BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G13880.1
Length=2311
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg929155 jgi|Araly1|929155|scaffold_301612.1 3498 0.0
> Ahg929155 jgi|Araly1|929155|scaffold_301612.1
Length=2302
Score = 3498 bits (1894), Expect = 0.0
Identities = 2155/2283 (94%), Gaps = 10/2283 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGTTACAGTTCCGAGC--A-AAGACTTTTTTCAACAACATTGCTCAAGATTCTCTG 57
|||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGTTGTTACAGTTCCGAGCAAAGAAGACTTCGTTCAACAACATTGCTCAAGATTCTCT- 79
Query 58 GTTAC-TCTTATCACCAAACGAGTTGGATTGGGTTACAGGTTTTTGTCTTCGTTATGCCA 116
|| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 80 TTTTCTTCTTATCACCAAACAAGTTGGATTGGGTTACAGGTTTTTGTCTTCGTTATGCCA 139
Query 117 ACCAAAGAACACGGCTTTAGATTCCGAAGGTTACAAGATACTTTTTCAGACAGCTGCAAA 176
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 140 ACCAAAGAACACGGCTTTAGATTCCGAAGCTTACAAGAAACTTTTTCAGACAGCTGCGAA 199
Query 177 ATCAGGCTCCGTGGTACTGGGAAAGCTCGCTCATGGACACATGATCAAGTCCTCCTTGAA 236
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||
Sbjct 200 ATCAGGCTCCCTGGTACTGGGAAAGCTCGCCCATGGACACATGGTGAAGTCTTCCTTGAA 259
Query 237 CCCGTGTCTGTACTTGCTCAACAATCTTCTGAACATGTATTGCAAGTGCCGGGAATTGGG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 CCCGTGTCTGTACTTGCTCAACAATCTTCTGAATATGTATTGCAAGTGCCGGGAATTGGG 319
Query 297 TTTTGCACGCCAGTTGTTCGACAGAATGCCTGAACGAAACATTATTTCTTTTAATTCTTT 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 TTTTGCACGCCAGTTGTTCGACAGAATGCCTGAACGAAACATTATTTCTTTTAATTCTTT 379
Query 357 GATTTCTGGGTACACTCAGATGGGATTTTATGAACAGGCCATGGAATTGTTTCTTGAAGC 416
||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 GATTTCTGGGTACACTCAGGTGGGGTTTTATGAGCAGGCCATGGAATTGTTTCTTGAAGC 439
Query 417 TAGAGAAGCTAATTTGAAGCTCGATAAGTTCACGTATGCCGGTGCATTGGGCTTTTGTGG 476
||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 440 TAGGGATGATAATTTGAAGCTTGATAAGTTCACGTATGCCGGTGCATTAGGCTTTTGTGG 499
Query 477 AGAAAGGTGTGATCTTGATTTAGGGGAATTGTTGCACGGGTTGGTTGTTGTGAATGGTCT 536
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 500 GGAAAGGTGTGATCTTGATTTTGGCAAATTGTTGCACGGGTTGGTTGTTGTTAATGGTCT 559
Query 537 ATCTCAGCAAGTGTTTTTGATCAATGTGTTGATTGACATGTATAGTAAGTGTGGAAAGCT 596
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 GTCTCAGCAAGTGTTTTTGATCAATGTGTTGATCGACATGTATAGTAAGTGTGGAAAGCT 619
Query 597 TGACCAAGCTATGTCTTTATTTGATAGATGCGATGAAAGGGATCAAGTTTCATGGAATTC 656
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 TGACCAAGCTATGTCTTTATTTGATAGATGCAATGAAAGGGATCAAGTTTCATGGAATTC 679
Query 657 TTTGATTTCCGGTTATGTTCGGGTTGGCGCAGCGGAAGAACCGCTAAATCTGTTGGCTAA 716
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 680 TTTGATTTCCGGTTATGTTCGGGTTGGTGCAGCGGAAGAACCGCTTAATCTGTTGGCTAA 739
