BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G14390.1
Length=1980
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg478856 jgi|Araly1|478856|fgenesh2_kg.3__1557__AT3G14390.1 2935 0.0
Ahg488028 jgi|Araly1|488028|fgenesh2_kg.6__1162__AT5G11880.1 2034 0.0
> Ahg478856 jgi|Araly1|478856|fgenesh2_kg.3__1557__AT3G14390.1
Length=1952
Score = 2935 bits (1589), Expect = 0.0
Identities = 1844/1964 (94%), Gaps = 30/1964 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 34 CAAAACCCTGAGAATGGCGGCAGCTACTCAATTTCTCTCCCAACCTTCGTC-TCTC--AA 90
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||
Sbjct 1 CAAAACCCTGAAAATGGCGGCAGCTACTCAATGTCTCTCCCAACCTTCATCATCTCTAAA 60
Query 91 TCCACACCAACTGAAGAACCAAACCTCACAACGCTCCAGAAGCATCCCTGTCTTGTCTCT 150
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 61 TCCATACCAACTGAAGAACCAAACCTCACAACTCTCCAGAATCATCCCTATCTTGTCTCT 120
Query 151 TAAATCCACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTGAAAGCCGCCGTCGTTTCTCAAAA 210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||
Sbjct 121 TAAATCCACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTGAAAGCCACCGCCGTTTCCCAAAA 180
Query 211 CTCGTCCAAAACCGTGACGAAGTTCGATCACTGTTTCAAGAAATCATCAGATGGGTTTCT 270
||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTCCACCAAAACCCTCACGAAGTTCGACCACTGTTTCAAGAAATCATCAGATGGGTTTCT 240
Query 271 CTATTGTGAAGGAACTAAAGTTGAGGATATCATGGAGTCAGTGGAGAGAAGACCCTTTTA 330
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 241 CTATTGCGAAGGAACTAAAGTTGAGGATATCATGGAGTCAGTCGAGAGAAGACCCTTTTA 300
Query 331 CTTATATAGCAAACCTCAGATCACTAGAAACCTCGAGGCTTATAAAGAAGCATTGGAAGG 390
||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 301 CTTATATAGTAAACCTCAGATCACGAGGAACCTCGAGGCTTATAAACAAGCATTGGAAGG 360
Query 391 AGTGAGC-TCTGTGATTGGTTACGCTATCAAAGCTAATAACAATCTTAAAATTTTGGAGC 449
|||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 361 TGTGA-CATCTGTCATTGGTTACGCTATCAAAGCTAATAACAATCTCAAGATTTTGGAGC 419
Query 450 ATTTGAGAAGTTTAGGCTGTGGTGCTGTGCTCGTTAGTGGAAATGAGCTTAGACTTGCTC 509
||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 420 ATTTGAGGTCTTTAGGCTGTGGTGCTGTCCTCGTCAGTGGAAATGAGCTCAGACTTGCTC 479
Query 510 TTCGTGCTGGTTTCGATCCCACAAAGTGCATTTTCAATGGAAATGGCAAGTCT-TTGGAA 568
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 480 TTCTTGCTGGTTTCGATCCCACAAAGTGCATTTTCAATGGAAATGGCAAGT-TGTTGGAA 538
Query 569 GATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAGGTGTTTTCGTTAATGTCGATAGTGAGTTTGACTTG 628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAGGTGTTTTCGTTAATGTCGATAGTGAGTTTGACTTG 598
Query 629 AATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAATTTCTGGTAAGCAGGTCAATGTACTGCTGCGTATC 688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAATTTCTGGTAAGCAGGTCAATGTACTGCTGCGTATC 658
Query 689 AATCCTGATGTTGATCCTCAGGTGCATCCATATGTTGCTACTGGGAACAAGAACTCAAAG 748
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AATCCTGATGTCGATCCTCAGGTGCATCCATATGTAGCTACTGGGAACAAGAACTCAAAG 718
Query 749 TTTGGTATCAGGAACGAGAAGCTTCAATGGTTTCTGGATCAGGTCAAGGCACATCCCAAA 808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TTTGGTATCAGGAACGAGAAGCTTCAATGGTTTCTGGATCAGGTCAAGGCACATCCCAAA 778
Query 809 GAGCTGAAGCTTGTTGGAGCTCATTGCCATCTAGGCTCTACCATTACTAAGGTGGATATA 868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GAGCTGAAGCTTGTTGGAGCTCATTGCCATCTAGGCTCTACCATTACTAAGGTGGATATA 838
