BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G14120.1
Length=3697
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478826 jgi|Araly1|478826|fgenesh2_kg.3__1527__AT3G14120.1 2865 0.0
> Ahg478826 jgi|Araly1|478826|fgenesh2_kg.3__1527__AT3G14120.1
Length=3647
Score = 2865 bits (1551), Expect = 0.0
Identities = 1653/1704 (97%), Gaps = 0/1704 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 152 ACTTGGGGTTAGCTTTCGTTGGTGAAGAAATGGATATGGATATGGACACTTCCCCTAGCT 211
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 102 ACTTGGGGTTAGTTTTCGTTGGTGAAGAAATGGATATGGATATGGACACTTCCCCTAGCT 161
Query 212 ACTTCGACCCCGAGGCCCTCAGTGTTAGGGATCAATTCCGTCGCTATCGAAAGAGACACT 271
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 162 ACTTCGACCCCGAGGTTCTCAGTGTTAGGGATCAATTCCGTCGCTATCGAAAGAGACACT 221
Query 272 CTACATCGCCACATGAGGAAATGTTGAGTTCAAATGTCAGCGAGAACAGATTACTGTATG 331
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 222 CTACATCTCCACATGAGGAAATGTTGAGTTCAAATGTCAGCGAGAACAGATTACTGTATG 281
Query 332 ACGGGCATAACATTCATAGTCCAACAAATACTGCATTGCTCCTTGAAAACATTAAGGAAG 391
| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 282 ATGGACATTACATCCATAGTCCAACAAATACTGCATTGCTTCTTGAAAACATTAAGGAGG 341
Query 392 AGGTTGACAACTTTCACACTGATCATTACGAAGGAACACCTACAAACCCGATATCTGCTT 451
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 342 AGGTTGACAACTTTCACACTGATCATTACGAAGCAACACCTGCAAACCCGATATCTGCTT 401
Query 452 CCAGGAGGGAGAGTGTTGGAATTCTTAATGATGACGATGAGGCTTTGTTTCGTCGAGTAG 511
| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 CTAGGAGGGAGAGTGTTGGAATTCTTGATGATGATAATGAGGCTTTGTTTCGTCGAGTAG 461
Query 512 AAAGTCAATCACTCAAGGCTTGCAAGATTGAGAATGATGAGTTAGCGGAGAGTGGAGATA 571
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 462 AAAGTCAATCACTGAAGGCTTGCAAGATTGAGAATGATGAGTTAGCAGAGAGTGGAGATA 521
Query 572 CAACCTTTGCTTTGTTTGCTTCCCTGTTTGATTCTGCGCTTCAAGGACTAATGTCCATTC 631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 CAACCTTTGCTTTGTTTGCTTCCCTGTTTGATTCTGCGCTTCAAGGACTAATGTCCATTC 581
Query 632 CAAATCTAATGTTGAGGCTTGAAGAATCATGCAGGAATGTTTCACAATCAATTAGATATG 691
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 582 CAGATCTAATGTTGAGGCTTGAGGAATCATGCAGGCATGTTTCACAATCAATTAGATATG 641
Query 692 GATCAGATATTAGACATCGTGCTGTGGAGGATAAACTTATGAGACAGAAGGCTCAGCTTT 751
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 GATCAGATATTAGACATCGTGTTGTGGAGGATAAACTTATGAGACAGAAGGCTCAGCTTT 701
Query 752 TGCTTGGTGAGGCTGCCTCCTGGTCACTTTTATGGAACCTATATGGAAAAGGTACTGATG 811
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 702 TGCTTGGTGAGGCTGCCTCCTGGTCACTTTTATGGAACCTATATGGAAAAGGTACTGAAG 761
Query 812 AAGTTCCTGAGAATTTGATCCTGATCCCATCAACATCTCATTTGGAGGCTTGTCAGTTTG 871
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 762 AAGTTCCTGAGGATTTGATCCTGATCCCATCAACATCTCATGTGGAGGCTTGTCAGTTTG 821
Query 872 TTTTAAACGACCATACAGCTCAGCTATGCCTTCGGATAGTCATGTGGCTTGAAGAACTTG 931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 822 TTTTAAACGACCATACAGCTCAGCTATGCCTTCGGATAGTCCTGTGGCTTGAAGAACTTG 881
Query 932 CTTCAAAATCACTTGACTTGGAAAGGAAGGTGCAGGGATCTCATGTGGGTACTTATCTTC 991
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 CTTCAAAATCACTTGATTTGGAAAGGAAGGTGCGGGGATCTCATGTGGGTACTTATCTTC 941