Query 717 AATGCATAGAGACGGCCTAAATCTGACTACGTATGCTCTGGGGAGTGTGCTAAAGGCTTG 776
||||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 AATGCATAGAGCCGGCTTAAATTTGACTACTTATGCTCTGGGGAGTGTGCTAAAGGCTTG 799
Query 777 TTGTATTAACCTGAACGAAGGATTTATAGAAAAAGGTATGGCAATTCACTGTTATACAGC 836
||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 800 TTGCATAAACCTAAACGAAGGATTTATAGAAAAAGGTATGGCAATTCACTGTTACGCAGC 859
Query 837 AAAACTAGGAATGGAGTTTGATATAGTTGTCCGTACTGCATTGCTTGACATGTATGCCAA 896
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 860 AAAACTAGGAATGGAATTTGATATAGTTTTCCGTACTGCGTTGCTTGACATGTATGCCAA 919
Query 897 AAACGGAAGTTTGAAAGAGGCGATAAAGCTTTTCAGTTTGATGCCTTCGAAGAATGTGGT 956
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 920 AAACGGAAGTTTGAAGGAGGCGATAAAGCTTTTCAGTTTGATGCCTGCCAAGAATGTGGT 979
Query 957 TACGTATAACGCAATGATATCTGGGTTTCTCCAAATGGATGAAATAACCGATGAAGCTTC 1016
|| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 TATGTATAACGCGATGATTTCTGGGTTTCTCCAAATGGATGAAATAACCGATGAAGCTTC 1039
Query 1017 TAGTGAAGCCTTTAAGCTCTTCATGGATATGCAAAGACGGGGTTTGGAACCCTCGCCATC 1076
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 GAGTGAAGCCTTTAAGCTCTTCATGGAAATGCAAAGACGGGGTTTGGAACCCTCGCCATC 1099
Query 1077 GACATTTTCAGTTGTGCTCAAAGCTTGTAGTGCAGCGAAAACCTTGGAATATGGAAGGCA 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 GACATTTTCAGTTGTGCTCAAAGCTTGTAGTGCGGCGAAAACCTTGGAATATGGAAGGCA 1159
Query 1137 GATTCACGCTCTCATCTGTAAGAACAATTTTCAGTCTGATGAGTTTATTGGGAGCGCTCT 1196
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1160 GATTCACGCTCTCATCTGTAAGAACAATTTCCAGTCTGATGAGTTTATTGGAAGTGCTCT 1219
Query 1197 AATCGAGCTGTATGCGTTAATGGGTTCAACTGAAGATGGAATGCAATGCTTTGCTTCAAC 1256
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 AATCGAGCTGTATGCATTAATGGGTTCAACTGAAGATGGAATGCAATGCTTTGCTTCAAC 1279
Query 1257 ATCAAAGCAAGATATCGCCTCATGGACATCGATGATAGATTGCCATGTCCAAAACGAGCA 1316
|||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1280 ATCAAAACAAGATATCGCCTCATGGACATCGATAATTGATTGTCATGTCCAAAACGAGCA 1339
Query 1317 GCTTGAAAGCGCATTTGATCTGTTCCGACAACTTTTTTCATCCCATATAAGACCAGAAGA 1376
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1340 GCTTGAAAGCGCATTTGACCTGTTCCGACAACTTTTTTCATCCCCTATAAGACCGGAAGA 1399
Query 1377 GTATACAGTTTCCCTTATGATGAGTGCTTGTGCTGATTTTGCTGCATTAAGCTCAGGAGA 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 GTATACAGTTTCCCTTATGATGAGTGCTTGTGCTGATTTTGCTGCATTAAGCTCAGGAGA 1459
Query 1437 GCAGATTCAGGGTTATGCCATAAAGAGTGGAATTGATGCTTTCACCAGTGTTAAGACGTC 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 1460 GCAGATTCAGGGTTATGCCATAAAGAGTGGAATTGATGCTTACACCAGTGTTAAGACCTC 1519
Query 1497 AAGCATTTCTATGTATGCAAAGTCAGGTAACATGCCGCTTGCTAATCAAGTATTTATCGA 1556