Query 869 TTCAGAGATGCGGCAGTTCTCATGATAGAATACATTGACGAGATCCGGCGTCAAGGTTTT 928
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TTCAGAGATGCTGCAGTTCTCATGATTGAATACATTGATGAGATCCGGCGTCAAGGTTTT 898
Query 929 GAAGTTAGTTACTTGAACATTGGTGGTGGTTTAGGGATTGATTATTACCATGCCGGCGCT 988
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 899 GAAGTTAGTTACTTGAACATTGGTGGTGGTTTAGGGATAGATTATTATCATGCCGGCGCT 958
Query 989 GTCCTTCCCACACCCATGGATCTCATCAACACTGTAAGAGAGCTTGTTCTTTCACGAGAC 1048
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GTCCTTCCCACACCCATGGATCTCATCAATACCGTAAGAGAGCTTGTTCTTTCACGAGAC 1018
Query 1049 CTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGAGATCTCTGATTGCAAACACTTGCTGTTTCGTCAAC 1108
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGAGATCTCTGATTGCAAACACTTGCTGTTTCGTCAAT 1078
Query 1109 CATGTAACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAGAACTTCATAGTCATTGATGGAAGTATG 1168
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1079 CATGTGACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAAAACTTCATAGTGATTGATGGAAGTATG 1138
Query 1169 GCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCTTATCAGCACATTGAGTTGGTCTCTCCT 1228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCTTATCAGCATATTGAGTTGGTCTCTCCT 1198
Query 1229 CCACCGGCTGAAGCAGAGGTTACCAAATTCGACGTAGTGGGTCCTGTCTGTGAATCTGCT 1288
|||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 CCACCGCCTGAAGCAGAGGTGACCAAATTCGACGTAGTGGGTCCTGTCTGTGAATCTGCT 1258
Query 1289 GATTTCCTGGGCAAAGACAGAGAGCTTCCCACTCCTCCACAGGGAGCTGGTCTGGTGGTT 1348
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GATTTCTTGGGCAAAGACAGAGAGCTTCCCACTCCTCCACAGGGAGCTGGTCTGGTGGTT 1318
Query 1349 CATGACGCTGGTGCATACTGTATGAGCATGGCTTCCACTTACAATCTCAAGATGCGTCCT 1408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CATGACGCTGGTGCATACTGTATGAGCATGGCTTCCACTTACAATCTCAAGATGCGTCCT 1378
Query 1409 CCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATGGGTCGATCACTAAGATAAGGCATGCTGAGACATTC 1468
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1379 CCGGAGTACTGGGTTGAAGAAGATGGGTCGATCACTAAGATAAGGCATGCTGAGACGTTC 1438
Query 1469 GATGACCATTTGCGTTTCTTTGAAGGTCTATGAACTCTTAGATTTACTCATCATTGTTGC 1528
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 GATGACCATTTGCGTTTCTTTGAAGGTCTATGAACTCTGAGATTTACTCATCGTTGTTGC 1498
Query 1529 TTTTTTGATT-GAATTGTATGATTATTCGGAATCAGGACCATAATGATATTGCTGTTTTA 1587
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1499 TTTTT--ATTTGAATTGTATGATTATTCGGAATCAGGACCATAATGCTATTGCTGTTTTA 1556
Query 1588 GATTTTCACATTATGTGCTTTGATTCAAAGTC---AATGAAGTGATCATATGAATAAGAA 1644
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1557 GATTTTCACATTCTGTGCTTTGATTCAAAGTCCCCAATGAAGTAATCATATGAATAAGAA 1616
Query 1645 AACGTTCACAAGTCAAGACAGAAAATAAGAGGTGA-TTCTGATTATAAG-AGG-AGTCTT 1701
|| | ||||||||||||||||||||||| |||||| || || || | | | |||
Sbjct 1617 AAAGGTCACAAGTCAAGACAGAAAATAAAAGGTGAATT-TGTTTCTTCTTATTTA--CTT 1673
Query 1702 TCAAG-CCAAAGTCGTCCATTGTCCAAACACATAAACACTCATCTAAGCTT-CTTCCCAT 1759
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1674 -CAAGTCCATAGTTGTCCATTGTCCAAACACATAAAGACTCATCTAAGCTTTCTTTCCAT 1732
Query 1760 AGCTATAAGAAGATTCTTTCAAGCTTTTTGTTCACAAGTTTGCTTGCAGAACTAAATG-- 1817
