAAACATTT 1796 |||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1760 ACTAAACTATTTCCAAACCATGAAGAACAATTACGGGATTAACCCGAACGAGAAACATTT 1819 Query 1797 CACTTGCCTCGTCGATCTTTTAGGTCGCACGGGAAGATTATCAGATGCTGAGAATCTGAT 1856 ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1820 CACTTGCCTCGCCGATCTCTTAGGTCGCACCGGAAGATTATCAGATGCCGAGAACCTGAT 1879 Query 1857 TTTGAGCTCTGGTTTTCAAGACCATCCAGTGACGTGGAGAGCATTACTGAGTTCTTGTAG 1916 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1880 TTTGAGCTCTGGTTTTCAAGACCATCCAGTGATGTGGAGAGCATTACTGAGTTCTTGCAG 1939 Query 1917 AGTTTACAAAGACAGCGTAATTGGGAAACGCGTTGCGGAGAGACTGATGGAACTTGAACC 1976 || ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||| Sbjct 1940 GGTATACAAAGACGGCGTAATTGGGAGACGCGTTGCAGAGAGATTGATGGAACTCGAACC 1999 Query 1977 CGAGGCCTCTGGCTCATACGTATTGCTCCACAACATTTACAACGATTCTGGAGTCAATTC 2036 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2000 CGAGGCCTCTGGCTCATACGTATTGCTCCACAACATTTACAATGATTCTGGAGTCAATTC 2059 Query 2037 TTCAGCAGAGGAGGTGAGAGAACTGATGAGAGATCGAGGGGTTAAGAAAGAACCAGCCTT 2096 |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2060 TTCAGCTGAGGAGGTTAGAGAGCTGATGAGAGATCGAGGGGTTAAGAAAGAACCAGCCGT 2119 Query 2097 GAGCTGGATCGTAATCGGTAACCAAACTCATTCCTTCGCCGTCGCTGATTTGTCTCACCC 2156 |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 2120 GAGCTGGATCGTGCTCGGTAACCAAACTCATTGCTTCGCAGTGGCTGATTTGTCTCACCC 2179 Query 2157 TTCGAGCCAGATGATCTACACAATGTTAGAGACCATGGACAATGTAG-A--TTTTGTAGA 2213 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||| Sbjct 2180 TTCGAGCCAGATGATCTACACAATGTTAGACACCATGAACACTGTAGTAGATTTTGTAGA 2239 Query 2214 TTACACTCTTGTTCATTTTTGTTCTGTT-ACATGAAAATTTAATGCCAATTTTC-TCTTG 2271 ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct 2240 CCACACTCTTGTTCATTCTCGTTCTGTTTACATGAAAATTTAAAGCCAATTTTTGTCTTG 2299 Query 2272 CTA 2274 ||| Sbjct 2300 CTA 2302 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 87036209825 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5