Query 992 CTAATGCTGGAGTGTGGCATCACACACAAAGATATCTCAAGAAAAATGGCTCTAACGCTG 1051
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 942 CTAACGCTGGAGTGTGGCATCACACACAAAGATATCTGAAGAAAAATGGCTCTAGCGCTG 1001
Query 1052 ACACTTTACACCATCTGGATTTTGATGCTCCAACACGTGAACATGCTCGTCTTCTTCCTG 1111
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 ACACTGTACACCATCTGGATTTTGATGCTCCAACACGTGAACATGCTCGTCTTCTTCCTG 1061
Query 1112 ATGACTATAAACAAGATGAATCTGTTCTTGAGGATGTATGGACTTTGATAAGGGCTGGGA 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 ATGACTATAAACAAGATGAATCTGTTCTTGAGGATGTTTGGACTTTGATAAGGGCTGGGA 1121
Query 1172 GAATAGAAGAGGCATGTGATCTCTGCAGGTCTGCTGGGCAGTCATGGAGAGCTGCGACTT 1231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1122 GAATAGAAGAGGCATGTGATCTCTGCAGGTCTGCTGGGCAGCCATGGAGAGCTGCAACTT 1181
Query 1232 TATGCCCTTTTTCTGGAATGGACATGTTTCCTTCTATTGAGGCACTGGTAAAGAATGGGG 1291
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 TATGCCCTTTTTCTGGAATGGACATGTTTCCTTCTCTTGAGGCACTGGTAAAGAATGGAA 1241
Query 1292 AAAATAGGACTCTCCAGGCCATCGAGCAGGAAAGTGGCTTTGGCAATCAACTGCGTCTTT 1351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 AAAATAGGACTCTCCAGGCCATCGAGCAGGAAAGTGGCTTTGGCAATCAACTGCGTCTTT 1301
Query 1352 GGAAATGGGCTTCCTACTGTGCATCAGAGAAAATTGCAGAGCAGGACGGCGGCAAACATG 1411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302 GGAAATGGGCTTCCTACTGTGCATCAGAGAAAATTGCAGAGCAGGACGGCGGCAAACATG 1361
Query 1412 AAGTTGCTGTTTTTGCAACTCAATGTAGCAACCTGAACCGCATGTTACCAATTTGTACTG 1471
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1362 AAGTTGCTGTTTTTGCAACCCAATGTAGCAACCTGAACCGCATGTTACCAATTTGTTCTG 1421
Query 1472 ATTGGGAGTCAGCTTGCTGGGCGATGGCAAAATCCTGGCTTGATGTTCAGGTTGATCTTG 1531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 ATTGGGAGTCAGCTTGCTGGGCGATGGCAAAATCCTGGCTTGATGTTCAGGTTGATCTTG 1481
Query 1532 AACTCGCCCAATCAAAGCCTGGTTTGACAGAAAGGTTTAAAAGCTGCATTGATGAAAGCC 1591
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 AACTCGCCCAATCAAAGCCAGGCTTGACAGAAAGGTTTAAAAGCTGCATTGATGAAAGCC 1541
Query 1592 CTGAAGCTACGCAAAATGGTTGTCAGGCTTCATTTGGGCCAGAAGATTGGCCCCTCCATG 1651
||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 CTGAAACTATGCAAAATGGTTGTCAGGCTTCACTTGGGCCAGAAGATTGGCCCCTCCATG 1601
Query 1652 TTCTAAACCAACAACCCCGCGACCTTCCTGCTCTTCTTCAGAAACTTCATTCAGGGGAAA 1711
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1602 TTCTAAACCAACAACCCCGTGACCTTCCTGCTCTTCTTCAGAAACTCCATTCAGGGGAAA 1661
Query 1712 TGGTGCACGAAGCTGTTGTCAGAGGATGCAAAGAGCAGCACCGCCAAATTCAGATGAACC 1771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1662 TGGTGCACGAAGCTGTTGTCAGAGGATGCAAAGAGCAGCACCGGCAAATTCAGATGAACC 1721
Query 1772 TTATGTTGGGGGATATATCACATCTCCTTGATATCATATGGTCATGGATAGCGCCCTTAG 1831
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 TTATGTTGGGGGATATATCACATCTTCTTGATACCATATGGTCATGGATAGCGCCCTTAG 1781
Query 1832 AAGATGATCAAAGCAACTTCAGGC 1855
|| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 AAAATGATCAAAGCAACTTCAGGC 1805
Score = 2154 bits (1166), Expect = 0.0
Identities = 1220/1247 (98%), Gaps = 0/1247 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1853 GGCCCCATGGAGATCCTCATATGATAAAGTTCGGTGCACACATGGTACTTGTTCTTAGGC 1912