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |
Sbjct 1733 AGCTATAGGAAGATTTTTTCAAGCTTTTTGTTCACAAATTTGCTTGCAGAACAAAAGGCG 1792
Query 1818 AATCAAT-AACTACAACTA-CTATGTCATTAATCAAGAAACTAAAAGAAGATAGTTCATA 1875
|| || ||| ||| || ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 1793 AA-CACGCAAC--CAA-TATCTACATCATTAATCAAGAACCTAAAACAAGATAGTTCATA 1848
Query 1876 GTTCACAGGACAAGTAAAGTGAATTTGGTTTATCATGTAGTGACTTACCGCCACAAGTCT 1935
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 1849 GTTCACAGGACAAGTAAAGTGAATTTGGTTTATTATGTAGTGAATTACCGTCACTAGTAA 1908
Query 1936 AATTTCATCATGGGTTATAAGGAAGATTCCAAAATAAACCTTTT 1979
||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 AATTTTATCATGGTTTATTAGGAAGATTCCAAAATAAACCTTTT 1952
> Ahg488028 jgi|Araly1|488028|fgenesh2_kg.6__1162__AT5G11880.1
Length=1606
Score = 2034 bits (1101), Expect = 0.0
Identities = 1404/1544 (91%), Gaps = 46/1544 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 47 ATGGCGGCAGCTACTCAATTTCTCTCCCAACCTTCGTC--T-CTC--AATCC-ACA-CCA 99
||||| || |||||||||||||||||||||||||| || | | | || || | | | |
Sbjct 54 ATGGCCGCTGCTACTCAATTTCTCTCCCAACCTTCATCTATCCGCGGAACCCTAAATCAA 113
Query 100 -ACTGAA--GAACCAAACCTCACAACGCTCCAGAAGCATCCC--TGTCTTGTCTCTTAAA 154
|| || |||||||||||| | | || | ||| ||||| | || ||||||| ||
Sbjct 114 TAC-CAATTGAACCAAACCTC-C--CTCT-C--AAGAATCCCAAT-TC-TGTCTCTCAAG 164
Query 155 TCCACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTGAAAGCCGCCG--T--C--GTTTCTCAA 208
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | | || |||
Sbjct 165 TCCACATTGAAGCCACTTAAACGCCTCTCCGTCAAATCCGCCGTATCCCAAAACTCCCAA 224
Query 209 AACTCGTCCAAAACCGTGAC----GAA---G--------TTCGATCACTGTTTCAAGAAA 253
||||| |||||||| | || ||| | ||||| |||||||||||||||
Sbjct 225 AACTCCACCAAAACCCTCACAAAGGAATCTGCTTCCTCTTTCGACCACTGTTTCAAGAAA 284
Query 254 TCATCAGATGGGTTTCTCTATTGTGAAGGAACTAAAGTTGAGGATATCATGGAGTCAGTG 313
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||
Sbjct 285 TCATCAGATGGGTTTCTCTATTGCGAAGGAACTAAGGTTCAAGATATCATGGAGTCAGTC 344
Query 314 GAGAGAAGACCCTTTTACTTATATAGCAAACCTCAGATCACTAGAAACCTCGAGGCTTAT 373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 345 GAGAGAAGACCCTTTTACTTATATAGCAAACCTCAGATCACGAGAAACCTTGAGGCGTAT 404
Query 374 AAAGAAGCATTGGAAGGAGTGAGCTCTGTGATTGGTTACGCTATCAAAGCTAATAACAAT 433
||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 405 AAAGAGGCTTTGGAAGGAGTGAGATCTGTTATTGGTTACGCTATTAAAGCTAATAACAAT 464
Query 434 CTTAAAATTTTGGAGCATTTGAGAAGTTTAGGCTGTGGTGCTGTGCTCGTTAGTGGAAAT 493
|| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 465 CTCAAGATTTTGGAGCATTTGAGGAGTTTGGGCTGTGGTGCTGTGTTGGTTAGTGGAAAT 524
Query 494 GAGCTTAGACTTGCTCTTCGTGCTGGTTTCGATCCCACAAAGTGCATTTTCAATGGAAAT 553
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 GAGCTTAGGCTTGCTCTTCGTGCTGGTTTCGATCCCACAAAGTGCATTTTCAATGGAAAT 584
Query 554 GGCAAGTCT-TTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAGGTGTTTTCGTTAATGTCGA 612
|| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 585 GGGAAGT-TGTTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAGGTGTTTTCGTAAATGTTGA 643
Query 613 TAGTGAGTTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAATTTCTGGTAAGCAGGTCAA 672
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 644 TAGCGAGTTTGACTTGAATAACATTGTGGAAGCTTCAAGAATTTCTGGTAAGCAGGTCAA 703