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1520 CAGCATTTCTATGTACGCAAAGTCAGGTAACATGCCTCTTGCTAATAAAGTATTTATCGA 1579
Query 1557 GGTCCAAAACCCAGACGTTGCAACATACTCGGCTATGATCTCAAGCCTTGCTCAACACGG 1616
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1580 GGTCCAAAACCCAGACGTTGCAACATACTCAGCTATGATCTCAAGCCTTGCGCAACACGG 1639
Query 1617 TTCTGCTAACGAAGCCTTAAACATCTTTGAATCGATGAAAACCCACGGAATTAAACCGAA 1676
||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1640 TTCTGCTCACGATGCCTTAAACATCTTTGAGTCGATGAAAACCCGCGGAATTAAACCGAA 1699
Query 1677 CCAGCAAGCCTTTCTCGGTGTTCTAATAGCTTGTTGCCACGGAGGATTAGTCACACAAGG 1736
||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 CCAGCAAGCATTTCTCGGCGTTCTTATAGCTTGTTGCCACGGAGGATTAGTCACACAAGG 1759
Query 1737 ACTAAAGTATTTCCAATGCATGAAGAACGATTACAGGATTAACCCAAACGAGAAACATTT 1796
|||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1760 ACTAAACTATTTCCAAACCATGAAGAACAATTACGGGATTAACCCGAACGAGAAACATTT 1819
Query 1797 CACTTGCCTCGTCGATCTTTTAGGTCGCACGGGAAGATTATCAGATGCTGAGAATCTGAT 1856
||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1820 CACTTGCCTCGCCGATCTCTTAGGTCGCACCGGAAGATTATCAGATGCCGAGAACCTGAT 1879
Query 1857 TTTGAGCTCTGGTTTTCAAGACCATCCAGTGACGTGGAGAGCATTACTGAGTTCTTGTAG 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1880 TTTGAGCTCTGGTTTTCAAGACCATCCAGTGATGTGGAGAGCATTACTGAGTTCTTGCAG 1939
Query 1917 AGTTTACAAAGACAGCGTAATTGGGAAACGCGTTGCGGAGAGACTGATGGAACTTGAACC 1976
|| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1940 GGTATACAAAGACGGCGTAATTGGGAGACGCGTTGCAGAGAGATTGATGGAACTCGAACC 1999
Query 1977 CGAGGCCTCTGGCTCATACGTATTGCTCCACAACATTTACAACGATTCTGGAGTCAATTC 2036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2000 CGAGGCCTCTGGCTCATACGTATTGCTCCACAACATTTACAATGATTCTGGAGTCAATTC 2059
Query 2037 TTCAGCAGAGGAGGTGAGAGAACTGATGAGAGATCGAGGGGTTAAGAAAGAACCAGCCTT 2096
|||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2060 TTCAGCTGAGGAGGTTAGAGAGCTGATGAGAGATCGAGGGGTTAAGAAAGAACCAGCCGT 2119
Query 2097 GAGCTGGATCGTAATCGGTAACCAAACTCATTCCTTCGCCGTCGCTGATTTGTCTCACCC 2156
|||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2120 GAGCTGGATCGTGCTCGGTAACCAAACTCATTGCTTCGCAGTGGCTGATTTGTCTCACCC 2179
Query 2157 TTCGAGCCAGATGATCTACACAATGTTAGAGACCATGGACAATGTAG-A--TTTTGTAGA 2213
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| | |||||||||
Sbjct 2180 TTCGAGCCAGATGATCTACACAATGTTAGACACCATGAACACTGTAGTAGATTTTGTAGA 2239
Query 2214 TTACACTCTTGTTCATTTTTGTTCTGTT-ACATGAAAATTTAATGCCAATTTTC-TCTTG 2271
||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 2240 CCACACTCTTGTTCATTCTCGTTCTGTTTACATGAAAATTTAAAGCCAATTTTTGTCTTG 2299
Query 2272 CTA 2274
|||
Sbjct 2300 CTA 2302
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87036209825
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5