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1860 GGCCCCATGGAGATCCTCATATGATAAAGTTTGGTGCACACGTGGTGCTTGTTCTTAGGC 1919
Query 1913 TTCTATTTACTGATGAAATCAACGACTCTTTCAAGGAGAAGCTCAATAATGTTGGTGATC 1972
|||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TTCTGTTTACTGATGAAATCAATGACTCTTTCAGGGAGAAGCTCAATAATGTTGGTGATC 1979
Query 1973 TTATTCTTCATATGTATGCGATGTTTCTATTTTCAAAACAACATGAAGAATTGGTAGGAA 2032
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TTATTCTTCATATGTATGCGATGTTTTTATTTTCAAAACAACATGAAGAATTGGTAGGAA 2039
Query 2033 TTTATGCTTCTCAGCTTGCTCGCCATCGATGCATTGAACTTTTTGTACACATGATGGAGT 2092
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TTTATGCTTCTCAGCTTGCTCGCCATCGATGCATCGAACTTTTTGTACACATGATGGAGT 2099
Query 2093 TAAGGATGCATAGCAGCGTACATGTGAAGTACAAAATCTTCCTGTCCGCTATGGAGTACT 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TAAGGATGCATAGCAGCGTACATGTGAAGTACAAAATCTTCCTGTCCGCTATGGAGTACT 2159
Query 2153 TGTCATTCTCTCCTGTGGATGATTTACATGGAAATTTTGAAGAAATAGTTGACAGGGTTT 2212
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TGCCATTCTCTCCTGTGGATGATTTACATGGAAATTTTGAAGAAATAGTTGACAGGGTTT 2219
Query 2213 TGTCAAGATCTCGGGAAATCAAACTTGCAAAATATGATCCCTCAATTGATGTTGCGGAGC 2272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 TGTCAAGATCTCGGGAAATCAAACTTGCAAAATATGATCCCTCAATTGATGTTGCGGAGC 2279
Query 2273 AGCATCGTCAGCAGAGTCTTCAAAAAGCAATAGCCATTCAGTGGCTCTGTTTTACACCTC 2332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 AGCATCGTCAGCAGAGTCTTCAAAAAGCAATAGCCATTCAGTGGCTCTGTTTTACACCTC 2339
Query 2333 CATCTACTATAAAGGATGTGAAGGATGTTACTTCCAAATTACTTTTGCGATCTTTGATGC 2392
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2340 CATCTACTATAAAGGATGTCAAGGATGTTACTTCCAAATTACTATTGCGATCTTTGATGC 2399
Query 2393 ACAGCAACATACTTTTCAGAGAGTTTGCATTGATTGCCATGTGGAGGGTGCCTGCAACTC 2452
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 ACAGCAACATACTTTTCAGAGAGTTTGCTTTGATTGCCATGTGGAGGGTGCCTGCAACTC 2459
Query 2453 CTGTGGGTGCACACACACTTCTTAGTTATCTTGCTGAACCTCTGAAGCAACTCTCAGAAA 2512
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 CTGTGGGTGCACACACACTTCTTAGTTTTCTTGCTGAACCTCTGAAGCAACTCTCAGAAA 2519
Query 2513 ATCCAGATACCCTCGAGGATTATGTTTCCGAGAATTTGCAAGAGTTCCAAGACTGGAATG 2572
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 ATCCAGATACCCTTGAGGATTATGTCTCCGAGAATTTACAAGAGTTCCAAGACTGGAATG 2579
Query 2573 AGTATTATTCCTGTGATGCAAAATATCGCAACTGGCTCAAATTCCAGTTAGAGAATGCTG 2632
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2580 AGTATTATTCCTGTGATGCAAAATATCGCAACTGGCTCAAATTCCAATTAGAGAATGCTG 2639
Query 2633 AAGTCACTGAACTGTCAGAAGAGGAAAATCAGAAAGCTGTTGTAGCAGCCAAAGAGACTC 2692
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 AAGTCACTGAACTCTCAGAAGAGGAAAATCAGAAAGCTGTTGTAGCAGCCAAAGAGACTC 2699
Query 2693 TGGATTCTTCTTTGTCATTGCTTCTCAGACAAGACAACCCCTGGATGACATTTCTCGAAG 2752
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 TGGATTCTTCTTTGTCATTGCTGCTCAGACAAGACAACCCCTGGATGACATTTCTCGAAG 2759
Query 2753 ACCATGTATTCGAATCAGAAGAATATTTATTCCTTGAATTGCATGCAACTGCGATGCTCT 2812
|||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 ACCATGTATTCGAATCAGAAGATTATATGTTCCTTGAATTGCATGCAACTGCGATGCTCT 2819