Query 673 TGTACTGCTGCGTATCAATCCTGATGTTGATCCTCAGGTGCATCCATATGTTGCTACTGG 732
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 704 TGTACTGCTGCGTATCAATCCTGATGTCGATCCTCAGGTGCATCCATATGTAGCTACTGG 763
Query 733 GAACAAGAACTCAAAGTTTGGTATCAGGAACGAGAAGCTTCAATGGTTTCTGGATCAGGT 792
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||
Sbjct 764 GAACAAGAACTCGAAGTTTGGTATCAGGAACGAGAAGCTTCAATGGTTTCTCGATGAAGT 823
Query 793 CAAGGCACATCCCAAAGAGCTGAAGCTTGTTGGAGCTCATTGCCATCTAGGCTCTACCAT 852
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 824 GAAGGCACATCCCAAAGAGCTAAAGCTTGTTGGAGCTCATTGCCATCTTGGCTCTACCAT 883
Query 853 TACTAAGGTGGATATATTCAGAGATGCGGCAGTTCTCATGATAGAATACATTGACGAGAT 912
||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 884 TACAAAGGTGGATATATTCAGAGATGCTGCGGTTCTCATGATTGAATACATTGATGAAAT 943
Query 913 CCGGCGTCAAGGTTTTGAAGTTAGTTACTTGAACATTGGTGGTGGTTTAGGGATTGATTA 972
|||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 944 CCGGCGTCAAGGCTTTGAGGTTAGCTACTTGAACATTGGTGGTGGTTTAGGGATAGATTA 1003
Query 973 TTACCATGCCGGCGCTGTCCTTCCCACACCCATGGATCTCATCAACACTGTAAGAGAGCT 1032
||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1004 TTATCATGCTGGCGCTGTCCTTCCTACACCCATGGATCTCATCAACACCGTAAGAGAGCT 1063
Query 1033 TGTTCTTTCACGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGAGATCTCTGATTGCAAACAC 1092
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1064 TGTTCTTTCGCGAGACCTGAATCTAATAATCGAGCCAGGGAGATCGCTGATTGCAAACAC 1123
Query 1093 TTGCTGTTTCGTCAACCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAGAACTTCATAGT 1152
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1124 ATGTTGTTTCATCAACCATGTAACTGGTGTGAAGACGAATGGAACTAAAAACTTCATAGT 1183
Query 1153 CATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCTTATCAGCACAT 1212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1184 GATTGATGGAAGTATGGCTGAGCTTATCCGTCCCAGTCTTTATGATGCCTATCAGCATAT 1243
Query 1213 TGAGTTGGTCTCTCCTCCACCGGCTGAAGCAGAGGTTACCAAATTCGACGTAGTGGGTCC 1272
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TGAGTTGGTCTCTCCTACACCGCCTGAAGCAGAGGTTACCAAATTCGACGTAGTGGGTCC 1303
Query 1273 TGTCTGTGAATCTGCTGATTTCCTGGGCAAAGACAGAGAGCTTCCCACTCCTCCACAGGG 1332
||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1304 TGTTTGTGAATCTGCTGATTTCTTGGGAAAAGACAGAGAGCTTCCTACTCCTCCGCAGGG 1363
Query 1333 AGCTGGTCTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGAGCATGGCTTCCACTTACAA 1392
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1364 AGCTGGTCTGGTGGTTCATGACGCTGGTGCATACTGTATGAGTATGGCTTCCACTTACAA 1423
Query 1393 TCTCAAGATGCGTCCTCCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATGGGTCGATCACTAAGATAAG 1452
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1424 TCTCAAGATGCGACCTCCGGAATACTGGGTTGAAGAAGATGGGTCGATCACCAAGATCAG 1483
Query 1453 GCATGCTGAGACATTCGATGACCATTTGCGTTTCTTTGAAGGTCTATGAACTCTTAGATT 1512
|||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1484 GCATGCTGAGACTTTTGACGACCATTTGCGTTTCTTTGAAGGTCTATGAACTCTTTGATT 1543
Query 1513 TACTCATCATTGTTGCT-TTTTTGATTGAATTGTATGATTATTC 1555
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1544 TACTCATCATTGTTGCTATTTTTG-TTGAATTGTATGATTATTC 1586
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74428338730
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5