Query 2813 GTTTGCCTTCTGGTGAATGTCTGCGCCCAGATGCCACTGTTTGTGCTGCACTAATGAGTG 2872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 GTTTGCCTTCTGGTGAATGTCTGCGCCCAGATGCCACTGTTTGTGCTGCACTAATGAGTG 2879
Query 2873 CACTTTACTCTTCTGTCAGTGAGGAAGTTGTTTTAGATCGCCAGTTAATGGTAAATGTAT 2932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2880 CACTTTACTCTTCTGTCAGTGAGGAAGTTGTTTTAGATCGCCAGTTAATGGTAAATGTAT 2939
Query 2933 CGATTTCGTCAAGGGACAGCTACTGCATCGAGGTTGTGCTCCGGTGTTTAGCAATTAAGG 2992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 2940 CGATTTCGTCAAGGGACAGCTACTGCATCGAGGTTGTGCTCCGCTGTCTAGCAATTAAGG 2999
Query 2993 GCGATGGACTTGGGCCACATAATGCAAATGACGGTGGTATTCTAAGCGCAGTGGCTGCAG 3052
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3000 GTGATGGACTTGGGCCACATAATGCAAATGACGGTGGTATTCTAAGTGCAGTGGCTGCAG 3059
Query 3053 CTGGTTTTAAAGGTTCGGATATCTATGGAACATATTTCTCATTCACC 3099
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3060 CTGGTTTTAAAGGTTCGGATATCTATGAAACATATTTCTCATTCACC 3106
Score = 900 bits (487), Expect = 0.0
Identities = 524/542 (97%), Gaps = 1/542 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3139 GAGCTTACACGGTTCCAGGCAGGTGTTACAATGGATATATCCCGCCTAGACGCTTGGTAT 3198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3107 GAGCTTACACGGTTCCAGGCAGGTGTTACAATGGATATATCCCGCCTAGACGCTTGGTAT 3166
Query 3199 TCAAGCAAAGAAGGCTCGCTTGAAACACCTGCAACTTATATTGTCCGGGGTCTCTGTAGA 3258
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3167 TCAAGCAAAGAAGGCTCGCTTGAAACACCTGCCACTTATATTGTCCGGGGTCTTTGTAGA 3226
Query 3259 AGATGCTGTCTTCCAGAACTCGTTCTTCGATCAATGCAGGTTTCTGTTTCTCTAATGGAG 3318
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3227 AGATGCTGTCTTCCAGAACTCGTTCTTCGATCTATGCAGGTTTCTGTTTCTCTAATGGAG 3286
Query 3319 TCGGGAAATCCACCTGAAGATCATGATGAACTGATTGAGCTTGTTGCTTCTGATGAAACT 3378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3287 TCGGGAAATCCACCTGAAGATCATGATGAACTGATTGAGCTTGTTGCTTCTGATGAAACT 3346
Query 3379 GGTTTTCTCTCTTTGTTCAGTCGGCAACAATTACAGGAGTTCATGTTATTTGAGAGGGAG 3438
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 3347 GGTTTTCTCTCTTTGTTCAGTCGGCAGCAATTACAGGAGTTCATGTTGTTTGAGAGAGAG 3406
Query 3439 TATCGTATGTCCCAGTTGGAGCTTCAAGAGGAACTTTCATCACCTTGATATTGCCTCACC 3498
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3407 TATCGTATGTCCCAGTTGGAGCTTCAGGAAGAACTTTCATCATCTTGATATTGCCTCACC 3466
Query 3499 TTGTATCAGCGCCAGCTTCTTCCTCACTGAATGCCCAGAGAGACGGCTTACTTTGGTTCG 3558
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||
Sbjct 3467 TTATATCTGCGCCAGCTTCTTCCTCACTGAATGCCCAGAGAGACAGCTTATTTTGGT-CG 3525
Query 3559 TGTAAATTACGCTGTAATTTGTCTTCTTTTCAGACCAGGGATTCACTGATCAGACTGATG 3618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3526 TGTAAATTACGCTGTAATTTGTCTTCTTTTCAGACCAGGGATTCACTGATCAGACTGATG 3585
Query 3619 TATACATTGTGATAAATTTTGTCGAATGCTGAGATATCAAGTTCCCTTTACTACTATTGG 3678
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3586 TATACATTCTGATAAATTTTGTCGAATACTGAGATTTCAAGTTCCATTTACTACTATTGG 3645
Query 3679 TC 3680
||
Sbjct 3646 TC 3647
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139671292910
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5